Protein–RNA interactions for Protein: J3QNX5

Shisa8, Cysteine-knot AMPAR-modulating protein 39, mousemouse

Predictions only

Length 399 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Shisa8J3QNX5 Gm15688-201ENSMUST00000161394 2418 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Shisa8J3QNX5 Lrfn1-203ENSMUST00000189877 1852 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
Shisa8J3QNX5 Gm26566-201ENSMUST00000181601 1038 ntAPPRIS P1 BASIC22.07■■□□□ 1.12
Shisa8J3QNX5 Vdac3-202ENSMUST00000179233 1423 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Shisa8J3QNX5 Mat2b-201ENSMUST00000040167 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Shisa8J3QNX5 Ablim1-208ENSMUST00000111544 2231 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
Shisa8J3QNX5 Popdc3-201ENSMUST00000019994 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
Shisa8J3QNX5 Bcl7b-201ENSMUST00000031692 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Shisa8J3QNX5 Fkbp8-202ENSMUST00000119353 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Shisa8J3QNX5 Gnaq-201ENSMUST00000025541 5644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Shisa8J3QNX5 Gxylt1-202ENSMUST00000057896 1891 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
Shisa8J3QNX5 Triobp-206ENSMUST00000130663 1660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
Shisa8J3QNX5 E330040D14Rik-201ENSMUST00000192299 1374 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
Shisa8J3QNX5 Lmo2-202ENSMUST00000111140 1706 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Shisa8J3QNX5 Sox3-201ENSMUST00000135107 2065 ntAPPRIS P1 BASIC22.01■■□□□ 1.11
Shisa8J3QNX5 Preb-209ENSMUST00000202567 1869 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Shisa8J3QNX5 Gm5601-202ENSMUST00000207161 1437 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Shisa8J3QNX5 Cdkn2c-202ENSMUST00000097921 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Shisa8J3QNX5 Olfm1-201ENSMUST00000028177 2757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Shisa8J3QNX5 Mcat-201ENSMUST00000061882 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Shisa8J3QNX5 Frat2-201ENSMUST00000059231 2161 ntAPPRIS P1 BASIC21.98■■□□□ 1.11
Shisa8J3QNX5 Nisch-222ENSMUST00000172142 2780 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Shisa8J3QNX5 Fam120aos-201ENSMUST00000180775 1780 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Shisa8J3QNX5 Tor1a-201ENSMUST00000028200 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Shisa8J3QNX5 Slc16a8-201ENSMUST00000039752 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Shisa8J3QNX5 Homer3-202ENSMUST00000087467 880 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Shisa8J3QNX5 Trp53rkb-202ENSMUST00000065753 1375 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Shisa8J3QNX5 Tspan33-201ENSMUST00000046750 1994 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
Shisa8J3QNX5 Msto1-202ENSMUST00000126245 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
Shisa8J3QNX5 Efcc1-202ENSMUST00000159570 2293 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
Shisa8J3QNX5 Hoxc13-201ENSMUST00000001700 2461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Shisa8J3QNX5 Tcf15-201ENSMUST00000089112 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Shisa8J3QNX5 Tcte2-204ENSMUST00000130033 1462 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
Shisa8J3QNX5 Ildr2-206ENSMUST00000194964 2467 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
Shisa8J3QNX5 Zswim6-201ENSMUST00000105097 5456 ntTSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
Shisa8J3QNX5 2510039O18Rik-201ENSMUST00000103232 2731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
Shisa8J3QNX5 Foxn3-209ENSMUST00000177451 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
Shisa8J3QNX5 Pcf11-205ENSMUST00000208255 1720 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
Shisa8J3QNX5 Pcgf5-210ENSMUST00000225411 1626 ntAPPRIS P5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
Shisa8J3QNX5 Slc22a17-201ENSMUST00000050772 2290 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
Shisa8J3QNX5 Dusp7-201ENSMUST00000172306 3213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
Shisa8J3QNX5 Pradc1-202ENSMUST00000113770 610 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
Shisa8J3QNX5 Gm8109-201ENSMUST00000194076 746 ntBASIC21.89■■□□□ 1.09
Shisa8J3QNX5 Fxyd1-205ENSMUST00000205439 535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
Shisa8J3QNX5 Sap30l-201ENSMUST00000020826 1151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
Shisa8J3QNX5 Pcsk1n-201ENSMUST00000041096 2193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
Shisa8J3QNX5 Mypop-201ENSMUST00000059331 2173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
Shisa8J3QNX5 Syndig1l-201ENSMUST00000095550 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
Shisa8J3QNX5 6530409C15Rik-202ENSMUST00000143551 1573 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
Shisa8J3QNX5 Tbcel-204ENSMUST00000128959 1535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
Shisa8J3QNX5 P3h4-201ENSMUST00000066489 2178 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
Shisa8J3QNX5 Twist1-201ENSMUST00000049089 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
Shisa8J3QNX5 Foxd2-201ENSMUST00000068654 2592 ntAPPRIS P1 BASIC21.87■■□□□ 1.09
Shisa8J3QNX5 Slc35a3-202ENSMUST00000120120 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
Shisa8J3QNX5 Mapk1-203ENSMUST00000115731 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
Shisa8J3QNX5 Il17d-201ENSMUST00000089494 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
Shisa8J3QNX5 Crem-227ENSMUST00000149803 1422 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
Shisa8J3QNX5 Stard10-202ENSMUST00000163799 1723 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
Shisa8J3QNX5 Ankrd28-201ENSMUST00000014640 6712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
Shisa8J3QNX5 Cacfd1-204ENSMUST00000114006 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
Shisa8J3QNX5 Tlx3-201ENSMUST00000037746 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
Shisa8J3QNX5 Kcmf1-204ENSMUST00000204598 1743 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
Shisa8J3QNX5 Ssbp4-205ENSMUST00000210369 1828 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
Shisa8J3QNX5 Jmy-202ENSMUST00000220513 1843 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
Shisa8J3QNX5 Rbm17-201ENSMUST00000040314 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
Shisa8J3QNX5 Sowahd-201ENSMUST00000060057 1574 ntAPPRIS P1 BASIC21.82■■□□□ 1.08
Shisa8J3QNX5 Srcap-211ENSMUST00000189136 1960 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
Shisa8J3QNX5 Cgref1-201ENSMUST00000031051 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
Shisa8J3QNX5 Olfm1-203ENSMUST00000102879 1072 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
Shisa8J3QNX5 Fam174a-201ENSMUST00000059975 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
Shisa8J3QNX5 Fam220a-205ENSMUST00000169329 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
Shisa8J3QNX5 Lpcat4-201ENSMUST00000028554 2275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
Shisa8J3QNX5 A530058N18Rik-201ENSMUST00000128469 646 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
Shisa8J3QNX5 Tead1-203ENSMUST00000084705 2543 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
Shisa8J3QNX5 Cd320-201ENSMUST00000002379 2209 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
Shisa8J3QNX5 Fam168b-201ENSMUST00000047534 5030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
Shisa8J3QNX5 Cited2-201ENSMUST00000038107 1979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
Shisa8J3QNX5 Kcnq5-206ENSMUST00000173404 2775 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
Shisa8J3QNX5 Tsg101-201ENSMUST00000014546 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
Shisa8J3QNX5 Gm26115-201ENSMUST00000175605 87 ntBASIC21.79■■□□□ 1.08
Shisa8J3QNX5 Irf2bp2-201ENSMUST00000054960 5080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
Shisa8J3QNX5 Thra-202ENSMUST00000103139 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
Shisa8J3QNX5 B4galt2-201ENSMUST00000030266 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
Shisa8J3QNX5 Macrod1-201ENSMUST00000040261 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
Shisa8J3QNX5 Emid1-201ENSMUST00000062821 1947 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
Shisa8J3QNX5 Cdr2-201ENSMUST00000033169 2525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
Shisa8J3QNX5 AC122428.3-201ENSMUST00000215551 2290 ntBASIC21.77■■□□□ 1.08
Shisa8J3QNX5 Ints11-202ENSMUST00000120794 1884 ntTSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
Shisa8J3QNX5 Egr3-201ENSMUST00000035908 1509 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
Shisa8J3QNX5 Hoxb3-202ENSMUST00000093944 3190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
Shisa8J3QNX5 Fam220a-204ENSMUST00000119488 2202 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
Shisa8J3QNX5 Fam220a-209ENSMUST00000200267 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
Shisa8J3QNX5 Hsd17b11-201ENSMUST00000031251 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
Shisa8J3QNX5 Kmt5a-202ENSMUST00000100709 1425 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
Shisa8J3QNX5 Hnrnpl-201ENSMUST00000038572 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
Shisa8J3QNX5 Zfp91-201ENSMUST00000038627 5531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
Shisa8J3QNX5 Vps37b-201ENSMUST00000040967 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
Shisa8J3QNX5 Rnd2-201ENSMUST00000001347 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
Shisa8J3QNX5 Yrdc-201ENSMUST00000102628 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
Shisa8J3QNX5 Snf8-202ENSMUST00000107700 849 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 32.6 ms