Protein–RNA interactions for Protein: Q61164

Ctcf, Transcriptional repressor CTCF, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 736 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CtcfQ61164 Gm5601-202ENSMUST00000207161 1437 ntTSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
CtcfQ61164 St7-202ENSMUST00000052113 2046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
CtcfQ61164 Ranbp1-202ENSMUST00000115645 1085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
CtcfQ61164 Ubl4a-207ENSMUST00000178691 1038 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.06■■□□□ 1.92
CtcfQ61164 Bok-205ENSMUST00000201863 883 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.06■■□□□ 1.92
CtcfQ61164 Hmx1-201ENSMUST00000087674 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
CtcfQ61164 Dlg1-203ENSMUST00000100001 4711 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.05■■□□□ 1.92
CtcfQ61164 Adgrb1-203ENSMUST00000185682 2744 ntTSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
CtcfQ61164 Gm7334-201ENSMUST00000061681 1356 ntAPPRIS P1 BASIC27.05■■□□□ 1.92
CtcfQ61164 Xkr7-201ENSMUST00000037235 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
CtcfQ61164 E2f1-201ENSMUST00000000894 2755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
CtcfQ61164 Cgref1-201ENSMUST00000031051 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
CtcfQ61164 Dda1-209ENSMUST00000147642 1865 ntTSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
CtcfQ61164 Aspscr1-201ENSMUST00000026135 1820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
CtcfQ61164 Tbx1-201ENSMUST00000009241 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
CtcfQ61164 Rcan1-202ENSMUST00000060005 2324 ntTSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
CtcfQ61164 Gpr27-201ENSMUST00000101122 2388 ntAPPRIS P1 BASIC27■■□□□ 1.91
CtcfQ61164 Rheb-201ENSMUST00000030787 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
CtcfQ61164 E2f6-201ENSMUST00000020908 2418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
CtcfQ61164 Chrna5-204ENSMUST00000217408 2446 ntTSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
CtcfQ61164 Terf2-201ENSMUST00000068388 1915 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
CtcfQ61164 Trp53rkb-202ENSMUST00000065753 1375 ntTSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
CtcfQ61164 Odc1-201ENSMUST00000171737 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
CtcfQ61164 Rbms1-202ENSMUST00000112509 1806 ntTSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
CtcfQ61164 Gm24804-201ENSMUST00000174982 85 ntBASIC26.96■■□□□ 1.91
CtcfQ61164 Fam241a-201ENSMUST00000057198 1607 ntTSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
CtcfQ61164 Scrt2-201ENSMUST00000064061 3395 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.96■■□□□ 1.91
CtcfQ61164 Pitpna-205ENSMUST00000179445 1665 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.95■■□□□ 1.91
CtcfQ61164 Acvr2b-202ENSMUST00000165044 2093 ntTSL 2 BASIC26.95■■□□□ 1.9
CtcfQ61164 Ndufaf6-201ENSMUST00000058183 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
CtcfQ61164 Coq10a-207ENSMUST00000220227 1434 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.93■■□□□ 1.9
CtcfQ61164 Ubp1-203ENSMUST00000116492 2111 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
CtcfQ61164 Mapk13-201ENSMUST00000004986 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
CtcfQ61164 A730013G03Rik-202ENSMUST00000195012 2097 ntBASIC26.93■■□□□ 1.9
CtcfQ61164 Kansl2-201ENSMUST00000023727 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.92■■□□□ 1.9
CtcfQ61164 Yif1b-202ENSMUST00000108237 1086 ntTSL 5 BASIC26.92■■□□□ 1.9
CtcfQ61164 A530058N18Rik-201ENSMUST00000128469 646 ntTSL 2 BASIC26.92■■□□□ 1.9
CtcfQ61164 Kansl2-202ENSMUST00000116400 2110 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
CtcfQ61164 Rragc-201ENSMUST00000030399 2593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
CtcfQ61164 Gm5814-201ENSMUST00000177586 378 ntAPPRIS P1 BASIC26.91■■□□□ 1.9
CtcfQ61164 Zfp358-201ENSMUST00000061508 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
CtcfQ61164 AC153890.1-201ENSMUST00000220021 2469 ntBASIC26.9■■□□□ 1.9
CtcfQ61164 Fezf2-202ENSMUST00000224023 1917 ntBASIC26.89■■□□□ 1.9
CtcfQ61164 Nr2f6-201ENSMUST00000002466 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.89
CtcfQ61164 Sh3glb2-203ENSMUST00000113620 1694 ntTSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.89
CtcfQ61164 Triobp-206ENSMUST00000130663 1660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.89■■□□□ 1.89
CtcfQ61164 Zfp422-201ENSMUST00000057540 2375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.89
CtcfQ61164 Vstm2l-201ENSMUST00000109523 1363 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.88■■□□□ 1.89
CtcfQ61164 Peg12-201ENSMUST00000094339 2640 ntAPPRIS P1 BASIC26.86■■□□□ 1.89
CtcfQ61164 E330040D14Rik-201ENSMUST00000192299 1374 ntBASIC26.86■■□□□ 1.89
CtcfQ61164 Suds3-202ENSMUST00000166397 1694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
CtcfQ61164 Mkrn1-203ENSMUST00000114822 751 ntTSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
CtcfQ61164 Macrod2-205ENSMUST00000110063 845 ntTSL 5 BASIC26.85■■□□□ 1.89
CtcfQ61164 Neurog2-201ENSMUST00000029587 2227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
CtcfQ61164 Isoc1-201ENSMUST00000025503 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
CtcfQ61164 Eif4ebp1-201ENSMUST00000033880 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
CtcfQ61164 Fkbp8-202ENSMUST00000119353 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
CtcfQ61164 Smurf1-202ENSMUST00000100461 2725 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
CtcfQ61164 Marveld2-202ENSMUST00000163163 2187 ntTSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
CtcfQ61164 Exosc6-201ENSMUST00000210390 1326 ntAPPRIS P1 BASIC26.8■■□□□ 1.88
CtcfQ61164 Cited2-203ENSMUST00000219558 2411 ntAPPRIS P1 BASIC26.79■■□□□ 1.88
CtcfQ61164 Gm42984-201ENSMUST00000195990 987 ntTSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
CtcfQ61164 Mpp6-202ENSMUST00000036236 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
CtcfQ61164 6530409C15Rik-202ENSMUST00000143551 1573 ntTSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
CtcfQ61164 Dapk3-201ENSMUST00000047665 1676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.78■■□□□ 1.88
CtcfQ61164 Det1-201ENSMUST00000032839 2269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
CtcfQ61164 Srp9-202ENSMUST00000111018 823 ntTSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
CtcfQ61164 Tcte2-204ENSMUST00000130033 1462 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
CtcfQ61164 Clptm1l-201ENSMUST00000022102 2340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
CtcfQ61164 Dnttip1-202ENSMUST00000109326 476 ntTSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
CtcfQ61164 Rtn4r-201ENSMUST00000059589 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
CtcfQ61164 Klhl35-201ENSMUST00000037359 1954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
CtcfQ61164 Cnnm3-201ENSMUST00000001166 5193 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
CtcfQ61164 Sowahd-201ENSMUST00000060057 1574 ntAPPRIS P1 BASIC26.72■■□□□ 1.87
CtcfQ61164 Crem-227ENSMUST00000149803 1422 ntTSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
CtcfQ61164 Kcna7-201ENSMUST00000107774 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
CtcfQ61164 Smad2-202ENSMUST00000091831 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.86
CtcfQ61164 Gm266-201ENSMUST00000010673 1215 ntAPPRIS P1 BASIC26.7■■□□□ 1.86
CtcfQ61164 Macrod1-201ENSMUST00000040261 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
CtcfQ61164 Pradc1-202ENSMUST00000113770 610 ntTSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
CtcfQ61164 Gm16148-201ENSMUST00000119653 893 ntBASIC26.69■■□□□ 1.86
CtcfQ61164 Panx2-202ENSMUST00000161372 2314 ntTSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
CtcfQ61164 Slc16a8-201ENSMUST00000039752 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
CtcfQ61164 Tm6sf1-201ENSMUST00000041890 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
CtcfQ61164 Popdc3-201ENSMUST00000019994 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
CtcfQ61164 Cdc14b-207ENSMUST00000221634 1953 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
CtcfQ61164 E030037K01Rik-201ENSMUST00000180928 1756 ntBASIC26.67■■□□□ 1.86
CtcfQ61164 Rnd2-201ENSMUST00000001347 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
CtcfQ61164 Mcat-201ENSMUST00000061882 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
CtcfQ61164 AI837181-202ENSMUST00000159759 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
CtcfQ61164 Ablim1-208ENSMUST00000111544 2231 ntTSL 5 BASIC26.65■■□□□ 1.86
CtcfQ61164 Hoxa13-201ENSMUST00000047993 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.65■■□□□ 1.86
CtcfQ61164 Dyrk1a-202ENSMUST00000119878 5759 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.64■■□□□ 1.86
CtcfQ61164 A530058N18Rik-207ENSMUST00000152254 1211 ntTSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
CtcfQ61164 St7-208ENSMUST00000115419 2194 ntTSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.85
CtcfQ61164 Tbcel-204ENSMUST00000128959 1535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.64■■□□□ 1.85
CtcfQ61164 Slc39a13-201ENSMUST00000073575 2469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
CtcfQ61164 Atp5a1-202ENSMUST00000114748 2674 ntTSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
CtcfQ61164 Cds2-203ENSMUST00000110158 1247 ntTSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
CtcfQ61164 Ctbp1-211ENSMUST00000202868 2436 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 44.3 ms