Protein–RNA interactions for Protein: Q5I043

Usp28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, mousemouse

Predictions only

Length 1,051 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp28Q5I043 Cgref1-201ENSMUST00000031051 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
Usp28Q5I043 Rheb-201ENSMUST00000030787 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
Usp28Q5I043 Terf2-201ENSMUST00000068388 1915 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
Usp28Q5I043 Fam241a-201ENSMUST00000057198 1607 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
Usp28Q5I043 Rbms1-202ENSMUST00000112509 1806 ntTSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.13
Usp28Q5I043 Ndufaf6-201ENSMUST00000058183 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
Usp28Q5I043 Dtnb-203ENSMUST00000164578 2355 ntTSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
Usp28Q5I043 Zfp358-201ENSMUST00000061508 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
Usp28Q5I043 Fezf2-202ENSMUST00000224023 1917 ntBASIC28.34■■■□□ 2.13
Usp28Q5I043 A530058N18Rik-201ENSMUST00000128469 646 ntTSL 2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
Usp28Q5I043 Gm24804-201ENSMUST00000174982 85 ntBASIC28.33■■■□□ 2.13
Usp28Q5I043 St7-202ENSMUST00000052113 2046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
Usp28Q5I043 Pitpna-205ENSMUST00000179445 1665 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
Usp28Q5I043 Exosc6-201ENSMUST00000210390 1326 ntAPPRIS P1 BASIC28.31■■■□□ 2.12
Usp28Q5I043 Coq10a-207ENSMUST00000220227 1434 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.31■■■□□ 2.12
Usp28Q5I043 A730013G03Rik-202ENSMUST00000195012 2097 ntBASIC28.3■■■□□ 2.12
Usp28Q5I043 Rab40c-209ENSMUST00000179998 2456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
Usp28Q5I043 Rgs7-206ENSMUST00000194555 2431 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
Usp28Q5I043 Triobp-206ENSMUST00000130663 1660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.26■■■□□ 2.12
Usp28Q5I043 Reep6-202ENSMUST00000105354 2208 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
Usp28Q5I043 Reep6-205ENSMUST00000105358 2208 ntTSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
Usp28Q5I043 Rcor2-201ENSMUST00000066646 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
Usp28Q5I043 Acvr2b-202ENSMUST00000165044 2093 ntTSL 2 BASIC28.25■■■□□ 2.11
Usp28Q5I043 Mapk13-201ENSMUST00000004986 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
Usp28Q5I043 6530409C15Rik-202ENSMUST00000143551 1573 ntTSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
Usp28Q5I043 Srp9-202ENSMUST00000111018 823 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
Usp28Q5I043 Fkbp8-202ENSMUST00000119353 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
Usp28Q5I043 Ubp1-203ENSMUST00000116492 2111 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
Usp28Q5I043 Klhl35-201ENSMUST00000037359 1954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
Usp28Q5I043 Odc1-201ENSMUST00000171737 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
Usp28Q5I043 Eif4ebp1-201ENSMUST00000033880 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.11
Usp28Q5I043 Yif1b-202ENSMUST00000108237 1086 ntTSL 5 BASIC28.19■■■□□ 2.1
Usp28Q5I043 Vstm2l-201ENSMUST00000109523 1363 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.19■■■□□ 2.1
Usp28Q5I043 Tcte2-204ENSMUST00000130033 1462 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
Usp28Q5I043 Sowahd-201ENSMUST00000060057 1574 ntAPPRIS P1 BASIC28.19■■■□□ 2.1
Usp28Q5I043 Sh3glb2-203ENSMUST00000113620 1694 ntTSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
Usp28Q5I043 Smad2-202ENSMUST00000091831 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.18■■■□□ 2.1
Usp28Q5I043 Pradc1-202ENSMUST00000113770 610 ntTSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
Usp28Q5I043 Dapk3-201ENSMUST00000047665 1676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.18■■■□□ 2.1
Usp28Q5I043 Popdc3-201ENSMUST00000019994 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
Usp28Q5I043 St6galnac6-204ENSMUST00000095045 2536 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
Usp28Q5I043 E030037K01Rik-201ENSMUST00000180928 1756 ntBASIC28.17■■■□□ 2.1
Usp28Q5I043 Macrod1-201ENSMUST00000040261 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
Usp28Q5I043 Neurog2-201ENSMUST00000029587 2227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
Usp28Q5I043 Kansl2-202ENSMUST00000116400 2110 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
Usp28Q5I043 Cds2-203ENSMUST00000110158 1247 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
Usp28Q5I043 Marveld2-202ENSMUST00000163163 2187 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
Usp28Q5I043 Crem-227ENSMUST00000149803 1422 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
Usp28Q5I043 Gm42984-201ENSMUST00000195990 987 ntTSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
Usp28Q5I043 Rnd2-201ENSMUST00000001347 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
Usp28Q5I043 Nr2f6-201ENSMUST00000002466 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
Usp28Q5I043 Mpp6-202ENSMUST00000036236 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
Usp28Q5I043 Macrod2-205ENSMUST00000110063 845 ntTSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.09
Usp28Q5I043 Tbcel-204ENSMUST00000128959 1535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.08
Usp28Q5I043 Dnttip1-202ENSMUST00000109326 476 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
Usp28Q5I043 Mkrn1-203ENSMUST00000114822 751 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
Usp28Q5I043 Rtn4r-201ENSMUST00000059589 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
Usp28Q5I043 Rcan1-202ENSMUST00000060005 2324 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
Usp28Q5I043 Gm16148-201ENSMUST00000119653 893 ntBASIC28.05■■■□□ 2.08
Usp28Q5I043 Egr3-201ENSMUST00000035908 1509 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
Usp28Q5I043 Rbm17-201ENSMUST00000040314 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
Usp28Q5I043 Det1-201ENSMUST00000032839 2269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
Usp28Q5I043 Mcat-201ENSMUST00000061882 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
Usp28Q5I043 Tlx3-201ENSMUST00000037746 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
Usp28Q5I043 Chrna5-204ENSMUST00000217408 2446 ntTSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
Usp28Q5I043 Cdc14b-207ENSMUST00000221634 1953 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
Usp28Q5I043 Ebf4-203ENSMUST00000110288 2982 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28■■■□□ 2.07
Usp28Q5I043 Ryk-201ENSMUST00000035142 2852 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
Usp28Q5I043 Gm266-201ENSMUST00000010673 1215 ntAPPRIS P1 BASIC27.99■■■□□ 2.07
Usp28Q5I043 A530058N18Rik-207ENSMUST00000152254 1211 ntTSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
Usp28Q5I043 Kmt5a-202ENSMUST00000100709 1425 ntTSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
Usp28Q5I043 Znrf3-202ENSMUST00000143746 1022 ntTSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
Usp28Q5I043 Gpr27-201ENSMUST00000101122 2388 ntAPPRIS P1 BASIC27.97■■■□□ 2.07
Usp28Q5I043 Isoc1-201ENSMUST00000025503 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
Usp28Q5I043 Tor1a-201ENSMUST00000028200 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
Usp28Q5I043 Eed-201ENSMUST00000107234 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
Usp28Q5I043 Mat2b-201ENSMUST00000040167 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
Usp28Q5I043 Gm15672-201ENSMUST00000151512 1354 ntTSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
Usp28Q5I043 Kansl2-201ENSMUST00000023727 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.96■■■□□ 2.07
Usp28Q5I043 Adgrb1-203ENSMUST00000185682 2744 ntTSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.07
Usp28Q5I043 Slc16a8-201ENSMUST00000039752 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
Usp28Q5I043 Aard-201ENSMUST00000090025 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
Usp28Q5I043 Fam120aos-201ENSMUST00000180775 1780 ntTSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
Usp28Q5I043 Tm6sf1-201ENSMUST00000041890 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
Usp28Q5I043 Grasp-201ENSMUST00000000543 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
Usp28Q5I043 A530058N18Rik-208ENSMUST00000131299 1387 ntTSL 2 BASIC27.93■■■□□ 2.06
Usp28Q5I043 Tspan33-201ENSMUST00000046750 1994 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
Usp28Q5I043 Xkr7-201ENSMUST00000037235 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
Usp28Q5I043 Clptm1l-201ENSMUST00000022102 2340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
Usp28Q5I043 Wdr34-201ENSMUST00000113711 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
Usp28Q5I043 Igfbp3-202ENSMUST00000135887 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
Usp28Q5I043 Maf-201ENSMUST00000069009 3223 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
Usp28Q5I043 5730480H06Rik-201ENSMUST00000030968 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
Usp28Q5I043 Hoxa13-201ENSMUST00000047993 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.9■■■□□ 2.06
Usp28Q5I043 Kcna7-201ENSMUST00000107774 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
Usp28Q5I043 A430072P03Rik-201ENSMUST00000161480 1510 ntTSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
Usp28Q5I043 Lrfn1-203ENSMUST00000189877 1852 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.89■■■□□ 2.05
Usp28Q5I043 Gm527-201ENSMUST00000058135 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.05
Usp28Q5I043 AI837181-202ENSMUST00000159759 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
Usp28Q5I043 E2f6-201ENSMUST00000020908 2418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 17.1 ms