Protein–RNA interactions for Protein: Q9D6Y1

Ccdc3, Coiled-coil domain-containing protein 3, mousemouse

Predictions only

Length 273 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc3Q9D6Y1 Zfp580-202ENSMUST00000208570 693 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
Ccdc3Q9D6Y1 Smn1-201ENSMUST00000022147 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
Ccdc3Q9D6Y1 Mrpl10-202ENSMUST00000054252 744 ntTSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
Ccdc3Q9D6Y1 Epdr1-201ENSMUST00000002885 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
Ccdc3Q9D6Y1 Tex264-203ENSMUST00000169068 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
Ccdc3Q9D6Y1 C1qtnf5-202ENSMUST00000114816 1259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
Ccdc3Q9D6Y1 Rex1bd-206ENSMUST00000136913 671 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
Ccdc3Q9D6Y1 B930094E09Rik-201ENSMUST00000164667 1240 ntAPPRIS P1 BASIC18.09■□□□□ 0.49
Ccdc3Q9D6Y1 Ube2i-213ENSMUST00000174031 824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
Ccdc3Q9D6Y1 Gm44878-201ENSMUST00000205812 1295 ntBASIC18.09■□□□□ 0.49
Ccdc3Q9D6Y1 Nt5c-201ENSMUST00000021082 858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
Ccdc3Q9D6Y1 Lrch3-201ENSMUST00000023491 5536 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
Ccdc3Q9D6Y1 Rpl21-203ENSMUST00000099272 1067 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.09■□□□□ 0.49
Ccdc3Q9D6Y1 Sra1-201ENSMUST00000001415 2061 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
Ccdc3Q9D6Y1 Cyb561-201ENSMUST00000019734 2741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
Ccdc3Q9D6Y1 Carm1-202ENSMUST00000115394 3320 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
Ccdc3Q9D6Y1 Ttc9-202ENSMUST00000218362 4754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
Ccdc3Q9D6Y1 AU022751-201ENSMUST00000101698 1838 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
Ccdc3Q9D6Y1 Them6-201ENSMUST00000070923 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
Ccdc3Q9D6Y1 Ncoa5-202ENSMUST00000121377 2930 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
Ccdc3Q9D6Y1 Sort1-203ENSMUST00000135636 6836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
Ccdc3Q9D6Y1 Ssbp2-202ENSMUST00000042122 1633 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
Ccdc3Q9D6Y1 Kcne1l-201ENSMUST00000134825 1543 ntAPPRIS P1 BASIC18.08■□□□□ 0.49
Ccdc3Q9D6Y1 Cxadr-201ENSMUST00000023572 5734 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
Ccdc3Q9D6Y1 Tbc1d25-201ENSMUST00000039892 2648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
Ccdc3Q9D6Y1 Rchy1-204ENSMUST00000169948 1417 ntTSL 3 BASIC18.08■□□□□ 0.49
Ccdc3Q9D6Y1 Unc50-201ENSMUST00000027285 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
Ccdc3Q9D6Y1 Tfg-202ENSMUST00000121554 716 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
Ccdc3Q9D6Y1 Nnat-205ENSMUST00000153739 1146 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
Ccdc3Q9D6Y1 Nnat-206ENSMUST00000172487 404 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
Ccdc3Q9D6Y1 Nnat-210ENSMUST00000173839 1135 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
Ccdc3Q9D6Y1 Gm26524-201ENSMUST00000192339 390 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
Ccdc3Q9D6Y1 Hoxc12-201ENSMUST00000055562 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
Ccdc3Q9D6Y1 Wnt8a-201ENSMUST00000012426 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
Ccdc3Q9D6Y1 Zfp523-202ENSMUST00000073534 2654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
Ccdc3Q9D6Y1 Gm28523-201ENSMUST00000190040 1588 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
Ccdc3Q9D6Y1 Wnk2-205ENSMUST00000110097 6882 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
Ccdc3Q9D6Y1 Wnk2-203ENSMUST00000091623 6897 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
Ccdc3Q9D6Y1 Gm32699-201ENSMUST00000221728 1988 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
Ccdc3Q9D6Y1 Csnk1a1-210ENSMUST00000170862 2259 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
Ccdc3Q9D6Y1 Lamp1-201ENSMUST00000033824 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
Ccdc3Q9D6Y1 Wdr20-205ENSMUST00000193053 1351 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
Ccdc3Q9D6Y1 Atf5-202ENSMUST00000107893 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
Ccdc3Q9D6Y1 Anapc5-205ENSMUST00000197074 2413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
Ccdc3Q9D6Y1 Anapc5-212ENSMUST00000199406 2413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
Ccdc3Q9D6Y1 Taz-208ENSMUST00000132437 768 ntTSL 3 BASIC18.07■□□□□ 0.48
Ccdc3Q9D6Y1 Nat8-201ENSMUST00000032073 1123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
Ccdc3Q9D6Y1 Rps23-201ENSMUST00000051955 937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
Ccdc3Q9D6Y1 Tnrc18-201ENSMUST00000151477 6487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
Ccdc3Q9D6Y1 Ildr2-204ENSMUST00000192732 2263 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
Ccdc3Q9D6Y1 Aifm2-204ENSMUST00000105455 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
Ccdc3Q9D6Y1 Ppp1r36-201ENSMUST00000063977 1515 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
Ccdc3Q9D6Y1 Ccdc50-201ENSMUST00000039443 2192 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
Ccdc3Q9D6Y1 Cpne2-201ENSMUST00000048653 2342 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Ccdc3Q9D6Y1 Pllp-201ENSMUST00000034227 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Ccdc3Q9D6Y1 Sptbn4-201ENSMUST00000011895 8747 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Ccdc3Q9D6Y1 Spry1-202ENSMUST00000108107 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Ccdc3Q9D6Y1 1110004F10Rik-202ENSMUST00000106607 1153 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Ccdc3Q9D6Y1 Timp4-202ENSMUST00000205131 945 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Ccdc3Q9D6Y1 AC124603.1-201ENSMUST00000223843 308 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
Ccdc3Q9D6Y1 Rab3c-203ENSMUST00000224180 967 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
Ccdc3Q9D6Y1 Olfr322-201ENSMUST00000072030 984 ntAPPRIS P1 BASIC18.06■□□□□ 0.48
Ccdc3Q9D6Y1 Mapre3-202ENSMUST00000200692 1816 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
Ccdc3Q9D6Y1 Bmp2k-202ENSMUST00000112974 3244 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Ccdc3Q9D6Y1 AC131586.2-201ENSMUST00000228370 1512 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
Ccdc3Q9D6Y1 9130221H12Rik-201ENSMUST00000169914 1465 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Ccdc3Q9D6Y1 Twist2-202ENSMUST00000186075 2525 ntAPPRIS P1 BASIC18.05■□□□□ 0.48
Ccdc3Q9D6Y1 Pianp-201ENSMUST00000032479 2250 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Ccdc3Q9D6Y1 Snapc2-201ENSMUST00000011981 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Ccdc3Q9D6Y1 Hmx2-202ENSMUST00000183219 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Ccdc3Q9D6Y1 Nat9-201ENSMUST00000103038 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Ccdc3Q9D6Y1 Aunip-201ENSMUST00000105866 1275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Ccdc3Q9D6Y1 Rhno1-202ENSMUST00000112151 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Ccdc3Q9D6Y1 Jsrp1-201ENSMUST00000020435 955 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
Ccdc3Q9D6Y1 Dmwd-202ENSMUST00000108479 2388 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
Ccdc3Q9D6Y1 Kcnq2-203ENSMUST00000081528 2382 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Ccdc3Q9D6Y1 Trim71-201ENSMUST00000111816 9332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Ccdc3Q9D6Y1 Donson-202ENSMUST00000114031 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem55b-205ENSMUST00000160835 2755 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Ccdc3Q9D6Y1 1810055G02Rik-201ENSMUST00000039048 1882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Ccdc3Q9D6Y1 Gm37563-201ENSMUST00000192580 1513 ntBASIC18.04■□□□□ 0.48
Ccdc3Q9D6Y1 Fgfrl1-201ENSMUST00000013633 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Ccdc3Q9D6Y1 Gapvd1-201ENSMUST00000028224 5695 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Ccdc3Q9D6Y1 Gm3667-201ENSMUST00000171906 2053 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
Ccdc3Q9D6Y1 Gm27032-201ENSMUST00000183124 1116 ntBASIC18.04■□□□□ 0.48
Ccdc3Q9D6Y1 1810059H22Rik-205ENSMUST00000204570 690 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Ccdc3Q9D6Y1 4930412O13Rik-201ENSMUST00000026889 1187 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Ccdc3Q9D6Y1 Sox15-201ENSMUST00000047373 861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Ccdc3Q9D6Y1 Ulk2-201ENSMUST00000004920 5743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Ccdc3Q9D6Y1 Dtnb-225ENSMUST00000174663 2381 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
Ccdc3Q9D6Y1 Atf1-201ENSMUST00000023769 2365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Ccdc3Q9D6Y1 Mast4-205ENSMUST00000166726 5968 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
Ccdc3Q9D6Y1 2310035C23Rik-202ENSMUST00000086721 5414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
Ccdc3Q9D6Y1 Dact3-201ENSMUST00000108493 2989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Ccdc3Q9D6Y1 AI314180-201ENSMUST00000055822 1478 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Ccdc3Q9D6Y1 Runx1-203ENSMUST00000168195 1985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Ccdc3Q9D6Y1 Mir7071-201ENSMUST00000184847 69 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
Ccdc3Q9D6Y1 Rnf208-201ENSMUST00000060818 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Ccdc3Q9D6Y1 Olfr1411-201ENSMUST00000073748 972 ntAPPRIS P1 BASIC18.03■□□□□ 0.48
Ccdc3Q9D6Y1 Hist2h2aa2-201ENSMUST00000074976 528 ntAPPRIS P1 BASIC18.03■□□□□ 0.48
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 56.7 ms