Protein–RNA interactions for Protein: Q9R1R2

Trim3, Tripartite motif-containing protein 3, mousemouse

Predictions only

Length 744 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim3Q9R1R2 Zxda-201ENSMUST00000117281 2621 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
Trim3Q9R1R2 2210008F06Rik-201ENSMUST00000180805 1082 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Trim3Q9R1R2 Nucks1-203ENSMUST00000189946 2375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
Trim3Q9R1R2 1700028N14Rik-201ENSMUST00000139621 747 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
Trim3Q9R1R2 Rtn2-201ENSMUST00000032559 1990 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
Trim3Q9R1R2 Raly-202ENSMUST00000058089 1747 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
Trim3Q9R1R2 Gm45716-202ENSMUST00000134929 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
Trim3Q9R1R2 Phf10-201ENSMUST00000024657 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
Trim3Q9R1R2 Ring1-201ENSMUST00000025183 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
Trim3Q9R1R2 Tpst1-201ENSMUST00000040721 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
Trim3Q9R1R2 Uncx-201ENSMUST00000172997 2498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
Trim3Q9R1R2 Pard6a-205ENSMUST00000212430 1261 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
Trim3Q9R1R2 Ric1-206ENSMUST00000162184 2157 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
Trim3Q9R1R2 Terf2-203ENSMUST00000116425 2471 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
Trim3Q9R1R2 Apcdd1-202ENSMUST00000163716 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
Trim3Q9R1R2 Plpp2-201ENSMUST00000063879 1654 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
Trim3Q9R1R2 Gm266-201ENSMUST00000010673 1215 ntAPPRIS P1 BASIC23.47■■□□□ 1.35
Trim3Q9R1R2 A530058N18Rik-201ENSMUST00000128469 646 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
Trim3Q9R1R2 Hoxa13-203ENSMUST00000147595 2395 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
Trim3Q9R1R2 Ywhah-201ENSMUST00000019109 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
Trim3Q9R1R2 Traf4-201ENSMUST00000017530 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
Trim3Q9R1R2 Trp53rkb-202ENSMUST00000065753 1375 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Trim3Q9R1R2 Fam60a-203ENSMUST00000111562 906 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.43■■□□□ 1.34
Trim3Q9R1R2 Smad7-202ENSMUST00000168918 1882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Trim3Q9R1R2 Ebag9-203ENSMUST00000227691 1945 ntAPPRIS P1 BASIC23.42■■□□□ 1.34
Trim3Q9R1R2 Reep6-203ENSMUST00000105355 2127 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
Trim3Q9R1R2 Reep6-204ENSMUST00000105357 2127 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
Trim3Q9R1R2 Hexdc-202ENSMUST00000106117 2149 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
Trim3Q9R1R2 Dazap1-203ENSMUST00000105362 2081 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
Trim3Q9R1R2 1700069B07Rik-202ENSMUST00000191155 939 ntBASIC23.39■■□□□ 1.33
Trim3Q9R1R2 Gltp-203ENSMUST00000112214 944 ntTSL 3 BASIC23.38■■□□□ 1.33
Trim3Q9R1R2 Nrep-202ENSMUST00000168890 2185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
Trim3Q9R1R2 Ubl4a-207ENSMUST00000178691 1038 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
Trim3Q9R1R2 Ccdc122-202ENSMUST00000095625 1195 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
Trim3Q9R1R2 Gkap1-201ENSMUST00000091579 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
Trim3Q9R1R2 Lmo2-201ENSMUST00000111139 1434 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
Trim3Q9R1R2 Vsig8-202ENSMUST00000177086 1519 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
Trim3Q9R1R2 Adap1-201ENSMUST00000110865 2557 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
Trim3Q9R1R2 Eif2ak3-204ENSMUST00000162950 927 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
Trim3Q9R1R2 CT030161.2-201ENSMUST00000218666 735 ntTSL 3 BASIC23.34■■□□□ 1.33
Trim3Q9R1R2 E330040D14Rik-201ENSMUST00000192299 1374 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
Trim3Q9R1R2 Gm10762-201ENSMUST00000099385 1133 ntAPPRIS P1 BASIC23.33■■□□□ 1.33
Trim3Q9R1R2 Chrna5-204ENSMUST00000217408 2446 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
Trim3Q9R1R2 Sept11-208ENSMUST00000202308 1792 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
Trim3Q9R1R2 Fbll1-201ENSMUST00000160726 1503 ntAPPRIS P1 BASIC23.32■■□□□ 1.32
Trim3Q9R1R2 Ube2f-202ENSMUST00000171112 1547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
Trim3Q9R1R2 Tmeff1-202ENSMUST00000123476 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
Trim3Q9R1R2 Gnas-207ENSMUST00000109085 1789 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
Trim3Q9R1R2 Orai1-201ENSMUST00000051016 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
Trim3Q9R1R2 Mogs-201ENSMUST00000032114 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
Trim3Q9R1R2 Galnt10-202ENSMUST00000108846 1745 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
Trim3Q9R1R2 Ranbp1-202ENSMUST00000115645 1085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
Trim3Q9R1R2 Fcnaos-201ENSMUST00000127642 1351 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Trim3Q9R1R2 Hnrnpd-202ENSMUST00000072750 1537 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.28■■□□□ 1.32
Trim3Q9R1R2 Akt1s1-202ENSMUST00000107880 1757 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
Trim3Q9R1R2 En1-201ENSMUST00000079721 2624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
Trim3Q9R1R2 Paip1-203ENSMUST00000126957 1731 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
Trim3Q9R1R2 Fam136a-201ENSMUST00000071492 1643 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
Trim3Q9R1R2 Gjc1-201ENSMUST00000068933 1903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Trim3Q9R1R2 Zfp131-206ENSMUST00000223813 2561 ntAPPRIS P3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
Trim3Q9R1R2 Macrod2-205ENSMUST00000110063 845 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
Trim3Q9R1R2 A530058N18Rik-207ENSMUST00000152254 1211 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
Trim3Q9R1R2 Hoxa13-201ENSMUST00000047993 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
Trim3Q9R1R2 Aard-201ENSMUST00000090025 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
Trim3Q9R1R2 Bok-201ENSMUST00000027499 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
Trim3Q9R1R2 1700016A09Rik-201ENSMUST00000192004 835 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
Trim3Q9R1R2 Tdp2-203ENSMUST00000223804 1136 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
Trim3Q9R1R2 Ppp1r3e-202ENSMUST00000177403 1957 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
Trim3Q9R1R2 Rab2a-201ENSMUST00000060232 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
Trim3Q9R1R2 Gm9905-201ENSMUST00000065740 1845 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
Trim3Q9R1R2 Raly-201ENSMUST00000029120 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
Trim3Q9R1R2 Ube2m-201ENSMUST00000005714 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
Trim3Q9R1R2 Gm6206-201ENSMUST00000133472 2199 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
Trim3Q9R1R2 Cds2-203ENSMUST00000110158 1247 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
Trim3Q9R1R2 Galnt12-201ENSMUST00000045041 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
Trim3Q9R1R2 Micu3-201ENSMUST00000068999 2219 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
Trim3Q9R1R2 Bok-205ENSMUST00000201863 883 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
Trim3Q9R1R2 Rragc-201ENSMUST00000030399 2593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
Trim3Q9R1R2 Rnf220-212ENSMUST00000221654 1949 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
Trim3Q9R1R2 Runx3-202ENSMUST00000119564 1855 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
Trim3Q9R1R2 Mef2a-201ENSMUST00000032776 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
Trim3Q9R1R2 Dlg1-203ENSMUST00000100001 4711 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
Trim3Q9R1R2 Mrps7-201ENSMUST00000058109 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
Trim3Q9R1R2 Gm30346-201ENSMUST00000218641 1699 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
Trim3Q9R1R2 Ctbp1-201ENSMUST00000079746 2279 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
Trim3Q9R1R2 Ttc19-202ENSMUST00000101075 2193 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
Trim3Q9R1R2 Htra4-201ENSMUST00000084031 2180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
Trim3Q9R1R2 Phlda1-201ENSMUST00000164773 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
Trim3Q9R1R2 Ppp1r14c-202ENSMUST00000217573 2013 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
Trim3Q9R1R2 Eif4e2-203ENSMUST00000113230 1569 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
Trim3Q9R1R2 Sowahd-201ENSMUST00000060057 1574 ntAPPRIS P1 BASIC23.09■■□□□ 1.29
Trim3Q9R1R2 Cnnm3-201ENSMUST00000001166 5193 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
Trim3Q9R1R2 Ssbp3-202ENSMUST00000072753 1924 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
Trim3Q9R1R2 Fbxo6-201ENSMUST00000030858 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
Trim3Q9R1R2 Susd4-202ENSMUST00000153348 1898 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
Trim3Q9R1R2 Pfdn2-202ENSMUST00000135941 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
Trim3Q9R1R2 Gm43445-201ENSMUST00000198564 2091 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
Trim3Q9R1R2 Gm6345-201ENSMUST00000180378 1691 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
Trim3Q9R1R2 Smarcc1-203ENSMUST00000197480 1949 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Trim3Q9R1R2 Cebpb-201ENSMUST00000070642 1504 ntAPPRIS P1 BASIC23.06■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 39.2 ms