Protein–RNA interactions for Protein: Q8CEI3

Ccdc28a, Coiled-coil domain-containing 28A, mousemouse

Predictions only

Length 192 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc28aQ8CEI3 Reep6-203ENSMUST00000105355 2127 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
Ccdc28aQ8CEI3 Reep6-204ENSMUST00000105357 2127 ntTSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
Ccdc28aQ8CEI3 Nrep-202ENSMUST00000168890 2185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
Ccdc28aQ8CEI3 Gm17082-201ENSMUST00000166043 1091 ntBASIC26.57■■□□□ 1.84
Ccdc28aQ8CEI3 Clk2-203ENSMUST00000121931 2112 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.57■■□□□ 1.84
Ccdc28aQ8CEI3 Ssx2ip-202ENSMUST00000106149 2416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
Ccdc28aQ8CEI3 4921531C22Rik-201ENSMUST00000150145 1905 ntTSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
Ccdc28aQ8CEI3 Mef2a-201ENSMUST00000032776 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
Ccdc28aQ8CEI3 Gm27322-201ENSMUST00000184007 104 ntBASIC26.56■■□□□ 1.84
Ccdc28aQ8CEI3 En1-201ENSMUST00000079721 2624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
Ccdc28aQ8CEI3 Clec2l-201ENSMUST00000114874 1428 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.56■■□□□ 1.84
Ccdc28aQ8CEI3 Ssbp3-202ENSMUST00000072753 1924 ntTSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
Ccdc28aQ8CEI3 Cnnm3-202ENSMUST00000097776 5292 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
Ccdc28aQ8CEI3 Mpp6-203ENSMUST00000166318 2222 ntTSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
Ccdc28aQ8CEI3 B430219N15Rik-202ENSMUST00000180853 1105 ntBASIC26.53■■□□□ 1.84
Ccdc28aQ8CEI3 Mapk3-201ENSMUST00000050201 1267 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.53■■□□□ 1.84
Ccdc28aQ8CEI3 Amer2-203ENSMUST00000225247 2662 ntBASIC26.52■■□□□ 1.84
Ccdc28aQ8CEI3 Gkap1-201ENSMUST00000091579 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
Ccdc28aQ8CEI3 Lmo2-201ENSMUST00000111139 1434 ntTSL 5 BASIC26.51■■□□□ 1.83
Ccdc28aQ8CEI3 Susd4-202ENSMUST00000153348 1898 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.51■■□□□ 1.83
Ccdc28aQ8CEI3 Smarcc1-203ENSMUST00000197480 1949 ntTSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
Ccdc28aQ8CEI3 Plekha3-201ENSMUST00000111920 2534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
Ccdc28aQ8CEI3 Paip1-203ENSMUST00000126957 1731 ntTSL 5 BASIC26.5■■□□□ 1.83
Ccdc28aQ8CEI3 Guf1-201ENSMUST00000031113 1769 ntTSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
Ccdc28aQ8CEI3 B4galt7-202ENSMUST00000100764 2195 ntTSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
Ccdc28aQ8CEI3 Rundc3a-204ENSMUST00000107105 1861 ntTSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
Ccdc28aQ8CEI3 Htra4-201ENSMUST00000084031 2180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
Ccdc28aQ8CEI3 Cebpb-201ENSMUST00000070642 1504 ntAPPRIS P1 BASIC26.48■■□□□ 1.83
Ccdc28aQ8CEI3 Hnrnpd-202ENSMUST00000072750 1537 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.48■■□□□ 1.83
Ccdc28aQ8CEI3 Sept11-208ENSMUST00000202308 1792 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.47■■□□□ 1.83
Ccdc28aQ8CEI3 Gm12184-201ENSMUST00000104959 1310 ntAPPRIS P1 BASIC26.46■■□□□ 1.83
Ccdc28aQ8CEI3 Mfsd5-201ENSMUST00000051341 1742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
Ccdc28aQ8CEI3 Eif4e2-203ENSMUST00000113230 1569 ntTSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
Ccdc28aQ8CEI3 Cetn4-201ENSMUST00000071400 1808 ntTSL 5 BASIC26.44■■□□□ 1.82
Ccdc28aQ8CEI3 Mypop-203ENSMUST00000131087 1951 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.44■■□□□ 1.82
Ccdc28aQ8CEI3 Cldn10-203ENSMUST00000100314 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
Ccdc28aQ8CEI3 Gm960-202ENSMUST00000177696 2262 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.4■■□□□ 1.82
Ccdc28aQ8CEI3 Arhgap22-201ENSMUST00000111955 2148 ntTSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
Ccdc28aQ8CEI3 Syt7-201ENSMUST00000073899 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.81
Ccdc28aQ8CEI3 Hdgf-201ENSMUST00000005017 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
Ccdc28aQ8CEI3 Mkrn1-202ENSMUST00000051671 1511 ntTSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
Ccdc28aQ8CEI3 Efemp2-201ENSMUST00000070118 1781 ntTSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
Ccdc28aQ8CEI3 Cbln1-201ENSMUST00000034076 2800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
Ccdc28aQ8CEI3 Dtnb-211ENSMUST00000173240 2218 ntTSL 5 BASIC26.37■■□□□ 1.81
Ccdc28aQ8CEI3 Fam136a-201ENSMUST00000071492 1643 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
Ccdc28aQ8CEI3 Kctd9-204ENSMUST00000150768 1302 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.36■■□□□ 1.81
Ccdc28aQ8CEI3 Gm30346-201ENSMUST00000218641 1699 ntBASIC26.35■■□□□ 1.81
Ccdc28aQ8CEI3 Tbx1-201ENSMUST00000009241 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
Ccdc28aQ8CEI3 Akt1s1-202ENSMUST00000107880 1757 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
Ccdc28aQ8CEI3 Enho-201ENSMUST00000127306 1269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
Ccdc28aQ8CEI3 Sec63-201ENSMUST00000019937 6032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
Ccdc28aQ8CEI3 Suds3-202ENSMUST00000166397 1694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
Ccdc28aQ8CEI3 Mrps7-201ENSMUST00000058109 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
Ccdc28aQ8CEI3 Dpf1-204ENSMUST00000108231 2040 ntTSL 5 BASIC26.31■■□□□ 1.8
Ccdc28aQ8CEI3 Dapk3-202ENSMUST00000178422 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
Ccdc28aQ8CEI3 Clk2-201ENSMUST00000090927 2128 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
Ccdc28aQ8CEI3 Gsk3a-202ENSMUST00000108411 2248 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.8
Ccdc28aQ8CEI3 Fezf2-202ENSMUST00000224023 1917 ntBASIC26.3■■□□□ 1.8
Ccdc28aQ8CEI3 Rab22a-202ENSMUST00000109110 849 ntTSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.8
Ccdc28aQ8CEI3 Ube2m-201ENSMUST00000005714 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
Ccdc28aQ8CEI3 Bcl7c-201ENSMUST00000061468 1132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
Ccdc28aQ8CEI3 Gm17494-201ENSMUST00000072769 1800 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
Ccdc28aQ8CEI3 Terf2-201ENSMUST00000068388 1915 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
Ccdc28aQ8CEI3 Grb2-202ENSMUST00000106495 2041 ntTSL 5 BASIC26.27■■□□□ 1.8
Ccdc28aQ8CEI3 Caap1-201ENSMUST00000030313 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
Ccdc28aQ8CEI3 Ubl4a-207ENSMUST00000178691 1038 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.26■■□□□ 1.79
Ccdc28aQ8CEI3 Dda1-209ENSMUST00000147642 1865 ntTSL 2 BASIC26.24■■□□□ 1.79
Ccdc28aQ8CEI3 2410017I17Rik-202ENSMUST00000090537 2053 ntTSL 2 BASIC26.24■■□□□ 1.79
Ccdc28aQ8CEI3 Rnf130-201ENSMUST00000054684 1415 ntTSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
Ccdc28aQ8CEI3 Fam69b-201ENSMUST00000074240 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
Ccdc28aQ8CEI3 Lemd2-201ENSMUST00000055117 2595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
Ccdc28aQ8CEI3 Orai1-201ENSMUST00000051016 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
Ccdc28aQ8CEI3 Klhl25-205ENSMUST00000206019 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
Ccdc28aQ8CEI3 BC030336-205ENSMUST00000208454 813 ntTSL 2 BASIC26.22■■□□□ 1.79
Ccdc28aQ8CEI3 Aspscr1-201ENSMUST00000026135 1820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
Ccdc28aQ8CEI3 Pdia5-201ENSMUST00000023550 1808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
Ccdc28aQ8CEI3 Kcnmb4os2-201ENSMUST00000080943 1571 ntTSL 5 BASIC26.18■■□□□ 1.78
Ccdc28aQ8CEI3 Rras2-201ENSMUST00000069449 2275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
Ccdc28aQ8CEI3 Grasp-201ENSMUST00000000543 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
Ccdc28aQ8CEI3 Btf3-201ENSMUST00000022163 1091 ntTSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
Ccdc28aQ8CEI3 Zfp358-201ENSMUST00000061508 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
Ccdc28aQ8CEI3 Phlda1-201ENSMUST00000164773 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
Ccdc28aQ8CEI3 Reep6-202ENSMUST00000105354 2208 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
Ccdc28aQ8CEI3 Reep6-205ENSMUST00000105358 2208 ntTSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
Ccdc28aQ8CEI3 Phf23-205ENSMUST00000135814 2214 ntTSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
Ccdc28aQ8CEI3 Rgs7-206ENSMUST00000194555 2431 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
Ccdc28aQ8CEI3 Hmx1-201ENSMUST00000087674 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
Ccdc28aQ8CEI3 Ubp1-203ENSMUST00000116492 2111 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
Ccdc28aQ8CEI3 Gm7334-201ENSMUST00000061681 1356 ntAPPRIS P1 BASIC26.1■■□□□ 1.77
Ccdc28aQ8CEI3 Dtnb-203ENSMUST00000164578 2355 ntTSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
Ccdc28aQ8CEI3 Gm5814-201ENSMUST00000177586 378 ntAPPRIS P1 BASIC26.09■■□□□ 1.77
Ccdc28aQ8CEI3 Zswim6-201ENSMUST00000105097 5456 ntTSL 5 BASIC26.09■■□□□ 1.77
Ccdc28aQ8CEI3 Ppp1cc-201ENSMUST00000086294 1442 ntTSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
Ccdc28aQ8CEI3 Klhl35-201ENSMUST00000037359 1954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
Ccdc28aQ8CEI3 Ywhaq-202ENSMUST00000103002 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.76
Ccdc28aQ8CEI3 Galnt12-202ENSMUST00000107744 2077 ntTSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
Ccdc28aQ8CEI3 Bok-201ENSMUST00000027499 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
Ccdc28aQ8CEI3 Ranbp1-202ENSMUST00000115645 1085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
Ccdc28aQ8CEI3 Tcf15-201ENSMUST00000089112 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
Ccdc28aQ8CEI3 Irx4-201ENSMUST00000022095 2589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 15.3 ms