Protein–RNA interactions for Protein: Q62226

Shh, Sonic hedgehog protein, mousemouse

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ShhQ62226 Rab22a-202ENSMUST00000109110 849 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
ShhQ62226 C2cd4d-201ENSMUST00000169433 1321 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.57■■□□□ 1.36
ShhQ62226 Gm29254-202ENSMUST00000189302 883 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
ShhQ62226 Cenpv-201ENSMUST00000018653 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
ShhQ62226 Gm5601-202ENSMUST00000207161 1437 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
ShhQ62226 Gm12523-201ENSMUST00000148844 599 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
ShhQ62226 A330023F24Rik-201ENSMUST00000181226 955 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
ShhQ62226 Mapk3-202ENSMUST00000057669 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
ShhQ62226 Capns1-201ENSMUST00000001845 1600 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
ShhQ62226 Nrg3-202ENSMUST00000168810 2175 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
ShhQ62226 Dapk3-209ENSMUST00000219850 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
ShhQ62226 Evx2-202ENSMUST00000173623 1428 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
ShhQ62226 Dedd-201ENSMUST00000064950 1618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
ShhQ62226 Nectin3-203ENSMUST00000096052 1746 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
ShhQ62226 Ap1ar-210ENSMUST00000200409 2580 ntTSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
ShhQ62226 Ythdf1-202ENSMUST00000108876 2272 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
ShhQ62226 Prelid3b-201ENSMUST00000016401 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
ShhQ62226 Qrich1-209ENSMUST00000194385 975 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
ShhQ62226 Fbxo6-201ENSMUST00000030858 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
ShhQ62226 Uba52-207ENSMUST00000140679 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
ShhQ62226 BC037032-205ENSMUST00000187080 508 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
ShhQ62226 Orai1-201ENSMUST00000051016 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
ShhQ62226 Tsen34-203ENSMUST00000108629 1238 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
ShhQ62226 Crlf1-201ENSMUST00000008032 1644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
ShhQ62226 Rab7-204ENSMUST00000113598 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
ShhQ62226 Cetn4-202ENSMUST00000075537 762 ntTSL 3 BASIC23.43■■□□□ 1.34
ShhQ62226 Tspan3-201ENSMUST00000034876 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
ShhQ62226 Tpm1-216ENSMUST00000113707 1898 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
ShhQ62226 Raly-204ENSMUST00000116389 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
ShhQ62226 Abhd17a-201ENSMUST00000003436 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
ShhQ62226 Pfn2-202ENSMUST00000119344 1879 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
ShhQ62226 Syt7-201ENSMUST00000073899 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
ShhQ62226 Macrod2-205ENSMUST00000110063 845 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
ShhQ62226 Fam117a-201ENSMUST00000037502 2317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
ShhQ62226 Spata1-201ENSMUST00000029839 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
ShhQ62226 Bcl7c-207ENSMUST00000207019 654 ntTSL 3 BASIC23.35■■□□□ 1.33
ShhQ62226 Tnfsfm13-202ENSMUST00000174159 1470 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
ShhQ62226 Kcnmb4os2-201ENSMUST00000080943 1571 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
ShhQ62226 1810026B05Rik-202ENSMUST00000184554 782 ntTSL 3 BASIC23.34■■□□□ 1.33
ShhQ62226 Cnot6l-203ENSMUST00000122003 2089 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
ShhQ62226 Tnfsf12-202ENSMUST00000181810 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
ShhQ62226 Gm17110-201ENSMUST00000171248 735 ntTSL 3 BASIC23.31■■□□□ 1.32
ShhQ62226 March2-205ENSMUST00000173015 1418 ntTSL 3 BASIC23.31■■□□□ 1.32
ShhQ62226 Dhrs13-203ENSMUST00000122342 1791 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
ShhQ62226 AC153504.1-201ENSMUST00000218379 2290 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
ShhQ62226 Lactb-201ENSMUST00000034929 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
ShhQ62226 Macrod1-201ENSMUST00000040261 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
ShhQ62226 Tgfbr1-205ENSMUST00000126171 1829 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
ShhQ62226 Ccz1-201ENSMUST00000031621 1769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
ShhQ62226 Slc16a6-203ENSMUST00000070872 2354 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
ShhQ62226 1810026B05Rik-206ENSMUST00000187421 519 ntTSL 3 BASIC23.26■■□□□ 1.31
ShhQ62226 Zfyve21-201ENSMUST00000021714 1308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
ShhQ62226 Trp53rkb-202ENSMUST00000065753 1375 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
ShhQ62226 Gm9939-201ENSMUST00000067161 1154 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
ShhQ62226 Ryk-203ENSMUST00000175883 2505 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
ShhQ62226 Noxo1-201ENSMUST00000019464 2238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
ShhQ62226 Dmwd-201ENSMUST00000032570 2494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
ShhQ62226 Tmem243-201ENSMUST00000115365 1040 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
ShhQ62226 Naa20-201ENSMUST00000002805 1172 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
ShhQ62226 Rab40c-201ENSMUST00000026826 2466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
ShhQ62226 Cyp26a1-201ENSMUST00000025946 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
ShhQ62226 Reps1-206ENSMUST00000154718 2402 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
ShhQ62226 Gm24970-201ENSMUST00000175582 82 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
ShhQ62226 Rhobtb3-202ENSMUST00000109606 1676 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
ShhQ62226 Mtch1-201ENSMUST00000095427 1922 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
ShhQ62226 Gm8503-201ENSMUST00000118131 455 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
ShhQ62226 4930542C12Rik-201ENSMUST00000171096 1203 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
ShhQ62226 Ldb1-206ENSMUST00000152946 2108 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
ShhQ62226 Raly-202ENSMUST00000058089 1747 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
ShhQ62226 Plpp2-201ENSMUST00000063879 1654 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
ShhQ62226 Ywhaz-204ENSMUST00000110362 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
ShhQ62226 Tlx1-201ENSMUST00000026236 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
ShhQ62226 Stard3nl-210ENSMUST00000222869 1030 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
ShhQ62226 Stradb-202ENSMUST00000114296 1348 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
ShhQ62226 C530008M17Rik-201ENSMUST00000086909 1844 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
ShhQ62226 Ring1-201ENSMUST00000025183 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
ShhQ62226 Phf10-201ENSMUST00000024657 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
ShhQ62226 Gm45716-202ENSMUST00000134929 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
ShhQ62226 Reep6-203ENSMUST00000105355 2127 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
ShhQ62226 Reep6-204ENSMUST00000105357 2127 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
ShhQ62226 Anapc11-202ENSMUST00000093140 962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
ShhQ62226 Hoxa13-203ENSMUST00000147595 2395 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
ShhQ62226 Cxxc4-203ENSMUST00000181904 5694 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
ShhQ62226 Lmo2-201ENSMUST00000111139 1434 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
ShhQ62226 Ric1-206ENSMUST00000162184 2157 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
ShhQ62226 Ccdc9-202ENSMUST00000118976 2175 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
ShhQ62226 Tpst1-201ENSMUST00000040721 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
ShhQ62226 Gm6821-201ENSMUST00000107540 542 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
ShhQ62226 Gkap1-201ENSMUST00000091579 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
ShhQ62226 Sept11-208ENSMUST00000202308 1792 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
ShhQ62226 Eif5a-201ENSMUST00000043419 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
ShhQ62226 Scx-201ENSMUST00000043089 1136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
ShhQ62226 Ywhah-201ENSMUST00000019109 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
ShhQ62226 Ebag9-203ENSMUST00000227691 1945 ntAPPRIS P1 BASIC23■■□□□ 1.27
ShhQ62226 Akt1s1-202ENSMUST00000107880 1757 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
ShhQ62226 Traf4-201ENSMUST00000017530 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
ShhQ62226 Fbll1-201ENSMUST00000160726 1503 ntAPPRIS P1 BASIC22.99■■□□□ 1.27
ShhQ62226 Smad7-202ENSMUST00000168918 1882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
ShhQ62226 Fam136a-201ENSMUST00000071492 1643 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
ShhQ62226 Dtnbp1-202ENSMUST00000110128 1305 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 32.5 ms