Protein–RNA interactions for Protein: Q61164

Ctcf, Transcriptional repressor CTCF, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 736 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CtcfQ61164 Rab2a-201ENSMUST00000060232 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
CtcfQ61164 Akt1s1-202ENSMUST00000107880 1757 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
CtcfQ61164 Gnas-207ENSMUST00000109085 1789 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
CtcfQ61164 Irx4-201ENSMUST00000022095 2589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
CtcfQ61164 Gm26115-201ENSMUST00000175605 87 ntBASIC27.64■■■□□ 2.02
CtcfQ61164 Ssx2ip-202ENSMUST00000106149 2416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
CtcfQ61164 Kdm2a-203ENSMUST00000116571 2413 ntTSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
CtcfQ61164 Ssbp3-202ENSMUST00000072753 1924 ntTSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
CtcfQ61164 Mpp6-203ENSMUST00000166318 2222 ntTSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
CtcfQ61164 Syt7-201ENSMUST00000073899 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
CtcfQ61164 Mkrn1-202ENSMUST00000051671 1511 ntTSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
CtcfQ61164 Ppp1cc-201ENSMUST00000086294 1442 ntTSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
CtcfQ61164 Plekha3-201ENSMUST00000111920 2534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
CtcfQ61164 Zfp787-201ENSMUST00000094870 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
CtcfQ61164 Ryk-201ENSMUST00000035142 2852 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
CtcfQ61164 Cxxc4-203ENSMUST00000181904 5694 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.6■■■□□ 2.01
CtcfQ61164 Smarcc1-203ENSMUST00000197480 1949 ntTSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
CtcfQ61164 Lmo2-201ENSMUST00000111139 1434 ntTSL 5 BASIC27.58■■■□□ 2.01
CtcfQ61164 Maf-201ENSMUST00000069009 3223 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
CtcfQ61164 Olfm1-203ENSMUST00000102879 1072 ntTSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
CtcfQ61164 4921531C22Rik-201ENSMUST00000150145 1905 ntTSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
CtcfQ61164 Arl2bp-201ENSMUST00000034228 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
CtcfQ61164 Hdgf-201ENSMUST00000005017 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
CtcfQ61164 Runx3-202ENSMUST00000119564 1855 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
CtcfQ61164 Rcor2-201ENSMUST00000066646 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
CtcfQ61164 Gsk3a-202ENSMUST00000108411 2248 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.56■■■□□ 2
CtcfQ61164 Fam136a-201ENSMUST00000071492 1643 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
CtcfQ61164 Pfdn2-202ENSMUST00000135941 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
CtcfQ61164 Ppp1r14c-202ENSMUST00000217573 2013 ntTSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
CtcfQ61164 Fbll1-201ENSMUST00000160726 1503 ntAPPRIS P1 BASIC27.53■■■□□ 2
CtcfQ61164 Clk2-203ENSMUST00000121931 2112 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.53■■■□□ 2
CtcfQ61164 Rab40c-209ENSMUST00000179998 2456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.52■■■□□ 2
CtcfQ61164 Vsig8-202ENSMUST00000177086 1519 ntTSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
CtcfQ61164 Mrps7-201ENSMUST00000058109 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
CtcfQ61164 Fcnaos-201ENSMUST00000127642 1351 ntTSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
CtcfQ61164 Kcnmb4os2-201ENSMUST00000080943 1571 ntTSL 5 BASIC27.51■■□□□ 1.99
CtcfQ61164 Lemd2-201ENSMUST00000055117 2595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
CtcfQ61164 Sept11-208ENSMUST00000202308 1792 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.5■■□□□ 1.99
CtcfQ61164 Dpf1-204ENSMUST00000108231 2040 ntTSL 5 BASIC27.48■■□□□ 1.99
CtcfQ61164 Susd4-202ENSMUST00000153348 1898 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.47■■□□□ 1.99
CtcfQ61164 Paip1-203ENSMUST00000126957 1731 ntTSL 5 BASIC27.46■■□□□ 1.99
CtcfQ61164 B4galt7-202ENSMUST00000100764 2195 ntTSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.99
CtcfQ61164 Mfsd5-201ENSMUST00000051341 1742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.99
CtcfQ61164 En1-201ENSMUST00000079721 2624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
CtcfQ61164 Gkap1-201ENSMUST00000091579 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
CtcfQ61164 Hnrnpd-202ENSMUST00000072750 1537 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.43■■□□□ 1.98
CtcfQ61164 St6galnac6-204ENSMUST00000095045 2536 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
CtcfQ61164 Sap30l-201ENSMUST00000020826 1151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
CtcfQ61164 Homer3-202ENSMUST00000087467 880 ntTSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
CtcfQ61164 Dtnb-211ENSMUST00000173240 2218 ntTSL 5 BASIC27.42■■□□□ 1.98
CtcfQ61164 Phf23-205ENSMUST00000135814 2214 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
CtcfQ61164 Peli2-204ENSMUST00000226513 1320 ntBASIC27.39■■□□□ 1.97
CtcfQ61164 Gm6345-201ENSMUST00000180378 1691 ntBASIC27.38■■□□□ 1.97
CtcfQ61164 Clk2-201ENSMUST00000090927 2128 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
CtcfQ61164 Nrep-202ENSMUST00000168890 2185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
CtcfQ61164 Gm30346-201ENSMUST00000218641 1699 ntBASIC27.36■■□□□ 1.97
CtcfQ61164 Mypop-203ENSMUST00000131087 1951 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.35■■□□□ 1.97
CtcfQ61164 Htra4-201ENSMUST00000084031 2180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
CtcfQ61164 Vdac3-202ENSMUST00000179233 1423 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
CtcfQ61164 Guf1-201ENSMUST00000031113 1769 ntTSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
CtcfQ61164 Btf3-201ENSMUST00000022163 1091 ntTSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
CtcfQ61164 Il17d-201ENSMUST00000089494 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
CtcfQ61164 Eif4e2-203ENSMUST00000113230 1569 ntTSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
CtcfQ61164 Klhl25-205ENSMUST00000206019 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
CtcfQ61164 Tmed7-203ENSMUST00000151189 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
CtcfQ61164 Arhgap22-201ENSMUST00000111955 2148 ntTSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
CtcfQ61164 Rab22a-202ENSMUST00000109110 849 ntTSL 5 BASIC27.3■■□□□ 1.96
CtcfQ61164 Fam69b-201ENSMUST00000074240 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
CtcfQ61164 Efemp2-201ENSMUST00000070118 1781 ntTSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
CtcfQ61164 Ube2f-202ENSMUST00000171112 1547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
CtcfQ61164 Gm960-202ENSMUST00000177696 2262 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.28■■□□□ 1.96
CtcfQ61164 Dapk3-202ENSMUST00000178422 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
CtcfQ61164 Cebpb-201ENSMUST00000070642 1504 ntAPPRIS P1 BASIC27.27■■□□□ 1.96
CtcfQ61164 Tcf15-201ENSMUST00000089112 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
CtcfQ61164 Rras2-201ENSMUST00000069449 2275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
CtcfQ61164 2410017I17Rik-202ENSMUST00000090537 2053 ntTSL 2 BASIC27.26■■□□□ 1.95
CtcfQ61164 Snf8-202ENSMUST00000107700 849 ntTSL 2 BASIC27.26■■□□□ 1.95
CtcfQ61164 Galnt12-202ENSMUST00000107744 2077 ntTSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
CtcfQ61164 Phlda1-201ENSMUST00000164773 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
CtcfQ61164 Gm26566-201ENSMUST00000181601 1038 ntAPPRIS P1 BASIC27.25■■□□□ 1.95
CtcfQ61164 Dazap1-201ENSMUST00000092305 1994 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
CtcfQ61164 Dtnb-203ENSMUST00000164578 2355 ntTSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
CtcfQ61164 Rundc3a-204ENSMUST00000107105 1861 ntTSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
CtcfQ61164 Rtn2-201ENSMUST00000032559 1990 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
CtcfQ61164 Grb2-202ENSMUST00000106495 2041 ntTSL 5 BASIC27.21■■□□□ 1.95
CtcfQ61164 Ywhaq-202ENSMUST00000103002 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
CtcfQ61164 Ube2m-201ENSMUST00000005714 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
CtcfQ61164 Gm17494-201ENSMUST00000072769 1800 ntTSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
CtcfQ61164 Fxyd1-205ENSMUST00000205439 535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.17■■□□□ 1.94
CtcfQ61164 Rgs7-206ENSMUST00000194555 2431 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
CtcfQ61164 Caap1-201ENSMUST00000030313 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
CtcfQ61164 Cldn10-203ENSMUST00000100314 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
CtcfQ61164 Bok-201ENSMUST00000027499 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
CtcfQ61164 Dcaf15-202ENSMUST00000210279 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
CtcfQ61164 Cetn4-201ENSMUST00000071400 1808 ntTSL 5 BASIC27.13■■□□□ 1.93
CtcfQ61164 Orai1-201ENSMUST00000051016 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
CtcfQ61164 Stau2-210ENSMUST00000149320 2214 ntTSL 5 BASIC27.13■■□□□ 1.93
CtcfQ61164 Pdia5-201ENSMUST00000023550 1808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
CtcfQ61164 Reep6-202ENSMUST00000105354 2208 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
CtcfQ61164 Reep6-205ENSMUST00000105358 2208 ntTSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 17.1 ms