Protein–RNA interactions for Protein: Q9ERG0

Lima1, LIM domain and actin-binding protein 1, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 753 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Lima1Q9ERG0 Noxo1-201ENSMUST00000019464 2238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
Lima1Q9ERG0 Hexdc-202ENSMUST00000106117 2149 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
Lima1Q9ERG0 Aes-201ENSMUST00000002518 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
Lima1Q9ERG0 Tmem59-201ENSMUST00000030361 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
Lima1Q9ERG0 Fam117a-201ENSMUST00000037502 2317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
Lima1Q9ERG0 Pwwp2a-202ENSMUST00000094294 1814 ntTSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
Lima1Q9ERG0 Nucks1-203ENSMUST00000189946 2375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
Lima1Q9ERG0 Galnt12-201ENSMUST00000045041 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
Lima1Q9ERG0 Dazap1-203ENSMUST00000105362 2081 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
Lima1Q9ERG0 Gm6206-201ENSMUST00000133472 2199 ntBASIC25.55■■□□□ 1.68
Lima1Q9ERG0 Cyp26a1-201ENSMUST00000025946 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
Lima1Q9ERG0 Tpm1-216ENSMUST00000113707 1898 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
Lima1Q9ERG0 Ildr2-207ENSMUST00000195557 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
Lima1Q9ERG0 Gm9905-201ENSMUST00000065740 1845 ntBASIC25.53■■□□□ 1.68
Lima1Q9ERG0 Mtch1-201ENSMUST00000095427 1922 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
Lima1Q9ERG0 Pfn2-202ENSMUST00000119344 1879 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
Lima1Q9ERG0 Bzw1-202ENSMUST00000186949 1492 ntTSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
Lima1Q9ERG0 Tpst1-201ENSMUST00000040721 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
Lima1Q9ERG0 Traf4-201ENSMUST00000017530 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
Lima1Q9ERG0 Mef2a-201ENSMUST00000032776 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
Lima1Q9ERG0 Casp9-202ENSMUST00000097805 1498 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
Lima1Q9ERG0 Rtn2-201ENSMUST00000032559 1990 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
Lima1Q9ERG0 Carnmt1-201ENSMUST00000025632 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
Lima1Q9ERG0 Mafa-201ENSMUST00000062002 1080 ntAPPRIS P1 BASIC25.33■■□□□ 1.65
Lima1Q9ERG0 Rab2a-201ENSMUST00000060232 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.64
Lima1Q9ERG0 Nrep-202ENSMUST00000168890 2185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
Lima1Q9ERG0 B430219N15Rik-202ENSMUST00000180853 1105 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
Lima1Q9ERG0 Ppp1r3e-202ENSMUST00000177403 1957 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
Lima1Q9ERG0 Micu3-201ENSMUST00000068999 2219 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
Lima1Q9ERG0 Ric1-206ENSMUST00000162184 2157 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
Lima1Q9ERG0 Lactb-201ENSMUST00000034929 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
Lima1Q9ERG0 En1-201ENSMUST00000079721 2624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
Lima1Q9ERG0 Svbp-202ENSMUST00000097908 832 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
Lima1Q9ERG0 Kctd9-204ENSMUST00000150768 1302 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
Lima1Q9ERG0 Ppp1r14c-202ENSMUST00000217573 2013 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
Lima1Q9ERG0 Mbd3-204ENSMUST00000105349 1566 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
Lima1Q9ERG0 Tmem189-201ENSMUST00000006587 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
Lima1Q9ERG0 Cldnd1-201ENSMUST00000023426 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
Lima1Q9ERG0 Gm45716-202ENSMUST00000134929 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
Lima1Q9ERG0 Mbd2-202ENSMUST00000114946 1290 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
Lima1Q9ERG0 Raly-204ENSMUST00000116389 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
Lima1Q9ERG0 Nectin3-203ENSMUST00000096052 1746 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
Lima1Q9ERG0 Gltp-201ENSMUST00000012028 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
Lima1Q9ERG0 Galnt10-202ENSMUST00000108846 1745 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
Lima1Q9ERG0 AL845457.1-201ENSMUST00000197244 68 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
Lima1Q9ERG0 Ube2q2-202ENSMUST00000121677 1680 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
Lima1Q9ERG0 Gsk3a-201ENSMUST00000071739 2260 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
Lima1Q9ERG0 Ctbp1-201ENSMUST00000079746 2279 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
Lima1Q9ERG0 Ywhah-201ENSMUST00000019109 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
Lima1Q9ERG0 Ebag9-203ENSMUST00000227691 1945 ntAPPRIS P1 BASIC25.19■■□□□ 1.62
Lima1Q9ERG0 Gm43445-201ENSMUST00000198564 2091 ntBASIC25.19■■□□□ 1.62
Lima1Q9ERG0 Htra4-201ENSMUST00000084031 2180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
Lima1Q9ERG0 Plekha3-201ENSMUST00000111920 2534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
Lima1Q9ERG0 BC030336-205ENSMUST00000208454 813 ntTSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
Lima1Q9ERG0 Ubtd2-201ENSMUST00000051053 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
Lima1Q9ERG0 Tspan3-201ENSMUST00000034876 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
Lima1Q9ERG0 Fcho2-203ENSMUST00000109403 1523 ntTSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
Lima1Q9ERG0 Ilk-201ENSMUST00000033182 1795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
Lima1Q9ERG0 Cbln1-201ENSMUST00000034076 2800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
Lima1Q9ERG0 Smad7-202ENSMUST00000168918 1882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
Lima1Q9ERG0 Ssbp3-203ENSMUST00000097934 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
Lima1Q9ERG0 Kdm2a-203ENSMUST00000116571 2413 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
Lima1Q9ERG0 Ttc19-202ENSMUST00000101075 2193 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
Lima1Q9ERG0 Zfp787-201ENSMUST00000094870 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
Lima1Q9ERG0 Gm17082-201ENSMUST00000166043 1091 ntBASIC25.11■■□□□ 1.61
Lima1Q9ERG0 Hoxa13-203ENSMUST00000147595 2395 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
Lima1Q9ERG0 Bcl7c-201ENSMUST00000061468 1132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
Lima1Q9ERG0 Arl2bp-201ENSMUST00000034228 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
Lima1Q9ERG0 Ino80b-201ENSMUST00000032109 1038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
Lima1Q9ERG0 Mapk14-205ENSMUST00000114758 1581 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
Lima1Q9ERG0 Ring1-201ENSMUST00000025183 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
Lima1Q9ERG0 Chrna5-204ENSMUST00000217408 2446 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
Lima1Q9ERG0 Phf10-201ENSMUST00000024657 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
Lima1Q9ERG0 Cldn10-203ENSMUST00000100314 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
Lima1Q9ERG0 Slc25a28-201ENSMUST00000046038 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
Lima1Q9ERG0 Grasp-201ENSMUST00000000543 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
Lima1Q9ERG0 Raly-201ENSMUST00000029120 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
Lima1Q9ERG0 Rnf220-212ENSMUST00000221654 1949 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
Lima1Q9ERG0 Ssx2ip-202ENSMUST00000106149 2416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
Lima1Q9ERG0 Ebf4-203ENSMUST00000110288 2982 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
Lima1Q9ERG0 Rhobtb3-202ENSMUST00000109606 1676 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
Lima1Q9ERG0 Ildr2-205ENSMUST00000193860 2320 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
Lima1Q9ERG0 Plin1-206ENSMUST00000205915 2817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
Lima1Q9ERG0 Grk2-210ENSMUST00000171123 1439 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
Lima1Q9ERG0 Nkx1-1-201ENSMUST00000173348 1209 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
Lima1Q9ERG0 Clec2l-201ENSMUST00000114874 1428 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
Lima1Q9ERG0 Enho-201ENSMUST00000127306 1269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
Lima1Q9ERG0 Gm27322-201ENSMUST00000184007 104 ntBASIC24.99■■□□□ 1.59
Lima1Q9ERG0 Shf-201ENSMUST00000048635 1431 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
Lima1Q9ERG0 Mapk3-201ENSMUST00000050201 1267 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.98■■□□□ 1.59
Lima1Q9ERG0 Amer2-203ENSMUST00000225247 2662 ntBASIC24.98■■□□□ 1.59
Lima1Q9ERG0 Mipep-204ENSMUST00000225043 1548 ntBASIC24.97■■□□□ 1.59
Lima1Q9ERG0 Prelid3b-201ENSMUST00000016401 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
Lima1Q9ERG0 Pfdn2-202ENSMUST00000135941 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
Lima1Q9ERG0 Lemd2-201ENSMUST00000055117 2595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
Lima1Q9ERG0 Gm26115-201ENSMUST00000175605 87 ntBASIC24.92■■□□□ 1.58
Lima1Q9ERG0 Gm8066-201ENSMUST00000197762 485 ntTSL 3 BASIC24.92■■□□□ 1.58
Lima1Q9ERG0 Arhgap22-201ENSMUST00000111955 2148 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
Lima1Q9ERG0 Mapk3-202ENSMUST00000057669 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
Lima1Q9ERG0 Rragc-201ENSMUST00000030399 2593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 36.1 ms