Protein–RNA interactions for Protein: Q9CWT6

Ddx28, Probable ATP-dependent RNA helicase DDX28, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 540 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ddx28Q9CWT6 Raly-203ENSMUST00000109701 1709 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
Ddx28Q9CWT6 Bcl7c-201ENSMUST00000061468 1132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
Ddx28Q9CWT6 Sh3rf1-201ENSMUST00000034060 5479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
Ddx28Q9CWT6 Gm26115-201ENSMUST00000175605 87 ntBASIC23.9■■□□□ 1.42
Ddx28Q9CWT6 E2f4-201ENSMUST00000015003 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
Ddx28Q9CWT6 Ube2q2-202ENSMUST00000121677 1680 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.41
Ddx28Q9CWT6 Upp2-202ENSMUST00000071543 2150 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
Ddx28Q9CWT6 Ino80b-201ENSMUST00000032109 1038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
Ddx28Q9CWT6 Nrep-202ENSMUST00000168890 2185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
Ddx28Q9CWT6 Ilk-201ENSMUST00000033182 1795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
Ddx28Q9CWT6 Ubtd2-201ENSMUST00000051053 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
Ddx28Q9CWT6 AC153504.1-201ENSMUST00000218379 2290 ntBASIC23.84■■□□□ 1.41
Ddx28Q9CWT6 Gm42517-201ENSMUST00000197216 1850 ntAPPRIS P1 BASIC23.83■■□□□ 1.41
Ddx28Q9CWT6 Rtn2-201ENSMUST00000032559 1990 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
Ddx28Q9CWT6 Gm17082-201ENSMUST00000166043 1091 ntBASIC23.81■■□□□ 1.4
Ddx28Q9CWT6 Ppp2r2d-201ENSMUST00000041097 2081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
Ddx28Q9CWT6 Shf-201ENSMUST00000048635 1431 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
Ddx28Q9CWT6 Rbfox2-201ENSMUST00000048145 1720 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
Ddx28Q9CWT6 Mapk14-205ENSMUST00000114758 1581 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
Ddx28Q9CWT6 Tmco6-201ENSMUST00000007046 1817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
Ddx28Q9CWT6 Slc25a28-201ENSMUST00000046038 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
Ddx28Q9CWT6 Olfm1-203ENSMUST00000102879 1072 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
Ddx28Q9CWT6 Jag2-201ENSMUST00000075827 5106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
Ddx28Q9CWT6 Gm8109-201ENSMUST00000194076 746 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
Ddx28Q9CWT6 Mon2-207ENSMUST00000219203 1844 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
Ddx28Q9CWT6 C330011M18Rik-201ENSMUST00000071067 1849 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
Ddx28Q9CWT6 Mipep-204ENSMUST00000225043 1548 ntBASIC23.74■■□□□ 1.39
Ddx28Q9CWT6 Gm2415-204ENSMUST00000190235 2004 ntBASIC23.74■■□□□ 1.39
Ddx28Q9CWT6 Grk2-210ENSMUST00000171123 1439 ntTSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
Ddx28Q9CWT6 Mef2a-201ENSMUST00000032776 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
Ddx28Q9CWT6 Dlg1-203ENSMUST00000100001 4711 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
Ddx28Q9CWT6 Nkx1-1-201ENSMUST00000173348 1209 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
Ddx28Q9CWT6 En1-201ENSMUST00000079721 2624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
Ddx28Q9CWT6 Pwwp2a-202ENSMUST00000094294 1814 ntTSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.39
Ddx28Q9CWT6 Mapk3-201ENSMUST00000050201 1267 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.69■■□□□ 1.38
Ddx28Q9CWT6 Clec2l-201ENSMUST00000114874 1428 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
Ddx28Q9CWT6 Gm27322-201ENSMUST00000184007 104 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
Ddx28Q9CWT6 Zfp513-202ENSMUST00000114590 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
Ddx28Q9CWT6 Enho-201ENSMUST00000127306 1269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
Ddx28Q9CWT6 Gm8066-201ENSMUST00000197762 485 ntTSL 3 BASIC23.66■■□□□ 1.38
Ddx28Q9CWT6 Cnnm3-202ENSMUST00000097776 5292 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
Ddx28Q9CWT6 Fcho2-203ENSMUST00000109403 1523 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
Ddx28Q9CWT6 AC166822.3-201ENSMUST00000227394 661 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
Ddx28Q9CWT6 Ier5l-201ENSMUST00000065134 2683 ntAPPRIS P1 BASIC23.59■■□□□ 1.37
Ddx28Q9CWT6 Tmem59-201ENSMUST00000030361 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
Ddx28Q9CWT6 Gm6658-202ENSMUST00000209493 1885 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
Ddx28Q9CWT6 Maf-201ENSMUST00000069009 3223 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
Ddx28Q9CWT6 Rab2a-201ENSMUST00000060232 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
Ddx28Q9CWT6 Ssbp3-203ENSMUST00000097934 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
Ddx28Q9CWT6 Adap1-201ENSMUST00000110865 2557 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
Ddx28Q9CWT6 Ccm2-201ENSMUST00000000388 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
Ddx28Q9CWT6 Htra4-201ENSMUST00000084031 2180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
Ddx28Q9CWT6 Ildr2-207ENSMUST00000195557 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
Ddx28Q9CWT6 Zfp131-206ENSMUST00000223813 2561 ntAPPRIS P3 BASIC23.49■■□□□ 1.35
Ddx28Q9CWT6 Gm12184-201ENSMUST00000104959 1310 ntAPPRIS P1 BASIC23.48■■□□□ 1.35
Ddx28Q9CWT6 Gltp-201ENSMUST00000012028 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
Ddx28Q9CWT6 Gnaq-201ENSMUST00000025541 5644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
Ddx28Q9CWT6 Irx4-201ENSMUST00000022095 2589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
Ddx28Q9CWT6 Cenpv-201ENSMUST00000018653 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
Ddx28Q9CWT6 Chrna5-202ENSMUST00000213960 1737 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
Ddx28Q9CWT6 Cnnm3-201ENSMUST00000001166 5193 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
Ddx28Q9CWT6 Rnf130-202ENSMUST00000102776 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Ddx28Q9CWT6 Dapk3-209ENSMUST00000219850 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Ddx28Q9CWT6 Prelid3b-201ENSMUST00000016401 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
Ddx28Q9CWT6 Rab7-204ENSMUST00000113598 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
Ddx28Q9CWT6 Nectin3-203ENSMUST00000096052 1746 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
Ddx28Q9CWT6 Popdc3-202ENSMUST00000161803 1369 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
Ddx28Q9CWT6 Foxc1-201ENSMUST00000062292 5844 ntAPPRIS P1 BASIC23.38■■□□□ 1.33
Ddx28Q9CWT6 Hexdc-202ENSMUST00000106117 2149 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
Ddx28Q9CWT6 Irf2bp2-201ENSMUST00000054960 5080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
Ddx28Q9CWT6 Heca-201ENSMUST00000037879 5098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
Ddx28Q9CWT6 Tcf15-201ENSMUST00000089112 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
Ddx28Q9CWT6 Mapk3-202ENSMUST00000057669 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
Ddx28Q9CWT6 Tnfsfm13-202ENSMUST00000174159 1470 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
Ddx28Q9CWT6 Tpm1-216ENSMUST00000113707 1898 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
Ddx28Q9CWT6 Rnf130-201ENSMUST00000054684 1415 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
Ddx28Q9CWT6 Ppp1r14c-202ENSMUST00000217573 2013 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
Ddx28Q9CWT6 Cldn10-203ENSMUST00000100314 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
Ddx28Q9CWT6 Abhd17a-201ENSMUST00000003436 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
Ddx28Q9CWT6 Cbln1-201ENSMUST00000034076 2800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Ddx28Q9CWT6 Tnfsf12-202ENSMUST00000181810 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
Ddx28Q9CWT6 Pfn2-202ENSMUST00000119344 1879 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
Ddx28Q9CWT6 Ccz1-201ENSMUST00000031621 1769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
Ddx28Q9CWT6 Fam168b-201ENSMUST00000047534 5030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
Ddx28Q9CWT6 Raly-204ENSMUST00000116389 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
Ddx28Q9CWT6 Crlf1-201ENSMUST00000008032 1644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Ddx28Q9CWT6 Plekha3-201ENSMUST00000111920 2534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
Ddx28Q9CWT6 Tspan3-201ENSMUST00000034876 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
Ddx28Q9CWT6 Tmed7-203ENSMUST00000151189 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
Ddx28Q9CWT6 Ythdf1-202ENSMUST00000108876 2272 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
Ddx28Q9CWT6 Tgfbr1-205ENSMUST00000126171 1829 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
Ddx28Q9CWT6 Irak1-207ENSMUST00000114360 2441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
Ddx28Q9CWT6 Mkrn1-202ENSMUST00000051671 1511 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
Ddx28Q9CWT6 Rab22a-202ENSMUST00000109110 849 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
Ddx28Q9CWT6 Hoxc13-201ENSMUST00000001700 2461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
Ddx28Q9CWT6 Ankrd28-201ENSMUST00000014640 6712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
Ddx28Q9CWT6 Lactb-201ENSMUST00000034929 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
Ddx28Q9CWT6 Dhrs13-203ENSMUST00000122342 1791 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
Ddx28Q9CWT6 Rnf19b-201ENSMUST00000030584 2414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
Ddx28Q9CWT6 Il17d-201ENSMUST00000089494 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 13.8 ms