Protein–RNA interactions for Protein: Q3ULL6

Upf3b, UPF3 regulator of nonsense transcripts homolog B (yeast), mousemouse

Predictions only

Length 472 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Upf3bQ3ULL6 Mon2-207ENSMUST00000219203 1844 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
Upf3bQ3ULL6 Sap30l-201ENSMUST00000020826 1151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
Upf3bQ3ULL6 Popdc3-202ENSMUST00000161803 1369 ntTSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
Upf3bQ3ULL6 Snf8-202ENSMUST00000107700 849 ntTSL 2 BASIC28.05■■■□□ 2.08
Upf3bQ3ULL6 Ssbp3-203ENSMUST00000097934 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.04■■■□□ 2.08
Upf3bQ3ULL6 Gm26859-201ENSMUST00000181743 1852 ntTSL 5 BASIC28.03■■■□□ 2.08
Upf3bQ3ULL6 Dapk3-209ENSMUST00000219850 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
Upf3bQ3ULL6 C330011M18Rik-201ENSMUST00000071067 1849 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
Upf3bQ3ULL6 Homer3-202ENSMUST00000087467 880 ntTSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
Upf3bQ3ULL6 Gm2415-204ENSMUST00000190235 2004 ntBASIC28■■■□□ 2.07
Upf3bQ3ULL6 Ppp1cc-201ENSMUST00000086294 1442 ntTSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
Upf3bQ3ULL6 Gm42517-201ENSMUST00000197216 1850 ntAPPRIS P1 BASIC27.98■■■□□ 2.07
Upf3bQ3ULL6 Tmco6-201ENSMUST00000007046 1817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
Upf3bQ3ULL6 Mkrn1-202ENSMUST00000051671 1511 ntTSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
Upf3bQ3ULL6 Gm24804-201ENSMUST00000174982 85 ntBASIC27.93■■■□□ 2.06
Upf3bQ3ULL6 Tmem59-201ENSMUST00000030361 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
Upf3bQ3ULL6 Fxyd1-205ENSMUST00000205439 535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.88■■■□□ 2.05
Upf3bQ3ULL6 Crlf1-201ENSMUST00000008032 1644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
Upf3bQ3ULL6 Gltp-201ENSMUST00000012028 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
Upf3bQ3ULL6 Abhd17a-201ENSMUST00000003436 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
Upf3bQ3ULL6 Hspd1-201ENSMUST00000027123 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
Upf3bQ3ULL6 Hnrnpa0-201ENSMUST00000007980 2678 ntAPPRIS P1 BASIC27.85■■■□□ 2.05
Upf3bQ3ULL6 Ildr2-207ENSMUST00000195557 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
Upf3bQ3ULL6 Rab22a-202ENSMUST00000109110 849 ntTSL 5 BASIC27.83■■■□□ 2.05
Upf3bQ3ULL6 Prelid3b-201ENSMUST00000016401 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
Upf3bQ3ULL6 Btf3-201ENSMUST00000022163 1091 ntTSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
Upf3bQ3ULL6 Ndufaf6-201ENSMUST00000058183 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
Upf3bQ3ULL6 Vdac3-202ENSMUST00000179233 1423 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
Upf3bQ3ULL6 Syt7-201ENSMUST00000073899 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
Upf3bQ3ULL6 Gm6658-202ENSMUST00000209493 1885 ntBASIC27.8■■■□□ 2.04
Upf3bQ3ULL6 Tnfsf12-202ENSMUST00000181810 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
Upf3bQ3ULL6 Peli2-204ENSMUST00000226513 1320 ntBASIC27.78■■■□□ 2.04
Upf3bQ3ULL6 Mapk3-202ENSMUST00000057669 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
Upf3bQ3ULL6 Tnfsfm13-202ENSMUST00000174159 1470 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.76■■■□□ 2.04
Upf3bQ3ULL6 St3gal5-201ENSMUST00000069994 2258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.04
Upf3bQ3ULL6 Mapk13-201ENSMUST00000004986 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
Upf3bQ3ULL6 Nectin3-203ENSMUST00000096052 1746 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
Upf3bQ3ULL6 Dhrs13-203ENSMUST00000122342 1791 ntTSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
Upf3bQ3ULL6 Hoxd8-201ENSMUST00000019749 2634 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
Upf3bQ3ULL6 Ccm2-201ENSMUST00000000388 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
Upf3bQ3ULL6 Gm26566-201ENSMUST00000181601 1038 ntAPPRIS P1 BASIC27.69■■■□□ 2.02
Upf3bQ3ULL6 Maz-202ENSMUST00000205461 796 ntTSL 5 BASIC27.69■■■□□ 2.02
Upf3bQ3ULL6 Kcnmb4os2-201ENSMUST00000080943 1571 ntTSL 5 BASIC27.68■■■□□ 2.02
Upf3bQ3ULL6 Dnttip1-202ENSMUST00000109326 476 ntTSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
Upf3bQ3ULL6 Chrna5-202ENSMUST00000213960 1737 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
Upf3bQ3ULL6 Srp9-202ENSMUST00000111018 823 ntTSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
Upf3bQ3ULL6 Ccz1-201ENSMUST00000031621 1769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
Upf3bQ3ULL6 Tmeff1-201ENSMUST00000030032 2461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
Upf3bQ3ULL6 Mkrn1-203ENSMUST00000114822 751 ntTSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
Upf3bQ3ULL6 Exosc6-201ENSMUST00000210390 1326 ntAPPRIS P1 BASIC27.62■■■□□ 2.01
Upf3bQ3ULL6 Yif1b-202ENSMUST00000108237 1086 ntTSL 5 BASIC27.6■■■□□ 2.01
Upf3bQ3ULL6 Spata1-201ENSMUST00000029839 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
Upf3bQ3ULL6 Tgfbr1-205ENSMUST00000126171 1829 ntTSL 5 BASIC27.57■■■□□ 2
Upf3bQ3ULL6 Tspan3-201ENSMUST00000034876 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
Upf3bQ3ULL6 Nrg3-202ENSMUST00000168810 2175 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
Upf3bQ3ULL6 Rab7-204ENSMUST00000113598 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
Upf3bQ3ULL6 Vstm2l-201ENSMUST00000109523 1363 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
Upf3bQ3ULL6 Tpm1-216ENSMUST00000113707 1898 ntTSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
Upf3bQ3ULL6 Raly-204ENSMUST00000116389 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
Upf3bQ3ULL6 AI837181-202ENSMUST00000159759 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
Upf3bQ3ULL6 Coq10a-207ENSMUST00000220227 1434 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
Upf3bQ3ULL6 Zxdb-201ENSMUST00000101388 5619 ntAPPRIS P1 BASIC27.54■■■□□ 2
Upf3bQ3ULL6 Cgref1-201ENSMUST00000031051 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
Upf3bQ3ULL6 Gkap1-201ENSMUST00000091579 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
Upf3bQ3ULL6 Pfn2-202ENSMUST00000119344 1879 ntTSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
Upf3bQ3ULL6 Raly-202ENSMUST00000058089 1747 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
Upf3bQ3ULL6 Gm16148-201ENSMUST00000119653 893 ntBASIC27.47■■□□□ 1.99
Upf3bQ3ULL6 Adgrb2-207ENSMUST00000120204 5170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
Upf3bQ3ULL6 Gm5601-202ENSMUST00000207161 1437 ntTSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
Upf3bQ3ULL6 Lmo2-201ENSMUST00000111139 1434 ntTSL 5 BASIC27.44■■□□□ 1.98
Upf3bQ3ULL6 Rhobtb3-202ENSMUST00000109606 1676 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
Upf3bQ3ULL6 Sept11-208ENSMUST00000202308 1792 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.43■■□□□ 1.98
Upf3bQ3ULL6 Lactb-201ENSMUST00000034929 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
Upf3bQ3ULL6 Ap1ar-210ENSMUST00000200409 2580 ntTSL 5 BASIC27.41■■□□□ 1.98
Upf3bQ3ULL6 Sh3glb2-203ENSMUST00000113620 1694 ntTSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
Upf3bQ3ULL6 Ubl4a-207ENSMUST00000178691 1038 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.39■■□□□ 1.98
Upf3bQ3ULL6 Plpp2-201ENSMUST00000063879 1654 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.97
Upf3bQ3ULL6 Trp53rkb-202ENSMUST00000065753 1375 ntTSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
Upf3bQ3ULL6 Fam117a-201ENSMUST00000037502 2317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
Upf3bQ3ULL6 Orai1-201ENSMUST00000051016 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
Upf3bQ3ULL6 Vsig8-202ENSMUST00000177086 1519 ntTSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
Upf3bQ3ULL6 Hnrnpd-202ENSMUST00000072750 1537 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.36■■□□□ 1.97
Upf3bQ3ULL6 A530058N18Rik-201ENSMUST00000128469 646 ntTSL 2 BASIC27.36■■□□□ 1.97
Upf3bQ3ULL6 Tlx1-201ENSMUST00000026236 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
Upf3bQ3ULL6 Ythdf1-202ENSMUST00000108876 2272 ntTSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
Upf3bQ3ULL6 Ube2f-202ENSMUST00000171112 1547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
Upf3bQ3ULL6 Ranbp1-202ENSMUST00000115645 1085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
Upf3bQ3ULL6 Fbll1-201ENSMUST00000160726 1503 ntAPPRIS P1 BASIC27.31■■□□□ 1.96
Upf3bQ3ULL6 Reep6-203ENSMUST00000105355 2127 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
Upf3bQ3ULL6 Reep6-204ENSMUST00000105357 2127 ntTSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
Upf3bQ3ULL6 E330040D14Rik-201ENSMUST00000192299 1374 ntBASIC27.31■■□□□ 1.96
Upf3bQ3ULL6 Paip1-203ENSMUST00000126957 1731 ntTSL 5 BASIC27.3■■□□□ 1.96
Upf3bQ3ULL6 Phf10-201ENSMUST00000024657 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
Upf3bQ3ULL6 Ube2m-201ENSMUST00000005714 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
Upf3bQ3ULL6 Cyp26a1-201ENSMUST00000025946 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
Upf3bQ3ULL6 Bok-201ENSMUST00000027499 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
Upf3bQ3ULL6 Fam136a-201ENSMUST00000071492 1643 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
Upf3bQ3ULL6 Gm266-201ENSMUST00000010673 1215 ntAPPRIS P1 BASIC27.23■■□□□ 1.95
Upf3bQ3ULL6 Srsf9-201ENSMUST00000031513 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
Upf3bQ3ULL6 Fcnaos-201ENSMUST00000127642 1351 ntTSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 14.7 ms