Protein–RNA interactions for Protein: Q61164

Ctcf, Transcriptional repressor CTCF, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 736 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CtcfQ61164 Gm5921-201ENSMUST00000075898 882 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
CtcfQ61164 1700105P06Rik-201ENSMUST00000186160 1772 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
CtcfQ61164 Eif2ak4-207ENSMUST00000110877 2134 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CtcfQ61164 Rasgrp2-206ENSMUST00000113472 2124 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CtcfQ61164 Dlg3-201ENSMUST00000000901 4885 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CtcfQ61164 Ntn5-202ENSMUST00000182750 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CtcfQ61164 Slc25a38-201ENSMUST00000035106 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CtcfQ61164 Zfp523-202ENSMUST00000073534 2654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CtcfQ61164 Ptov1-201ENSMUST00000046575 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CtcfQ61164 4930524J08Rik-201ENSMUST00000046721 603 ntAPPRIS P1 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CtcfQ61164 Amh-201ENSMUST00000036016 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CtcfQ61164 Tmem238-201ENSMUST00000168578 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CtcfQ61164 Mtfmt-201ENSMUST00000074792 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CtcfQ61164 Rasa1-201ENSMUST00000109552 4563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CtcfQ61164 Ncoa5-202ENSMUST00000121377 2930 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CtcfQ61164 Thap4-206ENSMUST00000190116 5558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CtcfQ61164 Stk3-202ENSMUST00000067033 2471 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CtcfQ61164 Cotl1-202ENSMUST00000168698 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CtcfQ61164 Runx2-207ENSMUST00000160673 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CtcfQ61164 Igf2bp2-201ENSMUST00000100052 3899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CtcfQ61164 Gdf7-202ENSMUST00000220073 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CtcfQ61164 Ap1ar-201ENSMUST00000051737 2662 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CtcfQ61164 Arhgap23-202ENSMUST00000107601 5450 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CtcfQ61164 Exoc3l2-201ENSMUST00000011407 2200 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CtcfQ61164 Gramd1a-201ENSMUST00000001280 2713 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CtcfQ61164 Rspo1-201ENSMUST00000030687 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CtcfQ61164 Fbxl17-201ENSMUST00000024761 4925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CtcfQ61164 Tedc1-201ENSMUST00000049271 2441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CtcfQ61164 Pcf11-204ENSMUST00000208058 461 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CtcfQ61164 AC158592.1-201ENSMUST00000215560 1113 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CtcfQ61164 Utp11-201ENSMUST00000030738 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CtcfQ61164 Fam216a-201ENSMUST00000031419 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
CtcfQ61164 Vwc2-201ENSMUST00000056344 1350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
CtcfQ61164 Sox12-202ENSMUST00000182625 4453 ntAPPRIS P1 BASIC22.08■■□□□ 1.12
CtcfQ61164 Suz12-201ENSMUST00000017692 4373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
CtcfQ61164 Kif27-203ENSMUST00000225388 5121 ntAPPRIS P1 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CtcfQ61164 Cdkn2d-203ENSMUST00000215619 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CtcfQ61164 Rims1-209ENSMUST00000218140 1434 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CtcfQ61164 Mgat2-201ENSMUST00000060579 2614 ntAPPRIS P1 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CtcfQ61164 Rabac1-201ENSMUST00000076961 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CtcfQ61164 Mark2-206ENSMUST00000164205 3104 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CtcfQ61164 Clasp2-211ENSMUST00000216817 2234 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CtcfQ61164 Lmbr1l-201ENSMUST00000023736 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CtcfQ61164 Fgfr2-217ENSMUST00000124096 2425 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CtcfQ61164 Ercc6l2-208ENSMUST00000144763 1820 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CtcfQ61164 Gm43566-201ENSMUST00000196851 808 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
CtcfQ61164 Pcmtd1-201ENSMUST00000061280 5232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CtcfQ61164 Rhbdd3-201ENSMUST00000036320 1790 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CtcfQ61164 3830408C21Rik-205ENSMUST00000225426 1898 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
CtcfQ61164 Ung-202ENSMUST00000102584 2136 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CtcfQ61164 Dusp26-201ENSMUST00000036631 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CtcfQ61164 Lacc1-201ENSMUST00000062789 2444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CtcfQ61164 Fndc4-201ENSMUST00000041266 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CtcfQ61164 Gm17324-201ENSMUST00000165499 922 ntAPPRIS P1 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CtcfQ61164 E4f1-201ENSMUST00000056032 2574 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CtcfQ61164 Fzd2-201ENSMUST00000057893 3663 ntAPPRIS P1 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CtcfQ61164 Smim19-202ENSMUST00000163774 1435 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CtcfQ61164 Otud5-203ENSMUST00000115666 2471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CtcfQ61164 Hoxc11-201ENSMUST00000001701 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CtcfQ61164 Tpm1-212ENSMUST00000113696 1714 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CtcfQ61164 Psmg1-202ENSMUST00000117044 807 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CtcfQ61164 Atoh8-201ENSMUST00000042646 2355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CtcfQ61164 Kdm3b-201ENSMUST00000043775 6363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CtcfQ61164 Med16-204ENSMUST00000165684 2950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CtcfQ61164 March2-203ENSMUST00000172767 1381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CtcfQ61164 Tmem79-202ENSMUST00000107552 2063 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CtcfQ61164 Tmem64-201ENSMUST00000062684 4670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CtcfQ61164 Tpst2-201ENSMUST00000031287 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CtcfQ61164 Mroh6-201ENSMUST00000184858 2216 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CtcfQ61164 Sybu-208ENSMUST00000228057 3026 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CtcfQ61164 Enah-203ENSMUST00000111025 3385 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CtcfQ61164 Vegfa-211ENSMUST00000167860 975 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CtcfQ61164 Gm18190-203ENSMUST00000209944 389 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CtcfQ61164 Vegfa-213ENSMUST00000217017 1179 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CtcfQ61164 Zfp746-203ENSMUST00000203609 3648 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CtcfQ61164 Fpgs-201ENSMUST00000028148 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CtcfQ61164 Zbtb7a-203ENSMUST00000119606 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CtcfQ61164 Rem1-201ENSMUST00000000369 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CtcfQ61164 Dtnb-216ENSMUST00000173736 2175 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CtcfQ61164 Spock1-204ENSMUST00000186271 2005 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CtcfQ61164 Scarb1-201ENSMUST00000086075 2521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CtcfQ61164 Clta-206ENSMUST00000170241 1079 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CtcfQ61164 Gm29735-201ENSMUST00000209599 660 ntAPPRIS P1 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CtcfQ61164 Zbed3-202ENSMUST00000221807 1945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CtcfQ61164 Mreg-201ENSMUST00000048860 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CtcfQ61164 Zdhhc14-201ENSMUST00000089185 3115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CtcfQ61164 Hcn4-201ENSMUST00000034889 6118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CtcfQ61164 Fzd8-201ENSMUST00000041080 3346 ntAPPRIS P1 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CtcfQ61164 Rab5c-201ENSMUST00000019317 1967 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CtcfQ61164 Ehmt2-201ENSMUST00000013931 4026 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CtcfQ61164 4930524B15Rik-201ENSMUST00000102829 2000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CtcfQ61164 Zbed3-201ENSMUST00000045909 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CtcfQ61164 Rasef-203ENSMUST00000222414 2127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
CtcfQ61164 Celf6-202ENSMUST00000118164 1583 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CtcfQ61164 Agtpbp1-222ENSMUST00000171606 3037 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CtcfQ61164 Mtfr1l-201ENSMUST00000102550 2025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CtcfQ61164 Gpatch3-201ENSMUST00000030662 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CtcfQ61164 Akt1s1-204ENSMUST00000107885 1812 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CtcfQ61164 Surf4-201ENSMUST00000015011 3281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CtcfQ61164 Dgat1-201ENSMUST00000023214 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 55.2 ms