Protein–RNA interactions for Protein: Q9CQ56

Use1, Vesicle transport protein USE1, mousemouse

Predictions only

Length 270 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Use1Q9CQ56 Sptbn4-207ENSMUST00000172269 8737 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
Use1Q9CQ56 Cdkl3-210ENSMUST00000121591 2387 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
Use1Q9CQ56 Pkmyt1-201ENSMUST00000024701 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
Use1Q9CQ56 Rell2-210ENSMUST00000176104 2150 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
Use1Q9CQ56 Cacnb1-205ENSMUST00000107562 1745 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
Use1Q9CQ56 Purb-201ENSMUST00000179343 8319 ntAPPRIS P1 BASIC19.15■□□□□ 0.66
Use1Q9CQ56 K230010J24Rik-204ENSMUST00000187868 1810 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
Use1Q9CQ56 Hhex-201ENSMUST00000025944 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
Use1Q9CQ56 Pnrc1-201ENSMUST00000049357 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.66
Use1Q9CQ56 Smc6-201ENSMUST00000020931 5603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.66
Use1Q9CQ56 Peli2-201ENSMUST00000073150 5900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.66
Use1Q9CQ56 Ccdc85c-202ENSMUST00000222310 4298 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
Use1Q9CQ56 Gm16464-201ENSMUST00000117815 1095 ntBASIC19.14■□□□□ 0.65
Use1Q9CQ56 Kremen2-201ENSMUST00000046525 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
Use1Q9CQ56 Dexi-201ENSMUST00000038281 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
Use1Q9CQ56 Mcmbp-202ENSMUST00000119081 2347 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
Use1Q9CQ56 Csnk1a1-201ENSMUST00000115246 1484 ntTSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
Use1Q9CQ56 Ghitm-201ENSMUST00000042564 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
Use1Q9CQ56 Spast-202ENSMUST00000224711 2066 ntAPPRIS ALT2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
Use1Q9CQ56 Fbxo24-201ENSMUST00000031732 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
Use1Q9CQ56 Slc35f3-201ENSMUST00000108759 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
Use1Q9CQ56 Ccdc84-212ENSMUST00000217351 888 ntTSL 3 BASIC19.13■□□□□ 0.65
Use1Q9CQ56 Cap2-205ENSMUST00000225824 1634 ntBASIC19.13■□□□□ 0.65
Use1Q9CQ56 Foxj2-201ENSMUST00000003238 5283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
Use1Q9CQ56 Porcn-203ENSMUST00000089402 1839 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
Use1Q9CQ56 Socs2-214ENSMUST00000172070 2153 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
Use1Q9CQ56 Hccs-202ENSMUST00000112115 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
Use1Q9CQ56 Crtc2-201ENSMUST00000029545 2747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
Use1Q9CQ56 AC152827.1-201ENSMUST00000221143 2189 ntBASIC19.12■□□□□ 0.65
Use1Q9CQ56 Cdkl3-202ENSMUST00000063321 2008 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
Use1Q9CQ56 Rexo5-201ENSMUST00000033218 1966 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
Use1Q9CQ56 Prrt1-201ENSMUST00000015620 1940 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
Use1Q9CQ56 Junb-201ENSMUST00000064922 1809 ntAPPRIS P1 BASIC19.12■□□□□ 0.65
Use1Q9CQ56 Gfra4-206ENSMUST00000110240 1426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
Use1Q9CQ56 Prr7-201ENSMUST00000046533 1359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
Use1Q9CQ56 Tcea2-201ENSMUST00000103042 1183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
Use1Q9CQ56 H2-Q2-201ENSMUST00000074806 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
Use1Q9CQ56 Eif3j2-201ENSMUST00000057110 2379 ntAPPRIS P1 BASIC19.12■□□□□ 0.65
Use1Q9CQ56 Cerk-201ENSMUST00000044332 4518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
Use1Q9CQ56 Cav2-201ENSMUST00000000058 2733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
Use1Q9CQ56 Timmdc1-201ENSMUST00000002925 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
Use1Q9CQ56 Glp1r-201ENSMUST00000114574 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
Use1Q9CQ56 Pkm-201ENSMUST00000034834 2432 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
Use1Q9CQ56 Pithd1-201ENSMUST00000105851 1700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
Use1Q9CQ56 Rbm15b-201ENSMUST00000055843 6511 ntAPPRIS P1 BASIC19.11■□□□□ 0.65
Use1Q9CQ56 Tmem120a-201ENSMUST00000043378 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
Use1Q9CQ56 Ssbp4-201ENSMUST00000049908 1475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
Use1Q9CQ56 Bfsp1-201ENSMUST00000028907 2372 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
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Use1Q9CQ56 Kdm1a-203ENSMUST00000116273 3008 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
Use1Q9CQ56 Ube2d2a-202ENSMUST00000170693 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
Use1Q9CQ56 Gm13448-201ENSMUST00000143469 1847 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
Use1Q9CQ56 Trp73os-201ENSMUST00000143429 2192 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
Use1Q9CQ56 Oaf-201ENSMUST00000034512 2526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
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Use1Q9CQ56 Gm16599-201ENSMUST00000148082 1182 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
Use1Q9CQ56 Gm20684-201ENSMUST00000176744 380 ntTSL 3 BASIC19.09■□□□□ 0.65
Use1Q9CQ56 Dedd-203ENSMUST00000111299 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
Use1Q9CQ56 Baz1a-201ENSMUST00000038926 6188 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
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Use1Q9CQ56 3830408C21Rik-205ENSMUST00000225426 1898 ntBASIC19.08■□□□□ 0.65
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Use1Q9CQ56 Gng12-203ENSMUST00000114224 680 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.08■□□□□ 0.64
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Use1Q9CQ56 Efna3-203ENSMUST00000200436 742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.64
Use1Q9CQ56 Ctdsp1-201ENSMUST00000027367 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
Use1Q9CQ56 Lrrc38-201ENSMUST00000052458 2324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
Use1Q9CQ56 Runx2-207ENSMUST00000160673 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
Use1Q9CQ56 Lrig1-202ENSMUST00000101126 4951 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
Use1Q9CQ56 Fbxl6-201ENSMUST00000023219 1712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
Use1Q9CQ56 Dda1-202ENSMUST00000124745 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
Use1Q9CQ56 Gm4430-201ENSMUST00000192413 1943 ntBASIC19.08■□□□□ 0.64
Use1Q9CQ56 Astn2-202ENSMUST00000084496 4675 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
Use1Q9CQ56 Camk2b-201ENSMUST00000002817 1872 ntTSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
Use1Q9CQ56 Inpp5a-203ENSMUST00000106098 2826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
Use1Q9CQ56 Oxsr1-201ENSMUST00000040853 4647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
Use1Q9CQ56 Gm2415-202ENSMUST00000134688 401 ntTSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
Use1Q9CQ56 Gm6217-201ENSMUST00000222182 829 ntAPPRIS P1 BASIC19.07■□□□□ 0.64
Use1Q9CQ56 Rims1-209ENSMUST00000218140 1434 ntTSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
Use1Q9CQ56 Lsm14a-201ENSMUST00000085585 2944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
Use1Q9CQ56 Zfp523-202ENSMUST00000073534 2654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
Use1Q9CQ56 L3mbtl4-201ENSMUST00000093007 2445 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
Use1Q9CQ56 Mum1-201ENSMUST00000020365 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
Use1Q9CQ56 Ccdc112-201ENSMUST00000072835 2801 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 43.3 ms