Protein–RNA interactions for Protein: Q61164

Ctcf, Transcriptional repressor CTCF, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 736 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CtcfQ61164 Zfp3-201ENSMUST00000060444 2061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CtcfQ61164 Maz-203ENSMUST00000205568 2650 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CtcfQ61164 Alx3-201ENSMUST00000014747 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CtcfQ61164 Cobll1-204ENSMUST00000112430 4917 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CtcfQ61164 Tmcc1-202ENSMUST00000088896 5838 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CtcfQ61164 Lsm12-201ENSMUST00000021297 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CtcfQ61164 Fbxo24-201ENSMUST00000031732 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CtcfQ61164 Kcnn2-203ENSMUST00000169783 1625 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CtcfQ61164 Macrod2-207ENSMUST00000110067 4730 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CtcfQ61164 Mmp24-201ENSMUST00000029141 4306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CtcfQ61164 Tex30-208ENSMUST00000147571 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CtcfQ61164 Tmem80-208ENSMUST00000145184 1805 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CtcfQ61164 Nars2-202ENSMUST00000107159 1777 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CtcfQ61164 Bspry-201ENSMUST00000030088 1757 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CtcfQ61164 Pithd1-201ENSMUST00000105851 1700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CtcfQ61164 Gm16599-201ENSMUST00000148082 1182 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CtcfQ61164 Nsd1-203ENSMUST00000224156 1149 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
CtcfQ61164 Cbfb-201ENSMUST00000052209 2883 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CtcfQ61164 Gdf11-201ENSMUST00000026408 4062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CtcfQ61164 Gabra5-201ENSMUST00000068456 2671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CtcfQ61164 Sac3d1-201ENSMUST00000113533 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CtcfQ61164 Gm34220-201ENSMUST00000223001 2709 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
CtcfQ61164 Lsr-205ENSMUST00000205961 2021 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CtcfQ61164 Cnrip1-201ENSMUST00000058159 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CtcfQ61164 Kazald1-202ENSMUST00000111948 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CtcfQ61164 Ldb1-202ENSMUST00000056931 2295 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CtcfQ61164 D030062O11Rik-201ENSMUST00000192660 2806 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
CtcfQ61164 Tcf7l1-201ENSMUST00000069536 3042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CtcfQ61164 Ahcyl1-201ENSMUST00000029490 3863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CtcfQ61164 Fam89b-203ENSMUST00000161368 1160 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
CtcfQ61164 Gm45051-201ENSMUST00000206838 963 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
CtcfQ61164 Ubl3-202ENSMUST00000164904 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
CtcfQ61164 Siah2-201ENSMUST00000070368 2511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
CtcfQ61164 Bcl3-201ENSMUST00000120537 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
CtcfQ61164 Meg3-207ENSMUST00000143836 1896 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
CtcfQ61164 Asph-217ENSMUST00000146441 2576 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
CtcfQ61164 Cers1-203ENSMUST00000165819 2728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CtcfQ61164 Emc6-201ENSMUST00000054952 1332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CtcfQ61164 Hoxb6-202ENSMUST00000173432 1964 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CtcfQ61164 Wipi1-203ENSMUST00000106689 1220 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CtcfQ61164 Hoxd11-202ENSMUST00000142312 1111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CtcfQ61164 Bloc1s2-201ENSMUST00000079033 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CtcfQ61164 Tmem42-201ENSMUST00000084733 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CtcfQ61164 Nipsnap2-201ENSMUST00000086046 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CtcfQ61164 Tinagl1-202ENSMUST00000105998 1976 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CtcfQ61164 Ythdf1-201ENSMUST00000037299 3184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CtcfQ61164 Uchl5-206ENSMUST00000189936 1696 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CtcfQ61164 Gm2415-202ENSMUST00000134688 401 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CtcfQ61164 Coprs-201ENSMUST00000033839 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CtcfQ61164 Kcnk15-202ENSMUST00000109396 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CtcfQ61164 Fbxo4-201ENSMUST00000022791 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CtcfQ61164 Kctd20-204ENSMUST00000122163 2423 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CtcfQ61164 Cdkl3-202ENSMUST00000063321 2008 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CtcfQ61164 Gtf2e2-202ENSMUST00000170705 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CtcfQ61164 Avl9-203ENSMUST00000177249 1614 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CtcfQ61164 Fam168b-204ENSMUST00000170092 941 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CtcfQ61164 Emc8-208ENSMUST00000181950 747 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CtcfQ61164 Tmem147-203ENSMUST00000207296 875 ntTSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CtcfQ61164 AC166358.2-201ENSMUST00000223403 734 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CtcfQ61164 Phox2b-201ENSMUST00000012664 3013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CtcfQ61164 Ammecr1-201ENSMUST00000041317 5437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CtcfQ61164 Nudt6-204ENSMUST00000108118 935 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CtcfQ61164 P2ry2-202ENSMUST00000178340 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CtcfQ61164 Nudt6-201ENSMUST00000052645 1155 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CtcfQ61164 Nudt6-202ENSMUST00000099130 1070 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CtcfQ61164 A830092H15Rik-201ENSMUST00000099182 1229 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
CtcfQ61164 Ppp1r16a-201ENSMUST00000037551 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CtcfQ61164 Mrgbp-201ENSMUST00000029085 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CtcfQ61164 Tmem74b-202ENSMUST00000109872 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CtcfQ61164 Gm5913-201ENSMUST00000119397 1399 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
CtcfQ61164 Fn1-208ENSMUST00000186940 1350 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CtcfQ61164 Dexi-201ENSMUST00000038281 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CtcfQ61164 E130208F15Rik-201ENSMUST00000098585 1733 ntAPPRIS P1 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CtcfQ61164 Klc3-204ENSMUST00000108459 1849 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CtcfQ61164 Hnrnpa3-204ENSMUST00000111964 1654 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CtcfQ61164 Rin3-207ENSMUST00000150795 937 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CtcfQ61164 Ak2-201ENSMUST00000030583 986 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CtcfQ61164 Rab42-201ENSMUST00000040411 761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CtcfQ61164 1700001C19Rik-201ENSMUST00000061885 1622 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CtcfQ61164 Aktip-202ENSMUST00000120213 2200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CtcfQ61164 Mrps16-201ENSMUST00000061444 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CtcfQ61164 Sh3gl1-201ENSMUST00000003268 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CtcfQ61164 Junb-201ENSMUST00000064922 1809 ntAPPRIS P1 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CtcfQ61164 Tmem178-201ENSMUST00000025092 1696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CtcfQ61164 Tmem51-201ENSMUST00000036572 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CtcfQ61164 Gm10653-201ENSMUST00000132250 1232 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CtcfQ61164 Gm12905-201ENSMUST00000153814 658 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CtcfQ61164 Gm10653-203ENSMUST00000156423 1232 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CtcfQ61164 Dleu2-201ENSMUST00000180377 1165 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CtcfQ61164 Neurl1b-202ENSMUST00000182897 1231 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CtcfQ61164 Hp1bp3-205ENSMUST00000105827 5155 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CtcfQ61164 Gm13448-201ENSMUST00000143469 1847 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
CtcfQ61164 Csnk1a1-201ENSMUST00000115246 1484 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.16
CtcfQ61164 Ksr1-201ENSMUST00000018478 5495 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CtcfQ61164 Lrfn4-201ENSMUST00000053597 3194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CtcfQ61164 Supv3l1-201ENSMUST00000020273 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CtcfQ61164 Htra2-203ENSMUST00000113963 1629 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CtcfQ61164 AC122428.2-201ENSMUST00000216321 1832 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
CtcfQ61164 Mtm1-204ENSMUST00000101501 770 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CtcfQ61164 Rps19-202ENSMUST00000108429 633 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 43.9 ms