Protein–RNA interactions for Protein: Q61164

Ctcf, Transcriptional repressor CTCF, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 736 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CtcfQ61164 9130213A22Rik-201ENSMUST00000180487 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
CtcfQ61164 Pacsin2-201ENSMUST00000056177 2795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
CtcfQ61164 Sept5-201ENSMUST00000096987 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
CtcfQ61164 Sephs2-201ENSMUST00000082428 2177 ntAPPRIS P1 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CtcfQ61164 Ntsr2-201ENSMUST00000111064 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CtcfQ61164 Ndel1-201ENSMUST00000018880 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CtcfQ61164 Fam207a-201ENSMUST00000045454 2394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CtcfQ61164 Slc30a1-201ENSMUST00000044954 5244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CtcfQ61164 Tmem240-202ENSMUST00000147721 817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CtcfQ61164 1700065D16Rik-202ENSMUST00000188975 506 ntTSL 3 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CtcfQ61164 Uap1-203ENSMUST00000111351 2287 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CtcfQ61164 Adrb1-201ENSMUST00000038949 2491 ntAPPRIS P1 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CtcfQ61164 Ets1-202ENSMUST00000050797 1976 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CtcfQ61164 Ccr10-201ENSMUST00000062759 1726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CtcfQ61164 Dirc2-201ENSMUST00000023554 5395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CtcfQ61164 Mgat5b-201ENSMUST00000103027 4258 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CtcfQ61164 Ndfip1-201ENSMUST00000025293 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CtcfQ61164 4833418N17Rik-201ENSMUST00000064826 615 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
CtcfQ61164 March11-201ENSMUST00000126304 2146 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CtcfQ61164 Tusc2-201ENSMUST00000010198 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CtcfQ61164 Grsf1-201ENSMUST00000078945 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.19
CtcfQ61164 Klhdc10-202ENSMUST00000068259 5901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.19
CtcfQ61164 Ube2k-204ENSMUST00000201292 1529 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.19
CtcfQ61164 Rasgef1a-201ENSMUST00000164960 3284 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CtcfQ61164 Hras-207ENSMUST00000168550 2272 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CtcfQ61164 Lin7b-201ENSMUST00000003971 735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CtcfQ61164 Crlf3-203ENSMUST00000103233 2230 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CtcfQ61164 Hs2st1-201ENSMUST00000043325 6177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CtcfQ61164 Rbfox3-204ENSMUST00000106278 1542 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CtcfQ61164 Ankrd13d-201ENSMUST00000056888 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CtcfQ61164 Msl3l2-201ENSMUST00000063138 2140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CtcfQ61164 Ralgapa1-204ENSMUST00000219432 6631 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CtcfQ61164 Iqsec1-210ENSMUST00000212100 3500 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CtcfQ61164 Prkab1-201ENSMUST00000031486 2089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CtcfQ61164 1810010H24Rik-202ENSMUST00000140447 1677 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CtcfQ61164 Stk19-201ENSMUST00000077477 1120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CtcfQ61164 Tspan17-201ENSMUST00000026993 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CtcfQ61164 Krt79-201ENSMUST00000023799 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CtcfQ61164 Kremen2-201ENSMUST00000046525 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CtcfQ61164 Ccdc149-202ENSMUST00000198008 2470 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CtcfQ61164 Tlx2-202ENSMUST00000174674 1514 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CtcfQ61164 Tarbp2-201ENSMUST00000023813 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CtcfQ61164 Acad9-205ENSMUST00000196648 552 ntTSL 3 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CtcfQ61164 Pgls-201ENSMUST00000034264 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CtcfQ61164 Triobp-202ENSMUST00000109688 2553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CtcfQ61164 Cckbr-202ENSMUST00000181339 1326 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CtcfQ61164 Cln5-201ENSMUST00000022721 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CtcfQ61164 Metrnl-201ENSMUST00000036742 1401 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CtcfQ61164 Nkx2-5-201ENSMUST00000015723 1525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CtcfQ61164 Alkal2-201ENSMUST00000067087 1509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CtcfQ61164 Ezh2-201ENSMUST00000081721 2787 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CtcfQ61164 Olig1-201ENSMUST00000056882 2162 ntAPPRIS P1 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CtcfQ61164 Zfp346-203ENSMUST00000159278 1253 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CtcfQ61164 Vax1-201ENSMUST00000172821 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CtcfQ61164 Tmem160-201ENSMUST00000019302 815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CtcfQ61164 Vgf-202ENSMUST00000186451 2277 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CtcfQ61164 Letm2-201ENSMUST00000079160 2126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CtcfQ61164 Gfra4-206ENSMUST00000110240 1426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CtcfQ61164 Xkr6-201ENSMUST00000119973 2963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CtcfQ61164 Tead4-202ENSMUST00000112157 1909 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CtcfQ61164 Shisa6-201ENSMUST00000066679 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CtcfQ61164 Cdk8-201ENSMUST00000031640 2973 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CtcfQ61164 Mcmbp-202ENSMUST00000119081 2347 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CtcfQ61164 Tmem74b-201ENSMUST00000060196 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CtcfQ61164 Tmem55b-209ENSMUST00000162957 1465 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CtcfQ61164 Pick1-204ENSMUST00000163571 2054 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
CtcfQ61164 Gabbr1-209ENSMUST00000174456 1595 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CtcfQ61164 Gjc2-202ENSMUST00000108793 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CtcfQ61164 Chst12-201ENSMUST00000043050 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CtcfQ61164 Porcn-203ENSMUST00000089402 1839 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CtcfQ61164 Gm44957-202ENSMUST00000205137 448 ntTSL 3 BASIC22.46■■□□□ 1.19
CtcfQ61164 Cgrrf1-201ENSMUST00000068532 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CtcfQ61164 Dcbld1-203ENSMUST00000218582 2795 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CtcfQ61164 Barhl1-203ENSMUST00000113849 2102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CtcfQ61164 Aars-201ENSMUST00000034441 5750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CtcfQ61164 Spsb3-204ENSMUST00000119829 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CtcfQ61164 Trim47-201ENSMUST00000021120 2204 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CtcfQ61164 Gm11847-201ENSMUST00000125165 1119 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
CtcfQ61164 Hnrnpa3-201ENSMUST00000090792 1140 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CtcfQ61164 Gm21988-202ENSMUST00000176268 1621 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CtcfQ61164 Gm10612-201ENSMUST00000162198 1681 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CtcfQ61164 Pcgf6-201ENSMUST00000026032 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CtcfQ61164 Cpne2-202ENSMUST00000109537 2121 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CtcfQ61164 Zfp821-201ENSMUST00000034163 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CtcfQ61164 Magi2-206ENSMUST00000197443 6578 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CtcfQ61164 Nup153-201ENSMUST00000021803 6109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CtcfQ61164 Trp73os-201ENSMUST00000143429 2192 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CtcfQ61164 Zfp287-205ENSMUST00000150336 1605 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CtcfQ61164 Tmem55b-206ENSMUST00000161166 1445 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CtcfQ61164 Cacna2d2-205ENSMUST00000168532 5807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CtcfQ61164 Tmem192-203ENSMUST00000209852 1193 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CtcfQ61164 Cltb-202ENSMUST00000091609 2186 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CtcfQ61164 Hfe2-201ENSMUST00000049208 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CtcfQ61164 Whamm-201ENSMUST00000165460 3069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CtcfQ61164 Gm13238-201ENSMUST00000117655 780 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
CtcfQ61164 Neo1-202ENSMUST00000214547 5414 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CtcfQ61164 Kctd8-202ENSMUST00000087231 1860 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CtcfQ61164 Sdhaf1-201ENSMUST00000098586 2490 ntAPPRIS P1 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CtcfQ61164 Tpm1-211ENSMUST00000113695 1607 ntTSL 3 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CtcfQ61164 Nrg3-203ENSMUST00000173780 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 125.3 ms