Protein–RNA interactions for Protein: Q9D0R4

Ddx56, Probable ATP-dependent RNA helicase DDX56, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 546 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ddx56Q9D0R4 Plk5-202ENSMUST00000105351 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Ddx56Q9D0R4 Prdm11-205ENSMUST00000178666 1870 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
Ddx56Q9D0R4 Tpm1-211ENSMUST00000113695 1607 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
Ddx56Q9D0R4 Tmem74b-202ENSMUST00000109872 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Ddx56Q9D0R4 Cpeb3-205ENSMUST00000126781 2095 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Ddx56Q9D0R4 Abhd12-201ENSMUST00000056149 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Ddx56Q9D0R4 Rps19-202ENSMUST00000108429 633 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
Ddx56Q9D0R4 Cadps-204ENSMUST00000177814 5461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
Ddx56Q9D0R4 Csnk1a1-201ENSMUST00000115246 1484 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
Ddx56Q9D0R4 Kif1bp-201ENSMUST00000065887 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Ddx56Q9D0R4 Alkal2-201ENSMUST00000067087 1509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Ddx56Q9D0R4 Cers5-201ENSMUST00000023762 2096 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Ddx56Q9D0R4 Arl5a-201ENSMUST00000036541 5239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Ddx56Q9D0R4 Slc16a11-205ENSMUST00000126388 1938 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
Ddx56Q9D0R4 Snapin-203ENSMUST00000149884 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Ddx56Q9D0R4 Sec22c-202ENSMUST00000111560 2669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Ddx56Q9D0R4 Pth2-201ENSMUST00000042754 503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Ddx56Q9D0R4 Hras-202ENSMUST00000097957 1199 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
Ddx56Q9D0R4 Prdm13-201ENSMUST00000076206 2993 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
Ddx56Q9D0R4 Nkx2-2-201ENSMUST00000067075 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Ddx56Q9D0R4 Atpaf1-203ENSMUST00000176047 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Ddx56Q9D0R4 Fbxo4-201ENSMUST00000022791 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Ddx56Q9D0R4 Rhob-201ENSMUST00000067384 2349 ntAPPRIS P1 BASIC21.99■■□□□ 1.11
Ddx56Q9D0R4 Brd1-203ENSMUST00000109381 4886 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
Ddx56Q9D0R4 Tarbp2-201ENSMUST00000023813 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Ddx56Q9D0R4 Fance-204ENSMUST00000114804 1842 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Ddx56Q9D0R4 Ptpn12-201ENSMUST00000030556 3280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Ddx56Q9D0R4 Gm29735-201ENSMUST00000209599 660 ntAPPRIS P1 BASIC21.98■■□□□ 1.11
Ddx56Q9D0R4 Shisa8-201ENSMUST00000179269 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Ddx56Q9D0R4 March2-203ENSMUST00000172767 1381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Ddx56Q9D0R4 Tcerg1l-201ENSMUST00000160436 2565 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
Ddx56Q9D0R4 Mrgbp-201ENSMUST00000029085 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Ddx56Q9D0R4 Epb41l4b-201ENSMUST00000030142 3247 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Ddx56Q9D0R4 Rsrc1-202ENSMUST00000065047 2736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Ddx56Q9D0R4 Slc27a3-201ENSMUST00000029541 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
Ddx56Q9D0R4 Tk2-205ENSMUST00000212275 1507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
Ddx56Q9D0R4 1810010H24Rik-202ENSMUST00000140447 1677 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
Ddx56Q9D0R4 Setd6-201ENSMUST00000034096 1707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
Ddx56Q9D0R4 C1qtnf5-204ENSMUST00000114821 1365 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
Ddx56Q9D0R4 D130020L05Rik-203ENSMUST00000221044 803 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
Ddx56Q9D0R4 Mpv17l2-201ENSMUST00000038626 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
Ddx56Q9D0R4 1700034P13Rik-201ENSMUST00000181358 1343 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
Ddx56Q9D0R4 Gm16286-205ENSMUST00000127234 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Ddx56Q9D0R4 Krt8-201ENSMUST00000023952 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Ddx56Q9D0R4 Ell3-201ENSMUST00000028679 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Ddx56Q9D0R4 AC102554.1-201ENSMUST00000216236 537 ntTSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
Ddx56Q9D0R4 Rab42-201ENSMUST00000040411 761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Ddx56Q9D0R4 Sucla2-201ENSMUST00000022706 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Ddx56Q9D0R4 Spsb3-209ENSMUST00000168265 1953 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Ddx56Q9D0R4 Etv4-212ENSMUST00000164750 2336 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Ddx56Q9D0R4 Gsr-201ENSMUST00000033992 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
Ddx56Q9D0R4 Puf60-202ENSMUST00000100527 1878 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
Ddx56Q9D0R4 Cops7a-201ENSMUST00000032220 1817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
Ddx56Q9D0R4 Fam149b-201ENSMUST00000037698 924 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
Ddx56Q9D0R4 Rab4b-201ENSMUST00000093040 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
Ddx56Q9D0R4 Slc35a2-201ENSMUST00000096514 1757 ntTSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
Ddx56Q9D0R4 Atxn7l2-201ENSMUST00000102633 3044 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
Ddx56Q9D0R4 Homer1-207ENSMUST00000109494 2468 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
Ddx56Q9D0R4 Uap1-201ENSMUST00000027981 2283 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
Ddx56Q9D0R4 Txnl4a-204ENSMUST00000145963 1756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
Ddx56Q9D0R4 Cdx1-201ENSMUST00000025521 1750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
Ddx56Q9D0R4 Gm44949-201ENSMUST00000206423 1450 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
Ddx56Q9D0R4 Rp9-203ENSMUST00000215715 1499 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
Ddx56Q9D0R4 Prss50-201ENSMUST00000051097 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
Ddx56Q9D0R4 Cdkn2d-203ENSMUST00000215619 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
Ddx56Q9D0R4 Hrh3-205ENSMUST00000165762 1368 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
Ddx56Q9D0R4 Gdf7-202ENSMUST00000220073 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
Ddx56Q9D0R4 Eif5a-213ENSMUST00000164359 1281 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
Ddx56Q9D0R4 Tmem127-202ENSMUST00000174288 842 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
Ddx56Q9D0R4 Rpl34-201ENSMUST00000062601 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
Ddx56Q9D0R4 Ccdc61-201ENSMUST00000098780 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
Ddx56Q9D0R4 Bloc1s5-202ENSMUST00000224115 1020 ntBASIC21.91■■□□□ 1.1
Ddx56Q9D0R4 Gm10232-201ENSMUST00000089221 720 ntBASIC21.91■■□□□ 1.1
Ddx56Q9D0R4 Kctd8-202ENSMUST00000087231 1860 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
Ddx56Q9D0R4 E130208F15Rik-201ENSMUST00000098585 1733 ntAPPRIS P1 BASIC21.91■■□□□ 1.1
Ddx56Q9D0R4 9130213A22Rik-201ENSMUST00000180487 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
Ddx56Q9D0R4 Syde2-201ENSMUST00000039517 5495 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
Ddx56Q9D0R4 Zcchc14-201ENSMUST00000046386 7444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
Ddx56Q9D0R4 Glp1r-201ENSMUST00000114574 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
Ddx56Q9D0R4 Srsf12-201ENSMUST00000067864 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
Ddx56Q9D0R4 Usp39-201ENSMUST00000070345 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
Ddx56Q9D0R4 Phf12-202ENSMUST00000108360 3047 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
Ddx56Q9D0R4 Pdgfa-204ENSMUST00000110897 1287 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
Ddx56Q9D0R4 Psmg1-202ENSMUST00000117044 807 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
Ddx56Q9D0R4 Hopx-203ENSMUST00000120827 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
Ddx56Q9D0R4 March8-204ENSMUST00000123405 2102 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
Ddx56Q9D0R4 Srcap-202ENSMUST00000098025 1257 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
Ddx56Q9D0R4 Zfp287-205ENSMUST00000150336 1605 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
Ddx56Q9D0R4 Rbfox3-204ENSMUST00000106278 1542 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
Ddx56Q9D0R4 Gorasp2-201ENSMUST00000028509 2238 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
Ddx56Q9D0R4 Hes7-201ENSMUST00000024543 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
Ddx56Q9D0R4 D130058E05Rik-201ENSMUST00000173856 1372 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.1
Ddx56Q9D0R4 Kcnc3-201ENSMUST00000107906 5062 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
Ddx56Q9D0R4 A230052G05Rik-201ENSMUST00000050921 2302 ntBASIC21.89■■□□□ 1.1
Ddx56Q9D0R4 Slc30a2-203ENSMUST00000105873 1224 ntTSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
Ddx56Q9D0R4 Fam98c-209ENSMUST00000164589 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
Ddx56Q9D0R4 Dleu2-201ENSMUST00000180377 1165 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
Ddx56Q9D0R4 Prrt2-206ENSMUST00000202045 429 ntTSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
Ddx56Q9D0R4 Yy1-201ENSMUST00000021692 6178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
Ddx56Q9D0R4 Fam216a-201ENSMUST00000031419 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
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