Protein–RNA interactions for Protein: Q9D6Y1

Ccdc3, Coiled-coil domain-containing protein 3, mousemouse

Predictions only

Length 273 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc3Q9D6Y1 Svbp-201ENSMUST00000030395 733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
Ccdc3Q9D6Y1 Rab40b-201ENSMUST00000106107 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
Ccdc3Q9D6Y1 Rnf149-201ENSMUST00000062525 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
Ccdc3Q9D6Y1 G630030J09Rik-201ENSMUST00000181958 2135 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
Ccdc3Q9D6Y1 Foxj3-206ENSMUST00000138845 1530 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
Ccdc3Q9D6Y1 Btbd6-204ENSMUST00000221104 2085 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
Ccdc3Q9D6Y1 Rhbdl1-201ENSMUST00000026831 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
Ccdc3Q9D6Y1 Pawr-201ENSMUST00000095313 1745 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
Ccdc3Q9D6Y1 Hoxd3os1-204ENSMUST00000156342 796 ntTSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
Ccdc3Q9D6Y1 Tusc3-201ENSMUST00000167992 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
Ccdc3Q9D6Y1 Lrrc3b-201ENSMUST00000055211 1655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.91
Ccdc3Q9D6Y1 1810026B05Rik-203ENSMUST00000184587 5738 ntTSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
Ccdc3Q9D6Y1 Oaz2-201ENSMUST00000046490 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.7■□□□□ 0.9
Ccdc3Q9D6Y1 Hoxd11-202ENSMUST00000142312 1111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
Ccdc3Q9D6Y1 Rgs10-205ENSMUST00000145739 564 ntTSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
Ccdc3Q9D6Y1 Gm35065-201ENSMUST00000199206 428 ntTSL 3 BASIC20.7■□□□□ 0.9
Ccdc3Q9D6Y1 Plekhj1-201ENSMUST00000036805 1260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
Ccdc3Q9D6Y1 Alyref2-201ENSMUST00000081527 1273 ntAPPRIS P1 BASIC20.7■□□□□ 0.9
Ccdc3Q9D6Y1 Lrrc4b-201ENSMUST00000058667 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
Ccdc3Q9D6Y1 Srsf2-201ENSMUST00000092404 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
Ccdc3Q9D6Y1 Dvl1-208ENSMUST00000168552 2776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
Ccdc3Q9D6Y1 Ltk-201ENSMUST00000028759 3080 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
Ccdc3Q9D6Y1 Emc6-201ENSMUST00000054952 1332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
Ccdc3Q9D6Y1 Terf2-204ENSMUST00000133925 2666 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
Ccdc3Q9D6Y1 Pou2f2-204ENSMUST00000108416 1754 ntTSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
Ccdc3Q9D6Y1 Fam241b-203ENSMUST00000124615 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
Ccdc3Q9D6Y1 Prss50-201ENSMUST00000051097 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
Ccdc3Q9D6Y1 Irf5-201ENSMUST00000004392 2189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
Ccdc3Q9D6Y1 Mtf2-202ENSMUST00000112626 1968 ntTSL 5 BASIC20.69■□□□□ 0.9
Ccdc3Q9D6Y1 Grb2-201ENSMUST00000021090 2709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
Ccdc3Q9D6Y1 Pex7-203ENSMUST00000166511 1047 ntTSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
Ccdc3Q9D6Y1 Btbd2-202ENSMUST00000126980 2449 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.69■□□□□ 0.9
Ccdc3Q9D6Y1 Spata2-202ENSMUST00000109211 1531 ntTSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
Ccdc3Q9D6Y1 AC117245.4-201ENSMUST00000217388 1646 ntBASIC20.68■□□□□ 0.9
Ccdc3Q9D6Y1 Dhrs13-201ENSMUST00000021187 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
Ccdc3Q9D6Y1 Tcte2-210ENSMUST00000148430 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
Ccdc3Q9D6Y1 Tcf4-246ENSMUST00000202116 2986 ntTSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
Ccdc3Q9D6Y1 Mlx-201ENSMUST00000017945 1965 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
Ccdc3Q9D6Y1 Akt1s1-201ENSMUST00000054343 1592 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
Ccdc3Q9D6Y1 Zfp513-201ENSMUST00000031562 2213 ntTSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem164-205ENSMUST00000112891 1654 ntTSL 5 BASIC20.67■□□□□ 0.9
Ccdc3Q9D6Y1 Jund-201ENSMUST00000095267 1668 ntAPPRIS P1 BASIC20.67■□□□□ 0.9
Ccdc3Q9D6Y1 Dlk2-204ENSMUST00000170271 1783 ntTSL 5 BASIC20.67■□□□□ 0.9
Ccdc3Q9D6Y1 Trim33-201ENSMUST00000029444 8875 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
Ccdc3Q9D6Y1 Triobp-201ENSMUST00000109687 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
Ccdc3Q9D6Y1 Fnta-201ENSMUST00000016138 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
Ccdc3Q9D6Y1 A230087F16Rik-201ENSMUST00000181055 2098 ntTSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
Ccdc3Q9D6Y1 Nkain1-201ENSMUST00000105993 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
Ccdc3Q9D6Y1 Gm15334-201ENSMUST00000131421 325 ntTSL 3 BASIC20.67■□□□□ 0.9
Ccdc3Q9D6Y1 Ramp1-202ENSMUST00000165855 852 ntTSL 2 BASIC20.67■□□□□ 0.9
Ccdc3Q9D6Y1 Gm28536-201ENSMUST00000190971 1317 ntBASIC20.67■□□□□ 0.9
Ccdc3Q9D6Y1 Insc-208ENSMUST00000169913 2321 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.67■□□□□ 0.9
Ccdc3Q9D6Y1 Rnf19b-206ENSMUST00000168461 2532 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.67■□□□□ 0.9
Ccdc3Q9D6Y1 Hebp2-202ENSMUST00000213153 968 ntTSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
Ccdc3Q9D6Y1 BC022687-201ENSMUST00000037014 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
Ccdc3Q9D6Y1 Antxr1-204ENSMUST00000204805 2156 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.66■□□□□ 0.9
Ccdc3Q9D6Y1 Banp-202ENSMUST00000093078 2289 ntTSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
Ccdc3Q9D6Y1 Trim3-202ENSMUST00000106789 2841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
Ccdc3Q9D6Y1 Fbxl14-201ENSMUST00000032094 2963 ntAPPRIS P1 BASIC20.66■□□□□ 0.9
Ccdc3Q9D6Y1 Tshz1-201ENSMUST00000060303 5656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
Ccdc3Q9D6Y1 Slc22a17-210ENSMUST00000228495 2340 ntAPPRIS P1 BASIC20.65■□□□□ 0.9
Ccdc3Q9D6Y1 Susd6-203ENSMUST00000220238 2127 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
Ccdc3Q9D6Y1 A730035I17Rik-205ENSMUST00000205851 684 ntBASIC20.65■□□□□ 0.9
Ccdc3Q9D6Y1 Wtap-203ENSMUST00000159551 2060 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.65■□□□□ 0.9
Ccdc3Q9D6Y1 Pax1-201ENSMUST00000109968 2643 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.9
Ccdc3Q9D6Y1 Eif5a-210ENSMUST00000108613 1343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
Ccdc3Q9D6Y1 Usp21-203ENSMUST00000111306 2185 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem147-203ENSMUST00000207296 875 ntTSL 3 BASIC20.64■□□□□ 0.89
Ccdc3Q9D6Y1 Slc30a1-201ENSMUST00000044954 5244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
Ccdc3Q9D6Y1 Bend7-202ENSMUST00000115022 1945 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
Ccdc3Q9D6Y1 Ing1-201ENSMUST00000054399 2814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
Ccdc3Q9D6Y1 Nnat-207ENSMUST00000173041 760 ntTSL 5 BASIC20.63■□□□□ 0.89
Ccdc3Q9D6Y1 Mef2a-203ENSMUST00000076325 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
Ccdc3Q9D6Y1 Sdccag3-203ENSMUST00000114100 2099 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.63■□□□□ 0.89
Ccdc3Q9D6Y1 Yy1-201ENSMUST00000021692 6178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
Ccdc3Q9D6Y1 Zcchc11-201ENSMUST00000043368 6054 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.63■□□□□ 0.89
Ccdc3Q9D6Y1 Klf1-201ENSMUST00000067060 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
Ccdc3Q9D6Y1 Gm17641-201ENSMUST00000166328 2350 ntBASIC20.63■□□□□ 0.89
Ccdc3Q9D6Y1 Kcnq5-206ENSMUST00000173404 2775 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.63■□□□□ 0.89
Ccdc3Q9D6Y1 Rnf166-201ENSMUST00000014614 1783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
Ccdc3Q9D6Y1 Dnajc19-203ENSMUST00000117223 1695 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
Ccdc3Q9D6Y1 Otud3-201ENSMUST00000097830 1668 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
Ccdc3Q9D6Y1 Kras-202ENSMUST00000111710 1194 ntTSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
Ccdc3Q9D6Y1 Zfp335os-201ENSMUST00000129364 1127 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
Ccdc3Q9D6Y1 Gm13241-201ENSMUST00000094493 780 ntBASIC20.62■□□□□ 0.89
Ccdc3Q9D6Y1 Peli3-201ENSMUST00000025834 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
Ccdc3Q9D6Y1 Hmg20b-202ENSMUST00000105323 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
Ccdc3Q9D6Y1 St6galnac6-205ENSMUST00000113290 2402 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
Ccdc3Q9D6Y1 Klhdc2-201ENSMUST00000021362 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
Ccdc3Q9D6Y1 Cnot6-201ENSMUST00000020624 2498 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
Ccdc3Q9D6Y1 Dusp15-202ENSMUST00000109811 753 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
Ccdc3Q9D6Y1 Ostc-201ENSMUST00000043937 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
Ccdc3Q9D6Y1 P4ha3-201ENSMUST00000057023 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
Ccdc3Q9D6Y1 Dgat2-201ENSMUST00000033001 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
Ccdc3Q9D6Y1 Ppp1cc-202ENSMUST00000102528 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
Ccdc3Q9D6Y1 Borcs6-201ENSMUST00000051888 1862 ntAPPRIS P1 BASIC20.6■□□□□ 0.89
Ccdc3Q9D6Y1 Ost4-202ENSMUST00000132253 1144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
Ccdc3Q9D6Y1 1700020G03Rik-201ENSMUST00000211264 889 ntBASIC20.6■□□□□ 0.89
Ccdc3Q9D6Y1 A030005L19Rik-201ENSMUST00000220768 806 ntAPPRIS P1 BASIC20.6■□□□□ 0.89
Ccdc3Q9D6Y1 Gm40881-201ENSMUST00000223397 166 ntBASIC20.6■□□□□ 0.89
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 21.5 ms