Protein–RNA interactions for Protein: Q61164

Ctcf, Transcriptional repressor CTCF, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 736 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CtcfQ61164 Rbfox3-206ENSMUST00000120061 2150 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
CtcfQ61164 Mbnl3-203ENSMUST00000114876 2243 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CtcfQ61164 Stat5b-201ENSMUST00000004143 5062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CtcfQ61164 2700081O15Rik-202ENSMUST00000159348 4989 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CtcfQ61164 Slc10a3-201ENSMUST00000037967 2023 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CtcfQ61164 Gm11175-201ENSMUST00000116172 543 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
CtcfQ61164 AC117769.4-201ENSMUST00000225679 685 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
CtcfQ61164 Slc50a1-201ENSMUST00000029565 1022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CtcfQ61164 Gm7276-201ENSMUST00000097520 1252 ntAPPRIS P1 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CtcfQ61164 Kctd2-202ENSMUST00000106533 2649 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CtcfQ61164 Sh3rf3-202ENSMUST00000135526 1940 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CtcfQ61164 Unc119-203ENSMUST00000108295 1371 ntTSL 3 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CtcfQ61164 1110008P14Rik-201ENSMUST00000048792 680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CtcfQ61164 Fance-201ENSMUST00000088007 1581 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CtcfQ61164 Smad6-201ENSMUST00000041029 2971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CtcfQ61164 Gtpbp6-201ENSMUST00000077220 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CtcfQ61164 Bpifb4-202ENSMUST00000109757 2420 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CtcfQ61164 Zfp579-201ENSMUST00000108572 2157 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CtcfQ61164 Barhl1-202ENSMUST00000113847 2160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CtcfQ61164 Slc9a7-202ENSMUST00000115393 2152 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CtcfQ61164 Slc16a11-205ENSMUST00000126388 1938 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CtcfQ61164 Gm16049-201ENSMUST00000155166 616 ntTSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CtcfQ61164 Stbd1-202ENSMUST00000200941 523 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CtcfQ61164 Cotl1-201ENSMUST00000034285 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CtcfQ61164 B430319F04Rik-201ENSMUST00000209731 2669 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
CtcfQ61164 Lypla2-201ENSMUST00000067567 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CtcfQ61164 Nle1-201ENSMUST00000103213 1783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CtcfQ61164 Olig3-201ENSMUST00000053225 2072 ntAPPRIS P1 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CtcfQ61164 Etv4-202ENSMUST00000107176 2377 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CtcfQ61164 Etv4-201ENSMUST00000017868 2395 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CtcfQ61164 Lrp3-202ENSMUST00000122409 4147 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CtcfQ61164 Arhgap9-204ENSMUST00000219511 2217 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CtcfQ61164 Fam20b-201ENSMUST00000086153 4414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CtcfQ61164 Gabbr2-201ENSMUST00000107749 5750 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CtcfQ61164 Maf1-211ENSMUST00000161527 1743 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CtcfQ61164 Hmbox1-204ENSMUST00000175905 1715 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CtcfQ61164 B4galt1-202ENSMUST00000108096 1413 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CtcfQ61164 Ctxn1-201ENSMUST00000053252 1212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CtcfQ61164 Dvl3-201ENSMUST00000003318 2498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CtcfQ61164 Ttc6-201ENSMUST00000101398 1484 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CtcfQ61164 D030056L22Rik-202ENSMUST00000062753 1677 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CtcfQ61164 Dnajb2-207ENSMUST00000188290 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CtcfQ61164 Morf4l1-201ENSMUST00000085248 1882 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CtcfQ61164 Ppp1r14a-201ENSMUST00000048187 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CtcfQ61164 Hyal2-201ENSMUST00000010191 1893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CtcfQ61164 A230052G05Rik-201ENSMUST00000050921 2302 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
CtcfQ61164 Ptf1a-201ENSMUST00000028068 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CtcfQ61164 Irx5-202ENSMUST00000210246 2550 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CtcfQ61164 Zfp69-201ENSMUST00000106280 2362 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CtcfQ61164 Apaf1-205ENSMUST00000160788 1596 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CtcfQ61164 Nckap1-202ENSMUST00000111760 4597 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CtcfQ61164 St3gal5-202ENSMUST00000114112 2439 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CtcfQ61164 Ubl3-201ENSMUST00000079324 2537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CtcfQ61164 Magi2-205ENSMUST00000197354 4785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CtcfQ61164 Ipmk-202ENSMUST00000118381 1323 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CtcfQ61164 Spry1-203ENSMUST00000108109 2451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CtcfQ61164 Spry1-201ENSMUST00000038569 2481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CtcfQ61164 Marc1-202ENSMUST00000110992 2152 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CtcfQ61164 Rpl38-203ENSMUST00000106599 457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CtcfQ61164 Pard6a-203ENSMUST00000211888 1179 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CtcfQ61164 Zranb1-202ENSMUST00000106157 5008 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CtcfQ61164 Gm5475-201ENSMUST00000132119 2608 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CtcfQ61164 Nsmce4a-202ENSMUST00000160289 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CtcfQ61164 Rufy1-201ENSMUST00000020643 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CtcfQ61164 Arhgef26-201ENSMUST00000079300 5638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CtcfQ61164 Mpped1-208ENSMUST00000163723 1064 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CtcfQ61164 Klf2-201ENSMUST00000067912 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CtcfQ61164 Dbf4-207ENSMUST00000171808 2402 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CtcfQ61164 Homer1-206ENSMUST00000109493 2580 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CtcfQ61164 Mettl25-201ENSMUST00000046638 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CtcfQ61164 Trnau1ap-203ENSMUST00000105962 961 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CtcfQ61164 Rnf26-206ENSMUST00000216511 2257 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CtcfQ61164 Tbc1d10a-201ENSMUST00000041042 1957 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CtcfQ61164 Ewsr1-205ENSMUST00000102930 2174 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CtcfQ61164 Spint1-201ENSMUST00000028783 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CtcfQ61164 Eva1b-202ENSMUST00000106150 1144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CtcfQ61164 Susd3-203ENSMUST00000119721 1249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CtcfQ61164 Gm42418-201ENSMUST00000182010 1831 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
CtcfQ61164 Txnrd2-212ENSMUST00000177856 1878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CtcfQ61164 Plk5-202ENSMUST00000105351 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CtcfQ61164 Inpp5a-203ENSMUST00000106098 2826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CtcfQ61164 Ccdc88a-202ENSMUST00000109477 1716 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CtcfQ61164 Gm45869-201ENSMUST00000210335 1704 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CtcfQ61164 Pmpca-202ENSMUST00000114093 1638 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CtcfQ61164 Gm28592-201ENSMUST00000186844 741 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CtcfQ61164 Hnrnpab-201ENSMUST00000074669 2370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CtcfQ61164 Gpr160-204ENSMUST00000108261 2213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CtcfQ61164 Hscb-201ENSMUST00000056937 804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CtcfQ61164 Msto1-201ENSMUST00000107494 2093 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CtcfQ61164 Adssl1-201ENSMUST00000021726 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CtcfQ61164 Rbfa-201ENSMUST00000025462 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CtcfQ61164 Rab3ip-203ENSMUST00000219109 1844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CtcfQ61164 Stx3-202ENSMUST00000069285 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CtcfQ61164 Rnf166-201ENSMUST00000014614 1783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CtcfQ61164 Gm15893-201ENSMUST00000143208 1559 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CtcfQ61164 Ntn5-203ENSMUST00000183120 1491 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CtcfQ61164 Mpnd-204ENSMUST00000149441 1701 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CtcfQ61164 Maf1-201ENSMUST00000023212 1686 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CtcfQ61164 A030005K14Rik-201ENSMUST00000193762 1093 ntAPPRIS P1 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CtcfQ61164 Dusp22-201ENSMUST00000091672 1161 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 38.5 ms