Protein–RNA interactions for Protein: P35123

Usp4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, mousemouse

Predictions only

Length 962 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp4P35123 Erf-202ENSMUST00000116343 690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
Usp4P35123 Tmem240-202ENSMUST00000147721 817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Usp4P35123 Slc50a1-201ENSMUST00000029565 1022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Usp4P35123 Klhl2-205ENSMUST00000210166 5126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Usp4P35123 Cdx1-201ENSMUST00000025521 1750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Usp4P35123 Gpr25-201ENSMUST00000086395 1077 ntAPPRIS P1 BASIC22.25■■□□□ 1.15
Usp4P35123 Foxb2-201ENSMUST00000072915 1515 ntAPPRIS P1 BASIC22.25■■□□□ 1.15
Usp4P35123 Btbd19-209ENSMUST00000183310 1620 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
Usp4P35123 Rcor3-206ENSMUST00000192491 1623 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Usp4P35123 Ube2h-201ENSMUST00000094543 975 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Usp4P35123 B230377A18Rik-202ENSMUST00000192921 1364 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
Usp4P35123 Gm45869-201ENSMUST00000210335 1704 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
Usp4P35123 Gpr160-204ENSMUST00000108261 2213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Usp4P35123 Prdm13-202ENSMUST00000095141 3173 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
Usp4P35123 Nab2-201ENSMUST00000026469 2582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Usp4P35123 2010300C02Rik-203ENSMUST00000162875 4634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Usp4P35123 Plpp5-207ENSMUST00000139836 1539 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Usp4P35123 Mbd3-203ENSMUST00000105348 1222 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
Usp4P35123 Gm27040-201ENSMUST00000181984 504 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
Usp4P35123 Gm27502-201ENSMUST00000183495 199 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
Usp4P35123 Siva1-201ENSMUST00000021728 924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Usp4P35123 Terc-201ENSMUST00000082862 423 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
Usp4P35123 Dtnb-210ENSMUST00000173199 2820 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
Usp4P35123 Sel1l3-201ENSMUST00000031090 4512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Usp4P35123 Fra10ac1-201ENSMUST00000067167 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Usp4P35123 Efcc1-201ENSMUST00000032132 2729 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
Usp4P35123 Ankrd54-201ENSMUST00000040676 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Usp4P35123 Kcng2-201ENSMUST00000077962 2813 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
Usp4P35123 Hook1-202ENSMUST00000107083 1506 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Usp4P35123 Spry1-203ENSMUST00000108109 2451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Usp4P35123 Spry1-201ENSMUST00000038569 2481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Usp4P35123 Plk5-201ENSMUST00000039836 2112 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
Usp4P35123 Kctd2-202ENSMUST00000106533 2649 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Usp4P35123 Eml2-202ENSMUST00000117338 2765 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
Usp4P35123 Hscb-201ENSMUST00000056937 804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Usp4P35123 Nrbp2-208ENSMUST00000228366 1863 ntAPPRIS P1 BASIC22.21■■□□□ 1.15
Usp4P35123 Capns1-203ENSMUST00000126116 1429 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Usp4P35123 Cept1-203ENSMUST00000121231 2121 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
Usp4P35123 Azin2-203ENSMUST00000119354 1921 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Usp4P35123 Krt79-201ENSMUST00000023799 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Usp4P35123 Whrn-208ENSMUST00000119294 2632 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Usp4P35123 Ssx2ip-203ENSMUST00000106151 3232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Usp4P35123 Msc-201ENSMUST00000027062 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Usp4P35123 Rell2-211ENSMUST00000176902 1835 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
Usp4P35123 Arhgef26-201ENSMUST00000079300 5638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Usp4P35123 Chrna7-201ENSMUST00000032738 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Usp4P35123 Mcoln1-201ENSMUST00000004683 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Usp4P35123 Rfng-201ENSMUST00000026156 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Usp4P35123 Hyal2-201ENSMUST00000010191 1893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Usp4P35123 Gdf7-202ENSMUST00000220073 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Usp4P35123 Vamp4-206ENSMUST00000150040 901 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
Usp4P35123 Cutc-201ENSMUST00000026199 1298 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Usp4P35123 Gm26617-201ENSMUST00000180381 4429 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
Usp4P35123 Pawr-201ENSMUST00000095313 1745 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Usp4P35123 Wnt5b-204ENSMUST00000178696 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Usp4P35123 Nkx2-2-201ENSMUST00000067075 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Usp4P35123 Nle1-201ENSMUST00000103213 1783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Usp4P35123 Cmas-201ENSMUST00000032419 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Usp4P35123 Lemd3-202ENSMUST00000119944 4743 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Usp4P35123 Galr2-201ENSMUST00000055872 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Usp4P35123 Pdlim4-201ENSMUST00000018755 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Usp4P35123 Inafm1-201ENSMUST00000169612 1605 ntAPPRIS P1 BASIC22.16■■□□□ 1.14
Usp4P35123 Zfp523-201ENSMUST00000002318 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Usp4P35123 Faap24-201ENSMUST00000032704 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Usp4P35123 Arpc2-201ENSMUST00000006467 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Usp4P35123 Gorasp2-201ENSMUST00000028509 2238 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Usp4P35123 A530095I07Rik-201ENSMUST00000070942 847 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Usp4P35123 Mlf2-202ENSMUST00000180095 1475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Usp4P35123 Rasgrf2-206ENSMUST00000216219 2115 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
Usp4P35123 Msx3-202ENSMUST00000172775 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Usp4P35123 Dynll2-201ENSMUST00000020775 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
Usp4P35123 Arf4-201ENSMUST00000022429 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
Usp4P35123 Strn3-201ENSMUST00000013130 3046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
Usp4P35123 Msrb1-201ENSMUST00000101800 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
Usp4P35123 Gm14523-201ENSMUST00000117260 558 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
Usp4P35123 Kiss1-202ENSMUST00000178033 496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
Usp4P35123 Hsd11b2-201ENSMUST00000034363 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
Usp4P35123 Cldnd1-204ENSMUST00000162057 1540 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
Usp4P35123 Nab2-202ENSMUST00000099157 2311 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
Usp4P35123 Irx5-202ENSMUST00000210246 2550 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
Usp4P35123 Puf60-202ENSMUST00000100527 1878 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Usp4P35123 Kcnn2-203ENSMUST00000169783 1625 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Usp4P35123 Klf2-201ENSMUST00000067912 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Usp4P35123 Glrx5-201ENSMUST00000021522 2925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Usp4P35123 Pink1-203ENSMUST00000105817 1711 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
Usp4P35123 Homer1-206ENSMUST00000109493 2580 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
Usp4P35123 Kctd9-201ENSMUST00000078053 3157 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Usp4P35123 Maf1-201ENSMUST00000023212 1686 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Usp4P35123 Txndc9-207ENSMUST00000195032 1444 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
Usp4P35123 4933408J17Rik-201ENSMUST00000181835 1859 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
Usp4P35123 Ccdc61-201ENSMUST00000098780 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Usp4P35123 Ethe1-201ENSMUST00000077191 1484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Usp4P35123 Dpy19l1-206ENSMUST00000170356 4715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
Usp4P35123 Slc39a13-203ENSMUST00000111436 1291 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Usp4P35123 Sike1-202ENSMUST00000119450 774 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
Usp4P35123 Cox11-201ENSMUST00000020851 1224 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Usp4P35123 A830092H15Rik-201ENSMUST00000099182 1229 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
Usp4P35123 Prrx2-201ENSMUST00000041659 1441 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Usp4P35123 Snapin-203ENSMUST00000149884 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Usp4P35123 Ubl3-201ENSMUST00000079324 2537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 56.7 ms