Protein–RNA interactions for Protein: Q9D6Y1

Ccdc3, Coiled-coil domain-containing protein 3, mousemouse

Predictions only

Length 273 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc3Q9D6Y1 Mrgbp-201ENSMUST00000029085 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
Ccdc3Q9D6Y1 Selenof-201ENSMUST00000082437 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
Ccdc3Q9D6Y1 Syt6-204ENSMUST00000118563 1843 ntTSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
Ccdc3Q9D6Y1 St7-209ENSMUST00000115420 2094 ntTSL 5 BASIC20.87■□□□□ 0.93
Ccdc3Q9D6Y1 Siah1b-202ENSMUST00000071667 1712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
Ccdc3Q9D6Y1 Lyar-201ENSMUST00000087514 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
Ccdc3Q9D6Y1 Lemd3-202ENSMUST00000119944 4743 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
Ccdc3Q9D6Y1 F930015N05Rik-201ENSMUST00000177999 1498 ntAPPRIS P1 BASIC20.86■□□□□ 0.93
Ccdc3Q9D6Y1 Ubtf-210ENSMUST00000174302 4692 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.86■□□□□ 0.93
Ccdc3Q9D6Y1 Hmg20b-203ENSMUST00000105324 1540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
Ccdc3Q9D6Y1 Nkx2-5-201ENSMUST00000015723 1525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
Ccdc3Q9D6Y1 H3f3a-207ENSMUST00000162814 724 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC20.85■□□□□ 0.93
Ccdc3Q9D6Y1 Ptbp3-208ENSMUST00000172768 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.85■□□□□ 0.93
Ccdc3Q9D6Y1 Socs1-201ENSMUST00000038099 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
Ccdc3Q9D6Y1 Agpat5-201ENSMUST00000033847 2841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
Ccdc3Q9D6Y1 Gm28417-201ENSMUST00000185218 785 ntTSL 3 BASIC20.84■□□□□ 0.93
Ccdc3Q9D6Y1 Copz2-201ENSMUST00000018816 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
Ccdc3Q9D6Y1 Serp2-201ENSMUST00000064517 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
Ccdc3Q9D6Y1 4930527J03Rik-201ENSMUST00000094270 543 ntBASIC20.84■□□□□ 0.93
Ccdc3Q9D6Y1 AC153524.1-201ENSMUST00000220436 1935 ntBASIC20.84■□□□□ 0.93
Ccdc3Q9D6Y1 Sccpdh-201ENSMUST00000040538 1948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
Ccdc3Q9D6Y1 Srsf6-202ENSMUST00000126163 515 ntTSL 5 BASIC20.83■□□□□ 0.93
Ccdc3Q9D6Y1 Zfp629-208ENSMUST00000151107 583 ntTSL 3 BASIC20.83■□□□□ 0.93
Ccdc3Q9D6Y1 Gm5131-201ENSMUST00000212776 1238 ntBASIC20.83■□□□□ 0.93
Ccdc3Q9D6Y1 Ncoa7-206ENSMUST00000215725 1445 ntTSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
Ccdc3Q9D6Y1 Slc36a1-201ENSMUST00000020499 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
Ccdc3Q9D6Y1 Kcnk12-201ENSMUST00000055221 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
Ccdc3Q9D6Y1 Eml4-201ENSMUST00000049503 5109 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
Ccdc3Q9D6Y1 Pou6f1-202ENSMUST00000073837 4953 ntTSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
Ccdc3Q9D6Y1 Cdkn1c-202ENSMUST00000167912 1888 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
Ccdc3Q9D6Y1 Msc-201ENSMUST00000027062 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
Ccdc3Q9D6Y1 Gm16464-201ENSMUST00000117815 1095 ntBASIC20.82■□□□□ 0.92
Ccdc3Q9D6Y1 1700016H13Rik-204ENSMUST00000120688 612 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.82■□□□□ 0.92
Ccdc3Q9D6Y1 Kcnip2-201ENSMUST00000026247 1203 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
Ccdc3Q9D6Y1 Jtb-201ENSMUST00000029546 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
Ccdc3Q9D6Y1 Ptms-201ENSMUST00000032216 1149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
Ccdc3Q9D6Y1 4933440N22Rik-202ENSMUST00000204444 1952 ntBASIC20.81■□□□□ 0.92
Ccdc3Q9D6Y1 Arhgef25-205ENSMUST00000218654 2475 ntTSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
Ccdc3Q9D6Y1 Rabac1-201ENSMUST00000076961 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
Ccdc3Q9D6Y1 Rps2-ps6-201ENSMUST00000095471 855 ntBASIC20.81■□□□□ 0.92
Ccdc3Q9D6Y1 Cadps-204ENSMUST00000177814 5461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
Ccdc3Q9D6Y1 Nisch-201ENSMUST00000022469 5559 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.81■□□□□ 0.92
Ccdc3Q9D6Y1 Klhl2-205ENSMUST00000210166 5126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
Ccdc3Q9D6Y1 Gm28731-201ENSMUST00000185564 1569 ntBASIC20.8■□□□□ 0.92
Ccdc3Q9D6Y1 Snrpb-201ENSMUST00000103199 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
Ccdc3Q9D6Y1 Polr1d-201ENSMUST00000050970 1196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
Ccdc3Q9D6Y1 P4htm-201ENSMUST00000006853 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
Ccdc3Q9D6Y1 Gm5602-201ENSMUST00000146366 1763 ntTSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
Ccdc3Q9D6Y1 March5-201ENSMUST00000024078 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
Ccdc3Q9D6Y1 Spata5l1-202ENSMUST00000152813 1526 ntTSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
Ccdc3Q9D6Y1 AC122379.1-201ENSMUST00000220658 355 ntTSL 3 BASIC20.79■□□□□ 0.92
Ccdc3Q9D6Y1 Mnx1-202ENSMUST00000165512 2245 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
Ccdc3Q9D6Y1 Txnrd2-214ENSMUST00000205679 1866 ntTSL 5 BASIC20.79■□□□□ 0.92
Ccdc3Q9D6Y1 Slc25a1-201ENSMUST00000003622 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
Ccdc3Q9D6Y1 Fance-201ENSMUST00000088007 1581 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
Ccdc3Q9D6Y1 Tcea2-201ENSMUST00000103042 1183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
Ccdc3Q9D6Y1 Psmg1-202ENSMUST00000117044 807 ntTSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
Ccdc3Q9D6Y1 Gm11614-201ENSMUST00000137598 736 ntTSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
Ccdc3Q9D6Y1 Smco4-203ENSMUST00000215907 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
Ccdc3Q9D6Y1 Cdk18-202ENSMUST00000112362 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
Ccdc3Q9D6Y1 Zcchc14-201ENSMUST00000046386 7444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
Ccdc3Q9D6Y1 4933408J17Rik-201ENSMUST00000181835 1859 ntTSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.92
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem120a-201ENSMUST00000043378 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
Ccdc3Q9D6Y1 Gm9833-201ENSMUST00000061419 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
Ccdc3Q9D6Y1 Anp32e-210ENSMUST00000171368 878 ntTSL 3 BASIC20.77■□□□□ 0.92
Ccdc3Q9D6Y1 Gm7417-201ENSMUST00000192950 473 ntBASIC20.77■□□□□ 0.92
Ccdc3Q9D6Y1 Rap1a-202ENSMUST00000197094 782 ntTSL 3 BASIC20.77■□□□□ 0.92
Ccdc3Q9D6Y1 Rfx5-204ENSMUST00000107255 2350 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.91
Ccdc3Q9D6Y1 Gm15893-201ENSMUST00000143208 1559 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
Ccdc3Q9D6Y1 Vwc2-201ENSMUST00000056344 1350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
Ccdc3Q9D6Y1 Tbc1d24-201ENSMUST00000024931 4894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
Ccdc3Q9D6Y1 Gm10653-201ENSMUST00000132250 1232 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
Ccdc3Q9D6Y1 Gm10653-203ENSMUST00000156423 1232 ntTSL 5 BASIC20.76■□□□□ 0.91
Ccdc3Q9D6Y1 Btbd6-206ENSMUST00000222209 644 ntTSL 3 BASIC20.76■□□□□ 0.91
Ccdc3Q9D6Y1 Slc35b2-205ENSMUST00000224905 1906 ntAPPRIS P1 BASIC20.76■□□□□ 0.91
Ccdc3Q9D6Y1 Naxd-202ENSMUST00000177955 1307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
Ccdc3Q9D6Y1 Iars2-202ENSMUST00000110974 2431 ntTSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
Ccdc3Q9D6Y1 Gtf2h2-202ENSMUST00000066984 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
Ccdc3Q9D6Y1 Dynlt1f-201ENSMUST00000179554 807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
Ccdc3Q9D6Y1 Sdccag3-201ENSMUST00000028293 2031 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
Ccdc3Q9D6Y1 Cars2-201ENSMUST00000049461 1902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
Ccdc3Q9D6Y1 Ube2e3-201ENSMUST00000028398 2249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
Ccdc3Q9D6Y1 Dyrk1b-202ENSMUST00000172467 2523 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
Ccdc3Q9D6Y1 Dyrk1b-201ENSMUST00000085901 2534 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
Ccdc3Q9D6Y1 Rbfa-201ENSMUST00000025462 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
Ccdc3Q9D6Y1 Gm11837-201ENSMUST00000136992 876 ntTSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
Ccdc3Q9D6Y1 Gm2415-203ENSMUST00000149952 435 ntTSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
Ccdc3Q9D6Y1 Nenf-201ENSMUST00000046770 742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
Ccdc3Q9D6Y1 Insm2-201ENSMUST00000051857 2660 ntAPPRIS P1 BASIC20.73■□□□□ 0.91
Ccdc3Q9D6Y1 Arrdc2-201ENSMUST00000002989 2355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
Ccdc3Q9D6Y1 Gm9748-202ENSMUST00000194881 783 ntTSL 2 BASIC20.73■□□□□ 0.91
Ccdc3Q9D6Y1 Hist2h2ab-201ENSMUST00000073115 444 ntAPPRIS P1 BASIC20.73■□□□□ 0.91
Ccdc3Q9D6Y1 Txnrd2-216ENSMUST00000206606 1809 ntTSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
Ccdc3Q9D6Y1 Emc10-201ENSMUST00000118515 1662 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
Ccdc3Q9D6Y1 Ccdc85c-201ENSMUST00000136175 1302 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
Ccdc3Q9D6Y1 Vkorc1l1-201ENSMUST00000051758 3112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
Ccdc3Q9D6Y1 Ube2k-204ENSMUST00000201292 1529 ntTSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
Ccdc3Q9D6Y1 P3h3-201ENSMUST00000023958 2850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
Ccdc3Q9D6Y1 2010300C02Rik-203ENSMUST00000162875 4634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
Ccdc3Q9D6Y1 Gadd45a-207ENSMUST00000204369 716 ntTSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 16.4 ms