Protein–RNA interactions for Protein: Q61164

Ctcf, Transcriptional repressor CTCF, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 736 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CtcfQ61164 Thap8-202ENSMUST00000108187 1184 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
CtcfQ61164 Qdpr-201ENSMUST00000015950 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CtcfQ61164 Prdm13-201ENSMUST00000076206 2993 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
CtcfQ61164 1810026B05Rik-203ENSMUST00000184587 5738 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CtcfQ61164 Eml4-201ENSMUST00000049503 5109 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CtcfQ61164 Cdc16-201ENSMUST00000043962 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CtcfQ61164 Aktip-205ENSMUST00000125257 2079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CtcfQ61164 Card19-201ENSMUST00000048946 804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CtcfQ61164 Usp39-201ENSMUST00000070345 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
CtcfQ61164 Tmem230-201ENSMUST00000028816 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CtcfQ61164 Rfng-201ENSMUST00000026156 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CtcfQ61164 Fndc5-201ENSMUST00000102600 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CtcfQ61164 Gpr162-201ENSMUST00000046893 2676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CtcfQ61164 Tmem70-201ENSMUST00000065373 1710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CtcfQ61164 Grap-201ENSMUST00000004959 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CtcfQ61164 Scarb1-202ENSMUST00000111390 2367 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CtcfQ61164 Cntln-202ENSMUST00000102819 2239 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CtcfQ61164 Txn2-204ENSMUST00000109748 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CtcfQ61164 Gm44428-201ENSMUST00000204474 874 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
CtcfQ61164 Cys1-208ENSMUST00000189849 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CtcfQ61164 Dusp2-201ENSMUST00000028846 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CtcfQ61164 Frat1-201ENSMUST00000087155 2614 ntAPPRIS P1 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CtcfQ61164 Cadps-203ENSMUST00000112658 5458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CtcfQ61164 Adat3-204ENSMUST00000038411 1411 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CtcfQ61164 Tinagl1-209ENSMUST00000175992 1847 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CtcfQ61164 Pus1-202ENSMUST00000031483 1814 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CtcfQ61164 Psmg1-201ENSMUST00000023630 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CtcfQ61164 Tmem164-205ENSMUST00000112891 1654 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CtcfQ61164 Gm10837-201ENSMUST00000100294 1536 ntAPPRIS P1 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CtcfQ61164 Pink1-203ENSMUST00000105817 1711 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CtcfQ61164 Slc35b2-205ENSMUST00000224905 1906 ntAPPRIS P1 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CtcfQ61164 Asf1a-205ENSMUST00000219282 1150 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CtcfQ61164 Dpysl3-201ENSMUST00000025379 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CtcfQ61164 Zfp523-201ENSMUST00000002318 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CtcfQ61164 Ints11-201ENSMUST00000030901 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CtcfQ61164 Prpsap2-204ENSMUST00000168115 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CtcfQ61164 Neurl4-202ENSMUST00000108617 4892 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CtcfQ61164 Stub1-201ENSMUST00000044911 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CtcfQ61164 Dcbld2-201ENSMUST00000046663 6561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CtcfQ61164 Tshz1-201ENSMUST00000060303 5656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CtcfQ61164 Gm27502-201ENSMUST00000183495 199 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
CtcfQ61164 Gm10125-205ENSMUST00000161921 1463 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CtcfQ61164 Kctd20-201ENSMUST00000057174 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CtcfQ61164 Hmox2-202ENSMUST00000118885 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CtcfQ61164 Arpc5l-202ENSMUST00000112862 1339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CtcfQ61164 Hs6st3-201ENSMUST00000065904 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CtcfQ61164 Gpr160-202ENSMUST00000108258 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CtcfQ61164 Nudt3-203ENSMUST00000114886 996 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CtcfQ61164 Gm13256-201ENSMUST00000131297 520 ntTSL 3 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CtcfQ61164 Gm22567-201ENSMUST00000175542 342 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
CtcfQ61164 Ppp1r14a-202ENSMUST00000207714 755 ntTSL 3 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CtcfQ61164 D17Wsu92e-201ENSMUST00000075076 1470 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CtcfQ61164 Gprc5b-204ENSMUST00000208394 1416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CtcfQ61164 Ears2-201ENSMUST00000033159 2046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CtcfQ61164 Ppp1r14c-201ENSMUST00000043374 2617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CtcfQ61164 Six5-201ENSMUST00000049454 3007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CtcfQ61164 Btbd6-204ENSMUST00000221104 2085 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
CtcfQ61164 Gm11687-201ENSMUST00000118911 886 ntBASIC23.39■■□□□ 1.33
CtcfQ61164 Efcc1-201ENSMUST00000032132 2729 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
CtcfQ61164 Fra10ac1-201ENSMUST00000067167 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CtcfQ61164 Adgrb1-201ENSMUST00000042035 6228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CtcfQ61164 Ptpn18-201ENSMUST00000027302 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CtcfQ61164 Zcchc2-202ENSMUST00000119166 6368 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CtcfQ61164 Gm20458-201ENSMUST00000164863 1369 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
CtcfQ61164 Trip10-207ENSMUST00000224947 2016 ntAPPRIS P2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CtcfQ61164 Gm16286-201ENSMUST00000025463 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CtcfQ61164 Tinagl1-203ENSMUST00000105999 1952 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CtcfQ61164 Lmtk3-202ENSMUST00000120005 4997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CtcfQ61164 Gm37415-201ENSMUST00000192265 2054 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
CtcfQ61164 Cox11-201ENSMUST00000020851 1224 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CtcfQ61164 Arpc2-201ENSMUST00000006467 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CtcfQ61164 Anp32b-201ENSMUST00000102926 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CtcfQ61164 Gm26776-201ENSMUST00000180479 1872 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CtcfQ61164 Gm3558-201ENSMUST00000163790 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CtcfQ61164 Fgf16-201ENSMUST00000033581 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CtcfQ61164 A430027H14Rik-201ENSMUST00000191809 1467 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
CtcfQ61164 Gm9934-202ENSMUST00000191246 1713 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CtcfQ61164 Smurf2-202ENSMUST00000103067 5290 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CtcfQ61164 Tceal6-201ENSMUST00000033783 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CtcfQ61164 Gadd45a-201ENSMUST00000043098 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CtcfQ61164 Eml2-202ENSMUST00000117338 2765 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CtcfQ61164 Chrna7-201ENSMUST00000032738 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CtcfQ61164 Mcoln1-201ENSMUST00000004683 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CtcfQ61164 Retreg2-208ENSMUST00000190240 2438 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CtcfQ61164 Crct1-201ENSMUST00000029521 718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CtcfQ61164 Maf1-204ENSMUST00000160172 1537 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CtcfQ61164 Ppp3cc-201ENSMUST00000078434 1970 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CtcfQ61164 Ppp2r5a-201ENSMUST00000067976 3088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CtcfQ61164 Spag4-201ENSMUST00000038860 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CtcfQ61164 Srsf12-201ENSMUST00000067864 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CtcfQ61164 Dnajc19-202ENSMUST00000108195 659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CtcfQ61164 Ppa2-203ENSMUST00000122334 1368 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CtcfQ61164 Usp2-206ENSMUST00000176416 1486 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CtcfQ61164 Ube2b-201ENSMUST00000020657 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CtcfQ61164 Gm10642-201ENSMUST00000098589 1610 ntAPPRIS P1 BASIC23.34■■□□□ 1.33
CtcfQ61164 Smagp-202ENSMUST00000172334 952 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
CtcfQ61164 Pdp1-204ENSMUST00000108299 2588 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
CtcfQ61164 4930526A20Rik-202ENSMUST00000142461 1628 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
CtcfQ61164 Atf5-201ENSMUST00000047356 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CtcfQ61164 Dennd6a-202ENSMUST00000203874 2677 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 88.8 ms