Protein–RNA interactions for Protein: Q5NCC9

Trim58, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM58, mousemouse

Predictions only

Length 485 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim58Q5NCC9 Foxk2-201ENSMUST00000106113 5029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
Trim58Q5NCC9 Hs6st3-201ENSMUST00000065904 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
Trim58Q5NCC9 Ccdc92-201ENSMUST00000036206 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
Trim58Q5NCC9 Nle1-201ENSMUST00000103213 1783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
Trim58Q5NCC9 Tlk2-202ENSMUST00000092537 2743 ntTSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
Trim58Q5NCC9 Gm13042-201ENSMUST00000119244 1955 ntBASIC27.3■■□□□ 1.96
Trim58Q5NCC9 Rcor3-206ENSMUST00000192491 1623 ntTSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
Trim58Q5NCC9 1700020L24Rik-201ENSMUST00000037378 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
Trim58Q5NCC9 Rab4a-202ENSMUST00000118535 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
Trim58Q5NCC9 Btbd19-209ENSMUST00000183310 1620 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.28■■□□□ 1.96
Trim58Q5NCC9 Gtpbp6-201ENSMUST00000077220 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
Trim58Q5NCC9 Sh2d4b-202ENSMUST00000096000 1597 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
Trim58Q5NCC9 Gm45713-201ENSMUST00000209467 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
Trim58Q5NCC9 Dpysl3-201ENSMUST00000025379 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
Trim58Q5NCC9 Gm37415-201ENSMUST00000192265 2054 ntBASIC27.28■■□□□ 1.96
Trim58Q5NCC9 Ihh-201ENSMUST00000164097 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
Trim58Q5NCC9 Eif4e2-204ENSMUST00000113231 1119 ntTSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
Trim58Q5NCC9 Vegfb-202ENSMUST00000130048 1158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
Trim58Q5NCC9 Nsd1-206ENSMUST00000224918 1001 ntBASIC27.27■■□□□ 1.96
Trim58Q5NCC9 Gm26776-201ENSMUST00000180479 1872 ntTSL 5 BASIC27.27■■□□□ 1.96
Trim58Q5NCC9 Ube2b-201ENSMUST00000020657 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
Trim58Q5NCC9 Gm32051-202ENSMUST00000197905 2385 ntBASIC27.27■■□□□ 1.96
Trim58Q5NCC9 D030056L22Rik-202ENSMUST00000062753 1677 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
Trim58Q5NCC9 Exosc8-201ENSMUST00000029316 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
Trim58Q5NCC9 Rab3ip-203ENSMUST00000219109 1844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
Trim58Q5NCC9 Dync1i1-203ENSMUST00000115556 2718 ntTSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
Trim58Q5NCC9 4930500M09Rik-202ENSMUST00000194988 1563 ntBASIC27.26■■□□□ 1.95
Trim58Q5NCC9 Cotl1-201ENSMUST00000034285 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
Trim58Q5NCC9 Pbx2-201ENSMUST00000038149 3068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
Trim58Q5NCC9 Cbln2-204ENSMUST00000169470 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
Trim58Q5NCC9 Crim1-201ENSMUST00000112498 5995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
Trim58Q5NCC9 Gas2l1-202ENSMUST00000056649 2847 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.25■■□□□ 1.95
Trim58Q5NCC9 4933429H19Rik-202ENSMUST00000187361 995 ntBASIC27.25■■□□□ 1.95
Trim58Q5NCC9 Gm42418-201ENSMUST00000182010 1831 ntBASIC27.25■■□□□ 1.95
Trim58Q5NCC9 Rell2-201ENSMUST00000070709 1767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
Trim58Q5NCC9 Wwc1-201ENSMUST00000018993 4531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
Trim58Q5NCC9 Fam60a-202ENSMUST00000081956 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
Trim58Q5NCC9 Lyar-201ENSMUST00000087514 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
Trim58Q5NCC9 Dynlrb1-204ENSMUST00000150602 788 ntTSL 2 BASIC27.24■■□□□ 1.95
Trim58Q5NCC9 Ppp2r3d-202ENSMUST00000180270 450 ntTSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
Trim58Q5NCC9 Gm45095-201ENSMUST00000206736 254 ntTSL 5 BASIC27.24■■□□□ 1.95
Trim58Q5NCC9 Dbp-203ENSMUST00000211357 1252 ntTSL 5 BASIC27.24■■□□□ 1.95
Trim58Q5NCC9 Gm45869-201ENSMUST00000210335 1704 ntTSL 5 BASIC27.24■■□□□ 1.95
Trim58Q5NCC9 St3gal5-202ENSMUST00000114112 2439 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
Trim58Q5NCC9 Rfng-201ENSMUST00000026156 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
Trim58Q5NCC9 Gm15334-201ENSMUST00000131421 325 ntTSL 3 BASIC27.23■■□□□ 1.95
Trim58Q5NCC9 Hey1-201ENSMUST00000042412 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
Trim58Q5NCC9 Inafm2-201ENSMUST00000149978 3053 ntAPPRIS P1 BASIC27.22■■□□□ 1.95
Trim58Q5NCC9 Gm3558-201ENSMUST00000163790 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
Trim58Q5NCC9 Ildr2-202ENSMUST00000192426 1238 ntTSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
Trim58Q5NCC9 Gm43592-201ENSMUST00000196922 1165 ntBASIC27.22■■□□□ 1.95
Trim58Q5NCC9 Sh3bp1-203ENSMUST00000089378 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
Trim58Q5NCC9 Pom121-201ENSMUST00000111171 5580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
Trim58Q5NCC9 Hrk-201ENSMUST00000054836 5382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
Trim58Q5NCC9 Irak1-202ENSMUST00000068286 2537 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
Trim58Q5NCC9 Morf4l1-201ENSMUST00000085248 1882 ntTSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
Trim58Q5NCC9 P2rx2-203ENSMUST00000195985 2096 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.95
Trim58Q5NCC9 Ccdc88a-202ENSMUST00000109477 1716 ntTSL 2 BASIC27.2■■□□□ 1.94
Trim58Q5NCC9 Hpf1-204ENSMUST00000146863 531 ntTSL 2 BASIC27.2■■□□□ 1.94
Trim58Q5NCC9 Hmbox1-204ENSMUST00000175905 1715 ntTSL 5 BASIC27.2■■□□□ 1.94
Trim58Q5NCC9 Txnrd2-212ENSMUST00000177856 1878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.2■■□□□ 1.94
Trim58Q5NCC9 Tle1-205ENSMUST00000107337 2067 ntTSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
Trim58Q5NCC9 Gm8098-201ENSMUST00000146985 1499 ntTSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
Trim58Q5NCC9 Hyal2-201ENSMUST00000010191 1893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
Trim58Q5NCC9 Ctsz-201ENSMUST00000016400 1441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
Trim58Q5NCC9 Vcpkmt-201ENSMUST00000058639 1027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
Trim58Q5NCC9 Arf4-201ENSMUST00000022429 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
Trim58Q5NCC9 Slc10a3-201ENSMUST00000037967 2023 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
Trim58Q5NCC9 Psmd7-201ENSMUST00000044106 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
Trim58Q5NCC9 March2-206ENSMUST00000173329 2566 ntTSL 2 BASIC27.18■■□□□ 1.94
Trim58Q5NCC9 Fam189a2-201ENSMUST00000096164 2547 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.18■■□□□ 1.94
Trim58Q5NCC9 Arhgap39-204ENSMUST00000176219 542 ntTSL 5 BASIC27.18■■□□□ 1.94
Trim58Q5NCC9 Cacnb3-202ENSMUST00000109150 2670 ntTSL 5 BASIC27.18■■□□□ 1.94
Trim58Q5NCC9 Zc3h6-201ENSMUST00000110319 1484 ntTSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
Trim58Q5NCC9 Otud3-201ENSMUST00000097830 1668 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.17■■□□□ 1.94
Trim58Q5NCC9 Mrpl48-207ENSMUST00000146003 1625 ntTSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
Trim58Q5NCC9 Carm1-203ENSMUST00000115395 3152 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
Trim58Q5NCC9 Ybx2-205ENSMUST00000149194 1235 ntTSL 5 BASIC27.17■■□□□ 1.94
Trim58Q5NCC9 Pex7-203ENSMUST00000166511 1047 ntTSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
Trim58Q5NCC9 Cox4i1-205ENSMUST00000181586 765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
Trim58Q5NCC9 Aldoa-214ENSMUST00000207534 741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.17■■□□□ 1.94
Trim58Q5NCC9 Klf2-201ENSMUST00000067912 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
Trim58Q5NCC9 Fkbp8-201ENSMUST00000075491 1698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
Trim58Q5NCC9 Ttc7b-201ENSMUST00000062957 3446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
Trim58Q5NCC9 Trip10-207ENSMUST00000224947 2016 ntAPPRIS P2 BASIC27.16■■□□□ 1.94
Trim58Q5NCC9 Rnaset2a-201ENSMUST00000097420 1259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
Trim58Q5NCC9 Mpzl1-202ENSMUST00000111435 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
Trim58Q5NCC9 Scarb1-202ENSMUST00000111390 2367 ntTSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
Trim58Q5NCC9 Ski-201ENSMUST00000030917 5522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
Trim58Q5NCC9 Maf1-211ENSMUST00000161527 1743 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.16■■□□□ 1.94
Trim58Q5NCC9 Ube2k-206ENSMUST00000201984 1449 ntTSL 3 BASIC27.16■■□□□ 1.94
Trim58Q5NCC9 Eif2b3-203ENSMUST00000106448 1555 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.15■■□□□ 1.94
Trim58Q5NCC9 Rab26-201ENSMUST00000035797 1575 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
Trim58Q5NCC9 Gm10420-201ENSMUST00000121713 882 ntBASIC27.15■■□□□ 1.94
Trim58Q5NCC9 Wnt5b-204ENSMUST00000178696 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
Trim58Q5NCC9 Cntln-202ENSMUST00000102819 2239 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
Trim58Q5NCC9 BC037034-201ENSMUST00000048421 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
Trim58Q5NCC9 Stmn4-204ENSMUST00000121955 1361 ntTSL 5 BASIC27.14■■□□□ 1.94
Trim58Q5NCC9 Mpnd-209ENSMUST00000162883 1400 ntTSL 5 BASIC27.14■■□□□ 1.93
Trim58Q5NCC9 Bbc3-201ENSMUST00000002152 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 11.8 ms