Protein–RNA interactions for Protein: Q9CQ56

Use1, Vesicle transport protein USE1, mousemouse

Predictions only

Length 270 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Use1Q9CQ56 Taf11-202ENSMUST00000114848 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
Use1Q9CQ56 Morn4-201ENSMUST00000051772 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
Use1Q9CQ56 Psmb8-201ENSMUST00000025196 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
Use1Q9CQ56 Gprc5b-204ENSMUST00000208394 1416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
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Use1Q9CQ56 4930426D05Rik-204ENSMUST00000144487 1393 ntTSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.84
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Use1Q9CQ56 Runx2-211ENSMUST00000162629 1607 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
Use1Q9CQ56 Tifa-202ENSMUST00000163775 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
Use1Q9CQ56 Prpsap2-204ENSMUST00000168115 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
Use1Q9CQ56 Eef1a2-201ENSMUST00000055990 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
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Use1Q9CQ56 Chtf8-205ENSMUST00000176515 694 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
Use1Q9CQ56 Gm44428-201ENSMUST00000204474 874 ntBASIC20.32■□□□□ 0.84
Use1Q9CQ56 Qdpr-201ENSMUST00000015950 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
Use1Q9CQ56 Ltb4r1-201ENSMUST00000057569 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
Use1Q9CQ56 Rab43-203ENSMUST00000078647 4605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
Use1Q9CQ56 Chsy1-201ENSMUST00000036372 4176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
Use1Q9CQ56 Slc50a1-201ENSMUST00000029565 1022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
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Use1Q9CQ56 Fbxl3-204ENSMUST00000132004 2534 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
Use1Q9CQ56 Slc16a11-205ENSMUST00000126388 1938 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
Use1Q9CQ56 Msc-201ENSMUST00000027062 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
Use1Q9CQ56 Rfx5-205ENSMUST00000107260 2355 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
Use1Q9CQ56 Slc35e2-203ENSMUST00000118607 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
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Use1Q9CQ56 Tmem192-202ENSMUST00000079896 916 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
Use1Q9CQ56 Mad2l2-202ENSMUST00000084129 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
Use1Q9CQ56 Hey1-201ENSMUST00000042412 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
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Use1Q9CQ56 Klhdc2-201ENSMUST00000021362 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
Use1Q9CQ56 March2-206ENSMUST00000173329 2566 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
Use1Q9CQ56 Ndrg2-202ENSMUST00000111632 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
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Use1Q9CQ56 Gse1-203ENSMUST00000120493 4610 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
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Use1Q9CQ56 Id3-201ENSMUST00000008016 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
Use1Q9CQ56 Gpr25-201ENSMUST00000086395 1077 ntAPPRIS P1 BASIC20.25■□□□□ 0.83
Use1Q9CQ56 Cobll1-204ENSMUST00000112430 4917 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
Use1Q9CQ56 Hnrnpab-202ENSMUST00000101249 2013 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
Use1Q9CQ56 Kcna3-201ENSMUST00000052718 1902 ntAPPRIS P1 BASIC20.25■□□□□ 0.83
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Use1Q9CQ56 Gm20387-201ENSMUST00000173609 1783 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
Use1Q9CQ56 Map4k3-202ENSMUST00000112389 4231 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
Use1Q9CQ56 Mindy2-202ENSMUST00000213380 2521 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
Use1Q9CQ56 Tm9sf3-201ENSMUST00000025989 6144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
Use1Q9CQ56 BC037034-205ENSMUST00000159649 2093 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
Use1Q9CQ56 Gm10837-201ENSMUST00000100294 1536 ntAPPRIS P1 BASIC20.23■□□□□ 0.83
Use1Q9CQ56 Acss2-203ENSMUST00000103142 2145 ntTSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
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Use1Q9CQ56 Pds5a-209ENSMUST00000201948 8934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
Use1Q9CQ56 B4galt1-202ENSMUST00000108096 1413 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
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Use1Q9CQ56 Ccnh-201ENSMUST00000022030 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
Use1Q9CQ56 Larp4b-204ENSMUST00000188939 2658 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
Use1Q9CQ56 Tmem230-201ENSMUST00000028816 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
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Use1Q9CQ56 Tnks2-201ENSMUST00000025729 6481 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 42.2 ms