Protein–RNA interactions for Protein: Q9JKU8

Lmx1a, LIM homeobox transcription factor 1-alpha, mousemouse

Predictions only

Length 382 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Lmx1aQ9JKU8 Adra1d-201ENSMUST00000103184 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Lmx1aQ9JKU8 2310061I04Rik-202ENSMUST00000146451 2081 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Lmx1aQ9JKU8 Terf2-203ENSMUST00000116425 2471 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Lmx1aQ9JKU8 Plekha3-201ENSMUST00000111920 2534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Lmx1aQ9JKU8 Jmjd6-201ENSMUST00000047616 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Lmx1aQ9JKU8 Asf1a-201ENSMUST00000020004 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Lmx1aQ9JKU8 Pgk1-201ENSMUST00000081593 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Lmx1aQ9JKU8 Atp5j-202ENSMUST00000114191 742 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
Lmx1aQ9JKU8 Txnrd2-201ENSMUST00000115604 1235 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Lmx1aQ9JKU8 Socs1-201ENSMUST00000038099 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Lmx1aQ9JKU8 Bloc1s4-201ENSMUST00000071949 1273 ntAPPRIS P1 BASIC22.37■■□□□ 1.17
Lmx1aQ9JKU8 Nt5m-201ENSMUST00000102695 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Lmx1aQ9JKU8 Cited2-201ENSMUST00000038107 1979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Lmx1aQ9JKU8 1700034H15Rik-201ENSMUST00000069573 1461 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Lmx1aQ9JKU8 Snrpb-201ENSMUST00000103199 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Lmx1aQ9JKU8 Bex1-201ENSMUST00000058125 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Lmx1aQ9JKU8 Rps2-ps6-201ENSMUST00000095471 855 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
Lmx1aQ9JKU8 Adat3-204ENSMUST00000038411 1411 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
Lmx1aQ9JKU8 Cpe-201ENSMUST00000048967 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Lmx1aQ9JKU8 Gm10125-205ENSMUST00000161921 1463 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Lmx1aQ9JKU8 Rtl10-201ENSMUST00000146673 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Lmx1aQ9JKU8 H3f3a-207ENSMUST00000162814 724 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
Lmx1aQ9JKU8 4833418N17Rik-201ENSMUST00000064826 615 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
Lmx1aQ9JKU8 Prr5-201ENSMUST00000065499 1830 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Lmx1aQ9JKU8 Atp8a1-203ENSMUST00000113651 808 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
Lmx1aQ9JKU8 Dynlrb1-204ENSMUST00000150602 788 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
Lmx1aQ9JKU8 Copz2-201ENSMUST00000018816 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Lmx1aQ9JKU8 Bub3-205ENSMUST00000208571 747 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
Lmx1aQ9JKU8 AC122379.1-201ENSMUST00000220658 355 ntTSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
Lmx1aQ9JKU8 C1qtnf5-204ENSMUST00000114821 1365 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
Lmx1aQ9JKU8 Fastk-202ENSMUST00000115041 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
Lmx1aQ9JKU8 Tmem164-204ENSMUST00000112889 1742 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
Lmx1aQ9JKU8 Ccdc85c-201ENSMUST00000136175 1302 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
Lmx1aQ9JKU8 Gm10837-201ENSMUST00000100294 1536 ntAPPRIS P1 BASIC22.32■■□□□ 1.16
Lmx1aQ9JKU8 Gm28417-201ENSMUST00000185218 785 ntTSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
Lmx1aQ9JKU8 Cmas-201ENSMUST00000032419 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Lmx1aQ9JKU8 Slc16a11-207ENSMUST00000136328 1403 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
Lmx1aQ9JKU8 2810002D19Rik-201ENSMUST00000152313 2040 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Lmx1aQ9JKU8 Zfp422-201ENSMUST00000057540 2375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Lmx1aQ9JKU8 Ramp1-202ENSMUST00000165855 852 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
Lmx1aQ9JKU8 Sin3b-203ENSMUST00000212095 1257 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Lmx1aQ9JKU8 St7-205ENSMUST00000081635 2115 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Lmx1aQ9JKU8 Ltb-203ENSMUST00000173600 905 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
Lmx1aQ9JKU8 Spata6-213ENSMUST00000153746 1444 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Lmx1aQ9JKU8 Nrsn1-201ENSMUST00000057866 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Lmx1aQ9JKU8 Fam96b-203ENSMUST00000164884 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Lmx1aQ9JKU8 Smco4-203ENSMUST00000215907 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Lmx1aQ9JKU8 Ptms-201ENSMUST00000032216 1149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Lmx1aQ9JKU8 Ncoa7-206ENSMUST00000215725 1445 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Lmx1aQ9JKU8 Kif1c-205ENSMUST00000152618 1943 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Lmx1aQ9JKU8 Srd5a3-201ENSMUST00000031143 1747 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Lmx1aQ9JKU8 Porcn-204ENSMUST00000089403 1854 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Lmx1aQ9JKU8 Six3-201ENSMUST00000162695 2838 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
Lmx1aQ9JKU8 Maf1-204ENSMUST00000160172 1537 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
Lmx1aQ9JKU8 Arhgap9-203ENSMUST00000219026 1946 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Lmx1aQ9JKU8 Dynlt1f-201ENSMUST00000179554 807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Lmx1aQ9JKU8 Fus-201ENSMUST00000077609 1831 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Lmx1aQ9JKU8 Abhd11-201ENSMUST00000046999 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Lmx1aQ9JKU8 Cbln1-201ENSMUST00000034076 2800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Lmx1aQ9JKU8 Lemd2-201ENSMUST00000055117 2595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Lmx1aQ9JKU8 Slc44a1-203ENSMUST00000107646 1974 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
Lmx1aQ9JKU8 Ttc6-201ENSMUST00000101398 1484 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Lmx1aQ9JKU8 Siah1a-201ENSMUST00000045296 1968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Lmx1aQ9JKU8 Fam220a-201ENSMUST00000067145 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Lmx1aQ9JKU8 6430628N08Rik-202ENSMUST00000165938 1602 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
Lmx1aQ9JKU8 Dusp15-202ENSMUST00000109811 753 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Lmx1aQ9JKU8 Gm5131-201ENSMUST00000212776 1238 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
Lmx1aQ9JKU8 4930527J03Rik-201ENSMUST00000094270 543 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
Lmx1aQ9JKU8 Spag4-201ENSMUST00000038860 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Lmx1aQ9JKU8 Mbd3-201ENSMUST00000092295 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Lmx1aQ9JKU8 Xkr7-201ENSMUST00000037235 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Lmx1aQ9JKU8 Selenof-201ENSMUST00000082437 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Lmx1aQ9JKU8 Actr3b-202ENSMUST00000128727 2031 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Lmx1aQ9JKU8 Stk19-201ENSMUST00000077477 1120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Lmx1aQ9JKU8 Timm50-201ENSMUST00000081946 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Lmx1aQ9JKU8 Olfm2-203ENSMUST00000215999 1895 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
Lmx1aQ9JKU8 Sox3-201ENSMUST00000135107 2065 ntAPPRIS P1 BASIC22.23■■□□□ 1.15
Lmx1aQ9JKU8 Gm38287-201ENSMUST00000195193 2051 ntTSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
Lmx1aQ9JKU8 Hmg20b-203ENSMUST00000105324 1540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Lmx1aQ9JKU8 Zfp629-208ENSMUST00000151107 583 ntTSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
Lmx1aQ9JKU8 Zfand2b-204ENSMUST00000160439 1206 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
Lmx1aQ9JKU8 Slc39a13-201ENSMUST00000073575 2469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Lmx1aQ9JKU8 Naxd-202ENSMUST00000177955 1307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Lmx1aQ9JKU8 Rasgef1c-203ENSMUST00000093142 2216 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Lmx1aQ9JKU8 Tbc1d10a-206ENSMUST00000180088 1921 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Lmx1aQ9JKU8 Svbp-201ENSMUST00000030395 733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Lmx1aQ9JKU8 Eva1b-203ENSMUST00000106152 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Lmx1aQ9JKU8 Rnf115-201ENSMUST00000029740 2209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Lmx1aQ9JKU8 Pi16-201ENSMUST00000114699 1243 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Lmx1aQ9JKU8 Gm7417-201ENSMUST00000192950 473 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
Lmx1aQ9JKU8 Efna3-203ENSMUST00000200436 742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
Lmx1aQ9JKU8 Psmd7-201ENSMUST00000044106 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Lmx1aQ9JKU8 Emc10-201ENSMUST00000118515 1662 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
Lmx1aQ9JKU8 Gm10499-202ENSMUST00000174778 1698 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
Lmx1aQ9JKU8 E2f6-201ENSMUST00000020908 2418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Lmx1aQ9JKU8 Nkain1-201ENSMUST00000105993 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Lmx1aQ9JKU8 Hoxd3os1-204ENSMUST00000156342 796 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Lmx1aQ9JKU8 Anp32e-210ENSMUST00000171368 878 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
Lmx1aQ9JKU8 Mir155hg-202ENSMUST00000185662 1362 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
Lmx1aQ9JKU8 Mtx1-202ENSMUST00000118964 1445 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 87.2 ms