Protein–RNA interactions for Protein: Q9D1C8

Vps28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, mousemouse

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Vps28Q9D1C8 E130309D02Rik-201ENSMUST00000046418 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
Vps28Q9D1C8 Hoxc8-201ENSMUST00000001703 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
Vps28Q9D1C8 Gm5067-201ENSMUST00000170449 1009 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
Vps28Q9D1C8 Mrpl23-201ENSMUST00000038675 692 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
Vps28Q9D1C8 Cbr3-201ENSMUST00000039620 1170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
Vps28Q9D1C8 Ntn5-203ENSMUST00000183120 1491 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
Vps28Q9D1C8 Nckap5los-201ENSMUST00000159738 1712 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
Vps28Q9D1C8 Tmem158-201ENSMUST00000068140 1712 ntAPPRIS P1 BASIC22.6■■□□□ 1.21
Vps28Q9D1C8 Elf2-203ENSMUST00000108051 2514 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
Vps28Q9D1C8 Hexdc-201ENSMUST00000038831 2378 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
Vps28Q9D1C8 Pou4f1-201ENSMUST00000053016 4445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
Vps28Q9D1C8 Foxd2-201ENSMUST00000068654 2592 ntAPPRIS P1 BASIC22.59■■□□□ 1.21
Vps28Q9D1C8 Gorasp2-205ENSMUST00000133432 1941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
Vps28Q9D1C8 Gm11542-201ENSMUST00000126480 1511 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
Vps28Q9D1C8 Sft2d1-210ENSMUST00000154553 1049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
Vps28Q9D1C8 A830092H15Rik-201ENSMUST00000099182 1229 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
Vps28Q9D1C8 Gm42699-201ENSMUST00000198104 1657 ntBASIC22.58■■□□□ 1.21
Vps28Q9D1C8 Iars2-202ENSMUST00000110974 2431 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
Vps28Q9D1C8 Fgf16-201ENSMUST00000033581 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
Vps28Q9D1C8 Tmem221-201ENSMUST00000052072 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
Vps28Q9D1C8 Aldoa-214ENSMUST00000207534 741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
Vps28Q9D1C8 Dusp5-201ENSMUST00000038287 2473 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
Vps28Q9D1C8 Camsap1-212ENSMUST00000183461 5090 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.2
Vps28Q9D1C8 Timm50-201ENSMUST00000081946 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
Vps28Q9D1C8 Tmem260-210ENSMUST00000227440 2222 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
Vps28Q9D1C8 Btf3l4-203ENSMUST00000102741 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
Vps28Q9D1C8 Slc30a2-203ENSMUST00000105873 1224 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
Vps28Q9D1C8 Krtap28-10-201ENSMUST00000188323 957 ntAPPRIS P1 BASIC22.57■■□□□ 1.2
Vps28Q9D1C8 Gng3-201ENSMUST00000096259 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
Vps28Q9D1C8 Lgi2-201ENSMUST00000039750 6456 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
Vps28Q9D1C8 Dbp-201ENSMUST00000080885 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
Vps28Q9D1C8 Gm7199-201ENSMUST00000118327 1485 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
Vps28Q9D1C8 Tmed2-201ENSMUST00000060226 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
Vps28Q9D1C8 Emc8-208ENSMUST00000181950 747 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
Vps28Q9D1C8 Foxb2-201ENSMUST00000072915 1515 ntAPPRIS P1 BASIC22.55■■□□□ 1.2
Vps28Q9D1C8 Kras-201ENSMUST00000032399 4678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
Vps28Q9D1C8 Porcn-201ENSMUST00000077595 1872 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
Vps28Q9D1C8 Porcn-204ENSMUST00000089403 1854 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
Vps28Q9D1C8 Ppp1cc-202ENSMUST00000102528 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
Vps28Q9D1C8 Gm5784-202ENSMUST00000220896 2016 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
Vps28Q9D1C8 Sox17-202ENSMUST00000116652 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
Vps28Q9D1C8 Vegfa-211ENSMUST00000167860 975 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
Vps28Q9D1C8 Vegfa-212ENSMUST00000214739 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
Vps28Q9D1C8 Vegfa-213ENSMUST00000217017 1179 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
Vps28Q9D1C8 Lsm4-201ENSMUST00000034311 925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
Vps28Q9D1C8 H1fx-201ENSMUST00000056403 1217 ntAPPRIS P1 BASIC22.53■■□□□ 1.2
Vps28Q9D1C8 Evl-202ENSMUST00000077735 2121 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
Vps28Q9D1C8 Bloc1s2-201ENSMUST00000079033 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
Vps28Q9D1C8 Gm17641-201ENSMUST00000166328 2350 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
Vps28Q9D1C8 Kif1bp-206ENSMUST00000162525 2311 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
Vps28Q9D1C8 Slc39a13-203ENSMUST00000111436 1291 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
Vps28Q9D1C8 Susd3-203ENSMUST00000119721 1249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
Vps28Q9D1C8 Rab4b-201ENSMUST00000093040 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
Vps28Q9D1C8 Slc16a11-211ENSMUST00000171032 1754 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
Vps28Q9D1C8 Dusp2-201ENSMUST00000028846 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
Vps28Q9D1C8 Agpat5-201ENSMUST00000033847 2841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
Vps28Q9D1C8 Shox2-204ENSMUST00000162439 1081 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
Vps28Q9D1C8 Hdac1-201ENSMUST00000102597 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
Vps28Q9D1C8 Slc1a5-201ENSMUST00000108496 2764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
Vps28Q9D1C8 Cbln1-202ENSMUST00000169693 1699 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
Vps28Q9D1C8 Bag1-203ENSMUST00000191273 1348 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
Vps28Q9D1C8 Adgrb1-202ENSMUST00000170845 2704 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
Vps28Q9D1C8 Tmpo-204ENSMUST00000099355 1953 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
Vps28Q9D1C8 Shb-201ENSMUST00000061986 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
Vps28Q9D1C8 Usp12-201ENSMUST00000085614 4327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
Vps28Q9D1C8 AC061963.1-201ENSMUST00000213180 1765 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
Vps28Q9D1C8 Srcap-210ENSMUST00000188124 2048 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
Vps28Q9D1C8 Ip6k1-208ENSMUST00000176854 2251 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
Vps28Q9D1C8 Ski-201ENSMUST00000030917 5522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
Vps28Q9D1C8 Kctd5-201ENSMUST00000017090 2443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
Vps28Q9D1C8 A430027H14Rik-201ENSMUST00000191809 1467 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
Vps28Q9D1C8 Lin7b-201ENSMUST00000003971 735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
Vps28Q9D1C8 Ube2g2-204ENSMUST00000174510 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
Vps28Q9D1C8 Esyt2-201ENSMUST00000100986 5560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
Vps28Q9D1C8 Gm10125-205ENSMUST00000161921 1463 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
Vps28Q9D1C8 Pgls-201ENSMUST00000034264 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
Vps28Q9D1C8 Ptx3-201ENSMUST00000029421 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
Vps28Q9D1C8 Gtpbp2-201ENSMUST00000024748 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
Vps28Q9D1C8 Clpp-201ENSMUST00000002735 1207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
Vps28Q9D1C8 Foxe3-201ENSMUST00000050940 867 ntAPPRIS P1 BASIC22.47■■□□□ 1.19
Vps28Q9D1C8 Ddrgk1-201ENSMUST00000089559 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
Vps28Q9D1C8 Fam92a-208ENSMUST00000177837 1325 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
Vps28Q9D1C8 Prph-201ENSMUST00000024249 1769 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
Vps28Q9D1C8 Emid1-208ENSMUST00000163299 1923 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
Vps28Q9D1C8 Hgh1-201ENSMUST00000023213 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
Vps28Q9D1C8 Fam50b-202ENSMUST00000221037 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
Vps28Q9D1C8 Snx7-201ENSMUST00000029639 2021 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
Vps28Q9D1C8 Zc3h6-201ENSMUST00000110319 1484 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
Vps28Q9D1C8 Ccdc142-201ENSMUST00000101254 2317 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
Vps28Q9D1C8 Abhd17b-201ENSMUST00000052556 2475 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
Vps28Q9D1C8 Rnf19b-206ENSMUST00000168461 2532 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
Vps28Q9D1C8 Sike1-202ENSMUST00000119450 774 ntTSL 3 BASIC22.45■■□□□ 1.18
Vps28Q9D1C8 Dhrs11-201ENSMUST00000047560 1254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
Vps28Q9D1C8 Capns1-203ENSMUST00000126116 1429 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
Vps28Q9D1C8 Mpnd-208ENSMUST00000159996 1444 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
Vps28Q9D1C8 Adat3-204ENSMUST00000038411 1411 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
Vps28Q9D1C8 D130020L05Rik-201ENSMUST00000180800 2431 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
Vps28Q9D1C8 Gm10837-201ENSMUST00000100294 1536 ntAPPRIS P1 BASIC22.44■■□□□ 1.18
Vps28Q9D1C8 Becn1-216ENSMUST00000170502 725 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
Vps28Q9D1C8 Pantr1-205ENSMUST00000177136 1543 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 14.1 ms