Protein–RNA interactions for Protein: Q2UY11

Col28a1, Collagen alpha-1(XXVIII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,141 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col28a1Q2UY11 Ppm1g-205ENSMUST00000202294 1868 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
Col28a1Q2UY11 Chtf8-205ENSMUST00000176515 694 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
Col28a1Q2UY11 E130304I02Rik-202ENSMUST00000187873 696 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Col28a1Q2UY11 Trappc6b-203ENSMUST00000217863 797 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
Col28a1Q2UY11 Slc22a17-208ENSMUST00000228119 2348 ntAPPRIS P1 BASIC21.36■■□□□ 1.01
Col28a1Q2UY11 Cic-202ENSMUST00000163320 6096 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Col28a1Q2UY11 Cic-201ENSMUST00000005578 6099 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
Col28a1Q2UY11 Gm6277-202ENSMUST00000224036 2779 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
Col28a1Q2UY11 Mtm1-204ENSMUST00000101501 770 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Col28a1Q2UY11 Homer1-207ENSMUST00000109494 2468 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Col28a1Q2UY11 Otulin-201ENSMUST00000059662 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Col28a1Q2UY11 Hoxa11-201ENSMUST00000048026 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Col28a1Q2UY11 Aebp2-203ENSMUST00000095350 2575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Col28a1Q2UY11 Snx3-203ENSMUST00000105500 753 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
Col28a1Q2UY11 Krtap28-13-201ENSMUST00000188005 992 ntAPPRIS P1 BASIC21.34■■□□□ 1.01
Col28a1Q2UY11 Pard6a-201ENSMUST00000093195 1265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Col28a1Q2UY11 Cdkl3-205ENSMUST00000109078 2216 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Col28a1Q2UY11 Klhl2-205ENSMUST00000210166 5126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Col28a1Q2UY11 Dpysl3-201ENSMUST00000025379 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Col28a1Q2UY11 Pm20d2-202ENSMUST00000119167 1339 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Col28a1Q2UY11 Etv4-212ENSMUST00000164750 2336 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Col28a1Q2UY11 C1ql2-201ENSMUST00000037286 2000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Col28a1Q2UY11 Rnaset2b-202ENSMUST00000179728 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Col28a1Q2UY11 Smagp-202ENSMUST00000172334 952 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
Col28a1Q2UY11 Foxe1-201ENSMUST00000095097 2804 ntAPPRIS P1 BASIC21.33■■□□□ 1.01
Col28a1Q2UY11 Bend6-201ENSMUST00000062289 2487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
Col28a1Q2UY11 AC061963.1-201ENSMUST00000213180 1765 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1
Col28a1Q2UY11 Fbxl5-205ENSMUST00000121736 2144 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Col28a1Q2UY11 Dedd-204ENSMUST00000111300 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Col28a1Q2UY11 Inafm2-201ENSMUST00000149978 3053 ntAPPRIS P1 BASIC21.32■■□□□ 1
Col28a1Q2UY11 C130046K22Rik-201ENSMUST00000129780 727 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
Col28a1Q2UY11 Mtor-201ENSMUST00000057580 1003 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Col28a1Q2UY11 Olfm2-203ENSMUST00000215999 1895 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.32■■□□□ 1
Col28a1Q2UY11 Wtap-203ENSMUST00000159551 2060 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
Col28a1Q2UY11 Opn3-201ENSMUST00000027809 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Col28a1Q2UY11 E130218I03Rik-204ENSMUST00000131447 888 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
Col28a1Q2UY11 Fancf-201ENSMUST00000169357 1691 ntAPPRIS P1 BASIC21.31■■□□□ 1
Col28a1Q2UY11 Dyrk2-201ENSMUST00000004281 6129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Col28a1Q2UY11 Mpzl1-201ENSMUST00000068705 2171 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Col28a1Q2UY11 Rfx5-205ENSMUST00000107260 2355 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
Col28a1Q2UY11 Siah1b-202ENSMUST00000071667 1712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Col28a1Q2UY11 Fank1-204ENSMUST00000209511 1392 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
Col28a1Q2UY11 Fbxl3-204ENSMUST00000132004 2534 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Col28a1Q2UY11 Hlx-201ENSMUST00000048572 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Col28a1Q2UY11 Syt6-204ENSMUST00000118563 1843 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Col28a1Q2UY11 Xbp1-201ENSMUST00000063084 2129 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Col28a1Q2UY11 Asf1a-201ENSMUST00000020004 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Col28a1Q2UY11 Tmem200b-201ENSMUST00000094666 1370 ntAPPRIS P1 BASIC21.29■■□□□ 1
Col28a1Q2UY11 Mgrn1-201ENSMUST00000023159 3293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Col28a1Q2UY11 Lbx1-201ENSMUST00000099401 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Col28a1Q2UY11 Ccdc177-201ENSMUST00000073251 5775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Col28a1Q2UY11 Arhgef26-201ENSMUST00000079300 5638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Col28a1Q2UY11 Phlpp1-201ENSMUST00000061047 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Col28a1Q2UY11 Ppp1r12c-201ENSMUST00000013886 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Col28a1Q2UY11 Rmdn2-208ENSMUST00000225357 2118 ntAPPRIS P1 BASIC21.28■■□□□ 1
Col28a1Q2UY11 Marc1-201ENSMUST00000048462 2039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Col28a1Q2UY11 Sdccag3-203ENSMUST00000114100 2099 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
Col28a1Q2UY11 Slc36a1-201ENSMUST00000020499 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Col28a1Q2UY11 A230020J21Rik-202ENSMUST00000192407 1649 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
Col28a1Q2UY11 B230322F03Rik-201ENSMUST00000181932 1569 ntBASIC21.27■□□□□ 0.99
Col28a1Q2UY11 Kcnq5-201ENSMUST00000029667 6562 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Col28a1Q2UY11 Htra1-201ENSMUST00000006367 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Col28a1Q2UY11 Tbc1d24-201ENSMUST00000024931 4894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Col28a1Q2UY11 Ttc7b-201ENSMUST00000062957 3446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Col28a1Q2UY11 4933440N22Rik-202ENSMUST00000204444 1952 ntBASIC21.25■□□□□ 0.99
Col28a1Q2UY11 Acss2-203ENSMUST00000103142 2145 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
Col28a1Q2UY11 Bend7-202ENSMUST00000115022 1945 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Col28a1Q2UY11 Cap2-205ENSMUST00000225824 1634 ntBASIC21.25■□□□□ 0.99
Col28a1Q2UY11 Sh3gl3-201ENSMUST00000032874 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Col28a1Q2UY11 Gm26711-201ENSMUST00000180866 1833 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
Col28a1Q2UY11 Cacnb3-202ENSMUST00000109150 2670 ntTSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
Col28a1Q2UY11 D1Ertd622e-203ENSMUST00000149927 2703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Col28a1Q2UY11 Gm11492-201ENSMUST00000060360 1972 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
Col28a1Q2UY11 Mad2l2-202ENSMUST00000084129 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Col28a1Q2UY11 Gga1-201ENSMUST00000041587 3034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Col28a1Q2UY11 Txnrd2-214ENSMUST00000205679 1866 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
Col28a1Q2UY11 Nkx2-4-201ENSMUST00000067020 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Col28a1Q2UY11 Gm37136-201ENSMUST00000194368 194 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
Col28a1Q2UY11 AC131739.1-201ENSMUST00000221692 1245 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
Col28a1Q2UY11 Igfbp7-201ENSMUST00000046746 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Col28a1Q2UY11 Zcrb1-201ENSMUST00000076070 877 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Col28a1Q2UY11 Gm11542-201ENSMUST00000126480 1511 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Col28a1Q2UY11 Sec22c-202ENSMUST00000111560 2669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Col28a1Q2UY11 Slc18a3-201ENSMUST00000191501 2413 ntAPPRIS P1 BASIC21.21■□□□□ 0.99
Col28a1Q2UY11 BC037034-201ENSMUST00000048421 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Col28a1Q2UY11 Gm20208-202ENSMUST00000219905 1528 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Col28a1Q2UY11 Rbm45-201ENSMUST00000046389 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Col28a1Q2UY11 Lemd3-202ENSMUST00000119944 4743 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
Col28a1Q2UY11 Morn4-201ENSMUST00000051772 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
Col28a1Q2UY11 A830010M20Rik-202ENSMUST00000094541 1134 ntTSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
Col28a1Q2UY11 Gimap1-205ENSMUST00000204168 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
Col28a1Q2UY11 Kif1bp-201ENSMUST00000065887 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Col28a1Q2UY11 Gm20634-201ENSMUST00000090779 2956 ntBASIC21.19■□□□□ 0.98
Col28a1Q2UY11 Gm26775-201ENSMUST00000180684 2197 ntTSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
Col28a1Q2UY11 Stk32c-201ENSMUST00000016125 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Col28a1Q2UY11 Tceal3-201ENSMUST00000060904 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Col28a1Q2UY11 Srsf2-201ENSMUST00000092404 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Col28a1Q2UY11 Fam60a-202ENSMUST00000081956 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Col28a1Q2UY11 Cdc42bpb-201ENSMUST00000041965 6714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Col28a1Q2UY11 Mindy2-202ENSMUST00000213380 2521 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 51.9 ms