Protein–RNA interactions for Protein: B9EHT4

Clip3, CAP-Gly domain-containing linker protein 3, mousemouse

Predictions only

Length 547 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Clip3B9EHT4 Bcl11b-202ENSMUST00000109887 2522 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Clip3B9EHT4 Spats2-201ENSMUST00000063517 3065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Clip3B9EHT4 Tgfbrap1-202ENSMUST00000186694 5385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Clip3B9EHT4 Vegfa-211ENSMUST00000167860 975 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Clip3B9EHT4 Vegfa-212ENSMUST00000214739 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Clip3B9EHT4 Vegfa-213ENSMUST00000217017 1179 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Clip3B9EHT4 Cbr3-201ENSMUST00000039620 1170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Clip3B9EHT4 Bloc1s2-201ENSMUST00000079033 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Clip3B9EHT4 B230377A18Rik-202ENSMUST00000192921 1364 ntBASIC21.18■□□□□ 0.98
Clip3B9EHT4 Gm17641-201ENSMUST00000166328 2350 ntBASIC21.18■□□□□ 0.98
Clip3B9EHT4 Spsb3-205ENSMUST00000120943 1949 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Clip3B9EHT4 Iars2-202ENSMUST00000110974 2431 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Clip3B9EHT4 Btf3l4-203ENSMUST00000102741 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Clip3B9EHT4 Krtap28-10-201ENSMUST00000188323 957 ntAPPRIS P1 BASIC21.17■□□□□ 0.98
Clip3B9EHT4 Fam149b-201ENSMUST00000037698 924 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Clip3B9EHT4 Srd5a3-201ENSMUST00000031143 1747 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Clip3B9EHT4 Dnajc21-201ENSMUST00000136591 2060 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
Clip3B9EHT4 Kmt5a-201ENSMUST00000059580 2739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
Clip3B9EHT4 Ccsap-202ENSMUST00000122421 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
Clip3B9EHT4 Kcnc3-202ENSMUST00000107907 5281 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
Clip3B9EHT4 Wwc1-201ENSMUST00000018993 4531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
Clip3B9EHT4 Gm10420-201ENSMUST00000121713 882 ntBASIC21.16■□□□□ 0.98
Clip3B9EHT4 Hpf1-204ENSMUST00000146863 531 ntTSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
Clip3B9EHT4 Tbc1d25-203ENSMUST00000143984 2184 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
Clip3B9EHT4 Siah1a-201ENSMUST00000045296 1968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
Clip3B9EHT4 Tmem9b-201ENSMUST00000033333 1703 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
Clip3B9EHT4 Ipmk-203ENSMUST00000121446 1492 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
Clip3B9EHT4 D17Wsu92e-201ENSMUST00000075076 1470 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
Clip3B9EHT4 Emc8-208ENSMUST00000181950 747 ntTSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
Clip3B9EHT4 Galr3-201ENSMUST00000058004 1245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
Clip3B9EHT4 Gm7276-201ENSMUST00000097520 1252 ntAPPRIS P1 BASIC21.15■□□□□ 0.98
Clip3B9EHT4 Ezh2-203ENSMUST00000114616 2670 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
Clip3B9EHT4 Tead1-203ENSMUST00000084705 2543 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
Clip3B9EHT4 Fam126a-206ENSMUST00000197617 2288 ntTSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
Clip3B9EHT4 Rhou-201ENSMUST00000045487 3371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
Clip3B9EHT4 Epb41l4b-201ENSMUST00000030142 3247 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
Clip3B9EHT4 Pou3f3-201ENSMUST00000054883 7409 ntAPPRIS P1 BASIC21.14■□□□□ 0.97
Clip3B9EHT4 Htatsf1-202ENSMUST00000114751 1128 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
Clip3B9EHT4 Ddrgk1-201ENSMUST00000089559 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
Clip3B9EHT4 A830092H15Rik-201ENSMUST00000099182 1229 ntBASIC21.14■□□□□ 0.97
Clip3B9EHT4 AC164433.2-201ENSMUST00000226346 1701 ntBASIC21.14■□□□□ 0.97
Clip3B9EHT4 Usp2-206ENSMUST00000176416 1486 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
Clip3B9EHT4 Tshz1-201ENSMUST00000060303 5656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
Clip3B9EHT4 Sft2d1-210ENSMUST00000154553 1049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
Clip3B9EHT4 Runx2-211ENSMUST00000162629 1607 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
Clip3B9EHT4 Usp48-205ENSMUST00000105840 5741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
Clip3B9EHT4 Fam181b-201ENSMUST00000051179 2003 ntAPPRIS P1 BASIC21.12■□□□□ 0.97
Clip3B9EHT4 Msl2-202ENSMUST00000189616 2612 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
Clip3B9EHT4 Cdkn2c-202ENSMUST00000097921 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
Clip3B9EHT4 Slc16a11-201ENSMUST00000094055 1788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
Clip3B9EHT4 Tmem106c-201ENSMUST00000064200 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
Clip3B9EHT4 Whrn-202ENSMUST00000063672 2804 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
Clip3B9EHT4 Wnt5b-203ENSMUST00000119369 2339 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
Clip3B9EHT4 Eml4-201ENSMUST00000049503 5109 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
Clip3B9EHT4 Dnpep-201ENSMUST00000066668 2488 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
Clip3B9EHT4 AC117769.4-201ENSMUST00000225679 685 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
Clip3B9EHT4 Igfbp3-201ENSMUST00000020702 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
Clip3B9EHT4 Smox-201ENSMUST00000028806 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
Clip3B9EHT4 Gdf7-202ENSMUST00000220073 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
Clip3B9EHT4 Ran-202ENSMUST00000111343 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
Clip3B9EHT4 St7-207ENSMUST00000115418 1678 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
Clip3B9EHT4 Slc39a13-203ENSMUST00000111436 1291 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
Clip3B9EHT4 H1fx-201ENSMUST00000056403 1217 ntAPPRIS P1 BASIC21.1■□□□□ 0.97
Clip3B9EHT4 Nckap1-201ENSMUST00000028386 4469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
Clip3B9EHT4 Rnf39-201ENSMUST00000040498 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
Clip3B9EHT4 Smurf2-202ENSMUST00000103067 5290 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
Clip3B9EHT4 Hnrnpul1-202ENSMUST00000108401 1240 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
Clip3B9EHT4 Cyp2r1-202ENSMUST00000119712 917 ntTSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
Clip3B9EHT4 Shox2-204ENSMUST00000162439 1081 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
Clip3B9EHT4 Mppe1-201ENSMUST00000073054 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
Clip3B9EHT4 Mal2-201ENSMUST00000025356 2950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
Clip3B9EHT4 Aldoa-214ENSMUST00000207534 741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
Clip3B9EHT4 Npas1-202ENSMUST00000210748 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
Clip3B9EHT4 Cd320-201ENSMUST00000002379 2209 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
Clip3B9EHT4 Neurl4-211ENSMUST00000177138 4886 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
Clip3B9EHT4 Cmas-201ENSMUST00000032419 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
Clip3B9EHT4 Ddx43-201ENSMUST00000113367 2207 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
Clip3B9EHT4 Foxd2-201ENSMUST00000068654 2592 ntAPPRIS P1 BASIC21.06■□□□□ 0.96
Clip3B9EHT4 Prr5-202ENSMUST00000171460 1719 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
Clip3B9EHT4 Dapk2-201ENSMUST00000034944 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
Clip3B9EHT4 Fgf16-201ENSMUST00000033581 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
Clip3B9EHT4 Mypop-201ENSMUST00000059331 2173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
Clip3B9EHT4 Adgrb1-202ENSMUST00000170845 2704 ntTSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
Clip3B9EHT4 Pgls-201ENSMUST00000034264 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
Clip3B9EHT4 Ntn5-203ENSMUST00000183120 1491 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
Clip3B9EHT4 Stambp-207ENSMUST00000206592 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
Clip3B9EHT4 Slc16a11-207ENSMUST00000136328 1403 ntTSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
Clip3B9EHT4 Egr4-201ENSMUST00000095759 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
Clip3B9EHT4 Eya2-202ENSMUST00000088132 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
Clip3B9EHT4 Drd4-201ENSMUST00000026569 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
Clip3B9EHT4 Gimap1-205ENSMUST00000204168 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
Clip3B9EHT4 Tfeb-202ENSMUST00000086932 2342 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
Clip3B9EHT4 Sike1-202ENSMUST00000119450 774 ntTSL 3 BASIC21.03■□□□□ 0.96
Clip3B9EHT4 Lin7b-201ENSMUST00000003971 735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
Clip3B9EHT4 Tbc1d10a-206ENSMUST00000180088 1921 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
Clip3B9EHT4 Prr5-201ENSMUST00000065499 1830 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
Clip3B9EHT4 Fam50b-202ENSMUST00000221037 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
Clip3B9EHT4 E130309D02Rik-201ENSMUST00000046418 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
Clip3B9EHT4 Mlycd-201ENSMUST00000098367 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
Clip3B9EHT4 Cadps-204ENSMUST00000177814 5461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 14.9 ms