Protein–RNA interactions for Protein: Q69ZI1

Sh3rf1, E3 ubiquitin-protein ligase SH3RF1, mousemouse

Predictions only

Length 892 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Sh3rf1Q69ZI1 Gjd3-201ENSMUST00000062931 837 ntAPPRIS P1 BASIC22.52■■□□□ 1.2
Sh3rf1Q69ZI1 Adgrb1-202ENSMUST00000170845 2704 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
Sh3rf1Q69ZI1 Smurf1-201ENSMUST00000085684 5343 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
Sh3rf1Q69ZI1 Dlx2-201ENSMUST00000024159 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
Sh3rf1Q69ZI1 Vmac-201ENSMUST00000067931 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
Sh3rf1Q69ZI1 Gng12-204ENSMUST00000114225 1876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
Sh3rf1Q69ZI1 Izumo4-205ENSMUST00000218184 1196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
Sh3rf1Q69ZI1 Glrx3-201ENSMUST00000064404 1685 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
Sh3rf1Q69ZI1 Cnot6-201ENSMUST00000020624 2498 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
Sh3rf1Q69ZI1 A830010M20Rik-202ENSMUST00000094541 1134 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
Sh3rf1Q69ZI1 Manf-202ENSMUST00000159283 2247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
Sh3rf1Q69ZI1 Nelfe-202ENSMUST00000165953 1381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
Sh3rf1Q69ZI1 Ccdc136-206ENSMUST00000145310 1703 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
Sh3rf1Q69ZI1 Gm26536-201ENSMUST00000181072 1196 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
Sh3rf1Q69ZI1 Susd6-203ENSMUST00000220238 2127 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
Sh3rf1Q69ZI1 Antxr1-204ENSMUST00000204805 2156 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
Sh3rf1Q69ZI1 Etfa-201ENSMUST00000034866 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
Sh3rf1Q69ZI1 Banp-202ENSMUST00000093078 2289 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
Sh3rf1Q69ZI1 Npas1-201ENSMUST00000002053 2091 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
Sh3rf1Q69ZI1 Scn1b-201ENSMUST00000098548 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
Sh3rf1Q69ZI1 D16Ertd472e-201ENSMUST00000114218 1271 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
Sh3rf1Q69ZI1 Zfp513-201ENSMUST00000031562 2213 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
Sh3rf1Q69ZI1 A230005M16Rik-201ENSMUST00000137661 1605 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
Sh3rf1Q69ZI1 Vegfb-202ENSMUST00000130048 1158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
Sh3rf1Q69ZI1 Ubac1-201ENSMUST00000036509 1852 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
Sh3rf1Q69ZI1 Gmeb1-202ENSMUST00000105964 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
Sh3rf1Q69ZI1 Gemin7-202ENSMUST00000117222 1023 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
Sh3rf1Q69ZI1 March2-206ENSMUST00000173329 2566 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
Sh3rf1Q69ZI1 Dyrk1b-202ENSMUST00000172467 2523 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
Sh3rf1Q69ZI1 Dyrk1b-201ENSMUST00000085901 2534 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
Sh3rf1Q69ZI1 Gm6277-202ENSMUST00000224036 2779 ntBASIC22.45■■□□□ 1.19
Sh3rf1Q69ZI1 Mlycd-201ENSMUST00000098367 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
Sh3rf1Q69ZI1 Card19-201ENSMUST00000048946 804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
Sh3rf1Q69ZI1 Ltb4r1-201ENSMUST00000057569 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
Sh3rf1Q69ZI1 E330009J07Rik-201ENSMUST00000039008 1949 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
Sh3rf1Q69ZI1 Krt10-201ENSMUST00000103131 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
Sh3rf1Q69ZI1 Homer1-207ENSMUST00000109494 2468 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
Sh3rf1Q69ZI1 Gm14121-201ENSMUST00000121441 1380 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
Sh3rf1Q69ZI1 Ybx2-205ENSMUST00000149194 1235 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
Sh3rf1Q69ZI1 Serpinb6a-206ENSMUST00000167163 1654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
Sh3rf1Q69ZI1 Jmjd6-201ENSMUST00000047616 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
Sh3rf1Q69ZI1 Taf4-201ENSMUST00000041618 4416 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
Sh3rf1Q69ZI1 Henmt1-201ENSMUST00000059946 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
Sh3rf1Q69ZI1 Acot3-202ENSMUST00000120927 1854 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
Sh3rf1Q69ZI1 Krtap17-1-201ENSMUST00000105049 761 ntAPPRIS P1 BASIC22.43■■□□□ 1.18
Sh3rf1Q69ZI1 Rp9-201ENSMUST00000034763 1134 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
Sh3rf1Q69ZI1 Phf23-201ENSMUST00000018716 2006 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
Sh3rf1Q69ZI1 Foxe1-201ENSMUST00000095097 2804 ntAPPRIS P1 BASIC22.42■■□□□ 1.18
Sh3rf1Q69ZI1 Pitx2-202ENSMUST00000042587 2271 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
Sh3rf1Q69ZI1 Mnx1-202ENSMUST00000165512 2245 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
Sh3rf1Q69ZI1 Unc119-203ENSMUST00000108295 1371 ntTSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
Sh3rf1Q69ZI1 Arpc5l-202ENSMUST00000112862 1339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Sh3rf1Q69ZI1 Scarna2-201ENSMUST00000157560 414 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
Sh3rf1Q69ZI1 Gm28529-202ENSMUST00000189675 670 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
Sh3rf1Q69ZI1 Dctpp1-201ENSMUST00000035276 676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Sh3rf1Q69ZI1 Kat2b-201ENSMUST00000000724 4653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
Sh3rf1Q69ZI1 Ttc7b-201ENSMUST00000062957 3446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
Sh3rf1Q69ZI1 Mrps15-201ENSMUST00000030675 937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
Sh3rf1Q69ZI1 Wwc1-201ENSMUST00000018993 4531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
Sh3rf1Q69ZI1 Spire2-201ENSMUST00000010298 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
Sh3rf1Q69ZI1 Rnf39-201ENSMUST00000040498 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
Sh3rf1Q69ZI1 Tmem55b-201ENSMUST00000049312 1594 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
Sh3rf1Q69ZI1 Fbl-201ENSMUST00000042405 1197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
Sh3rf1Q69ZI1 Onecut3-201ENSMUST00000051773 4776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
Sh3rf1Q69ZI1 Kdf1-202ENSMUST00000105901 1699 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
Sh3rf1Q69ZI1 Dbndd2-202ENSMUST00000069385 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
Sh3rf1Q69ZI1 Gng3-201ENSMUST00000096259 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
Sh3rf1Q69ZI1 Mfsd4b2-201ENSMUST00000045526 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Sh3rf1Q69ZI1 Gnpnat1-201ENSMUST00000046191 2788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Sh3rf1Q69ZI1 Hibadh-201ENSMUST00000031788 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Sh3rf1Q69ZI1 Mlx-201ENSMUST00000017945 1965 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Sh3rf1Q69ZI1 Nudt9-201ENSMUST00000031250 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Sh3rf1Q69ZI1 Gm26917-201ENSMUST00000182520 869 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
Sh3rf1Q69ZI1 Tmem98-201ENSMUST00000040865 1633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Sh3rf1Q69ZI1 Znrf2-201ENSMUST00000079869 5886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Sh3rf1Q69ZI1 Gm4799-201ENSMUST00000095396 657 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
Sh3rf1Q69ZI1 Fbxl3-204ENSMUST00000132004 2534 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Sh3rf1Q69ZI1 Nckap5los-201ENSMUST00000159738 1712 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
Sh3rf1Q69ZI1 Dmtn-209ENSMUST00000228295 2572 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
Sh3rf1Q69ZI1 Pom121-201ENSMUST00000111171 5580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Sh3rf1Q69ZI1 Eva1b-202ENSMUST00000106150 1144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Sh3rf1Q69ZI1 Eif4e2-204ENSMUST00000113231 1119 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Sh3rf1Q69ZI1 Crct1-201ENSMUST00000029521 718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Sh3rf1Q69ZI1 Gipc1-201ENSMUST00000019577 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Sh3rf1Q69ZI1 Nipa1-201ENSMUST00000052204 3183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Sh3rf1Q69ZI1 P4htm-201ENSMUST00000006853 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Sh3rf1Q69ZI1 Picalm-205ENSMUST00000207225 3489 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Sh3rf1Q69ZI1 Gm11687-201ENSMUST00000118911 886 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
Sh3rf1Q69ZI1 Dcun1d5-201ENSMUST00000034499 1122 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Sh3rf1Q69ZI1 Tmem192-202ENSMUST00000079896 916 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Sh3rf1Q69ZI1 Kcnj12-202ENSMUST00000089184 2291 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Sh3rf1Q69ZI1 Fip1l1-202ENSMUST00000113534 2140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Sh3rf1Q69ZI1 Rab3il1-202ENSMUST00000117641 2004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
Sh3rf1Q69ZI1 Rfx5-204ENSMUST00000107255 2350 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
Sh3rf1Q69ZI1 Lrrc24-201ENSMUST00000036247 1758 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
Sh3rf1Q69ZI1 Thap8-202ENSMUST00000108187 1184 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
Sh3rf1Q69ZI1 Gm9806-201ENSMUST00000051080 552 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
Sh3rf1Q69ZI1 A930035D04Rik-201ENSMUST00000064013 543 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
Sh3rf1Q69ZI1 Arl8a-201ENSMUST00000027684 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
Sh3rf1Q69ZI1 Hoxa11-201ENSMUST00000048026 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 49.9 ms