Protein–RNA interactions for Protein: P18828

Sdc1, Syndecan-1, mousemouse

Predictions only

Length 311 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Sdc1P18828 Nrsn1-201ENSMUST00000057866 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
Sdc1P18828 Tbxa2r-202ENSMUST00000220312 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
Sdc1P18828 Gabbr2-201ENSMUST00000107749 5750 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
Sdc1P18828 Rufy1-201ENSMUST00000020643 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
Sdc1P18828 St7-209ENSMUST00000115420 2094 ntTSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
Sdc1P18828 Gm15672-201ENSMUST00000151512 1354 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
Sdc1P18828 AC164550.2-201ENSMUST00000219127 2086 ntTSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
Sdc1P18828 Tysnd1-201ENSMUST00000020284 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
Sdc1P18828 Nckap1-202ENSMUST00000111760 4597 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
Sdc1P18828 Picalm-212ENSMUST00000208730 3427 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
Sdc1P18828 Hlx-201ENSMUST00000048572 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
Sdc1P18828 Mta3-204ENSMUST00000112352 2674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
Sdc1P18828 Particl-201ENSMUST00000205370 1560 ntBASIC18.55■□□□□ 0.56
Sdc1P18828 Gm26617-201ENSMUST00000180381 4429 ntTSL 3 BASIC18.55■□□□□ 0.56
Sdc1P18828 Atpaf1-203ENSMUST00000176047 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
Sdc1P18828 Rasgef1c-203ENSMUST00000093142 2216 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
Sdc1P18828 Peli3-201ENSMUST00000025834 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
Sdc1P18828 Lhx2-201ENSMUST00000000253 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
Sdc1P18828 Rnd2-201ENSMUST00000001347 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
Sdc1P18828 Stambp-207ENSMUST00000206592 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
Sdc1P18828 Fam3c-201ENSMUST00000081288 1487 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Sdc1P18828 Chst14-201ENSMUST00000099546 2090 ntAPPRIS P1 BASIC18.53■□□□□ 0.56
Sdc1P18828 Bcl11b-202ENSMUST00000109887 2522 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Sdc1P18828 Acot3-202ENSMUST00000120927 1854 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Sdc1P18828 Porcn-201ENSMUST00000077595 1872 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Sdc1P18828 Porcn-204ENSMUST00000089403 1854 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Sdc1P18828 Lbx1-201ENSMUST00000099401 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Sdc1P18828 Gm26711-201ENSMUST00000180866 1833 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Sdc1P18828 Cnnm1-202ENSMUST00000223787 2931 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
Sdc1P18828 Mageb3-201ENSMUST00000104936 2341 ntAPPRIS P1 BASIC18.52■□□□□ 0.56
Sdc1P18828 Six5-201ENSMUST00000049454 3007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Sdc1P18828 Nab1-201ENSMUST00000069792 3874 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
Sdc1P18828 Fam193a-202ENSMUST00000180376 5536 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
Sdc1P18828 Mpzl1-202ENSMUST00000111435 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Sdc1P18828 Dnttip1-201ENSMUST00000017443 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Sdc1P18828 Syndig1l-204ENSMUST00000222422 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Sdc1P18828 Mindy2-202ENSMUST00000213380 2521 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Sdc1P18828 Fam91a1-201ENSMUST00000037270 5560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Sdc1P18828 Cds2-203ENSMUST00000110158 1247 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Sdc1P18828 Hmx3-201ENSMUST00000046093 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Sdc1P18828 Rbmxl2-201ENSMUST00000098135 1472 ntAPPRIS P1 BASIC18.49■□□□□ 0.55
Sdc1P18828 Lmo4-201ENSMUST00000120539 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Sdc1P18828 Paqr3-203ENSMUST00000112969 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Sdc1P18828 Hnrnpab-201ENSMUST00000074669 2370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Sdc1P18828 Ksr1-201ENSMUST00000018478 5495 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
Sdc1P18828 Zcchc2-201ENSMUST00000118196 5796 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
Sdc1P18828 Dusp26-205ENSMUST00000170204 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
Sdc1P18828 Vdac3-202ENSMUST00000179233 1423 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Sdc1P18828 Sdccag3-204ENSMUST00000114102 2193 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Sdc1P18828 Lrrc24-201ENSMUST00000036247 1758 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Sdc1P18828 Sugct-202ENSMUST00000220514 1351 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Sdc1P18828 Srsf10-203ENSMUST00000102544 2225 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Sdc1P18828 Kcnk1-201ENSMUST00000046765 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Sdc1P18828 Bin1-201ENSMUST00000025239 2451 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
Sdc1P18828 Lrrc1-205ENSMUST00000183873 3121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Sdc1P18828 Manf-202ENSMUST00000159283 2247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Sdc1P18828 Dbndd2-202ENSMUST00000069385 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Sdc1P18828 Mpzl1-201ENSMUST00000068705 2171 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Sdc1P18828 Usp39-201ENSMUST00000070345 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Sdc1P18828 Ppm1g-205ENSMUST00000202294 1868 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
Sdc1P18828 Dazap1-202ENSMUST00000105361 1537 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Sdc1P18828 Notumos-201ENSMUST00000151998 2659 ntBASIC18.46■□□□□ 0.55
Sdc1P18828 Esrra-201ENSMUST00000025906 2242 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Sdc1P18828 Osbpl2-201ENSMUST00000040668 2805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Sdc1P18828 Zfp639-202ENSMUST00000191783 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Sdc1P18828 Sdccag3-201ENSMUST00000028293 2031 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Sdc1P18828 Adprhl2-201ENSMUST00000102617 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Sdc1P18828 Nckap5los-201ENSMUST00000159738 1712 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
Sdc1P18828 Gm26775-201ENSMUST00000180684 2197 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
Sdc1P18828 Adgrb1-201ENSMUST00000042035 6228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Sdc1P18828 Cdkl3-205ENSMUST00000109078 2216 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Sdc1P18828 Ammecr1-201ENSMUST00000041317 5437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
Sdc1P18828 Nelfe-204ENSMUST00000173357 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
Sdc1P18828 Fam102b-202ENSMUST00000171143 5702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
Sdc1P18828 A530058N18Rik-201ENSMUST00000128469 646 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
Sdc1P18828 Morn4-201ENSMUST00000051772 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
Sdc1P18828 Rfx5-204ENSMUST00000107255 2350 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
Sdc1P18828 Yy1-201ENSMUST00000021692 6178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
Sdc1P18828 Fam20b-202ENSMUST00000122424 4532 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
Sdc1P18828 Dirc2-201ENSMUST00000023554 5395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
Sdc1P18828 Ewsr1-205ENSMUST00000102930 2174 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
Sdc1P18828 Foxg1-201ENSMUST00000021333 2941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
Sdc1P18828 Bpifb4-202ENSMUST00000109757 2420 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
Sdc1P18828 Jak2-201ENSMUST00000025705 4947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
Sdc1P18828 Hoxa11-201ENSMUST00000048026 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Sdc1P18828 2310061I04Rik-202ENSMUST00000146451 2081 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Sdc1P18828 Cbx4-201ENSMUST00000026665 5179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Sdc1P18828 Slc18a3-201ENSMUST00000191501 2413 ntAPPRIS P1 BASIC18.42■□□□□ 0.54
Sdc1P18828 Stk32c-201ENSMUST00000016125 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Sdc1P18828 Slc25a1-201ENSMUST00000003622 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Sdc1P18828 Gng3-201ENSMUST00000096259 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Sdc1P18828 2410017I17Rik-201ENSMUST00000056774 1509 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
Sdc1P18828 Magi2-205ENSMUST00000197354 4785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
Sdc1P18828 Bean1-202ENSMUST00000164076 2423 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Sdc1P18828 Pdcd4-203ENSMUST00000165617 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Sdc1P18828 Gas2l1-202ENSMUST00000056649 2847 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
Sdc1P18828 A530058N18Rik-207ENSMUST00000152254 1211 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Sdc1P18828 Dapk1-202ENSMUST00000077453 5491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Sdc1P18828 Phox2a-201ENSMUST00000008090 1609 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Sdc1P18828 Pbx2-201ENSMUST00000038149 3068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 52.5 ms