Protein–RNA interactions for Protein: Q9ER60

Scn4a, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, mousemouse

Predictions only

Length 1,841 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Scn4aQ9ER60 Zfp346-203ENSMUST00000159278 1253 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.02■■■□□ 2.88
Scn4aQ9ER60 Ethe1-201ENSMUST00000077191 1484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.02■■■□□ 2.88
Scn4aQ9ER60 Dennd1b-209ENSMUST00000200533 1853 ntTSL 1 (best) BASIC33.01■■■□□ 2.88
Scn4aQ9ER60 Rtn4r-201ENSMUST00000059589 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.01■■■□□ 2.87
Scn4aQ9ER60 Arhgap39-204ENSMUST00000176219 542 ntTSL 5 BASIC33■■■□□ 2.87
Scn4aQ9ER60 Ube2j2-202ENSMUST00000103175 1309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33■■■□□ 2.87
Scn4aQ9ER60 Dlx4-201ENSMUST00000021241 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.99■■■□□ 2.87
Scn4aQ9ER60 Gm20458-201ENSMUST00000164863 1369 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.99■■■□□ 2.87
Scn4aQ9ER60 Ppp1ca-201ENSMUST00000046094 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.99■■■□□ 2.87
Scn4aQ9ER60 Prr7-201ENSMUST00000046533 1359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.99■■■□□ 2.87
Scn4aQ9ER60 Ube2k-206ENSMUST00000201984 1449 ntTSL 3 BASIC32.99■■■□□ 2.87
Scn4aQ9ER60 Ncoa7-206ENSMUST00000215725 1445 ntTSL 1 (best) BASIC32.99■■■□□ 2.87
Scn4aQ9ER60 D030046N08Rik-201ENSMUST00000162318 1570 ntTSL 1 (best) BASIC32.98■■■□□ 2.87
Scn4aQ9ER60 Msrb1-201ENSMUST00000101800 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.98■■■□□ 2.87
Scn4aQ9ER60 C1qtnf5-203ENSMUST00000114818 1337 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.97■■■□□ 2.87
Scn4aQ9ER60 Nkx2-4-201ENSMUST00000067020 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.97■■■□□ 2.87
Scn4aQ9ER60 Gm35161-201ENSMUST00000221765 941 ntTSL 5 BASIC32.97■■■□□ 2.87
Scn4aQ9ER60 Kcnip3-202ENSMUST00000088538 1296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.96■■■□□ 2.87
Scn4aQ9ER60 Lmo2-203ENSMUST00000111143 1654 ntTSL 1 (best) BASIC32.96■■■□□ 2.87
Scn4aQ9ER60 Ltb-203ENSMUST00000173600 905 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.95■■■□□ 2.87
Scn4aQ9ER60 Fam96b-203ENSMUST00000164884 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.95■■■□□ 2.86
Scn4aQ9ER60 Hebp2-202ENSMUST00000213153 968 ntTSL 1 (best) BASIC32.95■■■□□ 2.86
Scn4aQ9ER60 Tmco6-201ENSMUST00000007046 1817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.95■■■□□ 2.86
Scn4aQ9ER60 Ppp1r12b-203ENSMUST00000112163 828 ntTSL 1 (best) BASIC32.94■■■□□ 2.86
Scn4aQ9ER60 Fam96b-201ENSMUST00000093234 639 ntTSL 5 BASIC32.94■■■□□ 2.86
Scn4aQ9ER60 Fam168b-204ENSMUST00000170092 941 ntTSL 5 BASIC32.93■■■□□ 2.86
Scn4aQ9ER60 A830010M20Rik-207ENSMUST00000162298 1408 ntTSL 5 BASIC32.93■■■□□ 2.86
Scn4aQ9ER60 Acot5-201ENSMUST00000046422 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.92■■■□□ 2.86
Scn4aQ9ER60 Cadm1-206ENSMUST00000143026 1643 ntTSL 5 BASIC32.92■■■□□ 2.86
Scn4aQ9ER60 E030037K01Rik-201ENSMUST00000180928 1756 ntBASIC32.92■■■□□ 2.86
Scn4aQ9ER60 Cckbr-202ENSMUST00000181339 1326 ntTSL 1 (best) BASIC32.91■■■□□ 2.86
Scn4aQ9ER60 Tdp2-201ENSMUST00000038039 1957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.91■■■□□ 2.86
Scn4aQ9ER60 Grb2-202ENSMUST00000106495 2041 ntTSL 5 BASIC32.9■■■□□ 2.86
Scn4aQ9ER60 Ccdc136-206ENSMUST00000145310 1703 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.9■■■□□ 2.86
Scn4aQ9ER60 Hoxb3-201ENSMUST00000055334 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.9■■■□□ 2.86
Scn4aQ9ER60 Babam2-209ENSMUST00000201352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.89■■■□□ 2.86
Scn4aQ9ER60 Acbd6-203ENSMUST00000097529 1255 ntTSL 1 (best) BASIC32.89■■■□□ 2.86
Scn4aQ9ER60 Ntn5-203ENSMUST00000183120 1491 ntTSL 1 (best) BASIC32.89■■■□□ 2.86
Scn4aQ9ER60 Knstrn-202ENSMUST00000110842 925 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC32.88■■■□□ 2.85
Scn4aQ9ER60 Rps2-ps6-201ENSMUST00000095471 855 ntBASIC32.88■■■□□ 2.85
Scn4aQ9ER60 Fn1-208ENSMUST00000186940 1350 ntTSL 1 (best) BASIC32.88■■■□□ 2.85
Scn4aQ9ER60 Plpp2-204ENSMUST00000166804 1566 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.88■■■□□ 2.85
Scn4aQ9ER60 Efemp2-201ENSMUST00000070118 1781 ntTSL 1 (best) BASIC32.88■■■□□ 2.85
Scn4aQ9ER60 Gm44428-201ENSMUST00000204474 874 ntBASIC32.88■■■□□ 2.85
Scn4aQ9ER60 Gm21956-201ENSMUST00000179946 522 ntBASIC32.87■■■□□ 2.85
Scn4aQ9ER60 Mat2b-201ENSMUST00000040167 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.87■■■□□ 2.85
Scn4aQ9ER60 Basp1-201ENSMUST00000058845 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.87■■■□□ 2.85
Scn4aQ9ER60 C1qtnf5-204ENSMUST00000114821 1365 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.86■■■□□ 2.85
Scn4aQ9ER60 Ipmk-203ENSMUST00000121446 1492 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.86■■■□□ 2.85
Scn4aQ9ER60 Lmo2-202ENSMUST00000111140 1706 ntTSL 1 (best) BASIC32.86■■■□□ 2.85
Scn4aQ9ER60 Kras-202ENSMUST00000111710 1194 ntTSL 5 BASIC32.86■■■□□ 2.85
Scn4aQ9ER60 Gm10837-201ENSMUST00000100294 1536 ntAPPRIS P1 BASIC32.86■■■□□ 2.85
Scn4aQ9ER60 Odc1-201ENSMUST00000171737 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.85■■■□□ 2.85
Scn4aQ9ER60 Sec61a2-201ENSMUST00000026926 756 ntTSL 5 BASIC32.85■■■□□ 2.85
Scn4aQ9ER60 Mapkapk5-201ENSMUST00000031410 2234 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.85■■■□□ 2.85
Scn4aQ9ER60 Gm45716-202ENSMUST00000134929 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.84■■■□□ 2.85
Scn4aQ9ER60 Stau2-210ENSMUST00000149320 2214 ntTSL 5 BASIC32.84■■■□□ 2.85
Scn4aQ9ER60 Slc35b2-207ENSMUST00000226086 850 ntBASIC32.84■■■□□ 2.85
Scn4aQ9ER60 Pgk1-201ENSMUST00000081593 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.83■■■□□ 2.85
Scn4aQ9ER60 Svbp-201ENSMUST00000030395 733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.81■■■□□ 2.84
Scn4aQ9ER60 Ccnd3-205ENSMUST00000182209 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.81■■■□□ 2.84
Scn4aQ9ER60 Eid1-201ENSMUST00000164756 1691 ntAPPRIS P1 BASIC32.8■■■□□ 2.84
Scn4aQ9ER60 B430218F22Rik-201ENSMUST00000181168 1495 ntAPPRIS P1 BASIC32.8■■■□□ 2.84
Scn4aQ9ER60 Gm16286-202ENSMUST00000125127 1683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.79■■■□□ 2.84
Scn4aQ9ER60 4930524J08Rik-201ENSMUST00000046721 603 ntAPPRIS P1 BASIC32.79■■■□□ 2.84
Scn4aQ9ER60 Slc35a3-202ENSMUST00000120120 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.78■■■□□ 2.84
Scn4aQ9ER60 Mpnd-208ENSMUST00000159996 1444 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.78■■■□□ 2.84
Scn4aQ9ER60 Gm44866-201ENSMUST00000208774 391 ntTSL 2 BASIC32.78■■■□□ 2.84
Scn4aQ9ER60 Zfp36l1-204ENSMUST00000219642 545 ntTSL 3 BASIC32.78■■■□□ 2.84
Scn4aQ9ER60 Tmem185a-202ENSMUST00000114630 1307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.77■■■□□ 2.84
Scn4aQ9ER60 Anp32e-210ENSMUST00000171368 878 ntTSL 3 BASIC32.77■■■□□ 2.84
Scn4aQ9ER60 Hmg20b-203ENSMUST00000105324 1540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.77■■■□□ 2.84
Scn4aQ9ER60 Tmem55b-209ENSMUST00000162957 1465 ntTSL 1 (best) BASIC32.77■■■□□ 2.84
Scn4aQ9ER60 Nt5m-201ENSMUST00000102695 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.77■■■□□ 2.84
Scn4aQ9ER60 Stmn4-202ENSMUST00000118426 1281 ntTSL 1 (best) BASIC32.77■■■□□ 2.84
Scn4aQ9ER60 A730013G03Rik-202ENSMUST00000195012 2097 ntBASIC32.76■■■□□ 2.84
Scn4aQ9ER60 Usp2-206ENSMUST00000176416 1486 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.76■■■□□ 2.84
Scn4aQ9ER60 Cpsf4-205ENSMUST00000160629 1713 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC32.76■■■□□ 2.83
Scn4aQ9ER60 Stk24-201ENSMUST00000079817 2676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.75■■■□□ 2.83
Scn4aQ9ER60 Txnrd2-201ENSMUST00000115604 1235 ntTSL 1 (best) BASIC32.75■■■□□ 2.83
Scn4aQ9ER60 Gm13241-201ENSMUST00000094493 780 ntBASIC32.75■■■□□ 2.83
Scn4aQ9ER60 Hdac3-201ENSMUST00000043498 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.75■■■□□ 2.83
Scn4aQ9ER60 Pawr-202ENSMUST00000218332 870 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.74■■■□□ 2.83
Scn4aQ9ER60 Alyref2-201ENSMUST00000081527 1273 ntAPPRIS P1 BASIC32.74■■■□□ 2.83
Scn4aQ9ER60 4930597O21Rik-201ENSMUST00000065878 984 ntTSL 1 (best) BASIC32.74■■■□□ 2.83
Scn4aQ9ER60 Sac3d1-201ENSMUST00000113533 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.73■■■□□ 2.83
Scn4aQ9ER60 Kansl2-202ENSMUST00000116400 2110 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.73■■■□□ 2.83
Scn4aQ9ER60 Etf1-202ENSMUST00000180351 108 ntBASIC32.73■■■□□ 2.83
Scn4aQ9ER60 Pth2-202ENSMUST00000210086 481 ntTSL 2 BASIC32.72■■■□□ 2.83
Scn4aQ9ER60 1700065D16Rik-202ENSMUST00000188975 506 ntTSL 3 BASIC32.72■■■□□ 2.83
Scn4aQ9ER60 4833418N17Rik-201ENSMUST00000064826 615 ntBASIC32.72■■■□□ 2.83
Scn4aQ9ER60 E2f5-201ENSMUST00000029069 1779 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.71■■■□□ 2.83
Scn4aQ9ER60 Gm26533-201ENSMUST00000180550 1790 ntTSL 1 (best) BASIC32.7■■■□□ 2.83
Scn4aQ9ER60 Srsf6-202ENSMUST00000126163 515 ntTSL 5 BASIC32.7■■■□□ 2.83
Scn4aQ9ER60 Gm2415-203ENSMUST00000149952 435 ntTSL 5 BASIC32.69■■■□□ 2.82
Scn4aQ9ER60 Ankrd49-205ENSMUST00000216037 1037 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.69■■■□□ 2.82
Scn4aQ9ER60 Gm10232-201ENSMUST00000089221 720 ntBASIC32.69■■■□□ 2.82
Scn4aQ9ER60 Pth2-201ENSMUST00000042754 503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.68■■■□□ 2.82
Scn4aQ9ER60 Serp2-201ENSMUST00000064517 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.68■■■□□ 2.82
Scn4aQ9ER60 Bub3-205ENSMUST00000208571 747 ntTSL 5 BASIC32.67■■■□□ 2.82
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 28.5 ms