Protein–RNA interactions for Protein: Q9D6Y1

Ccdc3, Coiled-coil domain-containing protein 3, mousemouse

Predictions only

Length 273 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc3Q9D6Y1 Pex10-201ENSMUST00000103180 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
Ccdc3Q9D6Y1 B230322F03Rik-201ENSMUST00000181932 1569 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
Ccdc3Q9D6Y1 Gm14523-201ENSMUST00000117260 558 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
Ccdc3Q9D6Y1 Cox11-201ENSMUST00000020851 1224 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
Ccdc3Q9D6Y1 Suv39h2-202ENSMUST00000060618 1831 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
Ccdc3Q9D6Y1 AC122428.3-201ENSMUST00000215551 2290 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
Ccdc3Q9D6Y1 Gm9910-201ENSMUST00000195385 1550 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
Ccdc3Q9D6Y1 Dennd5a-202ENSMUST00000106722 4862 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Ccdc3Q9D6Y1 Ppp1r35-201ENSMUST00000031739 956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Ccdc3Q9D6Y1 Bloc1s2-201ENSMUST00000079033 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Ccdc3Q9D6Y1 Azin2-203ENSMUST00000119354 1921 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Ccdc3Q9D6Y1 Gpr12-201ENSMUST00000036211 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Ccdc3Q9D6Y1 Mlf2-202ENSMUST00000180095 1475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Ccdc3Q9D6Y1 Prrx2-201ENSMUST00000041659 1441 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Ccdc3Q9D6Y1 Tsc22d1-204ENSMUST00000110888 4999 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Ccdc3Q9D6Y1 Pdlim4-201ENSMUST00000018755 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Ccdc3Q9D6Y1 Cbr3-201ENSMUST00000039620 1170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Ccdc3Q9D6Y1 Id3-201ENSMUST00000008016 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Ccdc3Q9D6Y1 A830092H15Rik-201ENSMUST00000099182 1229 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
Ccdc3Q9D6Y1 Arpc2-201ENSMUST00000006467 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Ccdc3Q9D6Y1 Bin1-202ENSMUST00000091967 2118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Ccdc3Q9D6Y1 Gm37847-201ENSMUST00000192163 1497 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
Ccdc3Q9D6Y1 Gm31748-201ENSMUST00000194938 1497 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
Ccdc3Q9D6Y1 Smurf1-203ENSMUST00000110677 5420 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
Ccdc3Q9D6Y1 Gm9812-201ENSMUST00000061934 968 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
Ccdc3Q9D6Y1 Dusp22-201ENSMUST00000091672 1161 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Ccdc3Q9D6Y1 Aspscr1-203ENSMUST00000106158 1690 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
Ccdc3Q9D6Y1 Kiss1-202ENSMUST00000178033 496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Ccdc3Q9D6Y1 Efcc1-202ENSMUST00000159570 2293 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
Ccdc3Q9D6Y1 Adra1d-201ENSMUST00000103184 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Ccdc3Q9D6Y1 Ccna1-202ENSMUST00000197238 1719 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
Ccdc3Q9D6Y1 Dnttip1-201ENSMUST00000017443 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
Ccdc3Q9D6Y1 Phf23-201ENSMUST00000018716 2006 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
Ccdc3Q9D6Y1 Hdac3-201ENSMUST00000043498 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
Ccdc3Q9D6Y1 AC122317.2-201ENSMUST00000218708 1248 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
Ccdc3Q9D6Y1 Kiss1-201ENSMUST00000007433 779 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
Ccdc3Q9D6Y1 Ube2h-201ENSMUST00000094543 975 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
Ccdc3Q9D6Y1 Maz-201ENSMUST00000032916 2347 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
Ccdc3Q9D6Y1 Nkx2-4-201ENSMUST00000067020 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
Ccdc3Q9D6Y1 Emc8-208ENSMUST00000181950 747 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
Ccdc3Q9D6Y1 Tirap-205ENSMUST00000176685 1783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
Ccdc3Q9D6Y1 Runx2os1-201ENSMUST00000097320 792 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
Ccdc3Q9D6Y1 Pde8b-204ENSMUST00000159608 2370 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
Ccdc3Q9D6Y1 Gm26536-201ENSMUST00000181072 1196 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Ccdc3Q9D6Y1 Actr3b-202ENSMUST00000128727 2031 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Ccdc3Q9D6Y1 Gm960-204ENSMUST00000225896 2202 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
Ccdc3Q9D6Y1 Ppp4c-201ENSMUST00000032936 1359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Ccdc3Q9D6Y1 Hnrnpk-210ENSMUST00000176558 1053 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
Ccdc3Q9D6Y1 Atp5j-201ENSMUST00000023608 809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Ccdc3Q9D6Y1 Gm13256-201ENSMUST00000131297 520 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
Ccdc3Q9D6Y1 Krtap28-10-201ENSMUST00000188323 957 ntAPPRIS P1 BASIC22.02■■□□□ 1.12
Ccdc3Q9D6Y1 Fam220a-206ENSMUST00000196487 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Ccdc3Q9D6Y1 Txndc9-207ENSMUST00000195032 1444 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
Ccdc3Q9D6Y1 D030046N08Rik-201ENSMUST00000162318 1570 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Ccdc3Q9D6Y1 Gm14121-201ENSMUST00000121441 1380 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
Ccdc3Q9D6Y1 Arl8a-201ENSMUST00000027684 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Ccdc3Q9D6Y1 Plpp2-204ENSMUST00000166804 1566 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Ccdc3Q9D6Y1 Znrf2-201ENSMUST00000079869 5886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Ccdc3Q9D6Y1 Gm5067-201ENSMUST00000170449 1009 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
Ccdc3Q9D6Y1 Gmeb1-202ENSMUST00000105964 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Ccdc3Q9D6Y1 Cadm1-209ENSMUST00000152459 1784 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Ccdc3Q9D6Y1 A030014E15Rik-201ENSMUST00000223400 796 ntAPPRIS P1 BASIC22■■□□□ 1.11
Ccdc3Q9D6Y1 Gas2l1-201ENSMUST00000037146 2686 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Ccdc3Q9D6Y1 Bag2-201ENSMUST00000044691 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Ccdc3Q9D6Y1 Slc16a11-201ENSMUST00000094055 1788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Ccdc3Q9D6Y1 Nog-201ENSMUST00000061728 1695 ntAPPRIS P1 BASIC21.98■■□□□ 1.11
Ccdc3Q9D6Y1 Snta1-201ENSMUST00000028991 2125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Ccdc3Q9D6Y1 Cited1-202ENSMUST00000101336 1090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Ccdc3Q9D6Y1 Dleu2-204ENSMUST00000182286 666 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
Ccdc3Q9D6Y1 Dleu2-213ENSMUST00000183245 637 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Ccdc3Q9D6Y1 AC151971.4-201ENSMUST00000214717 704 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem170b-202ENSMUST00000221694 602 ntTSL 3 BASIC21.97■■□□□ 1.11
Ccdc3Q9D6Y1 Hacd1-202ENSMUST00000091429 871 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Ccdc3Q9D6Y1 Anxa5-201ENSMUST00000029266 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Ccdc3Q9D6Y1 Ildr2-206ENSMUST00000194964 2467 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
Ccdc3Q9D6Y1 Wbp1-208ENSMUST00000151393 837 ntTSL 3 BASIC21.96■■□□□ 1.11
Ccdc3Q9D6Y1 Slc25a33-201ENSMUST00000105686 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
Ccdc3Q9D6Y1 Ildr2-202ENSMUST00000192426 1238 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
Ccdc3Q9D6Y1 Rpl35-201ENSMUST00000080861 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
Ccdc3Q9D6Y1 Hdac2-201ENSMUST00000019911 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
Ccdc3Q9D6Y1 Hoxd9-201ENSMUST00000059272 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Ccdc3Q9D6Y1 Zfp513-202ENSMUST00000114590 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Ccdc3Q9D6Y1 Trnau1ap-203ENSMUST00000105962 961 ntTSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
Ccdc3Q9D6Y1 Sft2d1-210ENSMUST00000154553 1049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Ccdc3Q9D6Y1 Nudc-201ENSMUST00000030665 1316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Ccdc3Q9D6Y1 Gm26533-201ENSMUST00000180550 1790 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Ccdc3Q9D6Y1 Pmvk-201ENSMUST00000029564 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
Ccdc3Q9D6Y1 Gal3st1-202ENSMUST00000078757 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
Ccdc3Q9D6Y1 Foxk2-201ENSMUST00000106113 5029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
Ccdc3Q9D6Y1 Rab4a-202ENSMUST00000118535 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
Ccdc3Q9D6Y1 Btf3l4-203ENSMUST00000102741 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
Ccdc3Q9D6Y1 Gm10420-201ENSMUST00000121713 882 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
Ccdc3Q9D6Y1 AC153911.1-201ENSMUST00000220378 758 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
Ccdc3Q9D6Y1 Pgls-201ENSMUST00000034264 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
Ccdc3Q9D6Y1 Cited4-201ENSMUST00000094814 1249 ntAPPRIS P1 BASIC21.92■■□□□ 1.1
Ccdc3Q9D6Y1 Fam174a-201ENSMUST00000059975 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
Ccdc3Q9D6Y1 Gm26711-201ENSMUST00000180866 1833 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
Ccdc3Q9D6Y1 Cys1-207ENSMUST00000186602 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
Ccdc3Q9D6Y1 Psmb8-201ENSMUST00000025196 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
Ccdc3Q9D6Y1 Sh3gl3-201ENSMUST00000032874 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 14.2 ms