Protein–RNA interactions for Protein: O55017

Cacna1b, Voltage-dependent N-type calcium channel subunit alpha-1B, mousemouse

Predictions only

Length 2,327 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Cacna1bO55017 Gm37136-201ENSMUST00000194368 194 ntBASIC22.88■■□□□ 1.25
Cacna1bO55017 Neurl1b-202ENSMUST00000182897 1231 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
Cacna1bO55017 Gm13889-201ENSMUST00000099689 1386 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
Cacna1bO55017 Gm9905-201ENSMUST00000065740 1845 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
Cacna1bO55017 Kcnmb4os2-203ENSMUST00000127070 1048 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
Cacna1bO55017 Azin2-203ENSMUST00000119354 1921 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
Cacna1bO55017 Clk2-201ENSMUST00000090927 2128 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
Cacna1bO55017 Slc50a1-201ENSMUST00000029565 1022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
Cacna1bO55017 Aspscr1-203ENSMUST00000106158 1690 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
Cacna1bO55017 Dda1-209ENSMUST00000147642 1865 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
Cacna1bO55017 Nnat-208ENSMUST00000173595 927 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
Cacna1bO55017 2410017I17Rik-201ENSMUST00000056774 1509 ntTSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
Cacna1bO55017 Gm26859-201ENSMUST00000181743 1852 ntTSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
Cacna1bO55017 Pdlim4-201ENSMUST00000018755 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
Cacna1bO55017 Babam2-209ENSMUST00000201352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
Cacna1bO55017 Ildr2-202ENSMUST00000192426 1238 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
Cacna1bO55017 Pde6d-201ENSMUST00000027444 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
Cacna1bO55017 3110021N24Rik-201ENSMUST00000178992 1812 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.24
Cacna1bO55017 Fam241a-201ENSMUST00000057198 1607 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
Cacna1bO55017 Gm39157-201ENSMUST00000212322 1180 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
Cacna1bO55017 Ndufs3-201ENSMUST00000005647 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
Cacna1bO55017 Dusp22-201ENSMUST00000091672 1161 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
Cacna1bO55017 Hook1-202ENSMUST00000107083 1506 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
Cacna1bO55017 Lmo2-202ENSMUST00000111140 1706 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
Cacna1bO55017 Galnt12-202ENSMUST00000107744 2077 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
Cacna1bO55017 Id3-201ENSMUST00000008016 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
Cacna1bO55017 C530008M17Rik-201ENSMUST00000086909 1844 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
Cacna1bO55017 Serpinb6a-206ENSMUST00000167163 1654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
Cacna1bO55017 Rab4a-202ENSMUST00000118535 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
Cacna1bO55017 Runx2os1-201ENSMUST00000097320 792 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
Cacna1bO55017 Casd1-204ENSMUST00000181734 1063 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
Cacna1bO55017 AC151971.4-201ENSMUST00000214717 704 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
Cacna1bO55017 Prrx2-201ENSMUST00000041659 1441 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
Cacna1bO55017 A530095I07Rik-201ENSMUST00000070942 847 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
Cacna1bO55017 Cnot6l-203ENSMUST00000122003 2089 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
Cacna1bO55017 Ppcs-201ENSMUST00000030385 1443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
Cacna1bO55017 AC164424.2-201ENSMUST00000223281 725 ntTSL 3 BASIC22.76■■□□□ 1.23
Cacna1bO55017 Bri3-201ENSMUST00000056578 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
Cacna1bO55017 Marveld2-202ENSMUST00000163163 2187 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
Cacna1bO55017 Gm26711-201ENSMUST00000180866 1833 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
Cacna1bO55017 Gm40983-202ENSMUST00000222598 1198 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
Cacna1bO55017 Rab40c-201ENSMUST00000026826 2466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
Cacna1bO55017 Lmo2-203ENSMUST00000111143 1654 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
Cacna1bO55017 Kiss1-202ENSMUST00000178033 496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
Cacna1bO55017 Nudc-201ENSMUST00000030665 1316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
Cacna1bO55017 Btf3l4-203ENSMUST00000102741 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
Cacna1bO55017 Hpf1-204ENSMUST00000146863 531 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
Cacna1bO55017 Vamp4-206ENSMUST00000150040 901 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
Cacna1bO55017 Trnau1ap-203ENSMUST00000105962 961 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
Cacna1bO55017 AC122317.2-201ENSMUST00000218708 1248 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
Cacna1bO55017 Tmem170b-202ENSMUST00000221694 602 ntTSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
Cacna1bO55017 Galnt10-202ENSMUST00000108846 1745 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
Cacna1bO55017 Cnep1r1-201ENSMUST00000095214 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
Cacna1bO55017 Tmem127-202ENSMUST00000174288 842 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
Cacna1bO55017 Hibadh-201ENSMUST00000031788 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
Cacna1bO55017 Dtnb-211ENSMUST00000173240 2218 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
Cacna1bO55017 Tpst1-201ENSMUST00000040721 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
Cacna1bO55017 Qdpr-201ENSMUST00000015950 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
Cacna1bO55017 Gm9812-201ENSMUST00000061934 968 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
Cacna1bO55017 Eed-201ENSMUST00000107234 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
Cacna1bO55017 Irx4-201ENSMUST00000022095 2589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
Cacna1bO55017 Phf23-205ENSMUST00000135814 2214 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
Cacna1bO55017 Gm20532-201ENSMUST00000174066 780 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
Cacna1bO55017 Hras-202ENSMUST00000097957 1199 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
Cacna1bO55017 Gfra4-206ENSMUST00000110240 1426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
Cacna1bO55017 Basp1-201ENSMUST00000058845 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
Cacna1bO55017 Aspscr1-201ENSMUST00000026135 1820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
Cacna1bO55017 Raly-201ENSMUST00000029120 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
Cacna1bO55017 Spryd7-202ENSMUST00000100496 1459 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
Cacna1bO55017 Ccnd3-205ENSMUST00000182209 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
Cacna1bO55017 Ipmk-202ENSMUST00000118381 1323 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
Cacna1bO55017 2310014F06Rik-201ENSMUST00000146145 1567 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
Cacna1bO55017 Plpp2-204ENSMUST00000166804 1566 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
Cacna1bO55017 Map2k7-201ENSMUST00000003027 1626 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
Cacna1bO55017 Kiss1-201ENSMUST00000007433 779 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
Cacna1bO55017 Hacd1-202ENSMUST00000091429 871 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
Cacna1bO55017 Ppp4c-201ENSMUST00000032936 1359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
Cacna1bO55017 Traf4-201ENSMUST00000017530 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
Cacna1bO55017 Aldoa-214ENSMUST00000207534 741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
Cacna1bO55017 Phox2a-201ENSMUST00000008090 1609 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
Cacna1bO55017 Gm29735-201ENSMUST00000209599 660 ntAPPRIS P1 BASIC22.67■■□□□ 1.22
Cacna1bO55017 Sarnp-203ENSMUST00000219512 953 ntTSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
Cacna1bO55017 Lin7b-201ENSMUST00000003971 735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
Cacna1bO55017 Mtch1-202ENSMUST00000118366 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
Cacna1bO55017 Rpl35-201ENSMUST00000080861 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
Cacna1bO55017 Fam92a-208ENSMUST00000177837 1325 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
Cacna1bO55017 Tmem55b-206ENSMUST00000161166 1445 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
Cacna1bO55017 Pdgfa-204ENSMUST00000110897 1287 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
Cacna1bO55017 Eif4ebp1-201ENSMUST00000033880 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
Cacna1bO55017 Gm5522-201ENSMUST00000189483 1242 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
Cacna1bO55017 Tdp2-201ENSMUST00000038039 1957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
Cacna1bO55017 Zdhhc2-202ENSMUST00000128166 1547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
Cacna1bO55017 Coprs-201ENSMUST00000033839 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
Cacna1bO55017 Nt5c3-201ENSMUST00000031793 1676 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
Cacna1bO55017 Inafm1-201ENSMUST00000169612 1605 ntAPPRIS P1 BASIC22.62■■□□□ 1.21
Cacna1bO55017 B230322F03Rik-201ENSMUST00000181932 1569 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
Cacna1bO55017 Gm20109-201ENSMUST00000180802 671 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
Cacna1bO55017 Esrra-201ENSMUST00000025906 2242 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
Cacna1bO55017 Psmb8-201ENSMUST00000025196 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
Cacna1bO55017 Gm17494-201ENSMUST00000072769 1800 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 93.1 ms