Protein–RNA interactions for Protein: P11087

Col1a1, Collagen alpha-1(I) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,453 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col1a1P11087 C530008M17Rik-201ENSMUST00000086909 1844 ntBASIC28.59■■■□□ 2.17
Col1a1P11087 Cys1-203ENSMUST00000156453 1732 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.58■■■□□ 2.17
Col1a1P11087 Rtn2-201ENSMUST00000032559 1990 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
Col1a1P11087 Erf-202ENSMUST00000116343 690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.58■■■□□ 2.17
Col1a1P11087 Mir3960-201ENSMUST00000198213 73 ntBASIC28.58■■■□□ 2.17
Col1a1P11087 Kdf1-202ENSMUST00000105901 1699 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
Col1a1P11087 Gm45364-201ENSMUST00000210883 159 ntBASIC28.57■■■□□ 2.16
Col1a1P11087 Gm16437-201ENSMUST00000025669 507 ntBASIC28.57■■■□□ 2.16
Col1a1P11087 Ric1-206ENSMUST00000162184 2157 ntTSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
Col1a1P11087 Gm43573-201ENSMUST00000196445 570 ntTSL 5 BASIC28.55■■■□□ 2.16
Col1a1P11087 Dmwd-201ENSMUST00000032570 2494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
Col1a1P11087 Gm9888-201ENSMUST00000150678 965 ntTSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
Col1a1P11087 Cldn10-203ENSMUST00000100314 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
Col1a1P11087 Crlf2-201ENSMUST00000044579 1323 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
Col1a1P11087 6430548M08Rik-202ENSMUST00000108948 1762 ntTSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
Col1a1P11087 Hmx3-201ENSMUST00000046093 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
Col1a1P11087 Tceal6-201ENSMUST00000033783 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
Col1a1P11087 Gm45713-201ENSMUST00000209467 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
Col1a1P11087 4933429H19Rik-202ENSMUST00000187361 995 ntBASIC28.52■■■□□ 2.16
Col1a1P11087 Rnaset2a-201ENSMUST00000097420 1259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
Col1a1P11087 Cacfd1-204ENSMUST00000114006 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
Col1a1P11087 Zfp703-201ENSMUST00000127097 587 ntTSL 2 BASIC28.47■■■□□ 2.15
Col1a1P11087 Gm27040-201ENSMUST00000181984 504 ntTSL 2 BASIC28.47■■■□□ 2.15
Col1a1P11087 Fra10ac1-201ENSMUST00000067167 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
Col1a1P11087 Slc39a13-203ENSMUST00000111436 1291 ntTSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
Col1a1P11087 Tmem240-202ENSMUST00000147721 817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
Col1a1P11087 Gm20512-201ENSMUST00000172483 618 ntTSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
Col1a1P11087 A730013G03Rik-202ENSMUST00000195012 2097 ntBASIC28.46■■■□□ 2.15
Col1a1P11087 Sike1-202ENSMUST00000119450 774 ntTSL 3 BASIC28.46■■■□□ 2.15
Col1a1P11087 Terf2-201ENSMUST00000068388 1915 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
Col1a1P11087 Pcgf5-210ENSMUST00000225411 1626 ntAPPRIS P5 BASIC28.45■■■□□ 2.15
Col1a1P11087 Six3-202ENSMUST00000175898 2419 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
Col1a1P11087 Gm7332-201ENSMUST00000118351 454 ntBASIC28.44■■■□□ 2.14
Col1a1P11087 Gm27502-201ENSMUST00000183495 199 ntBASIC28.44■■■□□ 2.14
Col1a1P11087 Gm37136-201ENSMUST00000194368 194 ntBASIC28.44■■■□□ 2.14
Col1a1P11087 Trappc6b-201ENSMUST00000021380 1255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
Col1a1P11087 Ndufs3-201ENSMUST00000005647 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
Col1a1P11087 Dda1-209ENSMUST00000147642 1865 ntTSL 2 BASIC28.44■■■□□ 2.14
Col1a1P11087 Tpst1-201ENSMUST00000040721 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
Col1a1P11087 Galnt10-202ENSMUST00000108846 1745 ntTSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
Col1a1P11087 Ppp1r35-201ENSMUST00000031739 956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
Col1a1P11087 Ddrgk1-201ENSMUST00000089559 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
Col1a1P11087 Mat2b-201ENSMUST00000040167 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
Col1a1P11087 Stau2-210ENSMUST00000149320 2214 ntTSL 5 BASIC28.41■■■□□ 2.14
Col1a1P11087 Slc35a3-202ENSMUST00000120120 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
Col1a1P11087 Rtn4r-201ENSMUST00000059589 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
Col1a1P11087 Ppp2r3d-202ENSMUST00000180270 450 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
Col1a1P11087 Zdhhc2-202ENSMUST00000128166 1547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
Col1a1P11087 Hmox2-202ENSMUST00000118885 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
Col1a1P11087 Ppp1r3e-201ENSMUST00000168622 1852 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.39■■■□□ 2.14
Col1a1P11087 Rundc3a-204ENSMUST00000107105 1861 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
Col1a1P11087 Aspscr1-201ENSMUST00000026135 1820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
Col1a1P11087 Gm13889-201ENSMUST00000099689 1386 ntBASIC28.37■■■□□ 2.13
Col1a1P11087 A830092H15Rik-201ENSMUST00000099182 1229 ntBASIC28.37■■■□□ 2.13
Col1a1P11087 Nsmce4a-202ENSMUST00000160289 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
Col1a1P11087 Raly-201ENSMUST00000029120 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.37■■■□□ 2.13
Col1a1P11087 Cutc-201ENSMUST00000026199 1298 ntTSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
Col1a1P11087 Slc16a6-203ENSMUST00000070872 2354 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
Col1a1P11087 Gpr25-201ENSMUST00000086395 1077 ntAPPRIS P1 BASIC28.35■■■□□ 2.13
Col1a1P11087 Siva1-201ENSMUST00000021728 924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
Col1a1P11087 Hscb-201ENSMUST00000056937 804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
Col1a1P11087 Gm9905-201ENSMUST00000065740 1845 ntBASIC28.34■■■□□ 2.13
Col1a1P11087 Gm12818-201ENSMUST00000117562 1349 ntBASIC28.32■■■□□ 2.12
Col1a1P11087 St3gal5-201ENSMUST00000069994 2258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
Col1a1P11087 Cox11-201ENSMUST00000020851 1224 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
Col1a1P11087 Psmg1-201ENSMUST00000023630 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
Col1a1P11087 Cbr3-201ENSMUST00000039620 1170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
Col1a1P11087 Nrg3-202ENSMUST00000168810 2175 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
Col1a1P11087 Traf4-201ENSMUST00000017530 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
Col1a1P11087 Gm14523-201ENSMUST00000117260 558 ntBASIC28.31■■■□□ 2.12
Col1a1P11087 Tmem55b-201ENSMUST00000049312 1594 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
Col1a1P11087 Dpf1-204ENSMUST00000108231 2040 ntTSL 5 BASIC28.3■■■□□ 2.12
Col1a1P11087 Mbd3-203ENSMUST00000105348 1222 ntTSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
Col1a1P11087 Pmvk-201ENSMUST00000029564 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
Col1a1P11087 Apcdd1-202ENSMUST00000163716 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
Col1a1P11087 Slc50a1-201ENSMUST00000029565 1022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
Col1a1P11087 Hnrnpk-210ENSMUST00000176558 1053 ntTSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
Col1a1P11087 2510046G10Rik-202ENSMUST00000187458 1052 ntBASIC28.27■■■□□ 2.12
Col1a1P11087 Bloc1s2-201ENSMUST00000079033 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
Col1a1P11087 Hook1-202ENSMUST00000107083 1506 ntTSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.12
Col1a1P11087 2410017I17Rik-201ENSMUST00000056774 1509 ntTSL 5 BASIC28.26■■■□□ 2.12
Col1a1P11087 Odc1-201ENSMUST00000171737 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
Col1a1P11087 Kansl2-202ENSMUST00000116400 2110 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
Col1a1P11087 Nnat-208ENSMUST00000173595 927 ntTSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
Col1a1P11087 Emc8-208ENSMUST00000181950 747 ntTSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
Col1a1P11087 Babam2-209ENSMUST00000201352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
Col1a1P11087 4931440P22Rik-201ENSMUST00000099076 1786 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
Col1a1P11087 Dusp22-201ENSMUST00000091672 1161 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
Col1a1P11087 Pdlim4-201ENSMUST00000018755 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
Col1a1P11087 Gm40983-202ENSMUST00000222598 1198 ntTSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
Col1a1P11087 Arpc2-201ENSMUST00000006467 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
Col1a1P11087 2310014F06Rik-201ENSMUST00000146145 1567 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
Col1a1P11087 Lmo2-202ENSMUST00000111140 1706 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
Col1a1P11087 Pfdn2-202ENSMUST00000135941 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
Col1a1P11087 Lmo2-203ENSMUST00000111143 1654 ntTSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
Col1a1P11087 Mlf2-202ENSMUST00000180095 1475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
Col1a1P11087 Ccnd3-205ENSMUST00000182209 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
Col1a1P11087 3110021N24Rik-201ENSMUST00000178992 1812 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.21■■■□□ 2.11
Col1a1P11087 B4galt7-202ENSMUST00000100764 2195 ntTSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
Col1a1P11087 A030014E15Rik-201ENSMUST00000223400 796 ntAPPRIS P1 BASIC28.2■■■□□ 2.1
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 51.3 ms