Protein–RNA interactions for Protein: Q69ZI1

Sh3rf1, E3 ubiquitin-protein ligase SH3RF1, mousemouse

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Length 892 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Sh3rf1Q69ZI1 Ctbp1-211ENSMUST00000202868 2436 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
Sh3rf1Q69ZI1 Atp5a1-202ENSMUST00000114748 2674 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
Sh3rf1Q69ZI1 Zfp358-201ENSMUST00000061508 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
Sh3rf1Q69ZI1 Gkap1-201ENSMUST00000091579 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
Sh3rf1Q69ZI1 C2cd4d-201ENSMUST00000169433 1321 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.52■■□□□ 1.52
Sh3rf1Q69ZI1 Eed-201ENSMUST00000107234 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
Sh3rf1Q69ZI1 Dut-202ENSMUST00000082122 1020 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
Sh3rf1Q69ZI1 Gpr12-201ENSMUST00000036211 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
Sh3rf1Q69ZI1 2810459M11Rik-201ENSMUST00000027429 1225 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
Sh3rf1Q69ZI1 Ppp1r14b-201ENSMUST00000070850 919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
Sh3rf1Q69ZI1 E330040D14Rik-201ENSMUST00000192299 1374 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
Sh3rf1Q69ZI1 March2-205ENSMUST00000173015 1418 ntTSL 3 BASIC24.49■■□□□ 1.51
Sh3rf1Q69ZI1 Stau2-210ENSMUST00000149320 2214 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
Sh3rf1Q69ZI1 C1qtnf5-201ENSMUST00000114815 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
Sh3rf1Q69ZI1 Tm6sf1-201ENSMUST00000041890 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
Sh3rf1Q69ZI1 Gng13-201ENSMUST00000115108 347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
Sh3rf1Q69ZI1 Spg7-201ENSMUST00000108868 845 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
Sh3rf1Q69ZI1 Ranbp1-202ENSMUST00000115645 1085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Sh3rf1Q69ZI1 1810026B05Rik-206ENSMUST00000187421 519 ntTSL 3 BASIC24.45■■□□□ 1.5
Sh3rf1Q69ZI1 Slc39a13-201ENSMUST00000073575 2469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
Sh3rf1Q69ZI1 Gm20503-201ENSMUST00000174664 1294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
Sh3rf1Q69ZI1 Scrt2-201ENSMUST00000064061 3395 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
Sh3rf1Q69ZI1 Pdia5-201ENSMUST00000023550 1808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
Sh3rf1Q69ZI1 Orai1-201ENSMUST00000051016 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
Sh3rf1Q69ZI1 Dcaf15-202ENSMUST00000210279 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
Sh3rf1Q69ZI1 Fam220a-206ENSMUST00000196487 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
Sh3rf1Q69ZI1 Nhlrc1-201ENSMUST00000052747 2294 ntAPPRIS P1 BASIC24.42■■□□□ 1.5
Sh3rf1Q69ZI1 Otud5-205ENSMUST00000115668 2543 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
Sh3rf1Q69ZI1 Gas2l1-201ENSMUST00000037146 2686 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
Sh3rf1Q69ZI1 Zfp513-202ENSMUST00000114590 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
Sh3rf1Q69ZI1 Pradc1-202ENSMUST00000113770 610 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
Sh3rf1Q69ZI1 Fam241a-201ENSMUST00000057198 1607 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
Sh3rf1Q69ZI1 Cdc14b-207ENSMUST00000221634 1953 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
Sh3rf1Q69ZI1 Ubl4a-207ENSMUST00000178691 1038 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
Sh3rf1Q69ZI1 1810026B05Rik-202ENSMUST00000184554 782 ntTSL 3 BASIC24.37■■□□□ 1.49
Sh3rf1Q69ZI1 Bok-201ENSMUST00000027499 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
Sh3rf1Q69ZI1 Mnx1-201ENSMUST00000001608 2018 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
Sh3rf1Q69ZI1 A330023F24Rik-201ENSMUST00000181226 955 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
Sh3rf1Q69ZI1 Efna3-201ENSMUST00000029673 2363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
Sh3rf1Q69ZI1 Mpp6-209ENSMUST00000204545 2418 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
Sh3rf1Q69ZI1 Stard3nl-210ENSMUST00000222869 1030 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
Sh3rf1Q69ZI1 Det1-201ENSMUST00000032839 2269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
Sh3rf1Q69ZI1 A730013G03Rik-202ENSMUST00000195012 2097 ntBASIC24.33■■□□□ 1.49
Sh3rf1Q69ZI1 Snta1-202ENSMUST00000109728 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
Sh3rf1Q69ZI1 Snta1-201ENSMUST00000028991 2125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
Sh3rf1Q69ZI1 Mpp6-202ENSMUST00000036236 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
Sh3rf1Q69ZI1 Rnd2-201ENSMUST00000001347 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
Sh3rf1Q69ZI1 Arx-202ENSMUST00000113947 2454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
Sh3rf1Q69ZI1 Hrh3-208ENSMUST00000171736 906 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
Sh3rf1Q69ZI1 Eif4ebp1-201ENSMUST00000033880 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
Sh3rf1Q69ZI1 E030037K01Rik-201ENSMUST00000180928 1756 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
Sh3rf1Q69ZI1 Nans-201ENSMUST00000030018 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
Sh3rf1Q69ZI1 Tnfsfm13-203ENSMUST00000180587 2235 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
Sh3rf1Q69ZI1 Sowahd-201ENSMUST00000060057 1574 ntAPPRIS P1 BASIC24.3■■□□□ 1.48
Sh3rf1Q69ZI1 Gm24970-201ENSMUST00000175582 82 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
Sh3rf1Q69ZI1 Ube2m-201ENSMUST00000005714 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
Sh3rf1Q69ZI1 Tmem243-201ENSMUST00000115365 1040 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
Sh3rf1Q69ZI1 Junos-204ENSMUST00000128094 830 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
Sh3rf1Q69ZI1 Gm527-201ENSMUST00000058135 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
Sh3rf1Q69ZI1 Phlda1-201ENSMUST00000164773 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
Sh3rf1Q69ZI1 Dapk3-201ENSMUST00000047665 1676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
Sh3rf1Q69ZI1 Odc1-201ENSMUST00000171737 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
Sh3rf1Q69ZI1 Tmem260-208ENSMUST00000226400 2281 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
Sh3rf1Q69ZI1 Agap3-201ENSMUST00000024123 3207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
Sh3rf1Q69ZI1 Ywhaq-202ENSMUST00000103002 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
Sh3rf1Q69ZI1 Ica1-201ENSMUST00000038403 2075 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
Sh3rf1Q69ZI1 St7-208ENSMUST00000115419 2194 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
Sh3rf1Q69ZI1 Cetn4-202ENSMUST00000075537 762 ntTSL 3 BASIC24.26■■□□□ 1.47
Sh3rf1Q69ZI1 Bok-205ENSMUST00000201863 883 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
Sh3rf1Q69ZI1 6530409C15Rik-202ENSMUST00000143551 1573 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
Sh3rf1Q69ZI1 Tsen34-203ENSMUST00000108629 1238 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
Sh3rf1Q69ZI1 Cib1-201ENSMUST00000065163 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
Sh3rf1Q69ZI1 Evx2-202ENSMUST00000173623 1428 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
Sh3rf1Q69ZI1 Kansl2-202ENSMUST00000116400 2110 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Sh3rf1Q69ZI1 Macrod1-201ENSMUST00000040261 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Sh3rf1Q69ZI1 Cpe-201ENSMUST00000048967 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Sh3rf1Q69ZI1 Uncx-201ENSMUST00000172997 2498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Sh3rf1Q69ZI1 Rnf115-201ENSMUST00000029740 2209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
Sh3rf1Q69ZI1 Fus-201ENSMUST00000077609 1831 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
Sh3rf1Q69ZI1 Eya2-202ENSMUST00000088132 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
Sh3rf1Q69ZI1 Wdr34-201ENSMUST00000113711 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
Sh3rf1Q69ZI1 Znrf3-202ENSMUST00000143746 1022 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
Sh3rf1Q69ZI1 Gm12523-201ENSMUST00000148844 599 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
Sh3rf1Q69ZI1 Ei24-202ENSMUST00000163192 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
Sh3rf1Q69ZI1 Hmx1-201ENSMUST00000087674 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
Sh3rf1Q69ZI1 AY074887-201ENSMUST00000054018 769 ntAPPRIS P1 BASIC24.19■■□□□ 1.46
Sh3rf1Q69ZI1 Rbms1-202ENSMUST00000112509 1806 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
Sh3rf1Q69ZI1 Dlx6os2-201ENSMUST00000178206 1354 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
Sh3rf1Q69ZI1 Six3-201ENSMUST00000162695 2838 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
Sh3rf1Q69ZI1 Gm15688-201ENSMUST00000161394 2418 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
Sh3rf1Q69ZI1 Zbtb12-201ENSMUST00000052778 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
Sh3rf1Q69ZI1 Cnnm3-201ENSMUST00000001166 5193 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
Sh3rf1Q69ZI1 Twist1-201ENSMUST00000049089 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
Sh3rf1Q69ZI1 Fzd9-201ENSMUST00000062572 2293 ntAPPRIS P1 BASIC24.17■■□□□ 1.46
Sh3rf1Q69ZI1 Csnk1g2-201ENSMUST00000079773 2348 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
Sh3rf1Q69ZI1 Rheb-201ENSMUST00000030787 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
Sh3rf1Q69ZI1 Rtn4r-201ENSMUST00000059589 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
Sh3rf1Q69ZI1 5031425E22Rik-201ENSMUST00000101522 2110 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
Sh3rf1Q69ZI1 Gm7334-201ENSMUST00000061681 1356 ntAPPRIS P1 BASIC24.13■■□□□ 1.45
Sh3rf1Q69ZI1 Paqr3-202ENSMUST00000112968 1875 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 56.8 ms