Protein–RNA interactions for Protein: Q9D6Y1

Ccdc3, Coiled-coil domain-containing protein 3, mousemouse

Predictions only

Length 273 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc3Q9D6Y1 Galnt3-201ENSMUST00000028378 3885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Gm5540-201ENSMUST00000131852 1848 ntBASIC17.9■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Slc35f4-204ENSMUST00000138884 1810 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Psmd3-201ENSMUST00000017365 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Cacfd1-202ENSMUST00000114004 2194 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
Ccdc3Q9D6Y1 Blcap-202ENSMUST00000109528 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 Chd3os-201ENSMUST00000129321 2081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 Gramd1a-201ENSMUST00000001280 2713 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 Lgmn-202ENSMUST00000110020 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 Nhlh1-201ENSMUST00000059794 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 Intu-201ENSMUST00000061590 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.89■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 Gm21863-201ENSMUST00000179133 336 ntAPPRIS P1 BASIC17.89■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 Gm2559-201ENSMUST00000201323 363 ntBASIC17.89■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 AC158538.1-201ENSMUST00000225870 294 ntBASIC17.89■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 Akip1-201ENSMUST00000033335 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 Cfap20-201ENSMUST00000034249 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 Fam50b-201ENSMUST00000039605 1229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 Lbx2-201ENSMUST00000041265 817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 Wdr33-202ENSMUST00000082319 1152 ntTSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 Nnat-201ENSMUST00000088484 458 ntTSL 2 BASIC17.89■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 Trak1-209ENSMUST00000210798 5363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 Dio3-202ENSMUST00000173014 2030 ntAPPRIS P1 BASIC17.89■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 Sstr1-202ENSMUST00000110671 1752 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.89■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 Wdr37-203ENSMUST00000164183 1780 ntTSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 Pknox2-201ENSMUST00000039674 3632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 Krt24-201ENSMUST00000017255 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 AW047730-202ENSMUST00000181406 2579 ntTSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 Irx3-201ENSMUST00000093312 2610 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 1700065D16Rik-204ENSMUST00000189348 1540 ntTSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 Nt5c3b-204ENSMUST00000107398 1635 ntTSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 Tradd-201ENSMUST00000034359 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 Gm22325-201ENSMUST00000158904 308 ntBASIC17.88■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 Prss21-201ENSMUST00000024928 1094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 AB041806-201ENSMUST00000062902 2105 ntTSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 Chpt1-202ENSMUST00000073783 852 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 Kiz-201ENSMUST00000099278 2183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 Mark2-206ENSMUST00000164205 3104 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 Cd37-209ENSMUST00000211373 1428 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 Fmnl2-203ENSMUST00000090952 5414 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 Gm5784-201ENSMUST00000179344 2478 ntBASIC17.88■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 Celf6-203ENSMUST00000118549 2973 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 Foxp1-220ENSMUST00000176565 3727 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 Cdk11b-202ENSMUST00000105598 2673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 Sae1-204ENSMUST00000211741 1663 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 Smarcd3-208ENSMUST00000195943 1712 ntTSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 Smarcd3-201ENSMUST00000030791 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 Nptx1-201ENSMUST00000026670 5217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 Xkr6-201ENSMUST00000119973 2963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 Ppp2r1b-209ENSMUST00000176349 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 Porcn-202ENSMUST00000082320 1883 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 Rpl27-202ENSMUST00000107249 732 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 Gusb-202ENSMUST00000111307 932 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 Gm29458-201ENSMUST00000187093 354 ntTSL 3 BASIC17.87■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 Exoc5-206ENSMUST00000161504 2582 ntTSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 Zbtb7a-201ENSMUST00000048128 5938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 Stx4a-201ENSMUST00000033075 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 Gas2-203ENSMUST00000107591 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 Mafg-201ENSMUST00000058162 4923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 Sumf1-201ENSMUST00000032191 2593 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 Ddx39b-201ENSMUST00000068056 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 Map4k5-203ENSMUST00000110570 4498 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 Srsf4-202ENSMUST00000053819 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 Dmrt1-201ENSMUST00000025755 2340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 Gm45822-201ENSMUST00000212231 259 ntTSL 3 BASIC17.86■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 Pdlim5-202ENSMUST00000058626 873 ntTSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 Wbp1-202ENSMUST00000113936 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 Rilpl2-201ENSMUST00000031347 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 Stx2-201ENSMUST00000031378 2939 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 Dyrk1b-203ENSMUST00000172761 2018 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 Mtmr1-202ENSMUST00000114601 4640 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 Slc30a9-204ENSMUST00000162372 5711 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 4732440D04Rik-203ENSMUST00000191825 5428 ntBASIC17.85■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 Oxct2a-201ENSMUST00000102640 1760 ntAPPRIS P1 BASIC17.85■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 Galnt14-202ENSMUST00000112591 1843 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 Gm5643-201ENSMUST00000117081 966 ntBASIC17.85■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 BC021767-201ENSMUST00000126387 1716 ntBASIC17.85■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 Ppm1m-203ENSMUST00000140761 1846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 Serf1-204ENSMUST00000151821 570 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 Fgf2os-201ENSMUST00000153785 1441 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 Gm16262-201ENSMUST00000162306 1751 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 Sirt1-207ENSMUST00000177694 3353 ntTSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 Dynll2-204ENSMUST00000178105 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 Arl4c-203ENSMUST00000187810 2740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 Gm44238-201ENSMUST00000203300 353 ntTSL 3 BASIC17.85■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 A530010L16Rik-201ENSMUST00000212007 2336 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 AC165249.1-201ENSMUST00000220031 1599 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 Golph3-205ENSMUST00000228671 2842 ntBASIC17.85■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 Naxe-201ENSMUST00000029708 908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 Prkg2-201ENSMUST00000031277 2618 ntTSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 Vti1b-201ENSMUST00000055262 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 Ehmt2-203ENSMUST00000097342 3934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 Pde1b-201ENSMUST00000023132 3218 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 Gm11532-201ENSMUST00000128111 5272 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 Wdsub1-201ENSMUST00000028368 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 Adamtsl5-201ENSMUST00000095446 1957 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 Arhgef1-204ENSMUST00000117796 3508 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 Ankrd40-203ENSMUST00000107818 3487 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 Tcf7-202ENSMUST00000109071 1742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 Car11-201ENSMUST00000003360 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
Ccdc3Q9D6Y1 Mtg1-201ENSMUST00000036977 1595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 31.6 ms