Protein–RNA interactions for Protein: P18828

Sdc1, Syndecan-1, mousemouse

Predictions only

Length 311 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Sdc1P18828 Tbx1-201ENSMUST00000009241 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
Sdc1P18828 Mfsd5-201ENSMUST00000051341 1742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
Sdc1P18828 Mypop-201ENSMUST00000059331 2173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
Sdc1P18828 Fzd9-201ENSMUST00000062572 2293 ntAPPRIS P1 BASIC20.23■□□□□ 0.83
Sdc1P18828 Cdkn2c-202ENSMUST00000097921 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
Sdc1P18828 Aspscr1-201ENSMUST00000026135 1820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
Sdc1P18828 Tnfsfm13-203ENSMUST00000180587 2235 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
Sdc1P18828 Rexo2-201ENSMUST00000034524 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
Sdc1P18828 Cdc14b-207ENSMUST00000221634 1953 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
Sdc1P18828 Ctnnd2-201ENSMUST00000081728 5944 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
Sdc1P18828 Fcho2-204ENSMUST00000179563 1586 ntTSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
Sdc1P18828 Spata1-201ENSMUST00000029839 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
Sdc1P18828 Rnf115-201ENSMUST00000029740 2209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
Sdc1P18828 Cpe-201ENSMUST00000048967 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
Sdc1P18828 Sox3-201ENSMUST00000135107 2065 ntAPPRIS P1 BASIC20.17■□□□□ 0.82
Sdc1P18828 Mbd3-204ENSMUST00000105349 1566 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
Sdc1P18828 Cdr2-201ENSMUST00000033169 2525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
Sdc1P18828 Dazap1-201ENSMUST00000092305 1994 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Sdc1P18828 Foxk2-201ENSMUST00000106113 5029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Sdc1P18828 Syndig1l-201ENSMUST00000095550 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
Sdc1P18828 St3gal2-202ENSMUST00000117534 2177 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
Sdc1P18828 5031425E22Rik-201ENSMUST00000101522 2110 ntBASIC20.14■□□□□ 0.81
Sdc1P18828 Galnt12-202ENSMUST00000107744 2077 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
Sdc1P18828 Vsig8-202ENSMUST00000177086 1519 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
Sdc1P18828 Ppp2cb-201ENSMUST00000009774 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
Sdc1P18828 Foxn3-209ENSMUST00000177451 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
Sdc1P18828 Gm12339-201ENSMUST00000127424 728 ntTSL 3 BASIC20.11■□□□□ 0.81
Sdc1P18828 Ino80b-201ENSMUST00000032109 1038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
Sdc1P18828 Paqr3-202ENSMUST00000112968 1875 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
Sdc1P18828 Aes-201ENSMUST00000002518 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
Sdc1P18828 Pura-201ENSMUST00000051301 3145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
Sdc1P18828 Rtn4r-201ENSMUST00000059589 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
Sdc1P18828 Pou4f1-201ENSMUST00000053016 4445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
Sdc1P18828 Uhrf2-202ENSMUST00000112552 1464 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
Sdc1P18828 Dnpep-201ENSMUST00000066668 2488 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
Sdc1P18828 Kcnc3-206ENSMUST00000208651 2728 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.8
Sdc1P18828 Cebpb-201ENSMUST00000070642 1504 ntAPPRIS P1 BASIC20.07■□□□□ 0.8
Sdc1P18828 Fam220a-201ENSMUST00000067145 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
Sdc1P18828 Onecut3-201ENSMUST00000051773 4776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
Sdc1P18828 Fbll1-201ENSMUST00000160726 1503 ntAPPRIS P1 BASIC20.06■□□□□ 0.8
Sdc1P18828 Qk-202ENSMUST00000097414 4658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
Sdc1P18828 Hexdc-201ENSMUST00000038831 2378 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
Sdc1P18828 Osbpl10-207ENSMUST00000183104 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
Sdc1P18828 Efcc1-202ENSMUST00000159570 2293 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
Sdc1P18828 Zbtb12-201ENSMUST00000052778 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
Sdc1P18828 Reep6-203ENSMUST00000105355 2127 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
Sdc1P18828 Reep6-204ENSMUST00000105357 2127 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
Sdc1P18828 Det1-201ENSMUST00000032839 2269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
Sdc1P18828 H2afy-202ENSMUST00000045788 1933 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
Sdc1P18828 Eif4e2-203ENSMUST00000113230 1569 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
Sdc1P18828 E030037K01Rik-201ENSMUST00000180928 1756 ntBASIC20.02■□□□□ 0.8
Sdc1P18828 Mpp6-202ENSMUST00000036236 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
Sdc1P18828 Six3-201ENSMUST00000162695 2838 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.79
Sdc1P18828 Gtpbp2-201ENSMUST00000024748 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
Sdc1P18828 St7-208ENSMUST00000115419 2194 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
Sdc1P18828 AL845457.1-201ENSMUST00000197244 68 ntBASIC20.01■□□□□ 0.79
Sdc1P18828 Ccsap-201ENSMUST00000034452 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
Sdc1P18828 Wnt2-201ENSMUST00000010941 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
Sdc1P18828 Sept11-208ENSMUST00000202308 1792 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
Sdc1P18828 Gpr137c-202ENSMUST00000147957 1395 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
Sdc1P18828 Slc1a5-201ENSMUST00000108496 2764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
Sdc1P18828 E2f5-201ENSMUST00000029069 1779 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
Sdc1P18828 Olfm1-201ENSMUST00000028177 2757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
Sdc1P18828 Foxa2-202ENSMUST00000109964 2070 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
Sdc1P18828 Dapk3-202ENSMUST00000178422 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
Sdc1P18828 Mapk1-201ENSMUST00000023462 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
Sdc1P18828 Camsap1-212ENSMUST00000183461 5090 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
Sdc1P18828 Ccsap-202ENSMUST00000122421 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
Sdc1P18828 Dusp7-201ENSMUST00000172306 3213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
Sdc1P18828 Gm20732-201ENSMUST00000175699 686 ntTSL 3 BASIC19.98■□□□□ 0.79
Sdc1P18828 Fam174a-201ENSMUST00000059975 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
Sdc1P18828 P3h4-201ENSMUST00000066489 2178 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
Sdc1P18828 Cadps-201ENSMUST00000067491 5421 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
Sdc1P18828 Deaf1-201ENSMUST00000080553 2135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
Sdc1P18828 Hnrnpl-201ENSMUST00000038572 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
Sdc1P18828 Fcho2-201ENSMUST00000040340 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
Sdc1P18828 Kat2b-201ENSMUST00000000724 4653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
Sdc1P18828 Pkig-201ENSMUST00000064703 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
Sdc1P18828 Smurf1-203ENSMUST00000110677 5420 ntTSL 5 BASIC19.95■□□□□ 0.78
Sdc1P18828 Tnfsf12-202ENSMUST00000181810 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
Sdc1P18828 Homer3-201ENSMUST00000003669 2323 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
Sdc1P18828 Frat2-201ENSMUST00000059231 2161 ntAPPRIS P1 BASIC19.95■□□□□ 0.78
Sdc1P18828 Wdr34-201ENSMUST00000113711 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
Sdc1P18828 Wwc1-201ENSMUST00000018993 4531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
Sdc1P18828 Kctd15-202ENSMUST00000108069 2407 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.94■□□□□ 0.78
Sdc1P18828 Mrps7-201ENSMUST00000058109 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
Sdc1P18828 Cdc42bpg-201ENSMUST00000025681 5995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.93■□□□□ 0.78
Sdc1P18828 Grin2d-203ENSMUST00000211713 5244 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.93■□□□□ 0.78
Sdc1P18828 Ildr2-206ENSMUST00000194964 2467 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
Sdc1P18828 Stau2-210ENSMUST00000149320 2214 ntTSL 5 BASIC19.92■□□□□ 0.78
Sdc1P18828 Eif4ebp1-201ENSMUST00000033880 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
Sdc1P18828 Fam241a-201ENSMUST00000057198 1607 ntTSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
Sdc1P18828 Fam69b-201ENSMUST00000074240 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
Sdc1P18828 B4galt2-201ENSMUST00000030266 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
Sdc1P18828 Dapk3-209ENSMUST00000219850 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
Sdc1P18828 Tead1-203ENSMUST00000084705 2543 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
Sdc1P18828 Gm25238-201ENSMUST00000174914 89 ntBASIC19.91■□□□□ 0.78
Sdc1P18828 Mafa-201ENSMUST00000062002 1080 ntAPPRIS P1 BASIC19.91■□□□□ 0.78
Sdc1P18828 Cadm1-202ENSMUST00000085909 2126 ntTSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
Sdc1P18828 Csnk1g2-201ENSMUST00000079773 2348 ntTSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 51.9 ms