Protein–RNA interactions for Protein: Q9D6Y1

Ccdc3, Coiled-coil domain-containing protein 3, mousemouse

Predictions only

Length 273 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc3Q9D6Y1 Fam105a-201ENSMUST00000100739 2867 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 Nat14-201ENSMUST00000047309 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 Rbm38-204ENSMUST00000173393 2071 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 Cyp4f15-201ENSMUST00000008801 2095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 Srxn1-201ENSMUST00000041500 2812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 Rab7-205ENSMUST00000113600 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 Gm12441-201ENSMUST00000121806 588 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 Atraid-201ENSMUST00000013766 966 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 2810405F15Rik-201ENSMUST00000195368 932 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 Cnbp-208ENSMUST00000204653 2175 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 Picalm-215ENSMUST00000209068 3511 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 Meis3-201ENSMUST00000002495 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 Cnbp-201ENSMUST00000032138 2178 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 Snrpc-201ENSMUST00000071006 870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 Mgat1-213ENSMUST00000167400 3151 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 Hnrnpf-202ENSMUST00000163168 2401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 Peli2-201ENSMUST00000073150 5900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 Cachd1-201ENSMUST00000030257 5765 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 Ccdc85c-202ENSMUST00000222310 4298 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 Maz-203ENSMUST00000205568 2650 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 Tesmin-204ENSMUST00000151341 2013 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 Uba2-201ENSMUST00000102746 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 Ddost-201ENSMUST00000030538 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 Foxj2-201ENSMUST00000003238 5283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 Eml4-203ENSMUST00000112363 5238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 Gabbr1-201ENSMUST00000025338 5248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 Pacsin2-201ENSMUST00000056177 2795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 Zfp444-202ENSMUST00000108565 849 ntTSL 3 BASIC18.52■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 Lmbr1l-201ENSMUST00000023736 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 Chd5-205ENSMUST00000164662 9375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
Ccdc3Q9D6Y1 Baiap2-205ENSMUST00000106233 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.55
Ccdc3Q9D6Y1 2310034G01Rik-201ENSMUST00000189008 1373 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.55
Ccdc3Q9D6Y1 Gm42911-201ENSMUST00000199360 1630 ntBASIC18.52■□□□□ 0.55
Ccdc3Q9D6Y1 Tsen54-202ENSMUST00000106481 1862 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
Ccdc3Q9D6Y1 Wnk2-204ENSMUST00000110096 6534 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.55
Ccdc3Q9D6Y1 Atoh8-201ENSMUST00000042646 2355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
Ccdc3Q9D6Y1 Cnr1-201ENSMUST00000057188 5807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
Ccdc3Q9D6Y1 Bspry-202ENSMUST00000107449 2167 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem145-201ENSMUST00000108409 2298 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
Ccdc3Q9D6Y1 Cacna2d1-207ENSMUST00000196750 1272 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Ccdc3Q9D6Y1 Cnih2-201ENSMUST00000025805 1237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Ccdc3Q9D6Y1 Vgll2-201ENSMUST00000058347 966 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Ccdc3Q9D6Y1 Cldn3-201ENSMUST00000094245 1259 ntAPPRIS P1 BASIC18.51■□□□□ 0.55
Ccdc3Q9D6Y1 Gp1bb-202ENSMUST00000167388 1847 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
Ccdc3Q9D6Y1 Man2c1os-201ENSMUST00000125333 1910 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Ccdc3Q9D6Y1 Phospho1-201ENSMUST00000054173 1910 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
Ccdc3Q9D6Y1 Rab34-202ENSMUST00000056241 1558 ntTSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem121-201ENSMUST00000058491 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Ccdc3Q9D6Y1 Hoxd13-201ENSMUST00000001872 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Ccdc3Q9D6Y1 Siah2-201ENSMUST00000070368 2511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Ccdc3Q9D6Y1 Bend3-202ENSMUST00000167488 6337 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
Ccdc3Q9D6Y1 Fezf2-201ENSMUST00000022262 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Ccdc3Q9D6Y1 1700030C12Rik-201ENSMUST00000101462 858 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
Ccdc3Q9D6Y1 Nespas-201ENSMUST00000143738 1083 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
Ccdc3Q9D6Y1 AC175538.2-202ENSMUST00000224997 1057 ntAPPRIS P1 BASIC18.5■□□□□ 0.55
Ccdc3Q9D6Y1 1700123O20Rik-201ENSMUST00000038539 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Ccdc3Q9D6Y1 Foxf2-201ENSMUST00000042054 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Ccdc3Q9D6Y1 Pitx3-201ENSMUST00000026259 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Ccdc3Q9D6Y1 Fgfr1-215ENSMUST00000179592 5041 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
Ccdc3Q9D6Y1 Neurog1-201ENSMUST00000058475 1686 ntAPPRIS P1 BASIC18.5■□□□□ 0.55
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem250-ps-201ENSMUST00000133808 2483 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
Ccdc3Q9D6Y1 C230096K16Rik-201ENSMUST00000198074 1722 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
Ccdc3Q9D6Y1 Ssbp3-201ENSMUST00000030367 3195 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Ccdc3Q9D6Y1 Klhl8-201ENSMUST00000031254 3193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Ccdc3Q9D6Y1 Baiap2-203ENSMUST00000103021 3398 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Ccdc3Q9D6Y1 Fkbp9-201ENSMUST00000031795 3009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Ccdc3Q9D6Y1 Zfp629-207ENSMUST00000134446 670 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Ccdc3Q9D6Y1 Gm3807-201ENSMUST00000193520 1168 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
Ccdc3Q9D6Y1 Lrig1-202ENSMUST00000101126 4951 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Ccdc3Q9D6Y1 Zfp777-202ENSMUST00000114583 3111 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
Ccdc3Q9D6Y1 Ift57-201ENSMUST00000046777 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Ccdc3Q9D6Y1 Map2k2-207ENSMUST00000143517 2405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Ccdc3Q9D6Y1 Rab3il1-201ENSMUST00000113161 2225 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
Ccdc3Q9D6Y1 Klhl25-203ENSMUST00000205612 1343 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Ccdc3Q9D6Y1 Hoxb6-201ENSMUST00000000704 1321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Ccdc3Q9D6Y1 Kl-201ENSMUST00000078856 5118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Ccdc3Q9D6Y1 Cbfb-201ENSMUST00000052209 2883 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Ccdc3Q9D6Y1 Dtx4-201ENSMUST00000045521 5765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Ccdc3Q9D6Y1 Ntn5-201ENSMUST00000107742 1574 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Ccdc3Q9D6Y1 Supv3l1-201ENSMUST00000020273 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Ccdc3Q9D6Y1 Gprc5c-201ENSMUST00000021071 2200 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Ccdc3Q9D6Y1 Tfam-203ENSMUST00000121685 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
Ccdc3Q9D6Y1 Brpf3-201ENSMUST00000004985 5766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Ccdc3Q9D6Y1 Golph3-202ENSMUST00000226517 2359 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
Ccdc3Q9D6Y1 Rnpep-201ENSMUST00000074357 2171 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Ccdc3Q9D6Y1 Sptbn4-207ENSMUST00000172269 8737 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
Ccdc3Q9D6Y1 Sox17-208ENSMUST00000195555 1977 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
Ccdc3Q9D6Y1 Mgll-205ENSMUST00000150180 1312 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Ccdc3Q9D6Y1 AA386476-201ENSMUST00000098781 1665 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
Ccdc3Q9D6Y1 Zfp653-201ENSMUST00000043922 2108 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Ccdc3Q9D6Y1 1700095J03Rik-201ENSMUST00000143715 1808 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Ccdc3Q9D6Y1 Fdx1l-201ENSMUST00000010348 812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Ccdc3Q9D6Y1 Gm10653-202ENSMUST00000139570 835 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
Ccdc3Q9D6Y1 Ap1ar-201ENSMUST00000051737 2662 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.47■□□□□ 0.55
Ccdc3Q9D6Y1 En2-201ENSMUST00000036177 3539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Ccdc3Q9D6Y1 Pafah1b1-201ENSMUST00000021091 5803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Ccdc3Q9D6Y1 Sirt1-201ENSMUST00000020257 3905 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Ccdc3Q9D6Y1 Mprip-201ENSMUST00000066330 7765 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
Ccdc3Q9D6Y1 Mknk2-205ENSMUST00000200082 3439 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Ccdc3Q9D6Y1 Kndc1-202ENSMUST00000121839 2210 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 22.6 ms