Protein–RNA interactions for Protein: Q5NCC3

Trim41, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM41, mousemouse

Predictions only

Length 630 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim41Q5NCC3 Gm9939-201ENSMUST00000067161 1154 ntBASIC45.32■■■■■ 4.85
Trim41Q5NCC3 Fbxo6-201ENSMUST00000030858 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC45.31■■■■■ 4.84
Trim41Q5NCC3 Fndc10-201ENSMUST00000099265 2140 ntAPPRIS P1 BASIC45.3■■■■■ 4.84
Trim41Q5NCC3 Rbfox2-201ENSMUST00000048145 1720 ntTSL 1 (best) BASIC45.29■■■■■ 4.84
Trim41Q5NCC3 E2f4-201ENSMUST00000015003 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC45.27■■■■■ 4.84
Trim41Q5NCC3 Ranbp1-202ENSMUST00000115645 1085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC45.25■■■■■ 4.83
Trim41Q5NCC3 Capns1-201ENSMUST00000001845 1600 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC45.25■■■■■ 4.83
Trim41Q5NCC3 Gm8503-201ENSMUST00000118131 455 ntBASIC45.23■■■■■ 4.83
Trim41Q5NCC3 Pwwp2a-202ENSMUST00000094294 1814 ntTSL 5 BASIC45.23■■■■■ 4.83
Trim41Q5NCC3 Orai1-202ENSMUST00000121652 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC45.22■■■■■ 4.83
Trim41Q5NCC3 Gkap1-201ENSMUST00000091579 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC45.21■■■■■ 4.83
Trim41Q5NCC3 Raly-203ENSMUST00000109701 1709 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC45.2■■■■■ 4.83
Trim41Q5NCC3 Tada2b-202ENSMUST00000119916 1321 ntTSL 5 BASIC45.19■■■■■ 4.82
Trim41Q5NCC3 Tcfl5-201ENSMUST00000037877 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC45.17■■■■■ 4.82
Trim41Q5NCC3 BC037032-205ENSMUST00000187080 508 ntTSL 5 BASIC45.15■■■■■ 4.82
Trim41Q5NCC3 March2-205ENSMUST00000173015 1418 ntTSL 3 BASIC45.14■■■■■ 4.82
Trim41Q5NCC3 Prelid3b-201ENSMUST00000016401 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC45.14■■■■■ 4.82
Trim41Q5NCC3 Hspb1-202ENSMUST00000111155 930 ntTSL 1 (best) BASIC45.13■■■■■ 4.82
Trim41Q5NCC3 Mapk3-202ENSMUST00000057669 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC45.1■■■■■ 4.81
Trim41Q5NCC3 Bok-201ENSMUST00000027499 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC45.09■■■■■ 4.81
Trim41Q5NCC3 Dtnbp1-202ENSMUST00000110128 1305 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC45.04■■■■■ 4.8
Trim41Q5NCC3 Gm15039-201ENSMUST00000118914 875 ntBASIC45.03■■■■■ 4.8
Trim41Q5NCC3 Macrod1-201ENSMUST00000040261 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC45.02■■■■■ 4.8
Trim41Q5NCC3 1810026B05Rik-202ENSMUST00000184554 782 ntTSL 3 BASIC45.01■■■■■ 4.8
Trim41Q5NCC3 Sowahd-201ENSMUST00000060057 1574 ntAPPRIS P1 BASIC45■■■■■ 4.79
Trim41Q5NCC3 Lmo2-201ENSMUST00000111139 1434 ntTSL 5 BASIC45■■■■■ 4.79
Trim41Q5NCC3 Sept11-208ENSMUST00000202308 1792 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC44.99■■■■■ 4.79
Trim41Q5NCC3 Stk24-201ENSMUST00000079817 2676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.99■■■■■ 4.79
Trim41Q5NCC3 Bok-205ENSMUST00000201863 883 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC44.98■■■■■ 4.79
Trim41Q5NCC3 Spata1-201ENSMUST00000029839 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.97■■■■■ 4.79
Trim41Q5NCC3 Rab43-202ENSMUST00000032135 1262 ntTSL 1 (best) BASIC44.97■■■■■ 4.79
Trim41Q5NCC3 Rnd2-201ENSMUST00000001347 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.96■■■■■ 4.79
Trim41Q5NCC3 Gltp-201ENSMUST00000012028 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.94■■■■■ 4.78
Trim41Q5NCC3 1810026B05Rik-206ENSMUST00000187421 519 ntTSL 3 BASIC44.91■■■■■ 4.78
Trim41Q5NCC3 Gm28592-201ENSMUST00000186844 741 ntTSL 5 BASIC44.9■■■■■ 4.78
Trim41Q5NCC3 Ube2m-201ENSMUST00000005714 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.9■■■■■ 4.78
Trim41Q5NCC3 Hrh3-208ENSMUST00000171736 906 ntTSL 5 BASIC44.88■■■■■ 4.78
Trim41Q5NCC3 6530409C15Rik-202ENSMUST00000143551 1573 ntTSL 1 (best) BASIC44.86■■■■■ 4.77
Trim41Q5NCC3 Hnrnpd-202ENSMUST00000072750 1537 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC44.86■■■■■ 4.77
Trim41Q5NCC3 Gm24970-201ENSMUST00000175582 82 ntBASIC44.86■■■■■ 4.77
Trim41Q5NCC3 Gm6821-201ENSMUST00000107540 542 ntBASIC44.85■■■■■ 4.77
Trim41Q5NCC3 Ppp2r2d-201ENSMUST00000041097 2081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.82■■■■■ 4.77
Trim41Q5NCC3 Stard3nl-210ENSMUST00000222869 1030 ntTSL 5 BASIC44.81■■■■■ 4.76
Trim41Q5NCC3 Ccz1-201ENSMUST00000031621 1769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.81■■■■■ 4.76
Trim41Q5NCC3 Junos-204ENSMUST00000128094 830 ntTSL 1 (best) BASIC44.79■■■■■ 4.76
Trim41Q5NCC3 Tmem243-201ENSMUST00000115365 1040 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC44.78■■■■■ 4.76
Trim41Q5NCC3 Gm527-201ENSMUST00000058135 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.77■■■■■ 4.76
Trim41Q5NCC3 Eif5a-201ENSMUST00000043419 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.76■■■■■ 4.76
Trim41Q5NCC3 Ctbp1-206ENSMUST00000201575 2091 ntTSL 1 (best) BASIC44.73■■■■■ 4.75
Trim41Q5NCC3 Mon2-207ENSMUST00000219203 1844 ntTSL 1 (best) BASIC44.72■■■■■ 4.75
Trim41Q5NCC3 Znrf3-202ENSMUST00000143746 1022 ntTSL 1 (best) BASIC44.66■■■■■ 4.74
Trim41Q5NCC3 Nectin3-203ENSMUST00000096052 1746 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC44.65■■■■■ 4.74
Trim41Q5NCC3 Phlda1-201ENSMUST00000164773 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.63■■■■■ 4.74
Trim41Q5NCC3 Mtm1-204ENSMUST00000101501 770 ntTSL 1 (best) BASIC44.61■■■■■ 4.73
Trim41Q5NCC3 Gm7334-201ENSMUST00000061681 1356 ntAPPRIS P1 BASIC44.59■■■■■ 4.73
Trim41Q5NCC3 Gm5814-201ENSMUST00000177586 378 ntAPPRIS P1 BASIC44.59■■■■■ 4.73
Trim41Q5NCC3 C330011M18Rik-201ENSMUST00000071067 1849 ntTSL 1 (best) BASIC44.59■■■■■ 4.73
Trim41Q5NCC3 Tmem59-201ENSMUST00000030361 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.59■■■■■ 4.73
Trim41Q5NCC3 Paip1-203ENSMUST00000126957 1731 ntTSL 5 BASIC44.58■■■■■ 4.73
Trim41Q5NCC3 Msantd2-201ENSMUST00000048604 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.57■■■■■ 4.73
Trim41Q5NCC3 Mapkapk5-201ENSMUST00000031410 2234 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC44.56■■■■■ 4.72
Trim41Q5NCC3 Dlx6os2-201ENSMUST00000178206 1354 ntBASIC44.56■■■■■ 4.72
Trim41Q5NCC3 Guk1-204ENSMUST00000170202 1078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.56■■■■■ 4.72
Trim41Q5NCC3 Tceal5-201ENSMUST00000066819 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.56■■■■■ 4.72
Trim41Q5NCC3 Fam136a-201ENSMUST00000071492 1643 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.55■■■■■ 4.72
Trim41Q5NCC3 Scx-201ENSMUST00000043089 1136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.53■■■■■ 4.72
Trim41Q5NCC3 Tlx1-201ENSMUST00000026236 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.53■■■■■ 4.72
Trim41Q5NCC3 Ildr2-207ENSMUST00000195557 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC44.53■■■■■ 4.72
Trim41Q5NCC3 Dlx4-201ENSMUST00000021241 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.53■■■■■ 4.72
Trim41Q5NCC3 Pard6a-203ENSMUST00000211888 1179 ntTSL 1 (best) BASIC44.51■■■■■ 4.72
Trim41Q5NCC3 Slc30a2-203ENSMUST00000105873 1224 ntTSL 5 BASIC44.5■■■■■ 4.71
Trim41Q5NCC3 Snrpe-202ENSMUST00000164574 597 ntTSL 3 BASIC44.49■■■■■ 4.71
Trim41Q5NCC3 Tgfbr1-205ENSMUST00000126171 1829 ntTSL 5 BASIC44.48■■■■■ 4.71
Trim41Q5NCC3 Twist1-201ENSMUST00000049089 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.46■■■■■ 4.71
Trim41Q5NCC3 Fbll1-201ENSMUST00000160726 1503 ntAPPRIS P1 BASIC44.45■■■■■ 4.71
Trim41Q5NCC3 Reep6-203ENSMUST00000105355 2127 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC44.42■■■■■ 4.7
Trim41Q5NCC3 Reep6-204ENSMUST00000105357 2127 ntTSL 1 (best) BASIC44.42■■■■■ 4.7
Trim41Q5NCC3 Gm26588-201ENSMUST00000181064 2098 ntTSL 1 (best) BASIC44.42■■■■■ 4.7
Trim41Q5NCC3 Plpp2-201ENSMUST00000063879 1654 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC44.4■■■■■ 4.7
Trim41Q5NCC3 Srp9-201ENSMUST00000027792 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.4■■■■■ 4.7
Trim41Q5NCC3 Gm43863-201ENSMUST00000203822 1192 ntBASIC44.39■■■■■ 4.7
Trim41Q5NCC3 Gm2415-204ENSMUST00000190235 2004 ntBASIC44.37■■■■■ 4.69
Trim41Q5NCC3 Akt1s1-202ENSMUST00000107880 1757 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC44.35■■■■■ 4.69
Trim41Q5NCC3 Tcte2-204ENSMUST00000130033 1462 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC44.32■■■■■ 4.69
Trim41Q5NCC3 Gm15672-201ENSMUST00000151512 1354 ntTSL 1 (best) BASIC44.31■■■■■ 4.68
Trim41Q5NCC3 Raly-202ENSMUST00000058089 1747 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC44.31■■■■■ 4.68
Trim41Q5NCC3 Kras-207ENSMUST00000203147 817 ntTSL 5 BASIC44.31■■■■■ 4.68
Trim41Q5NCC3 Tspan3-201ENSMUST00000034876 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.27■■■■■ 4.68
Trim41Q5NCC3 2310050C09Rik-201ENSMUST00000163439 1078 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC44.27■■■■■ 4.68
Trim41Q5NCC3 Hmx1-201ENSMUST00000087674 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.26■■■■■ 4.68
Trim41Q5NCC3 Hspd1-201ENSMUST00000027123 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.25■■■■■ 4.67
Trim41Q5NCC3 Rhobtb3-202ENSMUST00000109606 1676 ntTSL 1 (best) BASIC44.25■■■■■ 4.67
Trim41Q5NCC3 Egr3-201ENSMUST00000035908 1509 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC44.24■■■■■ 4.67
Trim41Q5NCC3 Igfbp7-201ENSMUST00000046746 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC44.22■■■■■ 4.67
Trim41Q5NCC3 A830010M20Rik-202ENSMUST00000094541 1134 ntTSL 5 BASIC44.22■■■■■ 4.67
Trim41Q5NCC3 1700003F12Rik-202ENSMUST00000109709 704 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC44.2■■■■■ 4.67
Trim41Q5NCC3 A530058N18Rik-204ENSMUST00000141209 709 ntTSL 5 BASIC44.2■■■■■ 4.67
Trim41Q5NCC3 1700003F12Rik-201ENSMUST00000045116 704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC44.2■■■■■ 4.67
Trim41Q5NCC3 Il3ra-201ENSMUST00000090591 1614 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC44.17■■■■■ 4.66
Trim41Q5NCC3 Crem-227ENSMUST00000149803 1422 ntTSL 1 (best) BASIC44.17■■■■■ 4.66
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 16.1 ms