Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Rnd2-201ENSMUST00000001347 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.97■■■■■ 4.47
Ccdc88bQ4QRL3 C2cd4d-201ENSMUST00000169433 1321 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC42.97■■■■■ 4.47
Ccdc88bQ4QRL3 1810026B05Rik-206ENSMUST00000187421 519 ntTSL 3 BASIC42.97■■■■■ 4.47
Ccdc88bQ4QRL3 Ccz1-201ENSMUST00000031621 1769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.97■■■■■ 4.47
Ccdc88bQ4QRL3 Msantd2-201ENSMUST00000048604 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.97■■■■■ 4.47
Ccdc88bQ4QRL3 Macrod1-201ENSMUST00000040261 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.96■■■■■ 4.47
Ccdc88bQ4QRL3 C330011M18Rik-201ENSMUST00000071067 1849 ntTSL 1 (best) BASIC42.95■■■■■ 4.47
Ccdc88bQ4QRL3 Hnrnpd-202ENSMUST00000072750 1537 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC42.92■■■■■ 4.46
Ccdc88bQ4QRL3 Dut-202ENSMUST00000082122 1020 ntTSL 1 (best) BASIC42.92■■■■■ 4.46
Ccdc88bQ4QRL3 Phlda1-201ENSMUST00000164773 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.91■■■■■ 4.46
Ccdc88bQ4QRL3 Ildr2-207ENSMUST00000195557 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC42.91■■■■■ 4.46
Ccdc88bQ4QRL3 2810459M11Rik-201ENSMUST00000027429 1225 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC42.9■■■■■ 4.46
Ccdc88bQ4QRL3 Dlx6os2-201ENSMUST00000178206 1354 ntBASIC42.9■■■■■ 4.46
Ccdc88bQ4QRL3 6530409C15Rik-202ENSMUST00000143551 1573 ntTSL 1 (best) BASIC42.9■■■■■ 4.46
Ccdc88bQ4QRL3 Crip2-201ENSMUST00000084882 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.89■■■■■ 4.46
Ccdc88bQ4QRL3 Gm20503-201ENSMUST00000174664 1294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC42.87■■■■■ 4.45
Ccdc88bQ4QRL3 Nectin3-203ENSMUST00000096052 1746 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC42.87■■■■■ 4.45
Ccdc88bQ4QRL3 Junos-204ENSMUST00000128094 830 ntTSL 1 (best) BASIC42.87■■■■■ 4.45
Ccdc88bQ4QRL3 Stard3nl-210ENSMUST00000222869 1030 ntTSL 5 BASIC42.86■■■■■ 4.45
Ccdc88bQ4QRL3 AC158592.1-201ENSMUST00000215560 1113 ntTSL 5 BASIC42.84■■■■■ 4.45
Ccdc88bQ4QRL3 Gng13-201ENSMUST00000115108 347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.83■■■■■ 4.45
Ccdc88bQ4QRL3 Gm527-201ENSMUST00000058135 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.83■■■■■ 4.45
Ccdc88bQ4QRL3 Hspd1-201ENSMUST00000027123 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.82■■■■■ 4.45
Ccdc88bQ4QRL3 Gm24970-201ENSMUST00000175582 82 ntBASIC42.81■■■■■ 4.44
Ccdc88bQ4QRL3 Mxra7-202ENSMUST00000047715 757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC42.81■■■■■ 4.44
Ccdc88bQ4QRL3 Fam136a-201ENSMUST00000071492 1643 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.8■■■■■ 4.44
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem59-201ENSMUST00000030361 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.77■■■■■ 4.44
Ccdc88bQ4QRL3 Tlx1-201ENSMUST00000026236 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.75■■■■■ 4.43
Ccdc88bQ4QRL3 Gm2415-204ENSMUST00000190235 2004 ntBASIC42.75■■■■■ 4.43
Ccdc88bQ4QRL3 Spg7-201ENSMUST00000108868 845 ntTSL 2 BASIC42.73■■■■■ 4.43
Ccdc88bQ4QRL3 Hrh3-208ENSMUST00000171736 906 ntTSL 5 BASIC42.72■■■■■ 4.43
Ccdc88bQ4QRL3 A330023F24Rik-201ENSMUST00000181226 955 ntTSL 1 (best) BASIC42.69■■■■■ 4.42
Ccdc88bQ4QRL3 Akt1s1-202ENSMUST00000107880 1757 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC42.69■■■■■ 4.42
Ccdc88bQ4QRL3 Ccm2-201ENSMUST00000000388 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.69■■■■■ 4.42
Ccdc88bQ4QRL3 Fbll1-201ENSMUST00000160726 1503 ntAPPRIS P1 BASIC42.68■■■■■ 4.42
Ccdc88bQ4QRL3 Gm26588-201ENSMUST00000181064 2098 ntTSL 1 (best) BASIC42.68■■■■■ 4.42
Ccdc88bQ4QRL3 Paip1-203ENSMUST00000126957 1731 ntTSL 5 BASIC42.67■■■■■ 4.42
Ccdc88bQ4QRL3 C1qtnf5-201ENSMUST00000114815 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.66■■■■■ 4.42
Ccdc88bQ4QRL3 Plpp2-201ENSMUST00000063879 1654 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC42.66■■■■■ 4.42
Ccdc88bQ4QRL3 Gm7334-201ENSMUST00000061681 1356 ntAPPRIS P1 BASIC42.65■■■■■ 4.42
Ccdc88bQ4QRL3 Cetn4-202ENSMUST00000075537 762 ntTSL 3 BASIC42.64■■■■■ 4.42
Ccdc88bQ4QRL3 Znrf3-202ENSMUST00000143746 1022 ntTSL 1 (best) BASIC42.63■■■■■ 4.42
Ccdc88bQ4QRL3 Tgfbr1-205ENSMUST00000126171 1829 ntTSL 5 BASIC42.63■■■■■ 4.41
Ccdc88bQ4QRL3 Pradc1-202ENSMUST00000113770 610 ntTSL 1 (best) BASIC42.62■■■■■ 4.41
Ccdc88bQ4QRL3 Gm5987-201ENSMUST00000196433 1151 ntBASIC42.62■■■■■ 4.41
Ccdc88bQ4QRL3 Twist1-201ENSMUST00000049089 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.61■■■■■ 4.41
Ccdc88bQ4QRL3 Reep6-203ENSMUST00000105355 2127 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC42.61■■■■■ 4.41
Ccdc88bQ4QRL3 Reep6-204ENSMUST00000105357 2127 ntTSL 1 (best) BASIC42.61■■■■■ 4.41
Ccdc88bQ4QRL3 Dennd1b-209ENSMUST00000200533 1853 ntTSL 1 (best) BASIC42.6■■■■■ 4.41
Ccdc88bQ4QRL3 Tsen34-203ENSMUST00000108629 1238 ntTSL 1 (best) BASIC42.58■■■■■ 4.41
Ccdc88bQ4QRL3 Tspan3-201ENSMUST00000034876 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.58■■■■■ 4.41
Ccdc88bQ4QRL3 Evx2-202ENSMUST00000173623 1428 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC42.54■■■■■ 4.4
Ccdc88bQ4QRL3 Rhobtb3-202ENSMUST00000109606 1676 ntTSL 1 (best) BASIC42.53■■■■■ 4.4
Ccdc88bQ4QRL3 Raly-204ENSMUST00000116389 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC42.5■■■■■ 4.39
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem243-201ENSMUST00000115365 1040 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC42.48■■■■■ 4.39
Ccdc88bQ4QRL3 2310050C09Rik-201ENSMUST00000163439 1078 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC42.46■■■■■ 4.39
Ccdc88bQ4QRL3 Gm5814-201ENSMUST00000177586 378 ntAPPRIS P1 BASIC42.46■■■■■ 4.39
Ccdc88bQ4QRL3 Hmx1-201ENSMUST00000087674 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.45■■■■■ 4.39
Ccdc88bQ4QRL3 Gm15672-201ENSMUST00000151512 1354 ntTSL 1 (best) BASIC42.45■■■■■ 4.39
Ccdc88bQ4QRL3 Gm30346-201ENSMUST00000218641 1699 ntBASIC42.44■■■■■ 4.38
Ccdc88bQ4QRL3 Gm43863-201ENSMUST00000203822 1192 ntBASIC42.43■■■■■ 4.38
Ccdc88bQ4QRL3 Srp9-201ENSMUST00000027792 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.43■■■■■ 4.38
Ccdc88bQ4QRL3 Crem-227ENSMUST00000149803 1422 ntTSL 1 (best) BASIC42.43■■■■■ 4.38
Ccdc88bQ4QRL3 Raly-202ENSMUST00000058089 1747 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC42.4■■■■■ 4.38
Ccdc88bQ4QRL3 Egr3-201ENSMUST00000035908 1509 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC42.39■■■■■ 4.38
Ccdc88bQ4QRL3 A530058N18Rik-204ENSMUST00000141209 709 ntTSL 5 BASIC42.39■■■■■ 4.38
Ccdc88bQ4QRL3 Tmco6-201ENSMUST00000007046 1817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.34■■■■■ 4.37
Ccdc88bQ4QRL3 Tcte2-204ENSMUST00000130033 1462 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC42.34■■■■■ 4.37
Ccdc88bQ4QRL3 Dleu2-206ENSMUST00000182537 318 ntTSL 2 BASIC42.33■■■■■ 4.37
Ccdc88bQ4QRL3 Triobp-206ENSMUST00000130663 1660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC42.33■■■■■ 4.37
Ccdc88bQ4QRL3 Gm6658-202ENSMUST00000209493 1885 ntBASIC42.33■■■■■ 4.37
Ccdc88bQ4QRL3 Il3ra-201ENSMUST00000090591 1614 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC42.3■■■■■ 4.36
Ccdc88bQ4QRL3 Ywhaq-202ENSMUST00000103002 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.29■■■■■ 4.36
Ccdc88bQ4QRL3 Gm2018-201ENSMUST00000140754 478 ntTSL 2 BASIC42.27■■■■■ 4.36
Ccdc88bQ4QRL3 Ube2e2-205ENSMUST00000150727 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.26■■■■■ 4.36
Ccdc88bQ4QRL3 Bcl7c-207ENSMUST00000207019 654 ntTSL 3 BASIC42.24■■■■■ 4.35
Ccdc88bQ4QRL3 Scx-201ENSMUST00000043089 1136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.23■■■■■ 4.35
Ccdc88bQ4QRL3 Pfn2-202ENSMUST00000119344 1879 ntTSL 1 (best) BASIC42.2■■■■■ 4.35
Ccdc88bQ4QRL3 Rundc3a-201ENSMUST00000006750 2046 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC42.2■■■■■ 4.35
Ccdc88bQ4QRL3 Cib1-201ENSMUST00000065163 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.19■■■■■ 4.34
Ccdc88bQ4QRL3 Tcte3-201ENSMUST00000040746 788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.18■■■■■ 4.34
Ccdc88bQ4QRL3 Tcte3-202ENSMUST00000097398 632 ntTSL 1 (best) BASIC42.18■■■■■ 4.34
Ccdc88bQ4QRL3 Pitpna-205ENSMUST00000179445 1665 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC42.18■■■■■ 4.34
Ccdc88bQ4QRL3 AC157572.2-201ENSMUST00000226970 908 ntBASIC42.17■■■■■ 4.34
Ccdc88bQ4QRL3 Tpm1-216ENSMUST00000113707 1898 ntTSL 1 (best) BASIC42.12■■■■■ 4.33
Ccdc88bQ4QRL3 AY074887-201ENSMUST00000054018 769 ntAPPRIS P1 BASIC42.11■■■■■ 4.33
Ccdc88bQ4QRL3 Brsk2-203ENSMUST00000078200 2363 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC42.1■■■■■ 4.33
Ccdc88bQ4QRL3 Gm12523-201ENSMUST00000148844 599 ntTSL 5 BASIC42.1■■■■■ 4.33
Ccdc88bQ4QRL3 Kmt5a-202ENSMUST00000100709 1425 ntTSL 1 (best) BASIC42.08■■■■■ 4.33
Ccdc88bQ4QRL3 Eid2-201ENSMUST00000059596 1392 ntAPPRIS P1 BASIC42.07■■■■■ 4.33
Ccdc88bQ4QRL3 Lactb-201ENSMUST00000034929 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.07■■■■■ 4.32
Ccdc88bQ4QRL3 Cdv3-205ENSMUST00000189896 1023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC42.06■■■■■ 4.32
Ccdc88bQ4QRL3 Gnas-207ENSMUST00000109085 1789 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC42.05■■■■■ 4.32
Ccdc88bQ4QRL3 Dazap1-202ENSMUST00000105361 1537 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC42.05■■■■■ 4.32
Ccdc88bQ4QRL3 A430072P03Rik-201ENSMUST00000161480 1510 ntTSL 1 (best) BASIC42.04■■■■■ 4.32
Ccdc88bQ4QRL3 A530058N18Rik-208ENSMUST00000131299 1387 ntTSL 2 BASIC42.03■■■■■ 4.32
Ccdc88bQ4QRL3 Fkbp8-202ENSMUST00000119353 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC42.03■■■■■ 4.32
Ccdc88bQ4QRL3 Gm9939-201ENSMUST00000067161 1154 ntBASIC42.02■■■■■ 4.32
Ccdc88bQ4QRL3 Eif4e2-203ENSMUST00000113230 1569 ntTSL 1 (best) BASIC42.01■■■■■ 4.32
Ccdc88bQ4QRL3 Eif5a-201ENSMUST00000043419 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42■■■■■ 4.31
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 8.3 ms