Protein–RNA interactions for Protein: Q9D6Y1

Ccdc3, Coiled-coil domain-containing protein 3, mousemouse

Predictions only

Length 273 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc3Q9D6Y1 Zbtb7a-204ENSMUST00000121840 1676 ntTSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
Ccdc3Q9D6Y1 Snhg20-202ENSMUST00000149822 593 ntTSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
Ccdc3Q9D6Y1 Pbx1-206ENSMUST00000176790 1828 ntTSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
Ccdc3Q9D6Y1 Csnk1a1-207ENSMUST00000166990 1860 ntTSL 5 BASIC18.71■□□□□ 0.59
Ccdc3Q9D6Y1 AC123857.1-201ENSMUST00000181053 2312 ntTSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.58
Ccdc3Q9D6Y1 Gm10571-201ENSMUST00000097869 1638 ntBASIC18.71■□□□□ 0.58
Ccdc3Q9D6Y1 Sos2-206ENSMUST00000183277 4512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.7■□□□□ 0.58
Ccdc3Q9D6Y1 Klrg2-201ENSMUST00000096030 2276 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
Ccdc3Q9D6Y1 Strn3-201ENSMUST00000013130 3046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
Ccdc3Q9D6Y1 Gab2-201ENSMUST00000004622 6168 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
Ccdc3Q9D6Y1 Nfe2l3-203ENSMUST00000160133 1125 ntTSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
Ccdc3Q9D6Y1 AC167978.1-201ENSMUST00000182488 456 ntTSL 3 BASIC18.7■□□□□ 0.58
Ccdc3Q9D6Y1 1700017B05Rik-204ENSMUST00000215298 1023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
Ccdc3Q9D6Y1 AC121965.1-201ENSMUST00000221422 861 ntTSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
Ccdc3Q9D6Y1 Tceanc2-201ENSMUST00000030362 935 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.7■□□□□ 0.58
Ccdc3Q9D6Y1 Ptrh1-201ENSMUST00000066352 952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
Ccdc3Q9D6Y1 Hras-201ENSMUST00000026572 2828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
Ccdc3Q9D6Y1 Oaf-201ENSMUST00000034512 2526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
Ccdc3Q9D6Y1 Sebox-202ENSMUST00000125670 1300 ntTSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
Ccdc3Q9D6Y1 Arhgap23-201ENSMUST00000093940 2409 ntTSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
Ccdc3Q9D6Y1 Sco2-201ENSMUST00000167643 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
Ccdc3Q9D6Y1 Zfand3-202ENSMUST00000226208 923 ntAPPRIS P1 BASIC18.69■□□□□ 0.58
Ccdc3Q9D6Y1 Otud5-203ENSMUST00000115666 2471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
Ccdc3Q9D6Y1 Syap1-201ENSMUST00000033723 2087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
Ccdc3Q9D6Y1 Pank2-204ENSMUST00000150843 4266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
Ccdc3Q9D6Y1 Dmrta2-201ENSMUST00000061187 2922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
Ccdc3Q9D6Y1 Baiap2-201ENSMUST00000026436 2394 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
Ccdc3Q9D6Y1 Cant1-205ENSMUST00000106289 1600 ntTSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
Ccdc3Q9D6Y1 Nfkbid-203ENSMUST00000108176 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
Ccdc3Q9D6Y1 Krtcap3-205ENSMUST00000201625 902 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.68■□□□□ 0.58
Ccdc3Q9D6Y1 Gm7514-201ENSMUST00000209475 934 ntBASIC18.68■□□□□ 0.58
Ccdc3Q9D6Y1 Gm45894-201ENSMUST00000211940 651 ntTSL 2 BASIC18.68■□□□□ 0.58
Ccdc3Q9D6Y1 Nlgn2-201ENSMUST00000056484 5003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
Ccdc3Q9D6Y1 Spint1-203ENSMUST00000110817 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
Ccdc3Q9D6Y1 Arhgap8-201ENSMUST00000006029 1527 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.68■□□□□ 0.58
Ccdc3Q9D6Y1 Sept4-206ENSMUST00000122067 1303 ntTSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
Ccdc3Q9D6Y1 Tead1-204ENSMUST00000106638 3047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
Ccdc3Q9D6Y1 Zmiz2-201ENSMUST00000012612 4199 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.67■□□□□ 0.58
Ccdc3Q9D6Y1 Schip1-205ENSMUST00000182532 2059 ntTSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
Ccdc3Q9D6Y1 Bag5-201ENSMUST00000054636 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
Ccdc3Q9D6Y1 Astn2-202ENSMUST00000084496 4675 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.67■□□□□ 0.58
Ccdc3Q9D6Y1 Smkr-ps-202ENSMUST00000141679 901 ntTSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
Ccdc3Q9D6Y1 Psmb5-201ENSMUST00000022803 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
Ccdc3Q9D6Y1 Bola3-207ENSMUST00000136501 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
Ccdc3Q9D6Y1 Cbx6-203ENSMUST00000109627 5806 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
Ccdc3Q9D6Y1 M5C1000I18Rik-202ENSMUST00000186205 1414 ntTSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
Ccdc3Q9D6Y1 Qsox2-201ENSMUST00000036187 2559 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.66■□□□□ 0.58
Ccdc3Q9D6Y1 Hmgn2-204ENSMUST00000105893 973 ntTSL 3 BASIC18.66■□□□□ 0.58
Ccdc3Q9D6Y1 Ap3s1-204ENSMUST00000225520 957 ntBASIC18.66■□□□□ 0.58
Ccdc3Q9D6Y1 Dtymk-201ENSMUST00000027503 1003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
Ccdc3Q9D6Y1 Theg-202ENSMUST00000077433 1275 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
Ccdc3Q9D6Y1 Plekhh1-201ENSMUST00000039928 6439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
Ccdc3Q9D6Y1 Diablo-203ENSMUST00000111587 1576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
Ccdc3Q9D6Y1 D030056L22Rik-201ENSMUST00000055792 1631 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
Ccdc3Q9D6Y1 Hopxos-201ENSMUST00000148568 1661 ntTSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
Ccdc3Q9D6Y1 Fmnl2-204ENSMUST00000127122 5508 ntTSL 5 BASIC18.65■□□□□ 0.58
Ccdc3Q9D6Y1 Memo1-201ENSMUST00000078459 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem203-201ENSMUST00000104998 854 ntAPPRIS P1 BASIC18.65■□□□□ 0.58
Ccdc3Q9D6Y1 Hsp25-ps1-201ENSMUST00000109187 630 ntBASIC18.65■□□□□ 0.58
Ccdc3Q9D6Y1 Sp3os-201ENSMUST00000123087 583 ntTSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
Ccdc3Q9D6Y1 Cyyr1-204ENSMUST00000175700 1294 ntTSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
Ccdc3Q9D6Y1 Rtl8b-201ENSMUST00000088778 1232 ntAPPRIS P1 BASIC18.65■□□□□ 0.58
Ccdc3Q9D6Y1 Reep6-207ENSMUST00000186864 2015 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
Ccdc3Q9D6Y1 Siah1b-201ENSMUST00000037928 1783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
Ccdc3Q9D6Y1 Socs2-213ENSMUST00000170690 2195 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.65■□□□□ 0.58
Ccdc3Q9D6Y1 Ppp6r2-202ENSMUST00000226221 2559 ntBASIC18.65■□□□□ 0.58
Ccdc3Q9D6Y1 Adssl1-202ENSMUST00000180015 1819 ntTSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
Ccdc3Q9D6Y1 Shox2-201ENSMUST00000029422 3079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
Ccdc3Q9D6Y1 Sephs1-202ENSMUST00000115019 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.58
Ccdc3Q9D6Y1 2510002D24Rik-202ENSMUST00000123146 361 ntTSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
Ccdc3Q9D6Y1 Gm44210-201ENSMUST00000205253 713 ntTSL 3 BASIC18.64■□□□□ 0.57
Ccdc3Q9D6Y1 Pusl1-201ENSMUST00000097737 1243 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.64■□□□□ 0.57
Ccdc3Q9D6Y1 Rapgef1-203ENSMUST00000102872 6402 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
Ccdc3Q9D6Y1 Gls-202ENSMUST00000114510 5596 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
Ccdc3Q9D6Y1 A930001C03Rik-204ENSMUST00000154407 1402 ntTSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
Ccdc3Q9D6Y1 Impa2-201ENSMUST00000025403 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
Ccdc3Q9D6Y1 Acvrl1-202ENSMUST00000117984 1852 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.63■□□□□ 0.57
Ccdc3Q9D6Y1 Gar1-201ENSMUST00000029643 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
Ccdc3Q9D6Y1 Rbks-201ENSMUST00000031018 1042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
Ccdc3Q9D6Y1 Lgals7-201ENSMUST00000081457 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
Ccdc3Q9D6Y1 Ick-201ENSMUST00000009972 873 ntTSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
Ccdc3Q9D6Y1 Donson-203ENSMUST00000117159 2215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
Ccdc3Q9D6Y1 Wtap-204ENSMUST00000159986 3187 ntTSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
Ccdc3Q9D6Y1 Rora-202ENSMUST00000113624 2591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
Ccdc3Q9D6Y1 Clta-202ENSMUST00000107846 1710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
Ccdc3Q9D6Y1 Stoml2-201ENSMUST00000030169 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
Ccdc3Q9D6Y1 Gm16933-201ENSMUST00000141741 2169 ntTSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
Ccdc3Q9D6Y1 Zfp467-202ENSMUST00000114556 2287 ntTSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
Ccdc3Q9D6Y1 Hnrnpd-211ENSMUST00000172361 6811 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
Ccdc3Q9D6Y1 Fpgs-201ENSMUST00000028148 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
Ccdc3Q9D6Y1 Gm26660-201ENSMUST00000181582 2543 ntTSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
Ccdc3Q9D6Y1 Kirrel3-202ENSMUST00000115148 2851 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.62■□□□□ 0.57
Ccdc3Q9D6Y1 Ly6h-204ENSMUST00000127095 1336 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
Ccdc3Q9D6Y1 C1qtnf12-201ENSMUST00000024338 1315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
Ccdc3Q9D6Y1 Nxph4-201ENSMUST00000095266 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
Ccdc3Q9D6Y1 Shisa4-201ENSMUST00000041240 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
Ccdc3Q9D6Y1 Sfmbt2-204ENSMUST00000114864 1901 ntTSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
Ccdc3Q9D6Y1 Syt17-203ENSMUST00000203485 1932 ntTSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
Ccdc3Q9D6Y1 Dtnb-216ENSMUST00000173736 2175 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.62■□□□□ 0.57
Ccdc3Q9D6Y1 Ltk-202ENSMUST00000082130 2767 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 29.9 ms