Protein–RNA interactions for Protein: Q99LM2

Cdk5rap3, CDK5 regulatory subunit-associated protein 3, mousemouse

Predictions only

Length 503 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Cdk5rap3Q99LM2 Atp6v1f-201ENSMUST00000004396 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
Cdk5rap3Q99LM2 Ralgps2-205ENSMUST00000185198 2229 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
Cdk5rap3Q99LM2 Ankrd9-204ENSMUST00000140788 1451 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC20.12■□□□□ 0.81
Cdk5rap3Q99LM2 Derl2-207ENSMUST00000171041 1466 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
Cdk5rap3Q99LM2 Kras-202ENSMUST00000111710 1194 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
Cdk5rap3Q99LM2 Gm14424-201ENSMUST00000143191 895 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
Cdk5rap3Q99LM2 Klc1-204ENSMUST00000122300 2268 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
Cdk5rap3Q99LM2 Cdk11b-202ENSMUST00000105598 2673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
Cdk5rap3Q99LM2 Mafg-201ENSMUST00000058162 4923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
Cdk5rap3Q99LM2 Dbnl-201ENSMUST00000020769 1638 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
Cdk5rap3Q99LM2 Snx5-202ENSMUST00000110030 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
Cdk5rap3Q99LM2 Usf2-201ENSMUST00000058860 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
Cdk5rap3Q99LM2 Cpne2-201ENSMUST00000048653 2342 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
Cdk5rap3Q99LM2 Nudt19-201ENSMUST00000040962 2298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
Cdk5rap3Q99LM2 Lamp1-201ENSMUST00000033824 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
Cdk5rap3Q99LM2 Pdzd3-201ENSMUST00000034618 2193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
Cdk5rap3Q99LM2 Sort1-203ENSMUST00000135636 6836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
Cdk5rap3Q99LM2 Socs2-202ENSMUST00000119917 948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
Cdk5rap3Q99LM2 1700016H13Rik-203ENSMUST00000120108 797 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
Cdk5rap3Q99LM2 Tcte2-209ENSMUST00000143162 1221 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
Cdk5rap3Q99LM2 8430432A02Rik-201ENSMUST00000039080 1248 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
Cdk5rap3Q99LM2 Nol9-202ENSMUST00000103197 2271 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
Cdk5rap3Q99LM2 Thra-201ENSMUST00000064187 2452 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
Cdk5rap3Q99LM2 Rock2-201ENSMUST00000020904 7644 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
Cdk5rap3Q99LM2 Hoxa5-201ENSMUST00000048794 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
Cdk5rap3Q99LM2 Hsd17b3-202ENSMUST00000166224 1286 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
Cdk5rap3Q99LM2 Gm43759-201ENSMUST00000196925 1261 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
Cdk5rap3Q99LM2 Rhoa-201ENSMUST00000007959 2197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
Cdk5rap3Q99LM2 Auh-203ENSMUST00000119311 2627 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
Cdk5rap3Q99LM2 Sirt1-207ENSMUST00000177694 3353 ntTSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
Cdk5rap3Q99LM2 Hoxd3-201ENSMUST00000047830 2292 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
Cdk5rap3Q99LM2 Dgcr6-201ENSMUST00000066027 1050 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
Cdk5rap3Q99LM2 Gmds-201ENSMUST00000041859 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
Cdk5rap3Q99LM2 Tbc1d25-204ENSMUST00000172020 2441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
Cdk5rap3Q99LM2 Zfp618-201ENSMUST00000030043 1582 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
Cdk5rap3Q99LM2 Atf1-201ENSMUST00000023769 2365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
Cdk5rap3Q99LM2 Ythdf1-201ENSMUST00000037299 3184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
Cdk5rap3Q99LM2 Fbxo27-203ENSMUST00000108281 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
Cdk5rap3Q99LM2 Nkx2-3-201ENSMUST00000057178 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
Cdk5rap3Q99LM2 Prss32-201ENSMUST00000061725 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
Cdk5rap3Q99LM2 Alyref2-201ENSMUST00000081527 1273 ntAPPRIS P1 BASIC20.08■□□□□ 0.81
Cdk5rap3Q99LM2 Cdk5r2-201ENSMUST00000160379 2799 ntAPPRIS P1 BASIC20.08■□□□□ 0.8
Cdk5rap3Q99LM2 1700003E16Rik-201ENSMUST00000032106 2020 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
Cdk5rap3Q99LM2 Plekha1-211ENSMUST00000151119 2397 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
Cdk5rap3Q99LM2 Cd37-204ENSMUST00000209779 2541 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
Cdk5rap3Q99LM2 Tmem59-202ENSMUST00000106753 1148 ntTSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
Cdk5rap3Q99LM2 Stard4-203ENSMUST00000119991 941 ntTSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
Cdk5rap3Q99LM2 Smkr-ps-202ENSMUST00000141679 901 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
Cdk5rap3Q99LM2 Slc25a4-201ENSMUST00000034049 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
Cdk5rap3Q99LM2 Aen-202ENSMUST00000107423 2230 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
Cdk5rap3Q99LM2 Iqsec1-210ENSMUST00000212100 3500 ntTSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
Cdk5rap3Q99LM2 Twist2-202ENSMUST00000186075 2525 ntAPPRIS P1 BASIC20.07■□□□□ 0.8
Cdk5rap3Q99LM2 Slc35a2-209ENSMUST00000208397 1374 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
Cdk5rap3Q99LM2 Zfp710-204ENSMUST00000206039 2194 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
Cdk5rap3Q99LM2 Ascl1-201ENSMUST00000020243 2481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
Cdk5rap3Q99LM2 Numbl-201ENSMUST00000079258 2760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
Cdk5rap3Q99LM2 Tmem123-201ENSMUST00000052865 2907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
Cdk5rap3Q99LM2 Oxsr1-201ENSMUST00000040853 4647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
Cdk5rap3Q99LM2 Dnajb11-205ENSMUST00000178320 1628 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
Cdk5rap3Q99LM2 Rhno1-203ENSMUST00000112152 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
Cdk5rap3Q99LM2 Abhd13-202ENSMUST00000139793 5191 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
Cdk5rap3Q99LM2 Mt2-201ENSMUST00000034214 511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
Cdk5rap3Q99LM2 Sema6d-203ENSMUST00000077847 6444 ntTSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
Cdk5rap3Q99LM2 Cachd1-201ENSMUST00000030257 5765 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
Cdk5rap3Q99LM2 Nxph4-201ENSMUST00000095266 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
Cdk5rap3Q99LM2 Nr2f1-201ENSMUST00000091458 3207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
Cdk5rap3Q99LM2 Sfrp5-201ENSMUST00000018966 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
Cdk5rap3Q99LM2 Hr-203ENSMUST00000161069 5607 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
Cdk5rap3Q99LM2 Tmem55b-205ENSMUST00000160835 2755 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
Cdk5rap3Q99LM2 1700030C10Rik-201ENSMUST00000110971 1471 ntBASIC20.05■□□□□ 0.8
Cdk5rap3Q99LM2 Ascl4-202ENSMUST00000170396 2016 ntAPPRIS P1 BASIC20.05■□□□□ 0.8
Cdk5rap3Q99LM2 Gm45102-201ENSMUST00000207427 857 ntBASIC20.05■□□□□ 0.8
Cdk5rap3Q99LM2 Rnf187-202ENSMUST00000217262 711 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
Cdk5rap3Q99LM2 Cnih2-201ENSMUST00000025805 1237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
Cdk5rap3Q99LM2 C1ql4-201ENSMUST00000064462 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
Cdk5rap3Q99LM2 E2f1-202ENSMUST00000103145 2732 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
Cdk5rap3Q99LM2 Plekhm2-201ENSMUST00000030751 4154 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
Cdk5rap3Q99LM2 Gm29430-202ENSMUST00000191453 2015 ntTSL 5 BASIC20.05■□□□□ 0.8
Cdk5rap3Q99LM2 Klhdc3-202ENSMUST00000165007 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
Cdk5rap3Q99LM2 Ubr5-201ENSMUST00000110336 9242 ntTSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
Cdk5rap3Q99LM2 Dip2c-203ENSMUST00000174552 8023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
Cdk5rap3Q99LM2 Cdk4-201ENSMUST00000006911 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
Cdk5rap3Q99LM2 Patz1-203ENSMUST00000094471 2930 ntTSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
Cdk5rap3Q99LM2 Polr1d-202ENSMUST00000110557 1137 ntTSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
Cdk5rap3Q99LM2 Gm11837-201ENSMUST00000136992 876 ntTSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
Cdk5rap3Q99LM2 Siglecf-206ENSMUST00000206299 2149 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
Cdk5rap3Q99LM2 Ankle2-201ENSMUST00000031474 5215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
Cdk5rap3Q99LM2 Meis3-205ENSMUST00000176506 1839 ntTSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
Cdk5rap3Q99LM2 Cd24a-201ENSMUST00000058714 1816 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
Cdk5rap3Q99LM2 Pianp-201ENSMUST00000032479 2250 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
Cdk5rap3Q99LM2 9530068E07Rik-202ENSMUST00000109057 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
Cdk5rap3Q99LM2 Clk3-201ENSMUST00000065330 2496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
Cdk5rap3Q99LM2 Wnk2-210ENSMUST00000162403 6147 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
Cdk5rap3Q99LM2 Mark2-206ENSMUST00000164205 3104 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
Cdk5rap3Q99LM2 Pde1b-201ENSMUST00000023132 3218 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
Cdk5rap3Q99LM2 Dact3-201ENSMUST00000108493 2989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
Cdk5rap3Q99LM2 St3gal4-201ENSMUST00000034537 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
Cdk5rap3Q99LM2 Gramd1a-201ENSMUST00000001280 2713 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
Cdk5rap3Q99LM2 Ildr2-204ENSMUST00000192732 2263 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
Cdk5rap3Q99LM2 4930439D14Rik-201ENSMUST00000186765 359 ntBASIC20.03■□□□□ 0.8
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 23.3 ms