Protein–RNA interactions for Protein: Q9D6Y1

Ccdc3, Coiled-coil domain-containing protein 3, mousemouse

Predictions only

Length 273 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc3Q9D6Y1 Jsrp1-203ENSMUST00000181039 1108 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
Ccdc3Q9D6Y1 Gm42778-201ENSMUST00000199644 553 ntBASIC19.05■□□□□ 0.64
Ccdc3Q9D6Y1 Hes3-202ENSMUST00000218045 962 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
Ccdc3Q9D6Y1 Grifin-201ENSMUST00000042993 613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
Ccdc3Q9D6Y1 Hsf1-205ENSMUST00000227478 2084 ntAPPRIS P1 BASIC19.05■□□□□ 0.64
Ccdc3Q9D6Y1 Slc9a7-201ENSMUST00000072451 2512 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
Ccdc3Q9D6Y1 Unc5b-201ENSMUST00000077925 5869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
Ccdc3Q9D6Y1 Ercc6l2-208ENSMUST00000144763 1820 ntTSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
Ccdc3Q9D6Y1 Htr7-201ENSMUST00000099505 1606 ntTSL 5 BASIC19.04■□□□□ 0.64
Ccdc3Q9D6Y1 Sh3bp1-204ENSMUST00000109698 1923 ntTSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
Ccdc3Q9D6Y1 Adamtsl5-202ENSMUST00000105352 989 ntTSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
Ccdc3Q9D6Y1 Gm9780-201ENSMUST00000184272 350 ntTSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.64
Ccdc3Q9D6Y1 Gm10033-202ENSMUST00000211874 928 ntBASIC19.04■□□□□ 0.64
Ccdc3Q9D6Y1 Rer1-201ENSMUST00000030914 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
Ccdc3Q9D6Y1 H2-Ke6-201ENSMUST00000045467 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
Ccdc3Q9D6Y1 Fam58b-201ENSMUST00000059468 1224 ntAPPRIS P1 BASIC19.04■□□□□ 0.64
Ccdc3Q9D6Y1 Pdcd7-201ENSMUST00000048184 2419 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
Ccdc3Q9D6Y1 Nphp1-202ENSMUST00000110357 2296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
Ccdc3Q9D6Y1 Wdsub1-202ENSMUST00000102751 1526 ntTSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
Ccdc3Q9D6Y1 Slc35f3-201ENSMUST00000108759 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
Ccdc3Q9D6Y1 Kdm3b-201ENSMUST00000043775 6363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
Ccdc3Q9D6Y1 Crnde-206ENSMUST00000179421 773 ntTSL 3 BASIC19.03■□□□□ 0.64
Ccdc3Q9D6Y1 AV356131-201ENSMUST00000206201 750 ntBASIC19.03■□□□□ 0.64
Ccdc3Q9D6Y1 Tfap2e-201ENSMUST00000048194 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
Ccdc3Q9D6Y1 Elavl1-201ENSMUST00000098950 5743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
Ccdc3Q9D6Y1 Bfsp1-201ENSMUST00000028907 2372 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
Ccdc3Q9D6Y1 Slc26a10-201ENSMUST00000095270 2215 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.02■□□□□ 0.64
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem86a-201ENSMUST00000010451 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
Ccdc3Q9D6Y1 Pkmyt1-201ENSMUST00000024701 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
Ccdc3Q9D6Y1 Mrpl52-201ENSMUST00000010550 418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
Ccdc3Q9D6Y1 Romo1-202ENSMUST00000109597 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
Ccdc3Q9D6Y1 Gm4553-201ENSMUST00000168049 714 ntAPPRIS ALT2 BASIC19.02■□□□□ 0.64
Ccdc3Q9D6Y1 AC112142.1-201ENSMUST00000228796 918 ntBASIC19.02■□□□□ 0.64
Ccdc3Q9D6Y1 Ankrd37-201ENSMUST00000053558 927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
Ccdc3Q9D6Y1 Zfp428-201ENSMUST00000071361 1182 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
Ccdc3Q9D6Y1 Rpl13-201ENSMUST00000000756 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
Ccdc3Q9D6Y1 Hipk1-201ENSMUST00000029438 4185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem51-201ENSMUST00000036572 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
Ccdc3Q9D6Y1 Trim3-203ENSMUST00000106791 2466 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
Ccdc3Q9D6Y1 Barhl1-203ENSMUST00000113849 2102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
Ccdc3Q9D6Y1 Zbtb7a-202ENSMUST00000117956 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
Ccdc3Q9D6Y1 Map2k1-201ENSMUST00000005066 2436 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
Ccdc3Q9D6Y1 Rell2-210ENSMUST00000176104 2150 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.01■□□□□ 0.63
Ccdc3Q9D6Y1 Neurl1b-203ENSMUST00000183077 1084 ntTSL 5 BASIC19.01■□□□□ 0.63
Ccdc3Q9D6Y1 Mir6236-201ENSMUST00000184437 123 ntBASIC19.01■□□□□ 0.63
Ccdc3Q9D6Y1 Anapc13-204ENSMUST00000190279 589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
Ccdc3Q9D6Y1 Zbtb7a-203ENSMUST00000119606 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
Ccdc3Q9D6Y1 Pdcd2-205ENSMUST00000154293 1924 ntTSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
Ccdc3Q9D6Y1 Dusp22-203ENSMUST00000110310 2319 ntTSL 2 BASIC19.01■□□□□ 0.63
Ccdc3Q9D6Y1 Wrnip1-201ENSMUST00000021832 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
Ccdc3Q9D6Y1 Gnb2-201ENSMUST00000031726 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
Ccdc3Q9D6Y1 Ksr1-202ENSMUST00000108264 2748 ntTSL 5 BASIC19.01■□□□□ 0.63
Ccdc3Q9D6Y1 Tsen54-201ENSMUST00000021134 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
Ccdc3Q9D6Y1 Krt5-201ENSMUST00000023709 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
Ccdc3Q9D6Y1 B630019K06Rik-201ENSMUST00000064196 2583 ntAPPRIS P1 BASIC19■□□□□ 0.63
Ccdc3Q9D6Y1 Pelo-201ENSMUST00000109226 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
Ccdc3Q9D6Y1 Spaca1-201ENSMUST00000029927 1197 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
Ccdc3Q9D6Y1 Spaca1-202ENSMUST00000084734 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
Ccdc3Q9D6Y1 AC161052.2-201ENSMUST00000220969 1375 ntTSL 5 BASIC19■□□□□ 0.63
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem222-201ENSMUST00000105907 1484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
Ccdc3Q9D6Y1 1700030C10Rik-201ENSMUST00000110971 1471 ntBASIC19■□□□□ 0.63
Ccdc3Q9D6Y1 Wnt11-205ENSMUST00000167303 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
Ccdc3Q9D6Y1 Gsx1-201ENSMUST00000065382 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
Ccdc3Q9D6Y1 Sept5-201ENSMUST00000096987 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
Ccdc3Q9D6Y1 Ankrd9-201ENSMUST00000043459 1706 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
Ccdc3Q9D6Y1 Dnajb11-205ENSMUST00000178320 1628 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19■□□□□ 0.63
Ccdc3Q9D6Y1 Sox12-202ENSMUST00000182625 4453 ntAPPRIS P1 BASIC18.99■□□□□ 0.63
Ccdc3Q9D6Y1 Mmp24-201ENSMUST00000029141 4306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
Ccdc3Q9D6Y1 Gm15298-201ENSMUST00000145916 1212 ntTSL 5 BASIC18.99■□□□□ 0.63
Ccdc3Q9D6Y1 Gm37035-201ENSMUST00000194809 2148 ntBASIC18.99■□□□□ 0.63
Ccdc3Q9D6Y1 Cck-203ENSMUST00000215228 783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
Ccdc3Q9D6Y1 Cystm1-201ENSMUST00000050584 831 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
Ccdc3Q9D6Y1 Sohlh1-201ENSMUST00000076989 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
Ccdc3Q9D6Y1 Tusc3-203ENSMUST00000209440 1535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
Ccdc3Q9D6Y1 Crtc2-201ENSMUST00000029545 2747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
Ccdc3Q9D6Y1 Snx21-206ENSMUST00000174070 1446 ntTSL 5 BASIC18.99■□□□□ 0.63
Ccdc3Q9D6Y1 Nfix-201ENSMUST00000076715 1403 ntTSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
Ccdc3Q9D6Y1 Gm20634-201ENSMUST00000090779 2956 ntBASIC18.99■□□□□ 0.63
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem64-201ENSMUST00000062684 4670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
Ccdc3Q9D6Y1 Msl3l2-201ENSMUST00000063138 2140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
Ccdc3Q9D6Y1 Letm2-201ENSMUST00000079160 2126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
Ccdc3Q9D6Y1 Hccs-202ENSMUST00000112115 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
Ccdc3Q9D6Y1 Lsr-205ENSMUST00000205961 2021 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
Ccdc3Q9D6Y1 Fam207a-201ENSMUST00000045454 2394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
Ccdc3Q9D6Y1 Dtnbp1-208ENSMUST00000222805 1231 ntTSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
Ccdc3Q9D6Y1 Gm10153-201ENSMUST00000084415 522 ntTSL 5 BASIC18.98■□□□□ 0.63
Ccdc3Q9D6Y1 Zbtb4-203ENSMUST00000108640 4067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
Ccdc3Q9D6Y1 Runx2-207ENSMUST00000160673 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
Ccdc3Q9D6Y1 Smad4-201ENSMUST00000025393 3384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
Ccdc3Q9D6Y1 Vax2os-202ENSMUST00000150233 595 ntTSL 3 BASIC18.97■□□□□ 0.63
Ccdc3Q9D6Y1 Cltb-202ENSMUST00000091609 2186 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
Ccdc3Q9D6Y1 AA543186-201ENSMUST00000180841 1696 ntTSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
Ccdc3Q9D6Y1 Cblc-201ENSMUST00000043822 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
Ccdc3Q9D6Y1 Dpf1-201ENSMUST00000049977 2309 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
Ccdc3Q9D6Y1 Cirbp-202ENSMUST00000105365 1321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
Ccdc3Q9D6Y1 Suz12-201ENSMUST00000017692 4373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
Ccdc3Q9D6Y1 Ube4b-202ENSMUST00000103212 5626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
Ccdc3Q9D6Y1 Jkamp-202ENSMUST00000117449 1874 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
Ccdc3Q9D6Y1 Rem2-202ENSMUST00000164766 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
Ccdc3Q9D6Y1 Triobp-202ENSMUST00000109688 2553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 15.8 ms