Protein–RNA interactions for Protein: Q9D6Y1

Ccdc3, Coiled-coil domain-containing protein 3, mousemouse

Predictions only

Length 273 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc3Q9D6Y1 Krtap5-3-201ENSMUST00000084414 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.41■□□□□ 0.7
Ccdc3Q9D6Y1 Ppp1r14c-201ENSMUST00000043374 2617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
Ccdc3Q9D6Y1 Smox-202ENSMUST00000110179 1320 ntTSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
Ccdc3Q9D6Y1 Gm6085-201ENSMUST00000182774 1470 ntBASIC19.41■□□□□ 0.7
Ccdc3Q9D6Y1 B3galnt1-201ENSMUST00000061826 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
Ccdc3Q9D6Y1 Atg3-201ENSMUST00000023343 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.4■□□□□ 0.7
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem178-201ENSMUST00000025092 1696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.4■□□□□ 0.7
Ccdc3Q9D6Y1 Raver2-202ENSMUST00000106955 2893 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.4■□□□□ 0.7
Ccdc3Q9D6Y1 Gm26833-201ENSMUST00000180899 440 ntBASIC19.4■□□□□ 0.7
Ccdc3Q9D6Y1 Gm44731-201ENSMUST00000203086 542 ntTSL 3 BASIC19.4■□□□□ 0.7
Ccdc3Q9D6Y1 Ccnjl-201ENSMUST00000050574 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.4■□□□□ 0.7
Ccdc3Q9D6Y1 Snap91-203ENSMUST00000074501 2577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.7
Ccdc3Q9D6Y1 Zfp69-201ENSMUST00000106280 2362 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.39■□□□□ 0.69
Ccdc3Q9D6Y1 Mvb12b-201ENSMUST00000041555 4998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
Ccdc3Q9D6Y1 Prodh-206ENSMUST00000139861 677 ntTSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
Ccdc3Q9D6Y1 Snhg6-203ENSMUST00000182580 473 ntTSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
Ccdc3Q9D6Y1 Spcs1-204ENSMUST00000226782 949 ntBASIC19.39■□□□□ 0.69
Ccdc3Q9D6Y1 Cox14-201ENSMUST00000023761 723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
Ccdc3Q9D6Y1 Gm43653-201ENSMUST00000198136 1608 ntTSL 3 BASIC19.39■□□□□ 0.69
Ccdc3Q9D6Y1 Prkar2b-201ENSMUST00000003079 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
Ccdc3Q9D6Y1 Camk2b-201ENSMUST00000002817 1872 ntTSL 5 BASIC19.39■□□□□ 0.69
Ccdc3Q9D6Y1 Ankrd13d-201ENSMUST00000056888 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
Ccdc3Q9D6Y1 Dedd-204ENSMUST00000111300 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
Ccdc3Q9D6Y1 Smarcad1-201ENSMUST00000031984 5168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.38■□□□□ 0.69
Ccdc3Q9D6Y1 Psme4-201ENSMUST00000041231 6491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.38■□□□□ 0.69
Ccdc3Q9D6Y1 Ccne1-201ENSMUST00000108023 2000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.38■□□□□ 0.69
Ccdc3Q9D6Y1 0610010K14Rik-208ENSMUST00000108578 880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.38■□□□□ 0.69
Ccdc3Q9D6Y1 Ly6h-206ENSMUST00000156032 752 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC19.38■□□□□ 0.69
Ccdc3Q9D6Y1 Gins3-202ENSMUST00000212434 654 ntTSL 2 BASIC19.38■□□□□ 0.69
Ccdc3Q9D6Y1 Ly6h-201ENSMUST00000023241 906 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.38■□□□□ 0.69
Ccdc3Q9D6Y1 Gpx7-201ENSMUST00000030332 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.38■□□□□ 0.69
Ccdc3Q9D6Y1 Ltb4r2-201ENSMUST00000044554 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.38■□□□□ 0.69
Ccdc3Q9D6Y1 Best2-201ENSMUST00000059072 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.38■□□□□ 0.69
Ccdc3Q9D6Y1 Rufy1-201ENSMUST00000020643 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.38■□□□□ 0.69
Ccdc3Q9D6Y1 Nkpd1-203ENSMUST00000214205 2309 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.37■□□□□ 0.69
Ccdc3Q9D6Y1 Msantd3-203ENSMUST00000107704 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
Ccdc3Q9D6Y1 1700086O06Rik-202ENSMUST00000181871 1564 ntTSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
Ccdc3Q9D6Y1 Hist1h2bp-201ENSMUST00000102982 469 ntAPPRIS P1 BASIC19.37■□□□□ 0.69
Ccdc3Q9D6Y1 Gorasp2-203ENSMUST00000112205 1196 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
Ccdc3Q9D6Y1 Hotairm1-201ENSMUST00000129546 409 ntTSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
Ccdc3Q9D6Y1 Gm43060-201ENSMUST00000200621 289 ntBASIC19.37■□□□□ 0.69
Ccdc3Q9D6Y1 Foxg1-201ENSMUST00000021333 2941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
Ccdc3Q9D6Y1 Osbpl2-201ENSMUST00000040668 2805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
Ccdc3Q9D6Y1 Ptpre-202ENSMUST00000209256 2593 ntTSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
Ccdc3Q9D6Y1 Map2k2-202ENSMUST00000105331 1556 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
Ccdc3Q9D6Y1 Lrfn1-201ENSMUST00000055110 1479 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.36■□□□□ 0.69
Ccdc3Q9D6Y1 Zfp523-201ENSMUST00000002318 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
Ccdc3Q9D6Y1 Arv1-201ENSMUST00000034463 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
Ccdc3Q9D6Y1 Slc25a41-201ENSMUST00000058661 1225 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
Ccdc3Q9D6Y1 Lsr-203ENSMUST00000108116 2071 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
Ccdc3Q9D6Y1 Cog1-202ENSMUST00000063776 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
Ccdc3Q9D6Y1 Tmcc1-202ENSMUST00000088896 5838 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
Ccdc3Q9D6Y1 Tbxa2r-201ENSMUST00000105325 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
Ccdc3Q9D6Y1 Snx5-201ENSMUST00000028909 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
Ccdc3Q9D6Y1 Fam91a1-201ENSMUST00000037270 5560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
Ccdc3Q9D6Y1 Dusp26-201ENSMUST00000036631 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
Ccdc3Q9D6Y1 Alx3-201ENSMUST00000014747 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
Ccdc3Q9D6Y1 Kansl1-204ENSMUST00000106972 5427 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.34■□□□□ 0.69
Ccdc3Q9D6Y1 Fez1-201ENSMUST00000034630 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
Ccdc3Q9D6Y1 Srsf1-202ENSMUST00000107920 1209 ntTSL 5 BASIC19.34■□□□□ 0.69
Ccdc3Q9D6Y1 Ninj1-201ENSMUST00000049022 1187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
Ccdc3Q9D6Y1 Rcor1-201ENSMUST00000084968 5684 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
Ccdc3Q9D6Y1 Trp53rka-201ENSMUST00000039007 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
Ccdc3Q9D6Y1 Apoe-206ENSMUST00000174064 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
Ccdc3Q9D6Y1 Gm572-201ENSMUST00000105698 1385 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.33■□□□□ 0.69
Ccdc3Q9D6Y1 Uqcrfs1-201ENSMUST00000042834 1363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
Ccdc3Q9D6Y1 Gm36033-202ENSMUST00000214827 745 ntTSL 2 BASIC19.33■□□□□ 0.68
Ccdc3Q9D6Y1 Bspry-201ENSMUST00000030088 1757 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
Ccdc3Q9D6Y1 3110053B16Rik-202ENSMUST00000140360 2004 ntTSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
Ccdc3Q9D6Y1 Nr5a1-202ENSMUST00000112883 2994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
Ccdc3Q9D6Y1 Cacnb1-205ENSMUST00000107562 1745 ntTSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
Ccdc3Q9D6Y1 Dennd6a-202ENSMUST00000203874 2677 ntTSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
Ccdc3Q9D6Y1 Lzts2-202ENSMUST00000178087 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
Ccdc3Q9D6Y1 Wnt16-203ENSMUST00000148639 1168 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
Ccdc3Q9D6Y1 Gm7291-201ENSMUST00000199147 382 ntBASIC19.32■□□□□ 0.68
Ccdc3Q9D6Y1 Rps7-203ENSMUST00000221871 820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
Ccdc3Q9D6Y1 Gm10493-201ENSMUST00000097270 612 ntBASIC19.32■□□□□ 0.68
Ccdc3Q9D6Y1 Map3k21-201ENSMUST00000034316 5693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
Ccdc3Q9D6Y1 Gab2-202ENSMUST00000206791 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
Ccdc3Q9D6Y1 Spry1-201ENSMUST00000038569 2481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
Ccdc3Q9D6Y1 Nat14-204ENSMUST00000207687 1415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
Ccdc3Q9D6Y1 AC122428.2-201ENSMUST00000216321 1832 ntBASIC19.32■□□□□ 0.68
Ccdc3Q9D6Y1 Magi3-201ENSMUST00000064371 6640 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
Ccdc3Q9D6Y1 Mms22l-205ENSMUST00000138567 1350 ntTSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
Ccdc3Q9D6Y1 D830036C21Rik-202ENSMUST00000208263 1548 ntBASIC19.31■□□□□ 0.68
Ccdc3Q9D6Y1 Thoc6-201ENSMUST00000047436 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
Ccdc3Q9D6Y1 Bcl3-201ENSMUST00000120537 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
Ccdc3Q9D6Y1 Brsk1-201ENSMUST00000048248 2996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
Ccdc3Q9D6Y1 Rnaseh1-201ENSMUST00000020959 1455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
Ccdc3Q9D6Y1 Klc3-204ENSMUST00000108459 1849 ntTSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
Ccdc3Q9D6Y1 Gm13067-201ENSMUST00000134236 404 ntTSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
Ccdc3Q9D6Y1 Cdkn2a-201ENSMUST00000060501 852 ntTSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
Ccdc3Q9D6Y1 2410002F23Rik-201ENSMUST00000055858 1982 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
Ccdc3Q9D6Y1 Akt1-201ENSMUST00000001780 2690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
Ccdc3Q9D6Y1 Elf2-212ENSMUST00000194641 5919 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
Ccdc3Q9D6Y1 B430319F04Rik-201ENSMUST00000209731 2669 ntBASIC19.3■□□□□ 0.68
Ccdc3Q9D6Y1 Thap11-201ENSMUST00000040445 1819 ntAPPRIS P1 BASIC19.3■□□□□ 0.68
Ccdc3Q9D6Y1 Rasl11b-201ENSMUST00000051937 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
Ccdc3Q9D6Y1 Trim33-202ENSMUST00000106860 5025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
Ccdc3Q9D6Y1 Klc3-201ENSMUST00000047170 1901 ntTSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 14.2 ms