Protein–RNA interactions for Protein: Q5SNZ0

Ccdc88a, Girdin, mousemouse

Predictions only

Length 1,873 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88aQ5SNZ0 Cnp-201ENSMUST00000103120 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
Ccdc88aQ5SNZ0 Prdm13-202ENSMUST00000095141 3173 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
Ccdc88aQ5SNZ0 1110004F10Rik-201ENSMUST00000032899 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
Ccdc88aQ5SNZ0 Hotairm1-201ENSMUST00000129546 409 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
Ccdc88aQ5SNZ0 Gm14486-201ENSMUST00000144704 644 ntTSL 3 BASIC23.31■■□□□ 1.32
Ccdc88aQ5SNZ0 Tusc2-203ENSMUST00000193418 410 ntTSL 3 BASIC23.31■■□□□ 1.32
Ccdc88aQ5SNZ0 Gm9922-201ENSMUST00000066461 435 ntAPPRIS P1 BASIC23.31■■□□□ 1.32
Ccdc88aQ5SNZ0 Camk1-201ENSMUST00000032409 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
Ccdc88aQ5SNZ0 Aplf-201ENSMUST00000032130 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
Ccdc88aQ5SNZ0 Lmo2-208ENSMUST00000170926 1529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
Ccdc88aQ5SNZ0 Gm30085-201ENSMUST00000209694 594 ntTSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
Ccdc88aQ5SNZ0 Bpifb4-202ENSMUST00000109757 2420 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
Ccdc88aQ5SNZ0 Akt1s1-204ENSMUST00000107885 1812 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
Ccdc88aQ5SNZ0 Gssos2-201ENSMUST00000130859 727 ntTSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
Ccdc88aQ5SNZ0 6430573P05Rik-203ENSMUST00000195547 2457 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
Ccdc88aQ5SNZ0 6330403K07Rik-201ENSMUST00000156068 1494 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
Ccdc88aQ5SNZ0 Setd4-202ENSMUST00000113951 1826 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
Ccdc88aQ5SNZ0 Wbp1-201ENSMUST00000032111 1419 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Ccdc88aQ5SNZ0 Mpz-202ENSMUST00000111334 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Ccdc88aQ5SNZ0 Gm15298-201ENSMUST00000145916 1212 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
Ccdc88aQ5SNZ0 AC167978.1-201ENSMUST00000182488 456 ntTSL 3 BASIC23.28■■□□□ 1.32
Ccdc88aQ5SNZ0 Eloc-203ENSMUST00000185771 742 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
Ccdc88aQ5SNZ0 Nr0b1-201ENSMUST00000026036 1808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Ccdc88aQ5SNZ0 Snhg20-203ENSMUST00000182811 2153 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
Ccdc88aQ5SNZ0 Sp3os-201ENSMUST00000123087 583 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Ccdc88aQ5SNZ0 Gar1-201ENSMUST00000029643 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Ccdc88aQ5SNZ0 Tead2-201ENSMUST00000033060 2140 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Ccdc88aQ5SNZ0 Rbfox3-206ENSMUST00000120061 2150 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
Ccdc88aQ5SNZ0 Celf6-202ENSMUST00000118164 1583 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
Ccdc88aQ5SNZ0 Shisa5-202ENSMUST00000112059 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
Ccdc88aQ5SNZ0 Rell2-212ENSMUST00000177058 1762 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
Ccdc88aQ5SNZ0 Gm27151-202ENSMUST00000185015 1145 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
Ccdc88aQ5SNZ0 8430422M14Rik-201ENSMUST00000199608 822 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
Ccdc88aQ5SNZ0 AV356131-201ENSMUST00000206201 750 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
Ccdc88aQ5SNZ0 Prmt1-205ENSMUST00000207659 945 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
Ccdc88aQ5SNZ0 Gm44899-202ENSMUST00000209433 511 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
Ccdc88aQ5SNZ0 Prmt1-201ENSMUST00000045325 1071 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
Ccdc88aQ5SNZ0 5730488B01Rik-201ENSMUST00000192889 2311 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
Ccdc88aQ5SNZ0 AC122428.2-201ENSMUST00000216321 1832 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
Ccdc88aQ5SNZ0 Art5-204ENSMUST00000106937 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
Ccdc88aQ5SNZ0 E530011L22Rik-202ENSMUST00000216791 2007 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.31
Ccdc88aQ5SNZ0 Hexdc-201ENSMUST00000038831 2378 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
Ccdc88aQ5SNZ0 L3mbtl4-201ENSMUST00000093007 2445 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
Ccdc88aQ5SNZ0 D830036C21Rik-202ENSMUST00000208263 1548 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
Ccdc88aQ5SNZ0 Gm13063-201ENSMUST00000132247 669 ntTSL 3 BASIC23.26■■□□□ 1.31
Ccdc88aQ5SNZ0 Prodh-206ENSMUST00000139861 677 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
Ccdc88aQ5SNZ0 Wrnip1-201ENSMUST00000021832 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
Ccdc88aQ5SNZ0 Pth1r-201ENSMUST00000006005 2307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
Ccdc88aQ5SNZ0 Rspo1-201ENSMUST00000030687 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
Ccdc88aQ5SNZ0 Thoc6-201ENSMUST00000047436 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
Ccdc88aQ5SNZ0 Speg-206ENSMUST00000122266 917 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
Ccdc88aQ5SNZ0 Mpig6b-202ENSMUST00000174190 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
Ccdc88aQ5SNZ0 Bspry-201ENSMUST00000030088 1757 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
Ccdc88aQ5SNZ0 Nipa1-201ENSMUST00000052204 3183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Ccdc88aQ5SNZ0 Bag5-202ENSMUST00000160576 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Ccdc88aQ5SNZ0 Dgcr6-209ENSMUST00000155387 1415 ntTSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
Ccdc88aQ5SNZ0 Gm44965-201ENSMUST00000204121 360 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
Ccdc88aQ5SNZ0 Theg-202ENSMUST00000077433 1275 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Ccdc88aQ5SNZ0 Ntf5-201ENSMUST00000058879 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Ccdc88aQ5SNZ0 Sh3gl1-201ENSMUST00000003268 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Ccdc88aQ5SNZ0 Pold2-201ENSMUST00000102922 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Ccdc88aQ5SNZ0 Meg3-207ENSMUST00000143836 1896 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
Ccdc88aQ5SNZ0 Ctf1-204ENSMUST00000206506 784 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
Ccdc88aQ5SNZ0 AC166356.1-201ENSMUST00000228236 1426 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
Ccdc88aQ5SNZ0 Arhgap27-202ENSMUST00000092557 1504 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
Ccdc88aQ5SNZ0 Map2k2-202ENSMUST00000105331 1556 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
Ccdc88aQ5SNZ0 Dedd2-201ENSMUST00000058702 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
Ccdc88aQ5SNZ0 Rbm39-202ENSMUST00000109584 667 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
Ccdc88aQ5SNZ0 Gab2-202ENSMUST00000206791 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
Ccdc88aQ5SNZ0 Stn1-201ENSMUST00000049369 1992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
Ccdc88aQ5SNZ0 Gm6085-201ENSMUST00000182774 1470 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
Ccdc88aQ5SNZ0 Rnaseh1-201ENSMUST00000020959 1455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
Ccdc88aQ5SNZ0 Mfap2-201ENSMUST00000071977 1073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
Ccdc88aQ5SNZ0 Spry1-203ENSMUST00000108109 2451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
Ccdc88aQ5SNZ0 Spry1-201ENSMUST00000038569 2481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
Ccdc88aQ5SNZ0 Rabgap1l-216ENSMUST00000195442 1877 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
Ccdc88aQ5SNZ0 Fah-201ENSMUST00000032865 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
Ccdc88aQ5SNZ0 Gm18671-201ENSMUST00000214826 683 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
Ccdc88aQ5SNZ0 Wdr41-208ENSMUST00000222995 1112 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
Ccdc88aQ5SNZ0 Cystm1-201ENSMUST00000050584 831 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
Ccdc88aQ5SNZ0 Thap11-201ENSMUST00000040445 1819 ntAPPRIS P1 BASIC23.22■■□□□ 1.31
Ccdc88aQ5SNZ0 Fgfrl1-202ENSMUST00000112560 2318 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
Ccdc88aQ5SNZ0 Pick1-204ENSMUST00000163571 2054 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
Ccdc88aQ5SNZ0 Ewsr1-205ENSMUST00000102930 2174 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
Ccdc88aQ5SNZ0 Rnf39-202ENSMUST00000173072 631 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
Ccdc88aQ5SNZ0 Ccdc84-211ENSMUST00000217270 681 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
Ccdc88aQ5SNZ0 AA543186-201ENSMUST00000180841 1696 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
Ccdc88aQ5SNZ0 Gm10125-201ENSMUST00000074702 2286 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
Ccdc88aQ5SNZ0 Rgs19-201ENSMUST00000002532 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
Ccdc88aQ5SNZ0 Slc39a7-203ENSMUST00000169397 2107 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
Ccdc88aQ5SNZ0 Serbp1-207ENSMUST00000203436 1667 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.31
Ccdc88aQ5SNZ0 Htr7-201ENSMUST00000099505 1606 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.31
Ccdc88aQ5SNZ0 Gfra4-205ENSMUST00000110239 810 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
Ccdc88aQ5SNZ0 Nespas-201ENSMUST00000143738 1083 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
Ccdc88aQ5SNZ0 Stx6-209ENSMUST00000195302 955 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
Ccdc88aQ5SNZ0 Hsf1-201ENSMUST00000072838 2018 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
Ccdc88aQ5SNZ0 Spsb3-204ENSMUST00000119829 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
Ccdc88aQ5SNZ0 B430319F04Rik-201ENSMUST00000209731 2669 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
Ccdc88aQ5SNZ0 Dda1-202ENSMUST00000124745 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
Ccdc88aQ5SNZ0 Tmem178-201ENSMUST00000025092 1696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 18.6 ms