Protein–RNA interactions for Protein: P39061

Col18a1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,774 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col18a1P39061 Mkrn1-202ENSMUST00000051671 1511 ntTSL 1 (best) BASIC37.56■■■■□ 3.6
Col18a1P39061 Ppp1r14b-201ENSMUST00000070850 919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.55■■■■□ 3.6
Col18a1P39061 Gm5987-201ENSMUST00000196433 1151 ntBASIC37.53■■■■□ 3.6
Col18a1P39061 Gm9397-201ENSMUST00000200125 605 ntBASIC37.52■■■■□ 3.6
Col18a1P39061 Mthfd2l-203ENSMUST00000202781 688 ntTSL 1 (best) BASIC37.52■■■■□ 3.6
Col18a1P39061 1110008F13Rik-201ENSMUST00000029165 1045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.52■■■■□ 3.6
Col18a1P39061 Rab12-201ENSMUST00000070538 2057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.51■■■■□ 3.6
Col18a1P39061 Hoxa13-201ENSMUST00000047993 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC37.5■■■■□ 3.59
Col18a1P39061 Dut-202ENSMUST00000082122 1020 ntTSL 1 (best) BASIC37.47■■■■□ 3.59
Col18a1P39061 Trp53i13-201ENSMUST00000060417 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.47■■■■□ 3.59
Col18a1P39061 AC158592.1-201ENSMUST00000215560 1113 ntTSL 5 BASIC37.45■■■■□ 3.59
Col18a1P39061 Cenpv-201ENSMUST00000018653 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.42■■■■□ 3.58
Col18a1P39061 Gng13-201ENSMUST00000115108 347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.4■■■■□ 3.58
Col18a1P39061 Gm2018-201ENSMUST00000140754 478 ntTSL 2 BASIC37.4■■■■□ 3.58
Col18a1P39061 Aard-201ENSMUST00000090025 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.39■■■■□ 3.58
Col18a1P39061 Spg7-201ENSMUST00000108868 845 ntTSL 2 BASIC37.37■■■■□ 3.57
Col18a1P39061 Gm20503-201ENSMUST00000174664 1294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.35■■■■□ 3.57
Col18a1P39061 Zfp131-207ENSMUST00000224946 1783 ntBASIC37.34■■■■□ 3.57
Col18a1P39061 Gnai2-202ENSMUST00000192615 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.33■■■■□ 3.57
Col18a1P39061 Capns1-201ENSMUST00000001845 1600 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC37.32■■■■□ 3.57
Col18a1P39061 Qrich1-209ENSMUST00000194385 975 ntTSL 2 BASIC37.32■■■■□ 3.56
Col18a1P39061 Evx2-202ENSMUST00000173623 1428 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.31■■■■□ 3.56
Col18a1P39061 Dedd-201ENSMUST00000064950 1618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.29■■■■□ 3.56
Col18a1P39061 Samd1-201ENSMUST00000095228 2071 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.29■■■■□ 3.56
Col18a1P39061 A330023F24Rik-201ENSMUST00000181226 955 ntTSL 1 (best) BASIC37.28■■■■□ 3.56
Col18a1P39061 Jdp2-203ENSMUST00000177587 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.28■■■■□ 3.56
Col18a1P39061 C2cd4d-201ENSMUST00000169433 1321 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC37.27■■■■□ 3.56
Col18a1P39061 Orai1-201ENSMUST00000051016 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.25■■■■□ 3.55
Col18a1P39061 Mxra7-202ENSMUST00000047715 757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.25■■■■□ 3.55
Col18a1P39061 Crip2-201ENSMUST00000084882 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.24■■■■□ 3.55
Col18a1P39061 C1qtnf5-201ENSMUST00000114815 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.21■■■■□ 3.55
Col18a1P39061 BC037032-205ENSMUST00000187080 508 ntTSL 5 BASIC37.19■■■■□ 3.54
Col18a1P39061 Cib1-201ENSMUST00000065163 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.19■■■■□ 3.54
Col18a1P39061 Kcnmb4os2-201ENSMUST00000080943 1571 ntTSL 5 BASIC37.18■■■■□ 3.54
Col18a1P39061 Cetn4-202ENSMUST00000075537 762 ntTSL 3 BASIC37.18■■■■□ 3.54
Col18a1P39061 Fbxo6-203ENSMUST00000105706 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.17■■■■□ 3.54
Col18a1P39061 A530058N18Rik-207ENSMUST00000152254 1211 ntTSL 1 (best) BASIC37.17■■■■□ 3.54
Col18a1P39061 AY074887-201ENSMUST00000054018 769 ntAPPRIS P1 BASIC37.17■■■■□ 3.54
Col18a1P39061 1810026B05Rik-202ENSMUST00000184554 782 ntTSL 3 BASIC37.16■■■■□ 3.54
Col18a1P39061 Gm29254-202ENSMUST00000189302 883 ntTSL 1 (best) BASIC37.15■■■■□ 3.54
Col18a1P39061 Gm42517-201ENSMUST00000197216 1850 ntAPPRIS P1 BASIC37.13■■■■□ 3.53
Col18a1P39061 Tsen34-203ENSMUST00000108629 1238 ntTSL 1 (best) BASIC37.12■■■■□ 3.53
Col18a1P39061 Bcl7c-207ENSMUST00000207019 654 ntTSL 3 BASIC37.09■■■■□ 3.53
Col18a1P39061 Fbxo6-201ENSMUST00000030858 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.07■■■■□ 3.52
Col18a1P39061 Trp53rkb-202ENSMUST00000065753 1375 ntTSL 1 (best) BASIC37.07■■■■□ 3.52
Col18a1P39061 March2-205ENSMUST00000173015 1418 ntTSL 3 BASIC37.05■■■■□ 3.52
Col18a1P39061 Nemp1-202ENSMUST00000118612 1522 ntTSL 1 (best) BASIC37.01■■■■□ 3.52
Col18a1P39061 Vsig8-201ENSMUST00000061835 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.97■■■■□ 3.51
Col18a1P39061 Syt7-201ENSMUST00000073899 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.96■■■■□ 3.51
Col18a1P39061 Mipep-204ENSMUST00000225043 1548 ntBASIC36.91■■■■□ 3.5
Col18a1P39061 Crlf1-201ENSMUST00000008032 1644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.91■■■■□ 3.5
Col18a1P39061 Zfyve21-201ENSMUST00000021714 1308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.9■■■■□ 3.5
Col18a1P39061 Glt8d1-201ENSMUST00000022476 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.88■■■■□ 3.49
Col18a1P39061 Macrod2-205ENSMUST00000110063 845 ntTSL 5 BASIC36.88■■■■□ 3.49
Col18a1P39061 1810026B05Rik-206ENSMUST00000187421 519 ntTSL 3 BASIC36.88■■■■□ 3.49
Col18a1P39061 Gm24970-201ENSMUST00000175582 82 ntBASIC36.87■■■■□ 3.49
Col18a1P39061 Lrrc1-204ENSMUST00000183734 2113 ntTSL 1 (best) BASIC36.86■■■■□ 3.49
Col18a1P39061 Gm17110-201ENSMUST00000171248 735 ntTSL 3 BASIC36.84■■■■□ 3.49
Col18a1P39061 Gm12523-201ENSMUST00000148844 599 ntTSL 5 BASIC36.82■■■■□ 3.48
Col18a1P39061 Abhd17a-201ENSMUST00000003436 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.82■■■■□ 3.48
Col18a1P39061 Stard3nl-210ENSMUST00000222869 1030 ntTSL 5 BASIC36.8■■■■□ 3.48
Col18a1P39061 Gm8503-201ENSMUST00000118131 455 ntBASIC36.79■■■■□ 3.48
Col18a1P39061 Ube2q2-202ENSMUST00000121677 1680 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.78■■■■□ 3.48
Col18a1P39061 Shf-201ENSMUST00000048635 1431 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.74■■■■□ 3.47
Col18a1P39061 4930542C12Rik-201ENSMUST00000171096 1203 ntBASIC36.73■■■■□ 3.47
Col18a1P39061 Dlx6os2-201ENSMUST00000178206 1354 ntBASIC36.71■■■■□ 3.47
Col18a1P39061 Uba52-207ENSMUST00000140679 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.71■■■■□ 3.47
Col18a1P39061 Gm9939-201ENSMUST00000067161 1154 ntBASIC36.69■■■■□ 3.46
Col18a1P39061 Stradb-202ENSMUST00000114296 1348 ntTSL 1 (best) BASIC36.68■■■■□ 3.46
Col18a1P39061 Scx-201ENSMUST00000043089 1136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.63■■■■□ 3.46
Col18a1P39061 Dapk3-209ENSMUST00000219850 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.62■■■■□ 3.45
Col18a1P39061 Snx24-202ENSMUST00000165032 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.61■■■■□ 3.45
Col18a1P39061 Naa20-201ENSMUST00000002805 1172 ntTSL 1 (best) BASIC36.61■■■■□ 3.45
Col18a1P39061 Macrod1-201ENSMUST00000040261 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.58■■■■□ 3.45
Col18a1P39061 Vsig8-202ENSMUST00000177086 1519 ntTSL 1 (best) BASIC36.56■■■■□ 3.44
Col18a1P39061 Casp9-202ENSMUST00000097805 1498 ntTSL 1 (best) BASIC36.5■■■■□ 3.43
Col18a1P39061 Tmem243-201ENSMUST00000115365 1040 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.49■■■■□ 3.43
Col18a1P39061 9230104M06Rik-201ENSMUST00000180971 1963 ntBASIC36.48■■■■□ 3.43
Col18a1P39061 Eif5a-201ENSMUST00000043419 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.48■■■■□ 3.43
Col18a1P39061 Ube2f-202ENSMUST00000171112 1547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.47■■■■□ 3.43
Col18a1P39061 Dhrs13-203ENSMUST00000122342 1791 ntTSL 1 (best) BASIC36.41■■■■□ 3.42
Col18a1P39061 Gm6821-201ENSMUST00000107540 542 ntBASIC36.36■■■■□ 3.41
Col18a1P39061 E330040D14Rik-201ENSMUST00000192299 1374 ntBASIC36.32■■■■□ 3.4
Col18a1P39061 Anapc11-202ENSMUST00000093140 962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.32■■■■□ 3.4
Col18a1P39061 Dtnbp1-202ENSMUST00000110128 1305 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.31■■■■□ 3.4
Col18a1P39061 Junos-204ENSMUST00000128094 830 ntTSL 1 (best) BASIC36.3■■■■□ 3.4
Col18a1P39061 Rnd2-201ENSMUST00000001347 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.25■■■■□ 3.39
Col18a1P39061 Hrh3-208ENSMUST00000171736 906 ntTSL 5 BASIC36.25■■■■□ 3.39
Col18a1P39061 Tceal5-201ENSMUST00000066819 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.21■■■■□ 3.39
Col18a1P39061 Sowahd-201ENSMUST00000060057 1574 ntAPPRIS P1 BASIC36.2■■■■□ 3.39
Col18a1P39061 Gm527-201ENSMUST00000058135 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.17■■■■□ 3.38
Col18a1P39061 Tcte3-201ENSMUST00000040746 788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.17■■■■□ 3.38
Col18a1P39061 Tcte3-202ENSMUST00000097398 632 ntTSL 1 (best) BASIC36.17■■■■□ 3.38
Col18a1P39061 Lmo2-201ENSMUST00000111139 1434 ntTSL 5 BASIC36.16■■■■□ 3.38
Col18a1P39061 Ubl4a-207ENSMUST00000178691 1038 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.16■■■■□ 3.38
Col18a1P39061 Guk1-204ENSMUST00000170202 1078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.15■■■■□ 3.38
Col18a1P39061 Tnfsf12-202ENSMUST00000181810 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.15■■■■□ 3.38
Col18a1P39061 Fcho2-203ENSMUST00000109403 1523 ntTSL 5 BASIC36.14■■■■□ 3.38
Col18a1P39061 Hspb1-202ENSMUST00000111155 930 ntTSL 1 (best) BASIC36.12■■■■□ 3.37
Col18a1P39061 A530058N18Rik-204ENSMUST00000141209 709 ntTSL 5 BASIC36.12■■■■□ 3.37
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 31.2 ms