Protein–RNA interactions for Protein: Q61164

Ctcf, Transcriptional repressor CTCF, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 736 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CtcfQ61164 Spry1-202ENSMUST00000108107 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CtcfQ61164 Setd4-202ENSMUST00000113951 1826 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CtcfQ61164 Efna3-203ENSMUST00000200436 742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CtcfQ61164 Clip1-205ENSMUST00000111566 6133 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CtcfQ61164 Nrxn2-208ENSMUST00000137166 6314 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CtcfQ61164 Timmdc1-201ENSMUST00000002925 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CtcfQ61164 5031439G07Rik-203ENSMUST00000165743 5032 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CtcfQ61164 Ache-209ENSMUST00000196208 1911 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CtcfQ61164 Rell2-202ENSMUST00000091932 1995 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CtcfQ61164 Bola3-207ENSMUST00000136501 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CtcfQ61164 Whrn-204ENSMUST00000095037 2419 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CtcfQ61164 Cyb561-201ENSMUST00000019734 2741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CtcfQ61164 Trim33-202ENSMUST00000106860 5025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CtcfQ61164 Aplf-201ENSMUST00000032130 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CtcfQ61164 Senp6-201ENSMUST00000037484 5111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CtcfQ61164 Mex3d-201ENSMUST00000105350 3266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CtcfQ61164 Hrh3-201ENSMUST00000056480 2706 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CtcfQ61164 Bag5-201ENSMUST00000054636 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CtcfQ61164 Rexo5-201ENSMUST00000033218 1966 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CtcfQ61164 Tfpt-204ENSMUST00000155592 1091 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CtcfQ61164 Gm28040-202ENSMUST00000184603 890 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CtcfQ61164 Psme4-201ENSMUST00000041231 6491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CtcfQ61164 Slc9a2-203ENSMUST00000192345 2507 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CtcfQ61164 Fgfrl1-202ENSMUST00000112560 2318 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CtcfQ61164 Ooep-201ENSMUST00000034900 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CtcfQ61164 Sys1-202ENSMUST00000109352 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CtcfQ61164 Pdcd2-205ENSMUST00000154293 1924 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CtcfQ61164 Ccdc112-201ENSMUST00000072835 2801 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CtcfQ61164 Uap1-202ENSMUST00000111350 2311 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CtcfQ61164 Gng12-203ENSMUST00000114224 680 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CtcfQ61164 Gng12-206ENSMUST00000114227 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CtcfQ61164 Htra2-201ENSMUST00000089645 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CtcfQ61164 Atp2b2-208ENSMUST00000205052 5658 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CtcfQ61164 Celf6-203ENSMUST00000118549 2973 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CtcfQ61164 Dact2-201ENSMUST00000053218 2808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CtcfQ61164 D11Wsu47e-201ENSMUST00000042227 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CtcfQ61164 Spg7-211ENSMUST00000153285 2481 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CtcfQ61164 Uba5-201ENSMUST00000035166 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CtcfQ61164 Atp5j-202ENSMUST00000114191 742 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CtcfQ61164 Prrt2-206ENSMUST00000202045 429 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CtcfQ61164 D130020L05Rik-203ENSMUST00000221044 803 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CtcfQ61164 Gm7544-201ENSMUST00000222426 828 ntAPPRIS P1 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CtcfQ61164 Pnrc1-201ENSMUST00000049357 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CtcfQ61164 Zfp105-201ENSMUST00000051667 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CtcfQ61164 Mpz-201ENSMUST00000070758 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CtcfQ61164 Lgi2-202ENSMUST00000199942 6273 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CtcfQ61164 Cstf2-202ENSMUST00000113286 2717 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CtcfQ61164 Sae1-201ENSMUST00000094815 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CtcfQ61164 Lpcat3-201ENSMUST00000004381 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CtcfQ61164 Zfp213-201ENSMUST00000095606 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CtcfQ61164 B130046B21Rik-201ENSMUST00000181510 2216 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CtcfQ61164 Fez1-201ENSMUST00000034630 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CtcfQ61164 Arhgap23-201ENSMUST00000093940 2409 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CtcfQ61164 Gm20684-201ENSMUST00000176744 380 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CtcfQ61164 Ubxn2a-201ENSMUST00000020962 2696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CtcfQ61164 Brd1-201ENSMUST00000088911 4702 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CtcfQ61164 Fam193a-202ENSMUST00000180376 5536 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CtcfQ61164 Glp1r-201ENSMUST00000114574 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CtcfQ61164 Mcam-201ENSMUST00000034650 2989 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
CtcfQ61164 Brsk2-205ENSMUST00000172652 2501 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
CtcfQ61164 Catsper2-201ENSMUST00000038073 2247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
CtcfQ61164 1700034P13Rik-201ENSMUST00000181358 1343 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
CtcfQ61164 Zfp653-202ENSMUST00000179605 1888 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CtcfQ61164 Plekhm2-201ENSMUST00000030751 4154 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CtcfQ61164 Ksr1-202ENSMUST00000108264 2748 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CtcfQ61164 Gm43545-201ENSMUST00000196765 2779 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
CtcfQ61164 Fyn-204ENSMUST00000126486 2495 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CtcfQ61164 Rela-201ENSMUST00000025867 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CtcfQ61164 C1qtnf5-204ENSMUST00000114821 1365 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CtcfQ61164 Chml-203ENSMUST00000210367 1324 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CtcfQ61164 Tbxa2r-201ENSMUST00000105325 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CtcfQ61164 Gm16464-201ENSMUST00000117815 1095 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
CtcfQ61164 Hras-202ENSMUST00000097957 1199 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CtcfQ61164 Bnc2-214ENSMUST00000176612 3963 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CtcfQ61164 Serbp1-207ENSMUST00000203436 1667 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CtcfQ61164 Jkamp-202ENSMUST00000117449 1874 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CtcfQ61164 Usp2-202ENSMUST00000065461 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CtcfQ61164 Tmem86a-201ENSMUST00000010451 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CtcfQ61164 Papd7-202ENSMUST00000198607 4750 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CtcfQ61164 Ppp3ca-202ENSMUST00000070198 4758 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CtcfQ61164 Map2k2-207ENSMUST00000143517 2405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CtcfQ61164 Fah-201ENSMUST00000032865 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CtcfQ61164 Fam49b-202ENSMUST00000164532 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CtcfQ61164 Fkbp9-201ENSMUST00000031795 3009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CtcfQ61164 Kcnc3-207ENSMUST00000209177 2960 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CtcfQ61164 Aplp1-201ENSMUST00000006828 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CtcfQ61164 Ccnd3-218ENSMUST00000183177 2060 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CtcfQ61164 Ccdc34-201ENSMUST00000028580 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CtcfQ61164 Clec3b-201ENSMUST00000026890 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CtcfQ61164 Pde1b-201ENSMUST00000023132 3218 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CtcfQ61164 Gsx1-201ENSMUST00000065382 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CtcfQ61164 Hcn2-201ENSMUST00000020581 3089 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CtcfQ61164 Tmem120a-201ENSMUST00000043378 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CtcfQ61164 Rfk-201ENSMUST00000025617 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CtcfQ61164 Slc35d3-201ENSMUST00000059805 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CtcfQ61164 Ptger3-202ENSMUST00000173533 2097 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CtcfQ61164 Cyp4f15-201ENSMUST00000008801 2095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CtcfQ61164 Trp53rka-201ENSMUST00000039007 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CtcfQ61164 Donson-203ENSMUST00000117159 2215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CtcfQ61164 Gatad1-201ENSMUST00000007559 2545 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 50.5 ms