Protein–RNA interactions for Protein: Q99PQ2

Trim11, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM11, mousemouse

Predictions only

Length 467 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim11Q99PQ2 Htr6-201ENSMUST00000068036 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
Trim11Q99PQ2 Ssbp1-205ENSMUST00000121360 1188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
Trim11Q99PQ2 Serbp1-207ENSMUST00000203436 1667 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
Trim11Q99PQ2 Dda1-202ENSMUST00000124745 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
Trim11Q99PQ2 AC152827.1-201ENSMUST00000221143 2189 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
Trim11Q99PQ2 Sp5-201ENSMUST00000100043 2100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
Trim11Q99PQ2 Kctd2-202ENSMUST00000106533 2649 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
Trim11Q99PQ2 0610009L18Rik-201ENSMUST00000143813 619 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
Trim11Q99PQ2 Zfp346-202ENSMUST00000159147 1146 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
Trim11Q99PQ2 Ltb-203ENSMUST00000173600 905 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
Trim11Q99PQ2 Nup153-201ENSMUST00000021803 6109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
Trim11Q99PQ2 Dlg3-202ENSMUST00000087984 4956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
Trim11Q99PQ2 Calml3-201ENSMUST00000077698 1421 ntAPPRIS P1 BASIC23.15■■□□□ 1.3
Trim11Q99PQ2 Glrx5-201ENSMUST00000021522 2925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
Trim11Q99PQ2 Cdkl3-210ENSMUST00000121591 2387 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
Trim11Q99PQ2 Map4k3-201ENSMUST00000025089 4225 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.3
Trim11Q99PQ2 Gbx2-201ENSMUST00000036954 2135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
Trim11Q99PQ2 Rnf8-201ENSMUST00000024817 2077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
Trim11Q99PQ2 Becn1-217ENSMUST00000172233 1493 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
Trim11Q99PQ2 Bex1-201ENSMUST00000058125 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
Trim11Q99PQ2 Aktip-202ENSMUST00000120213 2200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
Trim11Q99PQ2 Rspo1-201ENSMUST00000030687 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
Trim11Q99PQ2 Ipmk-201ENSMUST00000079252 5447 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
Trim11Q99PQ2 Trp73os-201ENSMUST00000143429 2192 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
Trim11Q99PQ2 L3mbtl4-201ENSMUST00000093007 2445 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
Trim11Q99PQ2 Bub3-205ENSMUST00000208571 747 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
Trim11Q99PQ2 Kalrn-208ENSMUST00000114961 6128 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
Trim11Q99PQ2 Mgat5b-201ENSMUST00000103027 4258 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
Trim11Q99PQ2 Chst12-201ENSMUST00000043050 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
Trim11Q99PQ2 Prkar2b-201ENSMUST00000003079 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
Trim11Q99PQ2 4930507D05Rik-201ENSMUST00000181110 1834 ntAPPRIS P1 BASIC23.12■■□□□ 1.29
Trim11Q99PQ2 K230010J24Rik-204ENSMUST00000187868 1810 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
Trim11Q99PQ2 Nab2-201ENSMUST00000026469 2582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
Trim11Q99PQ2 Slc30a2-203ENSMUST00000105873 1224 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
Trim11Q99PQ2 Gm14207-203ENSMUST00000156538 988 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
Trim11Q99PQ2 Pbx1-201ENSMUST00000064438 1020 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
Trim11Q99PQ2 Dbf4-201ENSMUST00000002368 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
Trim11Q99PQ2 Pdcd7-201ENSMUST00000048184 2419 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
Trim11Q99PQ2 Letm2-209ENSMUST00000210810 1538 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
Trim11Q99PQ2 Rhoq-201ENSMUST00000024956 4151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
Trim11Q99PQ2 Zfp653-202ENSMUST00000179605 1888 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
Trim11Q99PQ2 Celf6-202ENSMUST00000118164 1583 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
Trim11Q99PQ2 Selenoo-201ENSMUST00000082439 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
Trim11Q99PQ2 Ache-209ENSMUST00000196208 1911 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
Trim11Q99PQ2 Rapgef1-201ENSMUST00000091146 6212 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
Trim11Q99PQ2 Mcmbp-202ENSMUST00000119081 2347 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
Trim11Q99PQ2 1700105P06Rik-201ENSMUST00000186160 1772 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
Trim11Q99PQ2 Nsmf-213ENSMUST00000140737 862 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
Trim11Q99PQ2 Gm15820-201ENSMUST00000201566 728 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
Trim11Q99PQ2 Pmvk-201ENSMUST00000029564 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
Trim11Q99PQ2 Spc24-201ENSMUST00000098942 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
Trim11Q99PQ2 Ezh2-201ENSMUST00000081721 2787 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
Trim11Q99PQ2 Nipsnap2-201ENSMUST00000086046 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
Trim11Q99PQ2 Rapgefl1-202ENSMUST00000107479 4855 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
Trim11Q99PQ2 3830408C21Rik-205ENSMUST00000225426 1898 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
Trim11Q99PQ2 Gm5522-201ENSMUST00000189483 1242 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
Trim11Q99PQ2 Gm2464-202ENSMUST00000194841 877 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
Trim11Q99PQ2 Sec24d-208ENSMUST00000200333 307 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
Trim11Q99PQ2 Nfkbib-202ENSMUST00000085851 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
Trim11Q99PQ2 Ctdsp1-201ENSMUST00000027367 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
Trim11Q99PQ2 Fam49b-202ENSMUST00000164532 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
Trim11Q99PQ2 Aplf-201ENSMUST00000032130 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
Trim11Q99PQ2 Slc16a10-201ENSMUST00000092566 5397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
Trim11Q99PQ2 Hsf1-205ENSMUST00000227478 2084 ntAPPRIS P1 BASIC23.09■■□□□ 1.29
Trim11Q99PQ2 Sephs2-201ENSMUST00000082428 2177 ntAPPRIS P1 BASIC23.08■■□□□ 1.29
Trim11Q99PQ2 Slc35f3-201ENSMUST00000108759 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
Trim11Q99PQ2 Gm5131-201ENSMUST00000212776 1238 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
Trim11Q99PQ2 Gm572-201ENSMUST00000105698 1385 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
Trim11Q99PQ2 Ntn5-202ENSMUST00000182750 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
Trim11Q99PQ2 Pth1r-201ENSMUST00000006005 2307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
Trim11Q99PQ2 Eif2ak4-207ENSMUST00000110877 2134 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
Trim11Q99PQ2 Zfp105-201ENSMUST00000051667 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
Trim11Q99PQ2 Prrt1-201ENSMUST00000015620 1940 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.28
Trim11Q99PQ2 Selenof-201ENSMUST00000082437 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
Trim11Q99PQ2 Bfsp1-201ENSMUST00000028907 2372 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
Trim11Q99PQ2 Nphp1-202ENSMUST00000110357 2296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
Trim11Q99PQ2 Vamp4-204ENSMUST00000135241 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
Trim11Q99PQ2 Slc26a10-201ENSMUST00000095270 2215 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
Trim11Q99PQ2 Gm42501-201ENSMUST00000200220 1026 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
Trim11Q99PQ2 Gm5812-201ENSMUST00000061073 957 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
Trim11Q99PQ2 Setd4-202ENSMUST00000113951 1826 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
Trim11Q99PQ2 Trim33-202ENSMUST00000106860 5025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
Trim11Q99PQ2 Slc9a7-201ENSMUST00000072451 2512 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
Trim11Q99PQ2 Tsen34-202ENSMUST00000108627 1319 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
Trim11Q99PQ2 Rem1-201ENSMUST00000000369 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Trim11Q99PQ2 Pkmyt1-201ENSMUST00000024701 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Trim11Q99PQ2 Map2k1-201ENSMUST00000005066 2436 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Trim11Q99PQ2 Rap1a-202ENSMUST00000197094 782 ntTSL 3 BASIC23.06■■□□□ 1.28
Trim11Q99PQ2 Gm7143-201ENSMUST00000222811 859 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
Trim11Q99PQ2 Tex264-202ENSMUST00000163441 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Trim11Q99PQ2 Clip1-205ENSMUST00000111566 6133 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Trim11Q99PQ2 Pdf-201ENSMUST00000055316 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Trim11Q99PQ2 Wrnip1-201ENSMUST00000021832 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Trim11Q99PQ2 Tnks2-201ENSMUST00000025729 6481 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
Trim11Q99PQ2 Snrpa1-206ENSMUST00000153609 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Trim11Q99PQ2 Sin3b-203ENSMUST00000212095 1257 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Trim11Q99PQ2 Rell2-210ENSMUST00000176104 2150 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
Trim11Q99PQ2 Espn-207ENSMUST00000105653 1411 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
Trim11Q99PQ2 Tfap2e-201ENSMUST00000048194 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Trim11Q99PQ2 Hccs-202ENSMUST00000112115 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 24.5 ms