Protein–RNA interactions for Protein: Q61164

Ctcf, Transcriptional repressor CTCF, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 736 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CtcfQ61164 Sin3b-202ENSMUST00000109950 1024 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CtcfQ61164 Gm28417-202ENSMUST00000185881 538 ntTSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CtcfQ61164 Ccdc84-212ENSMUST00000217351 888 ntTSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CtcfQ61164 Vstm2b-201ENSMUST00000044705 2627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CtcfQ61164 Tram1-201ENSMUST00000027068 2938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CtcfQ61164 Nr2f1-201ENSMUST00000091458 3207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CtcfQ61164 Klf1-201ENSMUST00000067060 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CtcfQ61164 Csf2ra-201ENSMUST00000076046 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CtcfQ61164 Ankrd40-203ENSMUST00000107818 3487 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CtcfQ61164 Magi2-202ENSMUST00000101558 6530 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CtcfQ61164 Socs2-213ENSMUST00000170690 2195 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CtcfQ61164 Gm6217-201ENSMUST00000222182 829 ntAPPRIS P1 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CtcfQ61164 Btbd6-206ENSMUST00000222209 644 ntTSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CtcfQ61164 Rab24-201ENSMUST00000035242 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CtcfQ61164 Lgr4-202ENSMUST00000111037 4988 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CtcfQ61164 Klhl8-201ENSMUST00000031254 3193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CtcfQ61164 Klc3-201ENSMUST00000047170 1901 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CtcfQ61164 Tmx4-202ENSMUST00000110119 596 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CtcfQ61164 Papola-211ENSMUST00000166735 1033 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CtcfQ61164 Hnrnpf-202ENSMUST00000163168 2401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CtcfQ61164 Fezf2-203ENSMUST00000224714 2429 ntAPPRIS P1 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CtcfQ61164 Tk2-205ENSMUST00000212275 1507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CtcfQ61164 Bsg-201ENSMUST00000067036 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CtcfQ61164 Dda1-202ENSMUST00000124745 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CtcfQ61164 Tnks2-201ENSMUST00000025729 6481 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CtcfQ61164 Tm9sf3-201ENSMUST00000025989 6144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CtcfQ61164 K230010J24Rik-204ENSMUST00000187868 1810 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CtcfQ61164 Bdh1-201ENSMUST00000089759 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CtcfQ61164 Rtl10-201ENSMUST00000146673 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CtcfQ61164 Krt5-201ENSMUST00000023709 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CtcfQ61164 Dvl3-203ENSMUST00000171572 2493 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CtcfQ61164 Cdan1-201ENSMUST00000110700 5996 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CtcfQ61164 Eif5a-208ENSMUST00000108611 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CtcfQ61164 Lrrfip2-205ENSMUST00000196981 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CtcfQ61164 Hhex-201ENSMUST00000025944 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CtcfQ61164 Qsox2-201ENSMUST00000036187 2559 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CtcfQ61164 Mxi1-202ENSMUST00000025998 4996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CtcfQ61164 Tfap2e-201ENSMUST00000048194 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CtcfQ61164 Amdhd1-201ENSMUST00000016034 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CtcfQ61164 Zbtb7a-202ENSMUST00000117956 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CtcfQ61164 Kcnmb4os2-203ENSMUST00000127070 1048 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
CtcfQ61164 H2afj-202ENSMUST00000203982 577 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
CtcfQ61164 Bcl10-201ENSMUST00000029842 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CtcfQ61164 2310022A10Rik-205ENSMUST00000187960 1989 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.15
CtcfQ61164 Rnf8-201ENSMUST00000024817 2077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CtcfQ61164 Prrt1-201ENSMUST00000015620 1940 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CtcfQ61164 Tcea2-201ENSMUST00000103042 1183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CtcfQ61164 Gm37035-201ENSMUST00000194809 2148 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
CtcfQ61164 Lpar3-201ENSMUST00000039164 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CtcfQ61164 Gm10620-201ENSMUST00000098379 1332 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
CtcfQ61164 Ltk-202ENSMUST00000082130 2767 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CtcfQ61164 Neto2-205ENSMUST00000216286 2932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CtcfQ61164 Slc39a13-203ENSMUST00000111436 1291 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CtcfQ61164 8430422M14Rik-201ENSMUST00000199608 822 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
CtcfQ61164 Pth2-201ENSMUST00000042754 503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CtcfQ61164 Ddrgk1-201ENSMUST00000089559 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CtcfQ61164 Prss50-201ENSMUST00000051097 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CtcfQ61164 Sephs1-202ENSMUST00000115019 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CtcfQ61164 Slc35b2-201ENSMUST00000041353 2326 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CtcfQ61164 Zfand2b-201ENSMUST00000027394 1316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CtcfQ61164 Srxn1-201ENSMUST00000041500 2812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CtcfQ61164 Snx21-204ENSMUST00000172577 1825 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CtcfQ61164 Klrg2-201ENSMUST00000096030 2276 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CtcfQ61164 Spint1-203ENSMUST00000110817 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CtcfQ61164 Gm4430-201ENSMUST00000192413 1943 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
CtcfQ61164 Fbxl6-201ENSMUST00000023219 1712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CtcfQ61164 Fgf8-206ENSMUST00000111928 1056 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CtcfQ61164 Zfand2b-204ENSMUST00000160439 1206 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CtcfQ61164 AC116713.1-201ENSMUST00000215074 430 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
CtcfQ61164 Dusp22-203ENSMUST00000110310 2319 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CtcfQ61164 Maf-202ENSMUST00000109104 6360 ntAPPRIS P2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CtcfQ61164 Gm43653-201ENSMUST00000198136 1608 ntTSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CtcfQ61164 Pkm-201ENSMUST00000034834 2432 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CtcfQ61164 Nfkbil1-201ENSMUST00000048994 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CtcfQ61164 Tsen54-201ENSMUST00000021134 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CtcfQ61164 Gm45444-201ENSMUST00000211394 898 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
CtcfQ61164 Vegfb-201ENSMUST00000025914 1281 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CtcfQ61164 Mvb12b-201ENSMUST00000041555 4998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CtcfQ61164 BC005561-201ENSMUST00000096452 5409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CtcfQ61164 Actr3b-201ENSMUST00000088244 1712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CtcfQ61164 Grin2c-202ENSMUST00000106554 4895 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CtcfQ61164 Pink1-201ENSMUST00000030536 2375 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CtcfQ61164 Glrb-201ENSMUST00000029654 3029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CtcfQ61164 Ttc9b-201ENSMUST00000008088 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CtcfQ61164 Rp9-203ENSMUST00000215715 1499 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CtcfQ61164 AC152827.1-201ENSMUST00000221143 2189 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
CtcfQ61164 Sucla2-201ENSMUST00000022706 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CtcfQ61164 Camk2b-201ENSMUST00000002817 1872 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CtcfQ61164 Ahsa2-201ENSMUST00000020529 3023 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CtcfQ61164 Gm45371-201ENSMUST00000210723 459 ntTSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CtcfQ61164 Rfx8-202ENSMUST00000151913 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CtcfQ61164 Kirrel3-202ENSMUST00000115148 2851 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CtcfQ61164 Sp5-201ENSMUST00000100043 2100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CtcfQ61164 Prr7-201ENSMUST00000046533 1359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CtcfQ61164 Rasl11b-201ENSMUST00000051937 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CtcfQ61164 Ssbp4-201ENSMUST00000049908 1475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CtcfQ61164 Igfbp7-201ENSMUST00000046746 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CtcfQ61164 Cnpy3-201ENSMUST00000059844 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CtcfQ61164 Cblc-202ENSMUST00000108449 1514 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CtcfQ61164 Thoc6-201ENSMUST00000047436 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 43.5 ms