Protein–RNA interactions for Protein: Q9D6Y1

Ccdc3, Coiled-coil domain-containing protein 3, mousemouse

Predictions only

Length 273 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc3Q9D6Y1 Mrpl16-201ENSMUST00000167199 1122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
Ccdc3Q9D6Y1 Gm20522-201ENSMUST00000173576 784 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
Ccdc3Q9D6Y1 Trmt112-201ENSMUST00000088257 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
Ccdc3Q9D6Y1 Cacna2d2-205ENSMUST00000168532 5807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
Ccdc3Q9D6Y1 Hmbox1-204ENSMUST00000175905 1715 ntTSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.79
Ccdc3Q9D6Y1 Homer2-201ENSMUST00000026922 1736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
Ccdc3Q9D6Y1 Sucla2-201ENSMUST00000022706 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
Ccdc3Q9D6Y1 Scarb1-202ENSMUST00000111390 2367 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
Ccdc3Q9D6Y1 Psip1-202ENSMUST00000107214 1973 ntTSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
Ccdc3Q9D6Y1 Tlk2-202ENSMUST00000092537 2743 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
Ccdc3Q9D6Y1 Pdcd5-201ENSMUST00000118501 684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
Ccdc3Q9D6Y1 Gm9207-201ENSMUST00000198773 1115 ntBASIC20.01■□□□□ 0.79
Ccdc3Q9D6Y1 Fam60a-202ENSMUST00000081956 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
Ccdc3Q9D6Y1 P2rx2-203ENSMUST00000195985 2096 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
Ccdc3Q9D6Y1 Tsen34-202ENSMUST00000108627 1319 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
Ccdc3Q9D6Y1 Rem1-201ENSMUST00000000369 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
Ccdc3Q9D6Y1 Fam20b-202ENSMUST00000122424 4532 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
Ccdc3Q9D6Y1 Porcn-203ENSMUST00000089402 1839 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
Ccdc3Q9D6Y1 Cdv3-ps-201ENSMUST00000169632 827 ntBASIC20■□□□□ 0.79
Ccdc3Q9D6Y1 Hyal2-201ENSMUST00000010191 1893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
Ccdc3Q9D6Y1 Timmdc1-201ENSMUST00000002925 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
Ccdc3Q9D6Y1 Cacnb3-202ENSMUST00000109150 2670 ntTSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
Ccdc3Q9D6Y1 Ralgapa1-204ENSMUST00000219432 6631 ntTSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
Ccdc3Q9D6Y1 Gas2l1-202ENSMUST00000056649 2847 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
Ccdc3Q9D6Y1 Dusp15-201ENSMUST00000037715 715 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
Ccdc3Q9D6Y1 Dirc2-201ENSMUST00000023554 5395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
Ccdc3Q9D6Y1 Magi3-202ENSMUST00000121198 5912 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
Ccdc3Q9D6Y1 Dync1i1-203ENSMUST00000115556 2718 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem230-202ENSMUST00000110163 1551 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.99■□□□□ 0.79
Ccdc3Q9D6Y1 Ankrd13c-202ENSMUST00000164582 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
Ccdc3Q9D6Y1 Tle1-205ENSMUST00000107337 2067 ntTSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
Ccdc3Q9D6Y1 Rnf44-208ENSMUST00000128257 1689 ntTSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
Ccdc3Q9D6Y1 Wnt5b-204ENSMUST00000178696 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
Ccdc3Q9D6Y1 Agap2-201ENSMUST00000039259 5633 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
Ccdc3Q9D6Y1 Kcnk15-201ENSMUST00000044798 1199 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
Ccdc3Q9D6Y1 Rps19bp1-201ENSMUST00000052499 830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
Ccdc3Q9D6Y1 C1ql4-201ENSMUST00000064462 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
Ccdc3Q9D6Y1 1700007K13Rik-201ENSMUST00000086370 812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
Ccdc3Q9D6Y1 Trip10-207ENSMUST00000224947 2016 ntAPPRIS P2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
Ccdc3Q9D6Y1 BC037034-201ENSMUST00000048421 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
Ccdc3Q9D6Y1 Ndufs2-201ENSMUST00000013737 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
Ccdc3Q9D6Y1 Tbc1d2b-201ENSMUST00000041767 5956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
Ccdc3Q9D6Y1 Tuba1b-201ENSMUST00000077577 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
Ccdc3Q9D6Y1 2810001G20Rik-202ENSMUST00000146333 959 ntTSL 3 BASIC19.97■□□□□ 0.79
Ccdc3Q9D6Y1 Gm13001-201ENSMUST00000154285 774 ntTSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
Ccdc3Q9D6Y1 4930539J05Rik-202ENSMUST00000182865 511 ntTSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
Ccdc3Q9D6Y1 Pet117-201ENSMUST00000183618 693 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
Ccdc3Q9D6Y1 Best2-202ENSMUST00000209322 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
Ccdc3Q9D6Y1 Vamp4-204ENSMUST00000135241 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
Ccdc3Q9D6Y1 1810010H24Rik-202ENSMUST00000140447 1677 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
Ccdc3Q9D6Y1 Fam189a2-201ENSMUST00000096164 2547 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.96■□□□□ 0.79
Ccdc3Q9D6Y1 Oser1-201ENSMUST00000046908 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
Ccdc3Q9D6Y1 Bex4-201ENSMUST00000116527 837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
Ccdc3Q9D6Y1 Erh-201ENSMUST00000021559 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
Ccdc3Q9D6Y1 AC138214.1-201ENSMUST00000223838 420 ntAPPRIS P1 BASIC19.96■□□□□ 0.79
Ccdc3Q9D6Y1 Mpzl1-202ENSMUST00000111435 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
Ccdc3Q9D6Y1 Arf4-201ENSMUST00000022429 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
Ccdc3Q9D6Y1 Gm4553-202ENSMUST00000210925 1044 ntAPPRIS P5 BASIC19.95■□□□□ 0.78
Ccdc3Q9D6Y1 AC116713.1-201ENSMUST00000215074 430 ntBASIC19.95■□□□□ 0.78
Ccdc3Q9D6Y1 AC104834.1-201ENSMUST00000222611 1056 ntAPPRIS P1 BASIC19.95■□□□□ 0.78
Ccdc3Q9D6Y1 Mcoln1-201ENSMUST00000004683 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
Ccdc3Q9D6Y1 Amn-201ENSMUST00000021707 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
Ccdc3Q9D6Y1 Adssl1-201ENSMUST00000021726 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem45b-201ENSMUST00000048050 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
Ccdc3Q9D6Y1 Ppp1r18os-201ENSMUST00000145804 784 ntTSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
Ccdc3Q9D6Y1 Nol7-205ENSMUST00000222499 756 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
Ccdc3Q9D6Y1 Mprip-202ENSMUST00000072031 8718 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
Ccdc3Q9D6Y1 March2-206ENSMUST00000173329 2566 ntTSL 2 BASIC19.94■□□□□ 0.78
Ccdc3Q9D6Y1 BC037034-205ENSMUST00000159649 2093 ntTSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
Ccdc3Q9D6Y1 Zfp618-201ENSMUST00000030043 1582 ntTSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
Ccdc3Q9D6Y1 March8-204ENSMUST00000123405 2102 ntTSL 5 BASIC19.94■□□□□ 0.78
Ccdc3Q9D6Y1 Irak1-202ENSMUST00000068286 2537 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
Ccdc3Q9D6Y1 Mrpl38-201ENSMUST00000106439 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
Ccdc3Q9D6Y1 Lrrfip2-205ENSMUST00000196981 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.93■□□□□ 0.78
Ccdc3Q9D6Y1 Stmn4-202ENSMUST00000118426 1281 ntTSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
Ccdc3Q9D6Y1 Pigx-211ENSMUST00000189013 982 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.93■□□□□ 0.78
Ccdc3Q9D6Y1 D130020L05Rik-203ENSMUST00000221044 803 ntTSL 2 BASIC19.93■□□□□ 0.78
Ccdc3Q9D6Y1 Gp1bb-201ENSMUST00000051160 645 ntAPPRIS P3 BASIC19.93■□□□□ 0.78
Ccdc3Q9D6Y1 Pigx-201ENSMUST00000096109 993 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
Ccdc3Q9D6Y1 Gm26796-201ENSMUST00000181092 2276 ntTSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
Ccdc3Q9D6Y1 Jak2-201ENSMUST00000025705 4947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.93■□□□□ 0.78
Ccdc3Q9D6Y1 Gse1-203ENSMUST00000120493 4610 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
Ccdc3Q9D6Y1 Pou3f3-201ENSMUST00000054883 7409 ntAPPRIS P1 BASIC19.92■□□□□ 0.78
Ccdc3Q9D6Y1 Fam118b-201ENSMUST00000059057 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
Ccdc3Q9D6Y1 Ubl4a-206ENSMUST00000155676 2442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
Ccdc3Q9D6Y1 Tpm1-211ENSMUST00000113695 1607 ntTSL 3 BASIC19.92■□□□□ 0.78
Ccdc3Q9D6Y1 0610039K10Rik-202ENSMUST00000184724 952 ntBASIC19.92■□□□□ 0.78
Ccdc3Q9D6Y1 C1qc-201ENSMUST00000046332 1203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
Ccdc3Q9D6Y1 Slc16a11-205ENSMUST00000126388 1938 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.92■□□□□ 0.78
Ccdc3Q9D6Y1 Tarbp2-201ENSMUST00000023813 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
Ccdc3Q9D6Y1 Gm21964-202ENSMUST00000213641 1649 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.91■□□□□ 0.78
Ccdc3Q9D6Y1 Dleu2-211ENSMUST00000183066 788 ntTSL 3 BASIC19.91■□□□□ 0.78
Ccdc3Q9D6Y1 Senp6-201ENSMUST00000037484 5111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
Ccdc3Q9D6Y1 Ier3ip1-201ENSMUST00000026487 1395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
Ccdc3Q9D6Y1 Bpifb4-202ENSMUST00000109757 2420 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.91■□□□□ 0.78
Ccdc3Q9D6Y1 Maf1-201ENSMUST00000023212 1686 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
Ccdc3Q9D6Y1 Pithd1-201ENSMUST00000105851 1700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
Ccdc3Q9D6Y1 Slc25a38-201ENSMUST00000035106 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
Ccdc3Q9D6Y1 Slc35b3-209ENSMUST00000225432 2216 ntAPPRIS P3 BASIC19.9■□□□□ 0.78
Ccdc3Q9D6Y1 Siglec15-201ENSMUST00000170760 1156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 22.9 ms