Protein–RNA interactions for Protein: Q9CQ56

Use1, Vesicle transport protein USE1, mousemouse

Predictions only

Length 270 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Use1Q9CQ56 Fgf2-204ENSMUST00000138563 1240 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.87■■□□□ 1.73
Use1Q9CQ56 Rnf149-204ENSMUST00000195705 389 ntTSL 3 BASIC25.86■■□□□ 1.73
Use1Q9CQ56 Brsk2-203ENSMUST00000078200 2363 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
Use1Q9CQ56 Nt5dc2-204ENSMUST00000227096 1848 ntAPPRIS P5 BASIC25.81■■□□□ 1.72
Use1Q9CQ56 Rpia-201ENSMUST00000066134 1829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
Use1Q9CQ56 Vps37d-201ENSMUST00000067935 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
Use1Q9CQ56 Wsb2-201ENSMUST00000031309 2421 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
Use1Q9CQ56 Tmed7-201ENSMUST00000036030 1436 ntTSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
Use1Q9CQ56 Fndc10-201ENSMUST00000099265 2140 ntAPPRIS P1 BASIC25.6■■□□□ 1.69
Use1Q9CQ56 Fgf18-201ENSMUST00000020507 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
Use1Q9CQ56 Syce2-204ENSMUST00000170296 929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
Use1Q9CQ56 Emx1-201ENSMUST00000045942 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
Use1Q9CQ56 Rundc3a-201ENSMUST00000006750 2046 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
Use1Q9CQ56 Orai1-202ENSMUST00000121652 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
Use1Q9CQ56 Dlx4-201ENSMUST00000021241 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
Use1Q9CQ56 Nemp1-202ENSMUST00000118612 1522 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
Use1Q9CQ56 Ctbp1-206ENSMUST00000201575 2091 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
Use1Q9CQ56 Tprgl-202ENSMUST00000105639 642 ntTSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
Use1Q9CQ56 9230104M06Rik-201ENSMUST00000180971 1963 ntBASIC25.48■■□□□ 1.67
Use1Q9CQ56 Agpat2-201ENSMUST00000028286 1489 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
Use1Q9CQ56 Calm3-201ENSMUST00000019514 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
Use1Q9CQ56 Agap3-206ENSMUST00000212381 1191 ntTSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
Use1Q9CQ56 Gm26859-201ENSMUST00000181743 1852 ntTSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
Use1Q9CQ56 Egln2-201ENSMUST00000080058 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
Use1Q9CQ56 Crk-204ENSMUST00000108426 671 ntTSL 3 BASIC25.35■■□□□ 1.65
Use1Q9CQ56 Gnai2-202ENSMUST00000192615 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
Use1Q9CQ56 Trp53i13-201ENSMUST00000060417 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
Use1Q9CQ56 Azin2-201ENSMUST00000030581 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
Use1Q9CQ56 Cxxc4-203ENSMUST00000181904 5694 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
Use1Q9CQ56 Dennd1b-209ENSMUST00000200533 1853 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
Use1Q9CQ56 Rab21-202ENSMUST00000218831 843 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
Use1Q9CQ56 Mocs3-201ENSMUST00000099071 1973 ntAPPRIS P1 BASIC25.25■■□□□ 1.63
Use1Q9CQ56 Zfp131-207ENSMUST00000224946 1783 ntBASIC25.24■■□□□ 1.63
Use1Q9CQ56 Gnai2-201ENSMUST00000055704 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
Use1Q9CQ56 Hnrnpa0-201ENSMUST00000007980 2678 ntAPPRIS P1 BASIC25.2■■□□□ 1.62
Use1Q9CQ56 Gpr137c-202ENSMUST00000147957 1395 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
Use1Q9CQ56 Gm42517-201ENSMUST00000197216 1850 ntAPPRIS P1 BASIC25.16■■□□□ 1.62
Use1Q9CQ56 Crk-202ENSMUST00000093115 965 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
Use1Q9CQ56 Fkbp8-204ENSMUST00000119698 1799 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
Use1Q9CQ56 St3gal5-201ENSMUST00000069994 2258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
Use1Q9CQ56 Tprgl-201ENSMUST00000030896 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
Use1Q9CQ56 Bod1-201ENSMUST00000058060 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
Use1Q9CQ56 Gm12339-201ENSMUST00000127424 728 ntTSL 3 BASIC25.09■■□□□ 1.61
Use1Q9CQ56 Ppp2cb-201ENSMUST00000009774 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
Use1Q9CQ56 Glrx5-203ENSMUST00000223244 793 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
Use1Q9CQ56 Fcho2-204ENSMUST00000179563 1586 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
Use1Q9CQ56 Hoxd8-201ENSMUST00000019749 2634 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
Use1Q9CQ56 Lrrc1-204ENSMUST00000183734 2113 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
Use1Q9CQ56 Asmt-201ENSMUST00000178693 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
Use1Q9CQ56 Bzw1-202ENSMUST00000186949 1492 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
Use1Q9CQ56 Lactb-202ENSMUST00000215172 1806 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
Use1Q9CQ56 Tmco6-201ENSMUST00000007046 1817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
Use1Q9CQ56 Hnrnpd-203ENSMUST00000112939 1670 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
Use1Q9CQ56 Nrg3-202ENSMUST00000168810 2175 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
Use1Q9CQ56 Frs3-201ENSMUST00000113296 2144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
Use1Q9CQ56 Fam122a-201ENSMUST00000099556 855 ntAPPRIS P1 BASIC24.97■■□□□ 1.59
Use1Q9CQ56 Tmem240-201ENSMUST00000127188 1308 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
Use1Q9CQ56 Raly-203ENSMUST00000109701 1709 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
Use1Q9CQ56 Fam220a-203ENSMUST00000118121 919 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
Use1Q9CQ56 Casp9-202ENSMUST00000097805 1498 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
Use1Q9CQ56 Uhrf2-202ENSMUST00000112552 1464 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
Use1Q9CQ56 Tmeff1-201ENSMUST00000030032 2461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
Use1Q9CQ56 Ppp2r2d-201ENSMUST00000041097 2081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
Use1Q9CQ56 Gm2415-204ENSMUST00000190235 2004 ntBASIC24.91■■□□□ 1.58
Use1Q9CQ56 Mon2-207ENSMUST00000219203 1844 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
Use1Q9CQ56 E2f4-201ENSMUST00000015003 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
Use1Q9CQ56 Ino80b-202ENSMUST00000113935 1503 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
Use1Q9CQ56 Aes-201ENSMUST00000002518 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
Use1Q9CQ56 C330011M18Rik-201ENSMUST00000071067 1849 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
Use1Q9CQ56 Carnmt1-201ENSMUST00000025632 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
Use1Q9CQ56 Pabpn1-201ENSMUST00000022808 1030 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
Use1Q9CQ56 Crebl2-202ENSMUST00000111937 612 ntTSL 3 BASIC24.81■■□□□ 1.56
Use1Q9CQ56 Iffo2-203ENSMUST00000174078 5716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
Use1Q9CQ56 Gm6658-202ENSMUST00000209493 1885 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
Use1Q9CQ56 Ap1ar-210ENSMUST00000200409 2580 ntTSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
Use1Q9CQ56 B3gat3-201ENSMUST00000096243 1601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
Use1Q9CQ56 Rbfox2-201ENSMUST00000048145 1720 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
Use1Q9CQ56 Pwwp2a-202ENSMUST00000094294 1814 ntTSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
Use1Q9CQ56 Gsx2-202ENSMUST00000160104 1182 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
Use1Q9CQ56 Fam196a-201ENSMUST00000171394 2490 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
Use1Q9CQ56 Tmem59-201ENSMUST00000030361 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
Use1Q9CQ56 Hspd1-201ENSMUST00000027123 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
Use1Q9CQ56 Mbd3-204ENSMUST00000105349 1566 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
Use1Q9CQ56 Ube2q2-202ENSMUST00000121677 1680 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
Use1Q9CQ56 Ccdc9-202ENSMUST00000118976 2175 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
Use1Q9CQ56 Slc25a28-201ENSMUST00000046038 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
Use1Q9CQ56 Shf-201ENSMUST00000048635 1431 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
Use1Q9CQ56 Rab7-204ENSMUST00000113598 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
Use1Q9CQ56 Mafa-201ENSMUST00000062002 1080 ntAPPRIS P1 BASIC24.59■■□□□ 1.53
Use1Q9CQ56 Ccm2-201ENSMUST00000000388 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
Use1Q9CQ56 AL845457.1-201ENSMUST00000197244 68 ntBASIC24.58■■□□□ 1.53
Use1Q9CQ56 Ino80b-201ENSMUST00000032109 1038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
Use1Q9CQ56 Reps1-206ENSMUST00000154718 2402 ntTSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
Use1Q9CQ56 Dyrk1a-202ENSMUST00000119878 5759 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
Use1Q9CQ56 Ywhaz-204ENSMUST00000110362 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
Use1Q9CQ56 Chrna5-202ENSMUST00000213960 1737 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
Use1Q9CQ56 AC153504.1-201ENSMUST00000218379 2290 ntBASIC24.55■■□□□ 1.52
Use1Q9CQ56 Gm25262-201ENSMUST00000174934 133 ntBASIC24.55■■□□□ 1.52
Use1Q9CQ56 Ildr2-207ENSMUST00000195557 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
Use1Q9CQ56 Mipep-204ENSMUST00000225043 1548 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
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